DDBJ

DDBJ メールマガジン No.54 配信

fhirata — Tue, 02 Nov 2010 00:35:43 +0000

DDBJ では，メールマガジンを配信しています。11月1日に第54号を配信しました。今回の記事は，2011年1月17-18日開催予定の「DDBJing 講習会 in 長浜」，より迅速なアクセッション番号発行のための「ユーザーの皆様へ，お願いです！」や「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介（４）」などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページで簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

RefSeq のデータが BLAST(WebAPI) に追加

fhirata — Tue, 02 Nov 2010 00:33:32 +0000

下記の RefSeq のデータが BLAST（WebAPI 経由）の参照データベースに追加されました。詳細は，Web API サービスをご覧下さい。

Reference genomic sequences
Reference mRNA sequences
Reference protein sequences

(10/26) SAKURA でのテンプレートの削除について

admin — Fri, 01 Oct 2010 02:21:12 +0000

ＳＡＫＵＲＡは DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。塩基配列や，その生物学的な機能と特徴，参考文献，登録者の氏名や所属などの情報をを対話形式で入力し登録することが可能です。SAKURA は 1995年に公開されましたが，国際実務者会議での決定や，登録データの変化などに対応して継続的に改良され続けています。

このたび，生物名入力画面の改善をおこなうこととなり，それに伴い以下の変更をおこないますのでご注意ください。

実施日： 2010年10月26日（火）9:00頃
変更内容： (1) テンプレートの削除
これまで保存されているテンプレートを全て削除いたします。変更実施後はテンプレートを呼び出すことができなくなりますので，必要に応じて，テンプレートの内容をメモするなどの対応をお願いいたします。
(2) テンプレートの保存期間が「作成日より6ヶ月」に変更
新規に作成されるテンプレートについては，6ヶ月を経過したものは自動的に削除されます。
備考： (1) この変更に伴うサービスの停止はありません。
(2) SAKURA での新しい入力方法等については，変更実施後のSAKURA のヘルプページ等をご参照ください。

ユーザの皆さまにはご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2010年9月30日

初の日本人全ゲノム配列データが DDBJ Sequence Read Archive から公開

fhirata — Thu, 28 Oct 2010 00:31:28 +0000

国際ハップマッププロジェクトで用いられた日本人男性の全ゲノム配列が理化学研究所ゲノム医科学研究センターによって解析されました。この研究プロジェクトにより，約313万個の1塩基多様性(SNVs: single nucleotide variations)，10 kb より小さい約5,300 個の欠失，さらに，計3 Mb のヒトゲノム参照配列にない新規ゲノム配列が発見されました（理化学研究所プレスリリース）。

DDBJ Sequence Read Archive は，これらの解析のもととなる Illumina genome analyzer II のシークエンスデータを DRA000222 として公開いたしました。

ＳＡＫＵＲＡ生物情報の入力方法が変更

fhirata — Mon, 01 Nov 2010 00:32:39 +0000

SAKURA は，DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。
生物名入力画面の改善をおこなうこととなり，2010年10月26日から SAKURA の生物情報の入力方法が変更になりました。詳細は，SAKURA からの配列データ登録に際してをご覧下さい。実際の入力方法は，SAKURA へ登録開始後に表示されるヘルプページをご参照下さい。

MiGap renewal from DDBJ

jukohira — Wed, 02 May 2012 07:05:55 +0000

MiGAP (Microbial Genome Annotation Pipeline) is a mechanical annotation tool which provides novice and old pro alike to microbial contigs and genomes.
The service was resumed on May 1, 2012 , from DDBJ website.
http://migap.ddbj.nig.ac.jp

To use the service, users needs an account to login the MiGap site.
Please get an account from Apply the use of Web service of Apply the use of super computer system (in Japanese).

Manual:
How to Use MiGAP 　(in Japanese)

Note: At present, only new annotation is available　(View of old results which had been annotated before Feb. 2012 is in preparation).

MiGap がDDBJ より再開

jukohira — Wed, 02 May 2012 07:02:51 +0000

MiGap (Microbial Genome Annotation Pipeline) 　は，微生物ゲノム配列に自動的にアノテーションを付加するパイプラインツールです。
2012年5月1日より DDBJ での利用が可能になりました。
http://migap.ddbj.nig.ac.jp

MiGapの利用を希望される場合には，　スーパーコンピュータシステムの利用申込ページの「Webサービスの利用申込: 新規申込」よりアカウントを取得してください。（既にスパコンアカウントを登録済みの方は，同じアカウントで利用できますので登録の必要はありません）。

利用方法の参考：
MiGAP～微生物ゲノム注釈ツール利用法（「第25回DDBJing 講習会　in 三島」講義資料）

注）ご利用は，現在は新規解析のみ可能です。2012年2月中旬までの解析結果の参照につきましては準備中です。

DRA と BioProject の動画マニュアルを公開

ykodama — Fri, 27 Apr 2012 07:16:19 +0000

DDBJ Sequence Read Archive と BioProject の動画マニュアルを公開しました。

DDBJ Sequence Read Archive

データの登録１～必要なデータ～
データの登録２～データの登録～
データの登録３～データの転送～ Windows Mac
データの登録４～鍵ペアの作成～ Windows Mac

BioProject

BioProject ～データベースの紹介とプロジェクトの登録～

Youtube 版はこちらです。

DDBJ メールマガジン No.70 配信

fhirata — Wed, 25 Apr 2012 02:49:25 +0000

No. 70 (2012年4月24日発行) は，こちらへ

【目次】
（DDBJ サービスの状況について（4/20時点での新システムへの移行後の状況）
Q and A 内検索機能を追加
(4/23-26) DRA, BioProject 関連システムの一部停止
大量データの公開

ホームページからもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込・変更ページで簡単に手続きができますので，
この機会に是非お申し込み下さい。

"Cherry blossom front"

fhirata — Fri, 20 Apr 2012 02:54:09 +0000

Cherry blossoms start blooming first in the southern part of Japan. And they move up north.
Although the blossoms are gone in a week, a person traveling north with the "Cherry blossom front" would be able to enjoy the blossoms for about three months.
This year, cherry trees in Shizuoka first bloomed on March 24.
Cherry blossoms will be in full bloom from the end of this month to the beginning of May in Tohoku and Hokkaido.

DDBJ issues DDBJ Mail Magazine (No.68, 69 & 70). If you have any questions and suggestions about Mail Magazine, please do not hesitate to write to us.
We would like to hear from you.