[Set optional parameters 画面] BWAのuniq optionの質問です。Please choose uniq mode.の4択の違いは?

Last updated:2014.8.28.

1. Do not remove any read.
ユニーク化処理を行わない
2. Retain pairs when both reads mapped uniquely or one of reads mapped uniquely, and Discard other pairs.
ペアのうち一方でもユニークにマップされていれば、そのペアを残す(両方マルチヒットの場合は破棄)
3. Retain pairs when both reads mapped uniquely, and Discard other pairs.
ペアのリードのうち両方のリードがユニークにマップされている場合だけ、そのペアを残す(一方でもマルチヒットなら破棄)
4. Retain uniquely mapped reads and discard multiply mapped reads.
ペアに関係なく、ユニークにマップされたリードだけを残す

どれがベストかは場面によって異なると思いますが、3番目が一番厳しく、2番目が一番緩く、4番目はその中間という感じです。

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