[Detail view 画面] samtools view -hX out.bam>out.samXとmerged SAMがどのようなファイルなのかわかりません

Last updated:2015.2.4.

merged.samは、Detail view画面「Download merged pileup file」枠内のファイルの事であると思いますが、これは染色体ごとのsamの結果を1つに合わせたものとなっております。

out.samX は

samtools view -hX
Usage: samtools view [options]|[region1 [...]]
Options: -h     print header for the SAM output
            -X     output FLAG in string (samtools-C specific)

samとsamXで2カラムめの表記が変わります。以下をご参考ください。

http://sourceforge.net/apps/mediawiki/samtools/index.php?title=SAM_FAQ#The_integer_FLAG_field_is_not_friendly_to_eyes

merged SAMは染色体1本の場合out.sam(Downloadのファイルは圧縮されているが)中身は同じです。

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