国内

• 科学技術振興機構 (JST)
• 革新的細胞解析研究プログラム（セルイノベーション）

• かずさ DNA 研究所
  

• Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)
  
• ゲノム ELSI ユニット 大阪大学
• ゲノム支援 文部科学省科学研究費新学術領域研究『生命科学系３分野支援活動』
• GenomeNet 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
• 産業技術研究所 (AIST)
  
• 生命情報工学研究センター (CBRC) 産業技術総合研究所
  
• 蛋白質研究奨励会

• 統合データベースプロジェクト
  
• ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)
• 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) 大阪大学蛋白質研究所

• NIAS DNA Bank (NIAS) 農業生物資源研究所
• ヒト遺伝子アノテーション統合データベース (H-Inv DB)
• ヒトゲノム解析センター (HGC) 東京大学医科学研究所
• バイオメディシナル情報研究センター (BIRC)
• ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)

• RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC)
• RIKEN Genomic Sciences research Complex (GSC)

海外

• Broad Institute
• The Ensembl project (Ensembl)

• European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
• ExPASy
• The Genome Center Washington University
• National Center for Biotechnology Information (NCBI)
• The organelle genome database (GOBASE) Universite de Montreal
• Protein Information Resource (PIR)
• UniProt
• UniProtKB
• Wellcome Trust Sanger Institute
• Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)
  ⇒ 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) をご利用下さい。