[塩基配列登録システム] “Stop codon ‘*’ is found in the range.” というエラーが表示されました

Last updated:2014.7.7.

一般的な対応方法については 途中に出現する終止コドンへの対応 をご確認ください。
タンパク質コード配列; CDS feature について も ぜひ ご覧ください。
以下では代表的な事例について説明しています。

1. CDS の読み枠 (フレーム) を示す /codon_start は正しく記載されているでしょうか。
  1, 2, 3 から適切な読み枠を選択してください。

参考:
codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
[塩基配列登録システム] “First codon [***] is not a start codon.” / “Final codon [***] is not a stop codon.” というエラーが表示されました
[塩基配列登録システム] “Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5′ complete type.” というエラーが表示されました

2. genetic code が /transl_table に正しく記載されているでしょうか。
下記をご参照の上、genetic code を適切に設定してください。

参考:
The Genetic Codes
/transl_table qualifier について
[塩基配列登録システム] “Invalid value [***] for [transl_table] qualifier.” というエラーが表示されました

3. フレームシフトやナンセンス変異などで、stop codon が実際に生じているでしょうか。
3-1. pseudogene の場合
CDS 横の "Select Qualifier" から /pseudogene を追加してください。/pseudogene には 規定値 でタイプを指定する必要があります。
詳細は b) pseudogene と見做される場合 をご参照ください。

3-2. pseudogene とは断言できない場合、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程、その他理由が不明で stop codon が生じている場合
CDS feature ではなく、misc_feature を用いて記載してください。
詳細は a) nonsense mutation、frame shift などと推定されるが理由不明、または、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程の場合 をご参照ください。

その他ribosomal slippageRNA editing例外的なアミノ酸翻訳IS や Tn などの挿入などでも、このエラーメッセージが出力されることがあります。

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