de novo assembly 結果ファイルについて、out_WGS.fastaの結果を確認したところ、最後に小文字の配列を含むものがいくつか存在しました。なぜ途中から小文字になっているのでしょうか。また、out_WGS.fastaとcontigs.faはどう違うのでしょうか。

Last updated:2017.12.25.

out_WGS.fastaは、DDBJ登録用に処理したファイルになります。
デフォルトで300bpを入力していた場合は、300bp以下のcontig配列をフィルタリングで落としています。
この為、研究結果としてフィルタリング前の結果contigs.faをお使い下さい。
velvetg の右のResult列にあるDownload(数GB)からダウンロードすればcontigs.faが入っています。

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