「DDBJの利用法」補助資料および内容更新

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書名：『DDBJの利用法』
著者：五條堀孝、菅原秀明　編著　著者紹介
発行日：2005年５月２５日
出版社：共立出版　新刊案内
ISBN 4-320-05629-9
定価：本体価格2700円＋税

本書の構成

  • まえがき

  • 第１章　DDBJの利用法

    • 1.1　DDBJウェブページの利用法
    　　９頁　図1.1　 DDBJウェブサイトのトップページ　＜現在のページ＞
    　　11頁　図1.5　 DDBJメールマガジン　＜最新号＞
    　　12頁　図1.6　DDBJウェブサイトの左カラム　＜サイトマップ＞ 　
    　　ARSAが（検索・解析）に付け加えられました。
    　　13頁　図1.9　統計情報　＜現在のページ＞
    　　14頁　図1.11　Q and A　＜現在のページ＞
    1.2　DDBJウェブページの舞台裏
    1.3　DDBJ利用者との接点

  • 第２章　国際塩基配列データファイルの構造

    • 2.1　はじめに
    2.2　Feature Table Definition (FTD)　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.1　 LOCUS　＜現在の説明ページ＞
    　　24頁　表2.1　区分の分類
    　　 MGA とは，division ではなく category です。
    　　現在，INSDC が提唱するcategory は４つあり，プライマリーデータとして MGA データ,
    　　WGS データ, その他のデータに分けられており，それとは別にTPA データ(Third Party
    　　Annotation) があります。
    　　DDBJ ではこれらの category ごとに２０の共通の divisionを設置しております。
    　　３つのプライマリーデータは発行されるアクセッション番号によって識別可能です。
    　　・MGA データ：アルファベット５文字＋数字７桁（１２桁）
    　　・WGS データ：アルファベット４文字＋数字８桁（１２桁）
    　　・その他のデータ：アルファベット２文字＋数字６桁，
    　　又はアルファベット１文字＋数字５桁（８桁，６桁）
    　2.2.2 　DEFINITION　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.3　 ACCESSION　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.4　 VERSION　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.5　 SOURCE　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.6　 ORGANISM　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.7　 REFERENCE 1　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.8　 AUTHORS　
    　2.2.9　 TITLE　
    　2.2.10　 REFERENCE 2　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.11　 COMMENT　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.12　 FEATURES　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.13　 BASE COUNT　＜現在の説明ページ＞
    　2.2.14　 ORIGIN　＜現在の説明ページ＞
    2.3　むすび

  • 第３章　データ登録

    • 3.1　ウェブからのデータ登録システム SAKURA　
    　　＜SAKURAの利用上の注意および制限＞
    　　＜SAKURAにおけるデータ登録の流れ＞
    　　34頁　図3.1　 SAKURAのトップページ　＜現在のページ＞
    　3.1.1　コンタクトパーソン情報の登録
    　3.1.2　公開予定日の入力
    　3.1.3　論文情報の入力
    　3.1.4　塩基配列の入力
    　3.1.5　生物名および生物に関する情報の入力
    　3.1.6　配列付加情報
    3.2　大量登録システム　＜現在のページ＞
    　3.2.1　大量登録システムの特徴
    　3.2.2　アノテーションファイルと配列ファイル
    　　52頁　図3.27　 DDBJにおけるフィーチャーおよびクオリファイヤーについての説明ページ　＜現在のページ＞
    3.3　WGSとTPAの登録
    　3.3.1　 WGS (whole genome shotgun) 登録について　＜現在のページ＞
    　3.3.2　 TPA (third party annotation) 登録について　＜現在のページ＞
    　　54頁　図3.29　 TPA登録用 SAKURAのメインページ　＜現在のページ＞
    　　54頁　図3.30　 TPAファイルの例　＜現在のページ＞

  • 第４章　データ検索

    • 4.1　アクセッション番号による検索
    　4.1.1　おすすめツールは getentry
    　4.1.2　 getentry 基本中の基本
    　　58頁　図4.1　 getentryの検索ページ　＜現在のページ＞
    　4.1.3　その他の機能
    　4.1.4　いくつかの検索例
    　4.1.5　検索できない.....
    　4.1.6　もう１つの活躍の場
    4.2　キーワード検索
    　　　＜新しい検索システム ARSA の紹介＞
    　4.2.1　少し複雑な検索には SRS   (2008年12月26日サービス終了)
    　　64頁　図4.6　 SRSのページ
    　4.2.2　 SRSのページに行ってみよう
    　4.2.3　検索方法初級編---- Quick Search
    　4.2.4　検索方法中級編----Advanced Search
    　4.2.5　検索方法上 級編----検索式を直接指定する
    　4.2.6　解析ツールと連携させて使う
    4.3　相同性検索
    　4.3.1　相同性検索とは何か　＜現在のページ＞
    　4.3.2　塩基置換行列・アミノ酸置換行列とスコア
    　4.3.3　 SSEARCH, S & W SEARCH　検索・解析サービスは終了しました。
    　4.3.4　FASTA　検索・解析サービスは終了しました。
    　4.3.5　BLAST＜現在のページ＞
    　　参考文献
    4.4　ゲノム情報の検索
    　4.4.1　 GIB (genome information broker)の利用
    　　89頁　図4.28　 GIBのメインページ　（※一時中断）
    　4.4.2　ヒト完全長 cDNAデータベースの利用
    　　92頁　図4.32　ヒト完全長cDNAデータの公開ページ　（※一時中断）
    　　93頁　図4.34　 JBIRCサーバーでの表示例
    4.5 タンパク質データ
    　4.5.1　はじめに
    　4.5.2　 PDB Retriever   (2008年11月14日サービス終了)
    　　95頁　図4.35　PDB Retrieverのトップ画面
    　4.5.3　 PMD (protein mutant database)
    　　97頁　図4.37　PMDのトップ画面　（※一時中断）
    　4.5.4　 GTOP
    　　102頁　図4.41　 GTOPのトップ画面　（※一時中断）
    　4.5.5　立体構造表示ツール
    　4.5.6　おわりに
    　参考文献

  • 第５章　塩基配列・アミノ酸配列データ解析

    • 5.1 マルチブルアラインメント
    　5.1.1　はじめに
    　5.1.2　マルチブルアラインメントとは
    　5.1.3　Clustal Wについて
    　5.1.4　Clustal W を使用するには
    　　111頁　図5.4　 DDBJで公開している Clustal Wの画面　（※一時中断）
    　　113頁　図5.5　 Clustal Wで解析可能な配列データ形式の一例　（※一時中断）
    　5.1.5　解析結果について
    　5.1.6　マルチブルアラインメントを行なう際の注意点
    　5.1.7　おわりに
    　参考文献
    5.2 進化系統解析
    　5.2.1　はじめに
    　5.2.2　系統樹とは
    　5.2.3　アラインメントデータからの系統樹作成へ
    　5.2.4　系統樹の信頼度の評価方法
    　5.2.5　 Clustal W による系統樹作成方法
    　5.2.6　解析結果ならびに系統樹閲覧方法
    　5.2.7　おわりに
    　参考文献
    5.3 同義置換速度・非同義置換速度の比較による自然選択の検出
    　5.3.1　同義置換と非同義置換
    　5.3.2　 Nei と Gojobori の方法
    　5.3.3　ウインドウ解析法
    　5.3.4　単一座位解析法
    　参考文献

  • 第６章　タンパク質・発現データ解析

    • 6.1 タンパク質構造へのアプローチ
    　6.1.1　はじめに
    　6.1.2　タンパク質の立体構造予測
    　6.1.3　フォールド認識法
    　6.1.4　LIBRAによるフォールド予測
    　　137頁　図6.1　 LIBRAのトップページ
    　6.1.5　 LIBRA によるアミノ酸配列検索   (2008年11月14日サービス終了)
    　6.1.6　２次構造予測
    　6.1.7　 SSThread を使った２次構造予測
    　　141頁　図6.4　
    　　 SSThread サービス（3D-1D 法を用いたタンパク質の二次構造予測）は2007年2月23日をもって終了いたしました。
    　6.1.8　構造予測の利用に関する注意
    　参考文献
    6.2 多彩な生物の遺伝子発現情報を知る
    　6.2.1　 EST とは何か？
    　6.2.2　 EST 区分の構成
    　6.2.3　塩基配列の特徴
    　6.2.4　ライブラリーの特徴
    　6.2.5　遺伝子へのマップ情報、遺伝子別のクローン数（発現量）情報
    　6.2.6　 EST 区分のボデイマップ化
    　6.2.7　これからの課題
    　参考文献

  • 第７章　情報資源の活用

    • 7.1　XML
    7.2　DDBJの新しいサービス：Webサービス
    　7.2.1　これまでのウェブサイト
    　　162頁　図7.11　 DDBJが提供する Webサービス一覧
    　7.2.2　DDBJが提供する Web サービス　（※一時中断）
    　7.2.3　利用者側の環境と実行例
    　7.2.4　 Proxy サーバー経由で接続するには
    　7.2.5　長時間ジョブの実行
    　7.2.6　非同期接続の方法
    　7.2.7　大量の実行結果を受け取るには
    　7.2.8　これからのウェブサイト
    　参考文献

  • 索引

著者紹介
五條堀　孝（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　遺伝情報分析研究室）
菅原　秀明（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　データベース運用開発研究室）
斎藤　成也（国立遺伝学研究所　集団遺伝研究部門）
舘野　義男（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　遺伝子機能研究室）
宮崎　智　（東京理科大学　薬学部　薬学科）
深海-小林薫（理化学研究所バイオリソースセンター）
鈴木　善幸（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　遺伝情報分析研究室）
福地佐斗志（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　大量遺伝情報研究室）
飯塚　高康（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　遺伝子発現解析研究室）
渡邊　康司（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　遺伝子発現解析研究室）
大久保公策（国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ研究センター　遺伝子発現解析研究室）

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