DDBJ

DDBJ メールマガジン No.54 配信

fhirata — Tue, 02 Nov 2010 00:35:43 +0000

DDBJ では，メールマガジンを配信しています。11月1日に第54号を配信しました。今回の記事は，2011年1月17-18日開催予定の「DDBJing 講習会 in 長浜」，より迅速なアクセッション番号発行のための「ユーザーの皆様へ，お願いです！」や「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介（４）」などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページで簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

RefSeq のデータが BLAST(WebAPI) に追加

fhirata — Tue, 02 Nov 2010 00:33:32 +0000

下記の RefSeq のデータが BLAST（WebAPI 経由）の参照データベースに追加されました。詳細は，Web API サービスをご覧下さい。

Reference genomic sequences
Reference mRNA sequences
Reference protein sequences

(10/26) SAKURA でのテンプレートの削除について

admin — Fri, 01 Oct 2010 02:21:12 +0000

ＳＡＫＵＲＡは DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。塩基配列や，その生物学的な機能と特徴，参考文献，登録者の氏名や所属などの情報をを対話形式で入力し登録することが可能です。SAKURA は 1995年に公開されましたが，国際実務者会議での決定や，登録データの変化などに対応して継続的に改良され続けています。

このたび，生物名入力画面の改善をおこなうこととなり，それに伴い以下の変更をおこないますのでご注意ください。

実施日： 2010年10月26日（火）9:00頃
変更内容： (1) テンプレートの削除
これまで保存されているテンプレートを全て削除いたします。変更実施後はテンプレートを呼び出すことができなくなりますので，必要に応じて，テンプレートの内容をメモするなどの対応をお願いいたします。
(2) テンプレートの保存期間が「作成日より6ヶ月」に変更
新規に作成されるテンプレートについては，6ヶ月を経過したものは自動的に削除されます。
備考： (1) この変更に伴うサービスの停止はありません。
(2) SAKURA での新しい入力方法等については，変更実施後のSAKURA のヘルプページ等をご参照ください。

ユーザの皆さまにはご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2010年9月30日

初の日本人全ゲノム配列データが DDBJ Sequence Read Archive から公開

fhirata — Thu, 28 Oct 2010 00:31:28 +0000

国際ハップマッププロジェクトで用いられた日本人男性の全ゲノム配列が理化学研究所ゲノム医科学研究センターによって解析されました。この研究プロジェクトにより，約313万個の1塩基多様性(SNVs: single nucleotide variations)，10 kb より小さい約5,300 個の欠失，さらに，計3 Mb のヒトゲノム参照配列にない新規ゲノム配列が発見されました（理化学研究所プレスリリース）。

DDBJ Sequence Read Archive は，これらの解析のもととなる Illumina genome analyzer II のシークエンスデータを DRA000222 として公開いたしました。

ＳＡＫＵＲＡ生物情報の入力方法が変更

fhirata — Mon, 01 Nov 2010 00:32:39 +0000

SAKURA は，DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。
生物名入力画面の改善をおこなうこととなり，2010年10月26日から SAKURA の生物情報の入力方法が変更になりました。詳細は，SAKURA からの配列データ登録に際してをご覧下さい。実際の入力方法は，SAKURA へ登録開始後に表示されるヘルプページをご参照下さい。

Temporary suspension of databank activities(as of Feb. 15)

jukohira — Thu, 16 Feb 2012 08:26:13 +0000

The computer system in the National Institute of Genetics will be replaced with an upgraded one by March, 2012. Consequently, DDBJ fulfills the provision of high-speed search and/or analysis systems, data submission systems corresponding for the explosive data increase, and other new services.

According to this replacement, currently, some DDBJ services are being suspended as of February 15, 2012.

(Important) Notice for the temporary suspension of databank activities

Under suspention (resume will be notified at DDBJ HP)

Data retrieval and analyses

BLAST & ClustalW

Resume is scheduled for the middle of March, after running the new supercomputer system. Before the services are resumed, as alternative way, please visit
NCBI BLAST, EBI-ClustalW，Genomenet-ClustalW(Kyoto Univ.)

DDBJ Read Annotation Pipeline

Web API

GIB · GIB-V

GTOP

PMD

Data submission

Mass submission via massFTP

Continuously provided services

DDBJ HP

DDBJ HP view by WWW

DDBJ HP update (news, notices, etc)

Data submission, update, and release

SAKURA data submission

Mass data submission (other than massFTP)

Issue of Accession Nos.

Data update,and data release

DRA/DTA/Bioproject data submission, update,release and data retrieval

CIBEX data submission, update,release and data retrieval

Data retrieval and analyses

GTPS

Currently provided as new services (from Feb.15)

getentry

ARSA

Termination of services (as of Feb. 24, 2012)

NIG supercomputer system (supernig)

Public use of new supercomputer system will be started from early April. Call for entries will be notified at the DDBJ HP in the middle of March.

DDBJ sincerely apologizes for your inconvenience.
Thank you very much for your understanding and cooperation.

DDBJ サービスの中断・変更について（2/15 現在の状況）

snagira — Thu, 16 Feb 2012 08:13:40 +0000

日頃より DDBJ をご利用頂きましてありがとうございます。

国立遺伝学研究所では，2012年3月にスーパーコンピュータシステムの新システムへの更新（リプレース）を予定しています。新システムへの移行により，DDBJ では，データ登録受付件数の増加への対応，検索・解析サービスの高速化，新サービスの提供を実現いたします。

（参考）（重要）スーパーコンピュータシステムの移行に伴うサービスの中断・変更など (2012.02.03)

新システムへの移行に伴い，2012年2月15日15時より，国立遺伝学研究所ならびにDDBJ の一部の現行サービスを一時中断（一部サービスについては終了）しております。

休止中のサービス・業務（再開日程は決まり次第，当ホームページに掲載）

検索・解析

BLAST・ClustalW

（3月中旬　新スパコン稼働開始後に再開予定です。お急ぎの場合は，
NCBI BLAST, EBI-ClustalW，Genomenet-ClustalW（京都大学）をご利用ください）

DDBJ Read Annotation Pipeline

Web API

GIB・GIB-V

GTOP

PMD

塩基データ登録受付

massFTP を利用した大量データ登録

（データは，メールの添付またはメディアにてお送りください）

中断しないで続行するサービス・業務

DDBJ HP

HP の閲覧

HP の更新

塩基データ登録受付・公開・更新業務

SAKURA での受付

大量データ登録での受付（massFTP を利用しない場合）

アクセッション番号発行

データ公開・更新業務など

DRA, DTA, Bioproject 受付・更新・公開業務, データ検索

CIBEX 受付・更新・公開業務, データ検索

検索・解析

GTPS

新サービスに移行済み

エントリ検索・キーワード検索

getentry

ARSA

2月24日にサービス終了し，新スパコン利用サービスとして再開予定

国立遺伝学研究所　大型計算機(supernig)

新スパコンの一般利用は 4月上旬より開始予定です。ユーザの募集はDDBJホームページにて3月上旬頃にお知らせいたします

DDBJ provides a new entry retrieval system from Feb.15, 2012

jukohira — Tue, 14 Feb 2012 08:46:02 +0000

Integrated entry retrieval system

DDBJ has provided the following 2 indepedent entry search/retrieval systems through WWW　so far.

1. entry retrieval by database specific IDs : getentry
2. keyword search : ARSA

With the computer system replacement in NIG scheduled in March 2012, these 2 functions are unified to "ARSA".

Current individual functions of getentry and ARSA are provided as webAPI as well as web application .
Although DDBJ users can select preferable one (web application or WebAPI), WebAPI is convenient method.

New getentry and New ARSA

Details will be notified on this web site soon.

Change of creating links to DDBJ entries

DDBJ has provided the method to create links from your web contents to the DDBJ flat files, using getentry. Because of the transition of getentry to the new system, this method is also changed from February 15, 2012.

If you currently set the links to the DDBJ entries, please change the settings according to the following description.

(1) GET method

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=database name&accession_number=accession number&additional parameters (optional)

(2) smart URL

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/database name/accession number

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/database name/accession number/?additional parameters (optional)

Note: This new method is effective as of February 15, 2012.

(Feb. 25) NIG and DDBJ network temporary down

snagira — Tue, 14 Feb 2012 07:51:38 +0000

NIG (National Institute of Genetics) and DDBJ network will be unavailable at the following schedule, due to the preliminary works for the computer system replacement in NIG scheduled in March, 2012.

Date: Feb. 25 (Sat), 2012 at AM 9:00 - AM 11:00 (JST)

Thank you for your cooperation and understanding.

(2/25) 国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークの中断

snagira — Tue, 14 Feb 2012 06:42:27 +0000

新システムへの移行に伴い，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークを一時中断します。

作業日時：2012年2月25日(土) 午前 9:00 ～午前 11:00
作業内容：ネットワーク切り替えのため

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。