公開を取り消したデータが，現在も参照できるのはなぜですか
一度公開されたエントリを，次回以降に作成する定期リリースに含めないものとし，通常検索サービスから削除することは可能ですが，getentry を利用してアクセッション番号で検索した場合には，永久に閲覧が可能な状態になります。 （ただし，国際塩基配列データベース側の作業ミスにより誤って公開された場合は，その限りではありません。） これは国際塩基配列データベースの諮問機関である国際諮問委員会が作成した 登録データの取扱いについて の中で，次のように明文化されています。
3. INSD に登録されたデータは，科学資料として永久に保存され公開される。登録者によるデータの訂正や更新は歓迎するし， 誤った部分は次のデータリリースで訂正されるべきであるが，全てのデータは永久に保存され，アクセッション番号で検索できるものとする。
また，不特定多数の機関が国際塩基配列データベースを随時コピーして独自のデータベースを構築しております。 これらのデータベースからの削除はそちらの管理者へ直接，ご依頼いただくことになります。
(1129) 更新日：2012年9月4日
現在公開されている配列の更新前の内容を参照できますか
getentry のバージョン番号をキーにしたエントリ検索機能を利用して調べることが可能です。
バージョン番号は DDBJ のデータ公開形式（flat file） の VERSION 行に記載されており，そのエントリの配列が訂正・更新された回数を示しています。 バージョン番号の [AB******.1]の配列は初めて公開された配列情報ですが，配列以外の情報は更新されている場合があります。 [AB******.3]の場合，公開後２回配列が更新されたことを意味します。
なお，公開データの LOCUS 行の日付はデータの最終公開日です。 配列更新に関わらず，データが更新され再公開されると日付は変わります。
検索方法は getentry で DNA データベースは 「フラットファイル（DBBJ）」，番号指定のメニュー選択欄で [Version Number] を選択して下さい。 バージョン番号を入力し，検索するとデータが表示されます。 バージョン番号が明確でない場合はアクセッション番号でも検索が可能です。 アクセッション番号で検索すると，そのエントリの参照可能なバージョン番号がリスト表示されますので，そのバージョン番号を 再度入力してデータを参照して下さい。 バージョン番号を複数入力することはできませんので，１件ずつ検索して下さい。
(1146) 更新日：2012年9月4日
論文にでているアクセッション番号が検索できません
論文にでている番号が国際塩基配列データベースが発行するアクセッション番号かどうか， 今一度ご確認下さい。 アクセッション番号ではなく，protein_id や NCBI の RefSeq の ID などを検索に用いていることがあります。 アクセッション番号についての詳細は，「国際塩基配列データベースのアクセッション番号」を ご覧下さい。
DDBJ ではデータ公開原則 に従いデータの公開作業を行なっています，
ご覧になったアクセッション番号はこれまでに，上記のいずれの情報も寄せられなかったために，現在も非公開になっているものと思われます。 論文に公表されている場合，(2) の条件について，必要な確認作業を行ないますので，DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より，以下の情報をお知らせ下さい。
(1) 論文に掲載されているアクセッション番号：
(2) タイトル：
(3) 全著者名：
(4) 雑誌名等：
(5) 巻・頁・年：
(1130) 更新日：2012年9月3日
最新データが最も早く参照できる検索サービスは何ですか
getentry です。 getentry はアクセッション番号等によりエントリを検索するシステムです。 通常，公開作業を行なった日の翌日にデータベース上に反映されます。 相同性検索などのサービスへの反映は getentry に引き続き行なわれますが，getentry と相同性検索などのサービスには 公開されたエントリ数により，１日から１週間程度の差が生じることがあります。
(1131) 更新日：2012年9月3日
DDBJ/EMBL/GenBank で最新データが公開される時間的な差はどのくらいですか
EMBL と GenBank から DDBJ に送られたデータは，通常，そのデータを受け取った当日に DDBJ で公開されます。 DDBJ から EMBL と GenBank に送ったデータは，通常，DDBJ で公開された日の，翌日か翌々日には EMBL と GenBank で公開されます。 ただし，各バンクとも大量件数のデータを受け取った場合やネットワークトラブル，システム保守等により公開が遅れることがあります。 また，公開のタイミングは各バンクで管理しているため，時間差や公開日時を明確に示すことはできません。
(1133) 更新日：2012年9月3日
「DDBJ 新着データ」の説明にある「DDBJ 定期リリース後」とは具体的にいつですか
「DDBJ 新着データ（DDBJ 定期リリース後の新着データ）」は DDBJ 最新リリースの締め日の翌日以降に公開されたデータです。 最新リリースの締め日は リリースノート の文中に記述されています。 例えば，最新リリースが Release 67 の場合，以下のように2006年8月25日が締め日ですので， この時点の「DDBJ 新着データ」は8月26日以降公開されたデータになります。
The present release contains the newest data prepared by the DNA Data Bank ofJapan (DDBJ), GenBank (*), and European Molecular Biology Laboratory/EuropeanBioinformatics Institute (EMBL/EBI) as of August 25, 2006. （Rel.67 のリリースノートより抜粋，以下省略）
(2114) 更新日：2012年9月4日
期待している検索結果が得られません，検索方法が誤っているのでしょうか
DDBJ/EMBL/GenBank は各データバンクに登録された配列を相互に交換しており， 総合的には基本的に同じデータを持っています。 ただし，各データバンクが公開したデータを互いに交換し合う際の時間差，更に各バンク内でそのデータを 検索サービスへ反映させる際の時間差により，同じ日の近い時間であっても検索サービスのデータには 微妙な差が存在している可能性があります。 期待している検索結果が得られないのは，これら時間差に負うところが大きいと思いますが， さらに詳細な調査が必要な場合はDDBJ へのお問い合わせ の「その他一般的な質問」から以下の情報をお知らせ下さい。
・検索プログラム名や検索を行なった URL
・検索条件
・検索を行った日時
・検索されるはずのエントリのアクセッション番号
・検索結果の URL
・その他
また，Q and A の以下の質問もご参照下さい。
[2-1-1] 論文にでているアクセッション番号が検索できません
[2-2-1] 公開されているはずのアクセッション番号が検索できません
(2113) 更新日：2012年9月4日
DDBJ から提供されるデータを FTP で一括取得する方法を教えて下さい
以下のダウンロードサイトから DDBJ リリースを始めとする各種データ， ミラーデータベースの最新リリースデータ，および，新着データなどの取得が可能です。 どうぞご利用下さい。
FTP を利用したリリースデータ取得
(2107) 更新日：2012年12月4日
DDBJ ではデータの検索・解析サービスを行なっていますか
DDBJ では検索・解析サービスの提供は行なっていますが，特定のデータの検索・解析作業や， 検索・解析結果を送付するサービスはしていません。 データの検索・解析作業は，ご利用者ご自身で行なって下さるようお願いします。
データの検索・解析は，下記の２つの方法がありますので，どうぞご利用下さい。
・Web Server や ftp などのネットワークサーバを利用して検索・解析する。
これらはユーザ ID がなくても利用することができます。
・国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータシステムにログインして検索・解析する。
（利用にあたりスパコンのユーザID が必要ですので， 情報・システム研究機構国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用の条件（暫定） を ご一読いただき，スーパーコンピュータシステムの利用申込 を行って下さい。）
(2106) 更新日：2012年9月4日
論文に DDBJ データベース利用を引用したいと思います。文献を紹介して下さい
DDBJ のデータベースを学術論文などで引用する場合には，以下の文献をお使い下さい。
"DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data"
Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T and Nakamura Y.
Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D33-D38
(2109) 更新日：2012年4月12日
DDBJ の Web サイトにつながりません
アクセスできないパソコンがご利用の１台のみなのか，複数なのかをご確認下さい。 ご利用のパソコンのみの場合は，ブラウザのキャッシュをクリアにし，再起動後，再度アクセスしてみて下さい。 複数のパソコンで接続できない場合は，ネットワークに問題がある可能性があります。 この場合は下記の事項について DDBJ へのお問い合わせ の「ウェブサービス」よりお知らせ下さい。
・ エラーになった状況とエラーメッセージ
・ ご利用のマシンの IP アドレス
・ 最近のネットワーク周りの変更など
（以下の点はご所属のネットワーク管理者にご確認下さい。）
・ ping, traceroute/tracert（ネットワークコマンド）による通信状況
・ nslookup（ネットワークコマンド）による DNS の参照情報
また，ご利用のブラウザから新規画面を開き，ブックマークやリンクではなく， アドレス http://www.ddbj.nig.ac.jp/ を直接入力するとアクセスできることがあります。
(1140) 更新日：2012年9月4日
[getentry] 検索結果を FTP ファイル転送で得ることができません
DDBJ は，2000年11月より FTP サーバのセキュリティ強化を実施しております。
接続先確認の為，DNS (ドメイン ネーム システム) よりドメイン名が確認できないマシンからの Anonymous FTP を拒否するように 設定してあります。 ご利用の端末が DNS に登録されているかをご所属のネットワーク管理者にお問い合わせ頂き，登録されていない場合には 登録を依頼して下さい。 または，DNS に既に登録されているマシンから Anonymous FTP をご利用下さい。
(2222) 更新日：2012年4月12日
[getentry] getentry で取得できるデータの数に上限はありますか？
取得できるデータの数に上限はありません。
パラメータを指定することで，無制限に取得することができます。設定方法は以下の通りです。
[getentry web フォーム]
「上限」に「０」を入力して下さい。
[webAPI]
データ取得の上限を設定するパラメータ limit に「０」を指定して下さい。
例：アクセッション番号 FY736910 - FY762881( 25,972 entries)の検索結果を上限を無制限としてgz圧縮ファイルで出力
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=FY736910 - FY762881&filetype=gz&limit=0
パラメータの設定方法の詳細は，getentry ヘルプをご覧下さい。
大量のデータを取得する場合は，以下の点にご注意下さい。
[ブラウザに表示させる場合]
件数が多い場合，表示に時間がかかる場合があります。また，ブラウザの性能により全件表示できない場合がありますのでご注意下さい。
[gzファイルをダウンロードする場合]
ダウンロードの途中で接続切れ等が発生した場合，そこからのやり直しやレジューム機能はありません。大量のデータをダウンロードする際には条件を分割するなどして複数回に分けて取得し、１回あたりの対象エントリーを少なくすることをお勧めします。
DDBJ リリースやWGS などはFTPサイトよりダウンロードできますので、こちらをご利用下さい。
(2251) 更新日：2012年11月5日
[getentry/ARSA] 公開されているはずのアクセッション番号が検索できません
アクセッション番号による検索に用いている ID 番号が，国際塩基配列データベースが発行する アクセッション番号かどうか， 今一度ご確認下さい。 アクセッション番号ではなく，protein_id や NCBI の RefSeq の ID などを検索に用いていることがあります。
国際塩基配列データベースが発行するアクセッション番号の詳細は， 「国際塩基配列データベースのアクセッション番号」 をご覧下さい。
protein_id は，翻訳される CDS feature に対して国際塩基配列データベースが発行する ID です。 BAA12345（例）のように３文字のアルファベットと５つの数字で構成されています。 検索に用いている ID 番号が protein_id であった場合には， getentry， ARSA で検索可能です。
・getentry は番号指定のメニュー選択欄で [Protein ID] を選択する
・ARSA は Simple Search で Protein ID をそのまま入力する
RefSeq は，NCBI が国際塩基配列データベースのデータをもとに独自に運用している二次データベースです。 詳細は RefSeq のホームページ に掲載されていますので， こちらをご確認の上，検索を行なって下さい。 ご不明な点につきましては，RefSeq（info@ncbi.nlm.nih.gov）に直接お尋ね下さい。
上記に該当しない場合は，Q and A の以下の質問をご参照の上，必要な項目をお知らせ下さい。
[2-1-1] 期待している検索結果が得られません，検索方法が誤っているのでしょうか
[2-1-1] 論文にでているアクセッション番号が検索できません
(2225) 更新日：2012年9月4日
Request ID
入力内容送信後の画面に表示されますので，必ず控えて下さい。
[BLAST] 検索結果の見方を教えて下さい
検索結果は，下記の順に出力されます。
1. 相同性スコアの高い配列の順位表
2. 相同な配列とのアラインメント
3. パラメータと統計
詳細については以下の Q and A の質問より，BLAST の原著論文をご覧下さい。 また，BLAST の検索結果では，塩基配列の場合は，"|" は塩基配列が一致していることを意味します。 アミノ酸配列の場合は，一致しているアミノ酸が表示されます。 また，類似しているアミノ酸は "+" で表示されます。
[2-1-2]DDBJ の検索・解析ソフトの原著論文を紹介して下さい
[2-1-2]論文に DDBJ データベース利用を引用したいと思います。文献を紹介して下さい
下記の参考文献もご参照下さい。
･「改訂 第２版 バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法」（羊土社）
編集／中村保一，石川 淳，磯合 敦，平川美夏，坊農秀雅 ISBN978-4-7581-0811-9
･[BLAST] Ian Korf, Mark Yandell and Joseph Bedell, OREILLY
(2206) 更新日：2012年6月8日
[BLAST] 入力した配列の一部が「N」(X) に置き換わってしまいました
入力した配列が，BLAST プログラムによりフィルタリングされたためです。 フィルタリングにより，入力した配列のうち構造の複雑度が低い領域は "N"（アミノ酸配列の場合は "X"）に 置き換わります。 フィルタリングの詳細は，BLAST HELP の フィルター をご覧下さい。 フィルタリング機能を OFF にする場合は，設定画面の下の方にある「フィルター」オプションの ラジオボタンで OFF を選択して下さい。 なお，このオプションを OFF にすると検索時間が通常よりかかる場合がありますので，ご注意下さい。
(2207) 更新日：2012年9月4日
[BLAST/ClustalW] BLAST や ClustalW の検索結果中のアクセッション番号にリンクがないのですが，簡単に内容を見る方法はありますか?
以下の方法で，結果画面に表示されたアクセッション番号を getentry または UniProt で検索・表示させることができます。
1) 下記の link を右クリックして お気に入りやブックマークに登録しておく。
accession number を getentry で検索
タンパク質名，または accession number を UniProt で検索
2) 該当アクセッション番号のテキストを選択して，ブックマークを呼び出す。
DDBJ では，2012年3月のスーパーコンピュータのリプレースに伴い，BLAST ，ClustalW も新サービスとして提供を開始しておりますが，一部作業が間に合わず皆様にご迷惑をおかけしております。検索結果中のリンクについては，当面の代替機能として上記方法をご利用下さい。
(2232) 更新日：2012年9月14日
[ClustalW] 解析時に BOOTSTRAP を指定することはできますか
ClustalW は 2012年4月より，新システムに移行致しました。
新ClustalW では，全ての解析時に BOOTSTRAP の計算を実行致します。
出力ファイルの最後にある [Download Tree File] を選択して頂くと， .phb ファイルをダウンロードすることができます。
ただし，入力フォームで[FORMAT] と [CLUSTERING] の選択が以下の様な組み合わせのときには .phb ファイルは作成されません。
| [FORAMT] | [CLUSTERING] |
| PHYLIP | NJ |
| NEXUS | NJ |
| PHYLIP | UPGMA |
| NEXUS | UPGMA |
(2231) 更新日：2012年5月30日
[ClustalW] 3種類の記号 "*", ".", ":" の意味は何ですか
そのマークのついているサイトにアラインメントされているアミノ酸が，
"*"では，完全に一致している
":"では，強い類似性のあるグループに属している
"."では，弱い類似性のあるグループに属している
ということを示しています。 強い弱いの基準は，PAM250 MATRIX において，アミノ酸間のスコアが0.5より大きいか，0.5以下かで分けています。 README 抜粋中の
STA
NEQK
:
は，横一行がその印がつくときのアミノ酸のグループを現しています（アミノ酸の一文字記号で書かれています）。
ClustalW のソースパッケージに含まれる README に，以下のような記述があります。
---------------------------------------------------------------------------
12. The conservation line output in the clustal format alignment file has beenchanged.
Three characters are now used:
'*' indicates positions which have a single, fully conserved residue
':' indicates that one of the following 'strong' groups is fully conserved:-
STA NEQK
NHQK
NDEQ
QHRK
MILV
MILF
HY
FYW
'.' indicates that one of the following 'weaker' groups is fully conserved:-
CSA
ATV
SAG
STNK
STPA
SGND
SNDEQK
NDEQHK
NEQHRK
FVLIM
HFY
These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet Pam250
matrix. The strong and weak groups are defined as strong score >0.5 and weak
score =<0.5 respectively.
---------------------------------------------------------------------------
(2216) 更新日：2012年11月6日
[ClustalW] TreeView をダウンロードしたい
TreeView は TreeView のホームページから入手できます。 TreeView のマニュアルもこちらのサイトにありますのでご覧下さい。
※Mac OSX をご利用の方は [Linux/Unix版] をダウンロードして下さい。
(2218) 更新日：2012年11月6日