DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp DNA Data Bank of Japan Wed, 19 Jun 2013 08:40:26 +0000 en-US hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.5.1 DDBJ メールマガジン No.54 配信 http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1465.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1465.html#comments Tue, 02 Nov 2010 00:35:43 +0000 fhirata http://ddbj-temp.nig.ac.jp/?p=1465 DDBJ では，メールマガジンを配信しています。11月1日に 第54号 を配信しました。今回の記事は，2011年1月17-18日開催予定の「DDBJing 講習会 in 長浜」，より迅速なアクセッション番号発行のための 「ユーザーの皆様へ，お願いです！」 や 「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介（４）」 などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1465.html/feed 0 RefSeq のデータが BLAST(WebAPI) に追加 http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1461.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1461.html#comments Tue, 02 Nov 2010 00:33:32 +0000 fhirata http://ddbj-temp.nig.ac.jp/?p=1461
下記の RefSeq のデータが BLAST（WebAPI 経由） の参照データベースに追加されました。詳細は，Web API サービス をご覧下さい。

  • Reference genomic sequences
  • Reference mRNA sequences
  • Reference protein sequences
]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1461.html/feed 0 (10/26) SAKURA でのテンプレートの削除について http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/765.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/765.html#comments Fri, 01 Oct 2010 02:21:12 +0000 admin http://cib-ddbj.genes.nig.ac.jp/wp_tst1/?p=765 ＳＡＫＵＲＡ は DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。塩基配列や，その生物学的な機能と特徴，参考文献，登録者の氏名や所属などの情報をを対話形式で入力し登録することが可能です。SAKURA は 1995年に公開されましたが，国際実務者会議での決定や，登録データの変化などに対応して継続的に改良され続けています。

このたび，生物名入力画面の改善をおこなうこととなり，それに伴い以下の変更をおこないますのでご注意ください。

実施日： 2010年10月26日（火）9:00頃
変更内容： (1) テンプレートの削除
これまで保存されているテンプレートを全て削除いたします。変更実施後はテンプレートを呼び出すことができなくなりますので，必要に応じて，テンプレートの内容をメモするなどの対応をお願いいたします。
(2) テンプレートの保存期間が「作成日より6ヶ月」に変更
新規に作成されるテンプレートについては，6ヶ月を経過したものは自動的に削除されます。
備考： (1) この変更に伴うサービスの停止はありません。
(2) SAKURA での新しい入力方法等については，変更実施後のSAKURA のヘルプページ等をご参照ください。

ユーザの皆さまにはご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2010年9月30日

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/765.html/feed 0 初の日本人全ゲノム配列データが DDBJ Sequence Read Archive から公開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1453.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1453.html#comments Thu, 28 Oct 2010 00:31:28 +0000 fhirata http://ddbj-temp.nig.ac.jp/?p=1453 国際ハップマッププロジェクト で用いられた日本人男性の全ゲノム配列が 理化学研究所 ゲノム医科学研究センター によって解析されました。この研究プロジェクトにより，約313万個の1塩基多様性(SNVs: single nucleotide variations)，10 kb より小さい約5,300 個の欠失，さらに，計3 Mb のヒトゲノム参照配列にない新規ゲノム配列が発見されました（理化学研究所 プレスリリース）。

DDBJ Sequence Read Archive は，これらの解析のもととなる Illumina genome analyzer II のシークエンスデータを DRA000222 として公開いたしました。

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1453.html/feed 0 ＳＡＫＵＲＡ 生物情報の入力方法が変更 http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1458.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1458.html#comments Mon, 01 Nov 2010 00:32:39 +0000 fhirata http://ddbj-temp.nig.ac.jp/?p=1458 SAKURA は，DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。
生物名入力画面の改善をおこなうこととなり，2010年10月26日から SAKURA の生物情報の入力方法が変更になりました。詳細は，SAKURA からの配列データ登録に際して をご覧下さい。実際の入力方法は，SAKURA へ登録開始後に表示されるヘルプページをご参照下さい。

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/archives/1458.html/feed 0 DDBJ Rel. 93.0, DAD Rel. 63.0 Completed http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130611-e.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130611-e.html#comments Tue, 11 Jun 2013 06:19:10 +0000 fhirata http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=31347
DDBJ Rel. 93.0

DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 63.0

  • Date: Jun. 11, 2013
  • 27,454,545 entries     8,076,539,495 aa (total number of residues)
  • DAD Release Note
]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130611-e.html/feed 0 DDBJ リリース 93.0，DAD リリース 63.0 完成　 http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130611-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130611-j.html#comments Tue, 11 Jun 2013 06:13:40 +0000 fhirata http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=31337 DDBJ リリース 93.0


DAD (DDBJ amino acid database) リリース 63.0

  • 公開日：2013年6月11日
  • エントリ数：27,454,545     総アミノ酸残基数：8,076,539,495aa
  • DAD Release Note
]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130611-j.html/feed 0 (Jun 6, 17:30-) All DDBJ web services unavailable for supercomputer maintenance(Resumed) http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn13060602-e.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn13060602-e.html#comments Thu, 06 Jun 2013 08:47:24 +0000 jukohira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=31127 Due to emrgency maintenance works of NIG super computer system, DDBJ network services will be unavailable around 17:30 (JST) of today (June 6, 2013).
Detailed suspension schedule will be announced on this DDBJ HP soon.

Scheduled (JST) Services
Jun. 6 (Thu), 17:30 (JST) - Jun. 07 (Fri), 10:00
(Resumed)		 DDBJ HP
Jun. 6 (Thu), 17:30 (JST) - Jun. 07 (Fri), 12:00
(Resumed)		 · getentry
· ARSA
· D-way
· DRA Search
· BioProject Search
· BLAST
· ClustalW
· DDBJ Nucleotide Sequence Submission System

DDBJ apology for your inconvenience.Thank you for your cooperation and understanding.


June 6, 2013 at 17:45(JST)

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn13060602-e.html/feed 0 (6/6 17:30-) DDBJ 全ウェブサービスの一時停止（再開済） http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn13060602-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn13060602-j.html#comments Thu, 06 Jun 2013 08:28:56 +0000 jukohira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=31118
国立遺伝学研究所 NIG SuperComputer の緊急メンテナンスのため，本日(2013.06.06) 17 時30分頃より DDBJ の全公開サービスを停止いたします。

停止期間 サービス名
6月6日(木) 17:３0～6月7日(金) 10:00（再開済） ・DDBJ HP
6月6日(木) 17:３0～6月7日金) 12:00（再開済） ・getentry
・ARSA
・D-way
・DRA Search
・BioProject Search
・BLAST
・ClustalW
・DDBJ 塩基配列登録システム

緊急の作業のため，皆さまには大変なご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2013年6月6日　17時30分

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn13060602-j.html/feed 0 (Jun 6) DDBJ services unavailable for emrgency maintenance of super computer http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130606-e.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130606-e.html#comments Thu, 06 Jun 2013 07:49:54 +0000 jukohira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=31105 Due to emrgency maintenance works of NIG super computer system, DDBJ network services will be unavailable from 19:00 (JST) of today (June 6, 2013).
Detailed suspension schedule will be announced on this DDBJ HP soon.


DDBJ apology for your inconvenience.Thank you for your cooperation and understanding.


June 6, 2013

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn130606-e.html/feed 0