DDBJのスパコンにあるデータをPipelineに送るにはどうしたらいいですか、またPipeline解析後のデータをスパコンに送るにはどうしたらいいですか?

Last updated:2014.8.28.

スパコン→Pipelineへのアップロード については、
スパコン内からftpコマンドでDDBJ PipelineのFTPサーバに接続すれば、手元のコンピュータを介すること無く直接転送が可能です。

具体的な方法は下記の通りです
1 スパコンのgwにログイン後、qloginで適当な計算ノードに移動
2 FTPコマンドでサーバに接続  $ ftp pdata.nig.ac.jp
3 指示に従い、DDBJ Pipelineのユーザー名、パスワードを入力
4 接続後、query というディレクトリの中にファイルをアップロードしてください。
アップロード後、Pipelineからの登録方法などはGUIでの操作と同様に行ってください。

逆に、結果ファイルのスパコンへのコピーに関しては、今のところ行う方法はありません。
(置き場所を指定し、書き込み権限をつけていただければ、個別に結果ファイルをコピーすることは可能ですが)

たしかにご指摘通り、スパコンとPipeline間の直接のやり取りができると便利ですので、
今後の開発の検討課題にさせていただきます。

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