[1] 登録データ全般

登録を受け付けているデータの種類と登録方法は，おおよそ以下の図のとおりです。

DDBJ で登録を受け付けているデータは，配列の性状や産生方法によって登録先が異なります。登録予定の配列が以下の何れに該当するのか確認し，登録先を選択して下さい 。

データの登録について不明な点がありましたら，DDBJ へのお問い合わせの「塩基配列データの登録」よりお問い合わせ下さい。

(0000)    更新日：2012年4月9日

DDBJ では2003年4月より，TPA (Third Party Annotation) の登録を受付けています。 登録はSAKURA，大量登録システム(MSS)どちらからでもできますが，SAKURA をご利用の場合は TPA 登録用の SAKURA TPA Submissions を ご利用下さい。 大量登録システム (MSS) をご利用の場合は TPA データであることを明記の上，ご登録下さい。 TPA の詳細は TPA とは？ をご覧下さい。 また，Q and A に，関連する質問がありますのでこちらもご覧下さい。

[1-1-2] TPA とは何ですか

(1141)    更新日：2012年9月3日

TPA (Third Party Annotation) とは，国際塩基配列データベースから既に公開されている配列情報に 基づいて第三者がアセンブリ（再構成），もしくはアノテーションを行なったデータのことです。 TPA データとして登録可能なデータは，その配列再構成 とアノテーションが，単なる計算機による統計的推論のみに 基づくものではなく，生物学的な実験によって支持されており，その成果を学術論文として公表することが前提となります。 TPA の詳細は，TPA とは？ をご覧下さい。 また，Q and A に，関連する質問がありますのでこちらもご覧下さい。

[1-1-1] TPA (Third Party Annotation) 登録はできますか

(1143)    更新日：2012年9月3日

TPA (Third Party Annotation) の登録基準を満たす場合は登録可能です。 ただし，単純にアノテーション情報を公表するには，自身の website に提示，Distributed Annotation System (DAS) に代表される共有などの選択肢もあるのではないか，と考えます。

[1-1-1] TPA (Third Party Annotation) 登録はできますか
[1-1-1] TPA とは何ですか

DAS については，The DAS Registry，BioDAS をご参照下さい 。

(1166)    更新日：2012年4月9日

WGS (Whole Genome Shotgun) とは，一般的にはゲノム全体の配列を決定するための一手法， ホールゲノムショットガン法（ゲノム全体を物理的に断片化し，その塩基配列を決定した後コンピューター・プログラムを 用いて１本につなぎ直し，元のゲノム配列に再構成する手法）を指します。 国際塩基配列データベースにおいては，この手法を用いたゲノムプロジェクトがゲノム全体の配列を再構成する途上の 段階で公開に踏み切った断片配列のデータセットを指します。 ゲノム配列の全体像の再構成に向けて頻繁な更新が期待されるデータであり，全ゲノム配列が再構成された段階では通常の データと同様の扱いになる予定です。 国際塩基配列データベースの WGS はホールゲノムショットガン法で決定された全ゲノム配列を指すものではありません。
WGS データは通常のエントリと異なり，アクセッション番号が12桁（アルファベット４文字>＋８桁の数字）で 表示されています。 WGS の詳細は，Whole Genome Shotgun (WGS) 配列データについて を ご覧下さい。また，Q and A に，関連する質問がありますのでこちらもご覧下さい。

[1-1-1] WGS (Whole Genome Shotgun) 登録はできますか

(1144)    更新日：2012年4月9日

DDBJ では2003年4月より，ゲノムプロジェクトに由来し，整理が不十分な段階の大量の DNA 断片の配列を，WGS (Whole Genome Shotgun) データとして受け付けています。 WGS データに発行されるアクセッション番号は通常データの８桁ではなく，１２桁で構成されます。 ご登録には WGS データであることを明記の上，大量登録システム (MSS)をご利用下さい。 WGS の詳細は Whole Genome Shotgun (WGS) 配列データについて を ご覧下さい。 以下の関連する質問もご覧下さい。

[1-1-1] WGS とは何ですか

(1142)    更新日：2012年4月9日

DDBJ Sequence Read Archive (DRA) は，Roche 454 GS SystemR，Illumina Genome AnalyzerR, Applied Biosystems SOLiD SystemR などの，いわゆる次世代シークエンサからの出力データのためのデータベースです。

(1405)    更新日：2012年4月9日

DDBJ Trace Archive (DTA) は, 大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNA sequence chromatograms (traces), base calls, quality estimates のためのデータベースです。

(1404)    更新日：2012年4月9日

以下の登録方法があります。
　 ・Web Server から SAKURA を利用
　 ・大量登録システム (MSS) を利用

DDBJ では SAKURA による登録を推奨しています。SAKURA は登録作業をいつでも中断し，再開することができます （データの保存期間は最終更新日から１ヶ月間です）。 また，複数件を登録する場合，共通している情報を保存してテンプレートを 作成すれば，同じ内容を繰り返し入力する必要はありません。 各エントリ固有の情報だけを付加していただければ結構です。 また，登録件数が非常に多い場合や多数の Feature を持つ場合，あるいは 長大な配列の登録の場合には大量登録システム (MSS) での登録が適しています。

(1101)    更新日：2012年4月9日

塩基配列データに基づいていないアミノ酸配列の登録については UniProt へ登録して下さい。 UniProt への登録は，EBI のサイトから提供されている SPIN という ウェブツールを利用しておこなうことができます。 SPIN による登録方法の詳細 をご参照下さい。登録に関する問い合わせ先は，datasubs@ebi.ac.uk です。

(1104)    更新日：2012年9月3日

EST アセンブルのみの登録は受け付けておりませんが，アセンブル前後のデータのセットであれば受け付けております。
アセンブル前の配列データ (primary entries) が，いわゆる次世代シークエンサに由来する場合は DDBJ sequence Read Archive (DRA) に， 従来のシークエンサに由来する場合は大量登録 (MSS) から EST として登録して下さい。
その上で，de novo でも，map ベースでもアセンブル後の配列データを Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) division として，大量登録 (MSS) にて登録を受け付けます。

(1152)    更新日：2012年9月3日

次世代シークエンサによって配列決定された mRNA 配列は，原則としてDDBJ sequence Read Archive (DRA) に登録をお願いします。
従来の EST などとは区別しておりますので，大量登録 (MSS) では登録を受け付けておりません。

(1400)    更新日：2012年9月3日

次世代シークエンサによって配列決定されたゲノム配列は，raw reads data については， DDBJ sequence Read Archive (DRA) への登録をお願いします(ゲノム配列の場合，必須ではありませんが，強く推奨します)。
raw reads data をアセンブルした配列およびアノテーションが付加された配列は，大量登録 (MSS) での登録をお願いします。 ドラフト配列の場合は，WGS，scaffold CON などとして，また，完成度の高いゲノム配列は通常データとして扱います。

(1401)    更新日：2012年9月3日

CAGE (Cap Analysis Gene Expression) 法などによって産出される配列による発現定量のデータにつきましては，MGA（Mass sequence for Genome Annotation） カテゴリのデータとして大量登録 (MSS) にて承ります。

(1402)    更新日：2012年9月3日

バーコードオブライフプロジェクト（Barcode of Life (BoL))に登録予定のデータにつきましては， その塩基配列は SAKURA または大量登録 (MSS) で DDBJ へのご登録をお願いします。
波形データにつきましては，DDBJ Trace Archive (DTA) へのご登録をお願いします。

(1403)    更新日：2012年4月9日

以下の登録方法があります。
　 ・Web Server から SAKURA を利用
　 ・大量登録システム (MSS) を利用

DDBJ では SAKURA による登録を推奨しています。SAKURA は登録作業をいつでも中断し，再開することができます （データの保存期間は最終更新日から１ヶ月間です）。 また，複数件を登録する場合，共通している情報を保存してテンプレートを 作成すれば，同じ内容を繰り返し入力する必要はありません。 各エントリ固有の情報だけを付加していただければ結構です。 また，登録件数が非常に多い場合や多数の Feature を持つ場合，あるいは 長大な配列の登録の場合には大量登録システム (MSS) での登録が適しています。

(1101)    更新日：2012年4月9日

可能です。
論文の出版・公開に関する欄は下記のように選択して下さい。
・論文投稿の予定がない場合，および論文作成中・投稿中の場合には [Unpublished]
・論文が受理されて印刷中の場合には [In Press]

文献情報は DDBJ のデータ公開形式の REFERENCE2 以降に表示されます。 DDBJ のデータ公開形式 (flat file) の説明 の REFERENCE2 をご覧下さい。

(1105)    更新日：2012年9月3日

塩基配列の修正・更新を行える権利を有するのは登録者のみです。 登録者が一人では, 連絡が取れなくなる可能性がありますので, 複数の方を登録者に指定頂くことを推奨しております。

参考：塩基配列データの登録に必要な情報

(1156)     更新日：2012年4月9日

データは DDBJ へご登録いただければ結構です。 投稿する雑誌に「データの登録は GenBank へするように」と案内されている場合がありますが， DDBJ が発行したアクセッション番号は国際塩基配列データベース共通の番号であり，国際塩基配列データベースに 登録される塩基配列データに対して個別に付与される，そのデータ固有のものです。 論文には DDBJ が発行したアクセッション番号を記載して下さい。

(1102)    更新日：2012年4月9日

重複登録となりますので，同一データの登録は行なわないで下さい。 DDBJ で発行したアクセッション番号は国際塩基配列データベース共通のものです。

(1103)    更新日：2012年4月9日

SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）を含む配列を DDBJ に登録することはできますが， dbSNP には反映されません。 dbSNP は国際塩基配列データベースとは独立した組織で，NCBI が独自に運用しているデータペースです。 SNP データにつきましては dbSNP に登録されることをお薦めします。DDBJ に登録する場合は登録の見本 の B13) polymorphism and variation をご覧下さい。

(1149)    更新日：2012年11月5日

ゲノム配列の登録に関しましては，CDS （タンパク質コード配列)，rRNA，tRNA feature などをアノテーション情報として記載頂くようお願いしております。アノテーション情報の付加が難しいようでしたら，例えば，MiGAP 等の web ベースで塩基配列をアノテーション可能なサービスの活用をお勧めします。

(1151)    更新日：2012年4月9日

以下の例をご覧下さい。
これは，ネコのあるlocus に関して日米において配列を調査した結果で， 下表のように3種類のhaplotype で示される配列多型を観測し， haplotype 毎には同一の配列であった場合です。

この場合，3通りの登録方法が考えられます。

(a) 配列多型の数と観測した集団の数の積算分を登録する
（上記例では，3(A, B, C) × 2(Japan, USA)= 6通り中，観測されていない日本におけるhaplotype C を除く5件）
(b) 全てのデータ（上記の例では231個）を個別のデータとして登録する
(c) 配列の同一性にのみ着目して3件の配列データとして登録する

DDBJ では，(a) の登録方法を推奨します。
この場合，下記の要領でサンプルの由来情報をsource feature に記載して下さい。

   source        1..365
                  /country="Japan"
                  /frequency="75 in 113"
                  /haplotype="A"
                  /mol_type="genomic DNA"
                  /organism="Felis catus"

(b) の方法は，DDBJ (INSDC) では，基本的には，配列が同一であっても個別に配列を受け付けますので， 間違った登録方法ではありませんが，データ量が膨大で冗長なものとなり， 検索利用面での利便性を損なう可能性があります。
(c) の方法では，観測した集団の情報を捉えることが困難になります。

上記は平易な例ですが，実際には配列多型数もや観測集団数も多く，その組み合わせも多数で複雑な場合が大半です。その場合， SAKURA のテンプレートによる複数エントリの登録法 や 大量登録システム をご利用頂くと簡便に登録が行えます。

詳細は， 多型関連研究における同一配列の代表データ登録 をご参照下さい。

(1153)    更新日：2013年6月18日

データ公開形式 (flatfile) に記載されるコンタクトパーソン情報は，原則としてコンタクトパーソン１名とその所属です。配列を決定した時の所属と現在の所属が異なる場合，複数の機関に 所属している場合などは，以下の条件からご判断下さい。

• コンタクトパーソンとは，その配列データについて把握されており，データが公開された後は，データ利用者からの問い合わせに対応していただける方としてデータ公開形式 (flatfile) に記述されます。
• 原則として登録者の中のお一人でなければなりません。
• また，そのデータに関する DDBJ からの連絡も，原則としてこのコンタクトパーソン宛に行われます。 このため，その配列と生物学的情報についていつでも連絡可能である必要があります。

上記条件を満たしていれば，どのご所属でも登録できます。 また，プロジェクト名での登録をご希望の場合は，DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの登録」よりご相談下さい。

参考：塩基配列の登録（コンタクトパーソン）

(1109)    更新日：2012年9月11日

塩基配列の修正・更新を行える権利を有するのは登録者のみです。 登録者が一人では, 連絡が取れなくなる可能性がありますので, 複数の方を登録者に指定頂くことを推奨しております。

参考：塩基配列データの登録に必要な情報

(1156)     更新日：2012年4月9日

個人情報保護の観点から，2007年末より，連絡先を秘匿しております。 対象エントリの DDBJ フラットファイル上で REFERENCE 行に記載されている文献が確認可能でしたら，登録者の連絡先， あるいは疑問点に対する回答が論文内に記載されている可能性がありますので，ご確認ください。 また，お問い合わせページの DDBJエントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム に必要な情報を入力していただければ，登録者へご連絡内容を転送いたします。

(1150)    更新日：2012年9月3日

アクセッション番号は，原則としてDDBJ がデータを受け取りましてから休日を除き５日以内 に，コンタクトパーソンのメールアドレス宛に『[DDBJ] Assigned Accession No.』 というメールサブジェクトで通知されます。 連絡がない場合は Q and A の以下の質問をご覧下さい。

[1-2-3] アクセッション番号が届きません

DDBJ へお問い合わせの場合は，DDBJへのお問い合わせ よりお願いします。

(1114)    更新日：2012年9月3日

アクセッション番号は，原則としてDDBJ がデータを受け取りましてから休日を除き５日以内に，コンタクトパーソンのメールアドレス宛に『[DDBJ] Assigned Accession No.』 というメールサブジェクトで通知されます。 それを過ぎてなおアクセッション番号の通知，あるいは登録内容に関する問い合わせ等がない場合は，コンタクトパーソンのメールアドレスを明記の上， DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりご連絡下さい。

SAKURA をご利用の場合は，まず「確認メール」が届いているかどうかを確認して下さい。 「確認メール」は SAKURA で登録されたデータが DDBJ のサーバに届くと自動的にコンタクトパーソンのメールアドレス宛に送信されます。

「確認メール」が届いていない場合

登録が完了していない可能性があります。 SAKURA のトップページの「登録再開 -> Resume」から，コンタクトパーソンメールアドレスと EntryID を入力して下さい。対象エントリが検索されれば，登録途中ということですので登録を完了させて下さい。

「確認メール」が届いている場合

にもかかわらず，DDBJ から何の連絡もない場合は [EntryID] を明記の上 DDBJへのお問い合わせ よりご連絡下さい。

(1116)    更新日：2012年9月3日

primary data として登録依頼のあったデータにつきましては， ２次的な引用やコンピューターで予測したものでなく，登録者が実験的に決定した， もしくは，企業等からその配列の使用権を得たものであれば，原則，受け付けています。 その上で一定の基準を満たしていればすべて登録し，アクセッション番号を発行しています。 もし一定の基準を満たしていない場合は，訂正をお願いして再度送付していただいています。 配列が全く同じでも，独立に配列が決定されたデータならば，新規データとして別々に登録可能です。
また，既に報告されている primary data に対して，生物学的付加情報を実験に基づいて 付与し直したものを third party annotation (TPA) として受け付けています。 TPA の詳細は TPA とは？ をご覧下さい。

DDBJ にお問い合わせの場合はDDBJへのお問い合わせ よりお願いいたします。

(1115)    更新日：2012年9月3日

EntryID などデータを特定できる ID がわかる場合は，コンタクトパーソンのメールアドレスと共に DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列の更新・修正」よりご連絡下さい。データを特定する情報がない場合は登録日，登録にご利用のツール，コンタクトパーソンのメールアドレスとお名前，生物学的特徴を示す情報などをお知らせいただければ調査します。 検索の結果，該当するエントリが不明の場合は新規での登録をご検討いただくこともあります。

(1117)    更新日：2012年9月3日

国際塩基配列データベースでは，論文のタイトルページの footnote に以下のような記載をすすめています。 詳細は投稿を予定している雑誌等の出版社へご確認下さい。
Note: Nucleotide sequence data reported are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession number(s)----'.

(1118)     更新日：2012年9月3日

DDBJ を含むINSD が発行する登録番号を ACCESSION （アクセッション番号）と呼んでいます。
このうち，複数のエントリを統合した場合や，データ登録後に大幅な内容変更がされた場合などには，新規にアクセッション番号を発行することがあります。 この際，新規のアクセッション番号（プライマリアクセッション番号）に対して，既存のアクセッション番号がセカンダリアクセッション番号となります。

フラットファイルには，先頭にプライマリアクセッション番号，２つ目以降にセカンダリアクセッション番号を記載します。
プライマリアクセッション番号とセカンダリアクセッション番号のどちらの番号で検索しても，同じ変更後のデータが検索されます。

ただし，セカンダリアクセッション番号のエントリが既に公開済みの場合は，データベース上から抹消されるわけではなく，ID とVersion Number を指定し検索することが可能です。

参照： [1-1-5]公開を取り消したデータが，現在も参照できるのはなぜですか?

(1155)     更新日：2012年9月3日

CON (Contig / Constructed) division にはデータバンク側が，個々に登録された連続性のある配列データを結合し，１つのアクセッション番号を付与した長大なデータが格納されています。 CON エントリとはこの division に格納されているエントリを指します。 CON division に格納されるエントリには長大な配列を構成する配列のアクセッション番号が記載され， 塩基配列は記載されません。

参考資料：CON (contig/constructed) データについて

(1119)     更新日：2012年4月9日

そのデータの最終公開日を表します。 DDBJのデータ公開形式 (flat file) の説明の LOCUS をご覧下さい。

(1120)     更新日：2012年4月9日

これは直接登録者から登録されたデータであることを表わし，データバンク側が記載しているものです。 文献情報のタイトル欄には「Direct Submission」と入力しないようお願いします。

(1121)    更新日：2012年9月3日

DDBJ を含むINSD が発行する登録番号を ACCESSION （アクセッション番号）と呼んでいます。
このうち，複数のエントリを統合した場合や，データ登録後に大幅な内容変更がされた場合などには，新規にアクセッション番号を発行することがあります。 この際，新規のアクセッション番号（プライマリアクセッション番号）に対して，既存のアクセッション番号がセカンダリアクセッション番号となります。

フラットファイルには，先頭にプライマリアクセッション番号，２つ目以降にセカンダリアクセッション番号を記載します。
プライマリアクセッション番号とセカンダリアクセッション番号のどちらの番号で検索しても，同じ変更後のデータが検索されます。

ただし，セカンダリアクセッション番号のエントリが既に公開済みの場合は，データベース上から抹消されるわけではなく，ID とVersion Number を指定し検索することが可能です。

参照： [1-1-5]公開を取り消したデータが，現在も参照できるのはなぜですか?

(1155)     更新日：2012年9月3日

国際塩基配列データベース共通の The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition を公開しています。 こちらをご覧下さい。

(1138)     更新日：2012年4月10日

必要です。 登録後データを一定期間非公開にする場合は，必ず具体的な公開予定日を設定して下さい。 公開予定日に特に制限は設けておりませんので，余裕をもった日付をご指定下さい。 指定しない場合は即時公開となりますのでご注意下さい。
なお，一度指定した公開予定日を変更する，または公開予定日前に公開することも可能です。 変更が必要な場合は Q and A の以下の質問をご覧下さい。

[1-5-1] 公開予定日を延期したい

(1122)    更新日：2012年4月9日

受付日としてデータ公開形式 (flat file) の REFERENCE1 の JOURNAL 行に記載されます。 DDBJのデータ公開形式 (flat file) の説明 の REFERENCE1 をご覧下さい。 ただし，この形式が採用される以前に登録されたデータに関しては， JOURNAL 行への記載がない場合があります。
なお，受付日とは原則としてアクセッション番号発行可能なデータが DDBJ に到着した日です。 アクセッション番号発行可能なデータとは，原則として DDBJが提示するフォーマット に準ずるファイルで，塩基配列，登録者，REFERENCE 情報，生物学的付加情報を包含しているものです。
SAKURA は WWW 経由でこのファイルを作成し，DDBJ に送信します。
また，塩基配列は登録者自ら決定した，もしくは，企業等からその配列の使用権を得たものを primary data として受け入れます。 既に報告されている primary data に対して，生物学的付加情報を実験に基づいて付与し直したものを third party annotation (TPA) として受け付けています。 TPA の詳細は TPA とは？ をご覧下さい。

(1123)    更新日：2012年9月4日

DDBJ に登録しても特許権は生じません。 DDBJ では特許に関する業務を行う資格はありません。 どうしてもデータの優先権を確保したい場合は， 特許申請を行って特許権を取得されることをお勧めします。 詳細は特許庁のホームページ をご覧下さい。
あわせて，「ご利用の前に」 （登録に附随する権利と義務，特許・知的所有権） のページをご参照下さい。

(1124)    更新日：2012年9月4日

公開されている部分配列を全長配列に更新した場合を例にとりますと，配列の一部を非公開にすることはできませんので，以下の方法のどちらかを選択して下さい。

• 現時点では更新せず，全長配列が公開可能となった時に配列更新する。
  
• 全長配列を非公開データとして新規に登録し，この全長配列の公開時にすでに公開されている部分配列がセカンダリアクセッション番号となるようにする。（この作業は非公開を指定した，全長配列データの登録時に行ないますので，SAKURA をご利用の場合は「登録付加情報」にその旨，記入して下さい。）

(1125)    更新日：2012年4月9日

データ公開原則， ならびに 登録データの取り扱いについて をご覧下さい。

(1126)    更新日：2012年9月4日

DDBJ でのデータの公開については，データ公開原則 をご参照下さい。

1998年1月1日以前に登録されたデータが検索できない場合，これまでに，上記ページに記載の，(1)(2)のいずれの情報も寄せられなかったために，現在も非公開になっている可能性があります。 この場合は，あらためて公開のご指示をお願いします。

1998年1月1日以降，登録されたデータにつきまして，そのデータについて調査した上で，対応します。

データの公開につきましてはアクセッション番号を明記の上，DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

なお，登録されているコンタクトパーソン情報が変更されていますと，公開のお知らせなど，重要な連絡ができないことがあります。特に登録から数年経過したデータに，連絡不能となる場合が多いようです。
コンタクトパーソン情報が変更となっている場合は Q and A の以下の質問をご覧いただき，コンタクトパーソン情報の変更をお願いします。

[1-5-1] コンタクトパーソン情報を変更したい

(1127)    更新日：2012年9月4日

登録の際，「公開予定日まで非公開」を選択したデータは データ公開原則 に従い公開されます。 公開作業が完了しますと，公開をお知らせするメールがコンタクトパーソンのメールアドレス宛に 『[DDBJ] Publicized your data』 というメールサブジェクトで送信されます。 なお，コンタクトパーソンのメールアドレスが変更されていますと，このお知らせが遅れたり，お届けできないことがあります。 所属変更やコンタクトパーソンの変更など，登録データのコンタクトパーソン情報が変更になる場合は必ずお知らせ下さい。 変更する場合はQ and A の以下の質問をご覧下さい。

[1-5-1] コンタクトパーソン情報を変更したい

(1128)    更新日：2012年9月3日

一度公開されたエントリを，次回以降に作成する定期リリースに含めないものとし，通常検索サービスから削除することは可能ですが，getentry を利用してアクセッション番号で検索した場合には，永久に閲覧が可能な状態になります。 （ただし，国際塩基配列データベース側の作業ミスにより誤って公開された場合は，その限りではありません。） これは国際塩基配列データベースの諮問機関である国際諮問委員会が作成した 登録データの取扱いについて の中で，次のように明文化されています。

3. INSD に登録されたデータは，科学資料として永久に保存され公開される。登録者によるデータの訂正や更新は歓迎するし， 誤った部分は次のデータリリースで訂正されるべきであるが，全てのデータは永久に保存され，アクセッション番号で検索できるものとする。

また，不特定多数の機関が国際塩基配列データベースを随時コピーして独自のデータベースを構築しております。 これらのデータベースからの削除はそちらの管理者へ直接，ご依頼いただくことになります。

(1129)    更新日：2012年9月4日

getentry のバージョン番号をキーにしたエントリ検索機能を利用して調べることが可能です。
バージョン番号は DDBJ のデータ公開形式（flat file） の VERSION 行に記載されており，そのエントリの配列が訂正・更新された回数を示しています。 バージョン番号の [AB******.1]の配列は初めて公開された配列情報ですが，配列以外の情報は更新されている場合があります。 [AB******.3]の場合，公開後２回配列が更新されたことを意味します。
なお，公開データの LOCUS 行の日付はデータの最終公開日です。 配列更新に関わらず，データが更新され再公開されると日付は変わります。
検索方法は getentry で DNA データベースは 「フラットファイル（DBBJ）」，番号指定のメニュー選択欄で [Version Number] を選択して下さい。 バージョン番号を入力し，検索するとデータが表示されます。 バージョン番号が明確でない場合はアクセッション番号でも検索が可能です。 アクセッション番号で検索すると，そのエントリの参照可能なバージョン番号がリスト表示されますので，そのバージョン番号を 再度入力してデータを参照して下さい。 バージョン番号を複数入力することはできませんので，１件ずつ検索して下さい。

(1146)    更新日：2012年9月4日

論文にでている番号が国際塩基配列データベースが発行するアクセッション番号かどうか， 今一度ご確認下さい。 アクセッション番号ではなく，protein_id や NCBI の RefSeq の ID などを検索に用いていることがあります。 アクセッション番号についての詳細は，「国際塩基配列データベースのアクセッション番号」を ご覧下さい。

DDBJ ではデータ公開原則 に従いデータの公開作業を行なっています，

ご覧になったアクセッション番号はこれまでに，上記のいずれの情報も寄せられなかったために，現在も非公開になっているものと思われます。 論文に公表されている場合，(2) の条件について，必要な確認作業を行ないますので，DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より，以下の情報をお知らせ下さい。

(1) 論文に掲載されているアクセッション番号：
(2) タイトル：
(3) 全著者名：
(4) 雑誌名等：
(5) 巻・頁・年：

(1130)    更新日：2012年9月3日

getentry です。 getentry はアクセッション番号等によりエントリを検索するシステムです。 通常，公開作業を行なった日の翌日にデータベース上に反映されます。 相同性検索などのサービスへの反映は getentry に引き続き行なわれますが，getentry と相同性検索などのサービスには 公開されたエントリ数により，１日から１週間程度の差が生じることがあります。

(1131)    更新日：2012年9月3日

DDBJ は国際塩基配列データベースを EMBL，GenBank と共同で構築しており， 塩基配列データ登録の窓口になっています。 DDBJ に登録されたデータは DDBJ から公開されますと，EMBL と GenBank に送られます。 ただし，送られたデータは各データバンク独自の書式に変換して公開されますので，公開されるデータファイルの書式は各データバンクで異なります。

(1132)    更新日：2012年4月12日

EMBL と GenBank から DDBJ に送られたデータは，通常，そのデータを受け取った当日に DDBJ で公開されます。 DDBJ から EMBL と GenBank に送ったデータは，通常，DDBJ で公開された日の，翌日か翌々日には EMBL と GenBank で公開されます。 ただし，各バンクとも大量件数のデータを受け取った場合やネットワークトラブル，システム保守等により公開が遅れることがあります。 また，公開のタイミングは各バンクで管理しているため，時間差や公開日時を明確に示すことはできません。

(1133)    更新日：2012年9月3日

個人情報保護の観点から，2007年末より，連絡先を秘匿しております。 対象エントリの DDBJ フラットファイル上で REFERENCE 行に記載されている文献が確認可能でしたら，登録者の連絡先， あるいは疑問点に対する回答が論文内に記載されている可能性がありますので，ご確認ください。 また，お問い合わせページの DDBJエントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム に必要な情報を入力していただければ，登録者へご連絡内容を転送いたします。

(1150)    更新日：2012年9月3日

DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より，以下の情報をご連絡下さい。

a)コンタクトパーソンのメールアドレス
b)アクセッション番号またはEntryID

既にご登録を頂きました塩基配列に関する情報を返信でお知らせします。

(1154)    更新日：2012年9月3日

DDBJ では，パスワード認証等による限定的な公表の方法はご提供しておりません。 特定個人に非公開状態の塩基配列を閲覧させる必要がある場合，登録者自身が配列をテキストファイルとして 送付することで特に問題はございません。 登録状態，フラットファイルの記載を確認する意図の場合は，状況によりますが，下記の２つの方法が選択可能です。

ａ）公開
これを機に一般に公開しても差し支えない場合は公開いたします。
依頼者（登録者）のお名前，ご所属，公開すべきデータの全アクセッション番号を DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

ｂ）査読者にフラットファイルを送付
ご依頼いただければ，DDBJ から登録者に対して，フラットファイルを送付いたしますので，査読者などに参考資料としてご転送下さい。
依頼者（登録者）のお名前，ご所属を明記の上，フラットファイルの確認が必要なデータの全アクセッション番号を DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

参考：登録データの修正・更新

(1309)    更新日：2012年9月4日

文献情報以外の内容の更新や訂正は，原則として登録者としてデータに登録されている方の了承，または依頼を受けて行ないます。 DDBJ からそのデータの登録者に，ご指摘の内容を転送することは可能ですので， 「DDBJエントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム」 に必要な情報を入力して下さい。

(1134)     更新日：2012年9月4日

当該データの登録者としてご登録いただいている方からの依頼ならば可能です。 アクセッション番号を明記の上 DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりご依頼下さい。

(1135)    更新日：2012年9月4日

SAKURA はデータ登録専用のツールですので，登録済みデータの修正には対応していません。 登録済みデータの修正，更新につきましては Q and A の以下の項目をご覧下さい。

[1-5]登録データの変更・更新

(1136)     更新日：2012年4月10日

DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より，以下の情報をご連絡下さい。

a)コンタクトパーソンのメールアドレス
b)アクセッション番号またはEntryID

既にご登録を頂きました塩基配列に関する情報を返信でお知らせします。

(1154)    更新日：2012年9月3日

getentry のバージョン番号をキーにしたエントリ検索機能を利用して調べることが可能です。
バージョン番号は DDBJ のデータ公開形式（flat file） の VERSION 行に記載されており，そのエントリの配列が訂正・更新された回数を示しています。 バージョン番号の [AB******.1]の配列は初めて公開された配列情報ですが，配列以外の情報は更新されている場合があります。 [AB******.3]の場合，公開後２回配列が更新されたことを意味します。
なお，公開データの LOCUS 行の日付はデータの最終公開日です。 配列更新に関わらず，データが更新され再公開されると日付は変わります。
検索方法は getentry で DNA データベースは 「フラットファイル（DBBJ）」，番号指定のメニュー選択欄で [Version Number] を選択して下さい。 バージョン番号を入力し，検索するとデータが表示されます。 バージョン番号が明確でない場合はアクセッション番号でも検索が可能です。 アクセッション番号で検索すると，そのエントリの参照可能なバージョン番号がリスト表示されますので，そのバージョン番号を 再度入力してデータを参照して下さい。 バージョン番号を複数入力することはできませんので，１件ずつ検索して下さい。

(1146)    更新日：2012年9月4日

DDBJ のデータベースを学術論文などで引用する場合には，以下の文献をお使い下さい。

Kaminuma E, Kosuge T, Kodama Y, Aono H, Mashim J, Gojobori T, Sugawara H, Ogasawara O,
Takagi T, Okubo K and Nakamura Y.
DDBJ progress report
Nucleic Acids Res. 2011, Vol. 39, Database issue D22-D27.

(1137)     更新日：2012年4月10日

国際塩基配列データベース共通の The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition を公開しています。 こちらをご覧下さい。

(1138)     更新日：2012年4月10日

Web から文献情報の入手が可能となりましたので，別刷りをお送りいただく必要はありません。 作業上，必要な場合にのみ DDBJ から別刷りの送付をお願いしています。

(1139)     更新日：2012年4月10日

アクセスできないパソコンがご利用の１台のみなのか，複数なのかをご確認下さい。 ご利用のパソコンのみの場合は，ブラウザのキャッシュをクリアにし，再起動後，再度アクセスしてみて下さい。 複数のパソコンで接続できない場合は，ネットワークに問題がある可能性があります。 この場合は下記の事項について DDBJ へのお問い合わせ の「ウェブサービス」よりお知らせ下さい。

・ エラーになった状況とエラーメッセージ
・ ご利用のマシンの IP アドレス
・ 最近のネットワーク周りの変更など
　（以下の点はご所属のネットワーク管理者にご確認下さい。）
・ ping, traceroute/tracert（ネットワークコマンド）による通信状況
・ nslookup（ネットワークコマンド）による DNS の参照情報

また，ご利用のブラウザから新規画面を開き，ブックマークやリンクではなく， アドレス http://www.ddbj.nig.ac.jp/ を直接入力するとアクセスできることがあります。

(1140)    更新日：2012年9月4日

そのページのURL を保存した後、推奨ブラウザ（Firefox もしくは Chrome）に変更し、保存したURL にアクセスしてみてください。または、ブラウザをいったん閉じてから立ち上げなおし、アクセスしてください。

それでもアクセスできない場合には、ページのURL とお使いのパソコンの環境（OS, ブラウザ, CPU, 搭載メモリ）を お問い合わせ の「DDBJ塩基配列登録システム」からお知らせ願います。

(1262)    更新日：2013年2月20日

“Select Qualifier” をクリックし、必要なqualifier にチェックを入れて"Save" するとqualifier 入力欄が表示されます。

     参照： 7.Annotation

また、Template 選択画面において "other" を選択した場合は、source 以外のフィーチャーは登録者ご自身で追加する必要があります。"Add feature" をクリックし、リストから選択してください。

     参照： 7.Annotaton (Templateでotherを選択した際のアノテーション入力について)

(1263)    更新日：2013年2月20日

ご入力された配列は、全長ではなく、両端側が部分配列と思われます。Location の記述にはルールがありますので、
部分配列の場合は、”< >“ 記号を加えて指定してください。  例　<1..>100

     参照： location の記述法

(1264)    更新日：2013年2月20日

このエラーメッセージは、CDS のSelect Qualifier で "/translation" を選択した場合に出るものです。
通常、"/translation" はCDS feature の情報を基に自動翻訳されますので記載の必要はありません。
"/translation" を削除していただければ、エラーを回避できます。


"/translation" は、"/exception" と同時に使用されるもので、例えば RNA editing が起こることが原因で、ゲノムの塩基配列から自動翻訳されるアミノ酸配列と、実際にmRNA から翻訳されるアミノ酸配列とが異なる場合に、
     /exception="RNA editing"
     /translation="mRNA からのアミノ酸配列を記載"
のように指定します。

     参照： Qualifier key の定義～ translation, exception

(1265)    更新日：2013年2月20日

正しい"genetic code" が入力されていないのが原因です。
Edit アイコンをクリックし、Scientific name 欄へ学名を入力する際にリスト表示される「生物名」を選択すると、自動的に正しい”genetic code” が入力されます。
生物名が入力済みの場合は、Scientific name 入力欄にカーソルを移動し、キーボードの上・下キーを押すと生物名リストが現れますので選択してください。リストにない生物の場合は、genetic code 欄に正しい値を入力してください(参照：Genetic Code Tables)。



     参照： 7.Annotation – 生物名の入力について

(1266)    更新日：2013年7月18日

"Location" か "codon_start" の記述が正しくない可能性があります。
codon_start の値が「2」 や「3」 の場合は、CDS feature の5' 側Location は部分配列指定になっている必要があります。Location の記述法 に基づいて5'側locationを部分配列指定し、<1..>300 に修正してください。
あるいは、CDS feature の5' 側Location が開始コドンで始まっている場合は、codon_start を「1」 に修正してください。



     参照： codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正

(1267)    更新日：2013年7月18日

可能です。
"5.Sequence" 画面におきまして、複数の塩基配列をMulti-FASTA 形式で入力いただくと "7.Annotation" 画面に遷移した際に、各塩基配列に対するアノテーションをまとめて入力できるようになります。登録完了後、各塩基配列に対して連続したアクセッション番号を発行いたします。



ただし以下の点にご注意ください。
※次の各情報については塩基配列ごとに異なる内容を指定できません。すべて同一であることが必要です。
　- コンタクトパーソン情報
　- 公開予定日
　- 登録者
　- 論文情報

※"6.Template" 画面において各塩基配列に別々のアノテーション入力用テンプレートを指定することはできません。選択できるテンプレートは1つのみです。

    参照： 5.Sequence 入力可能な塩基配列について

(1268)    更新日：2013年7月18日

可能です。
画面上部のプログレスバー 1.Contact person　2.Hold date　3.Submitter　4.Reference　5.Sequence　6.Template　7.Annotation のそれぞれをクリックすると前の画面に戻って修正することができます。



※ただし注意が必要です。
“7.Annotation” の画面でアノテーションを入力後、以下の操作を行うと入力したアノテーションがクリアされる仕様になっております。
　- ”5.Sequence” 画面に戻って配列を変更する
　- ”6.Template” 画面に戻ってテンプレートを変更する

(1269)    更新日：2013年7月18日

A．以下の理由が考えられます。

• 塩基配列の entry name とアノテーションファイル中の entry name が一致していない
• アノテーションファイルのフォーマット(タブ区切りテキスト形式、５カラムで構成される)が崩れている
• 改行コードに問題がある。改行コードを"unix(LF) 形式" もしくは"windows(CR-LF) 形式" に統一してください
• フィーチャーに誤りがある、あるいは、余計なスペースが含まれている

(1270)    更新日：2013年7月18日

現時点で、アミノ酸配列を確認する方法については次の操作を行ってください。

１．大量登録ホームページ より "UME for Windows" または "UME for MacOS X" をダウンロードしてください（UME を動かすには JAVA が必要です）。

２．DDBJ 塩基配列登録システムの最終確認画面で、アノテーションファイルと塩基配列ファイルをダウンロードしてください。

３．UME を起動し、アノテーションファイルと塩基配列ファイルをUME に読み込ませ、transChecker Execute をクリックしていただくとアミノ酸配列を取得できます。

今後、この機能については、登録システムの改良を続けることで対応したいと思います。

(1271)    更新日：2013年7月18日

件数に制限はありません。 件数が多い場合はもちろん，たとえ１件でも多数の Feature を持つ場合 （概ね30以上）や長大な配列の登録に適しています。 登録をご希望の場合は，大量登録システム (MSS) をご覧下さい。

(1212)    更新日：2012年4月11日

SAKURA は 画面の指示に従って入力し，１件づつ登録完了していきますが，大量登録システム (MSS)では 登録者に全件の登録ファイルを作成していただきます。 また，SAKURA と異なりファイル作成の段階で DDBJ の記述ルールに照らして査定しますので，DDBJ の担当者と直接やり取りをしていただくことになります。 多件数でも SAKURA のテンプレートを使用しての登録の方が容易という方，数件でも大量登録システムをご利用の方もいます。 双方の特徴をご理解いただき，利用しやすい登録システムをご選択下さい。

(1213)    更新日：2012年4月11日

以下の項目について登録データの修正・更新申し込み の「論文が公開されました」よりお知らせ下さい。

(1) 文献情報を更新すべきデータの全アクセッション番号：
(2) タイトル：
(3) 全著者名：
(4) 雑誌名等：
(5) 巻・頁・年：

参考：登録データの修正・更新

(1301)    更新日：2012年9月4日

以下の項目について登録データの修正・更新申し込み の「論文が受理されました」よりお知らせ下さい。

(1) 文献情報を「in press」に更新すべきデータの全アクセッション番号：
(2) タイトル：
(3) 全著者名：
(4) 雑誌名等：
(5) 即日公開希望 または 引き続き非公開の場合は公開予定日：

参考：登録データの修正・更新

(1302)    更新日：2012年9月4日

以下の項目について 登録データの修正・更新申し込み の「コンタクトパーソン情報，住所，所属情報を変更したい」よりお知らせ下さい （変更がない項目は現在の情報のみお知らせ下さい）。

(1) アクセッション番号：
(2) 新・旧 コンタクトパーソン名：
(3) 新・旧メールアドレス：
(4) 新・旧所属：
(5) 新・旧住所：
(6) 新・旧電話番号：
(7) 新・旧FAX：

参考：登録データの修正・更新

(1303)    更新日：2012年9月4日

以下の項目についDDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

(1) アクセッション番号：
(2) 変更箇所：
(3) 更新後の総塩基数：
(4) 配列の更新に伴うFeatureの位置等，変更項目の詳細：
(5) 更新後の全長配列：以下のフォーマットでお願いします。

>AB****** <--- 当該データのアクセッション番号 
　　aaaaaaaaaattttttttttggggggggggccccccccccaaaaaaaaaatttttttttt 
　　ggggggggggccccccccccaaaaaaaaaattttttttttggggggggggcccccccccc 
　　// 
　　>AB****** 
　　aaaaaaaaaattttttttttggggggggggccccccccccaaaaaaaaaatttttttttt 
　　ggggggggggccccccccccaaaaaaaaaattttttttttggggggggggcccccccccc 
　　aaaaaaaaaat 
　　//

１行半角６０文字，リダイレクション (>) のあとにスペースなしでアクセッション番号， 行末に改行キー，終了フラグ (//) を必ず入力

参考：登録データの修正・更新

(1304)    更新日：2013年6月18日

以下の項目について登録データの修正・更新申し込み の「公開予定日を変更したい」よりお知らせ下さい。

(1) アクセッション番号：
(2) 新公開予定日：

参考：登録データの修正・更新

(1305)    更新日：2012年9月4日

修正・更新の対象となる件数が多い場合，配列の修正・更新に伴い Feature 項目に多数の変更箇所がある場合などには，以下をご参照下さい。
(1) 対象データに共通する情報を同一の内容に変更する場合
　　例：文献情報，登録者情報を変更したい，公開予定日を延期したい，など
(2) 大量データのある一部の登録情報を全て異なる内容に変更する場合
　　例：クローン名，遺伝子名を全て変更したい，など
(3) 登録内容を大幅に変更する場合
　　例：配列の更新に伴って３０以上ある Feature の全てを変更したい，など

(1) の場合には，対象となる件数の多少に関わらず，上記ご参照の上，それぞれ必要な訂正項目についてご連絡下さい。 (2) (3) の場合は，訂正内容をDDBJ で検討の上，お送りいただくファイル形式等について調整させていただきたいと思いますので DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりご依頼下さい。
なお，通常は数日以内に作業は完了いたしますが，対象データが非常に多数である場合には，通常よりもお時間をいただくことがあります。 修正・更新を伴う公開をご希望の場合は，特に余裕をもってお知らせ下さい。

参考：登録データの修正・更新

(1306)    更新日：2012年9月14日

DDBJ では，パスワード認証等による限定的な公表の方法はご提供しておりません。 特定個人に非公開状態の塩基配列を閲覧させる必要がある場合，登録者自身が配列をテキストファイルとして 送付することで特に問題はございません。 登録状態，フラットファイルの記載を確認する意図の場合は，状況によりますが，下記の２つの方法が選択可能です。

ａ）公開
これを機に一般に公開しても差し支えない場合は公開いたします。
依頼者（登録者）のお名前，ご所属，公開すべきデータの全アクセッション番号を DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

ｂ）査読者にフラットファイルを送付
ご依頼いただければ，DDBJ から登録者に対して，フラットファイルを送付いたしますので，査読者などに参考資料としてご転送下さい。
依頼者（登録者）のお名前，ご所属を明記の上，フラットファイルの確認が必要なデータの全アクセッション番号を DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

参考：登録データの修正・更新

(1309)    更新日：2012年9月4日

原則として，論文等で，アクセッション番号が公表されていない場合に限って，対応可能です。 依頼者のお名前，ご所属を明記の上，以下の項目についてDDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

(1) アクセッション番号：
(2) 新公開予定日：半年後，４月頃といった曖昧な指定ではなく，具体的な日付（例：2012/05/05）

なお，公開を取消したデータの取り扱いにつきましては Q and A の以下の質問をご覧下さい。

[1-2-5] 公開を取り消したデータが，現在も参照できるのはなぜですか

(1307)    更新日：2012年9月4日

原則として，論文等で，アクセッション番号が公表されていない場合に限って，対応可能です。 依頼者のお名前，ご所属を明記の上，以下の項目についてDDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりお知らせ下さい。

(1) アクセッション番号：
(2) 抹消理由： (簡単で結構です)

なお，すでに公開されているデータの登録を抹消する場合は，公開取消し作業を伴います。 公開を取消したデータの取り扱いにつきましては Q and A の以下の質問をご覧下さい。

[1-2-5] 公開を取り消したデータが，現在も参照できるのはなぜですか

(1308)    更新日：2012年9月4日