第16回国際実務者会議報告

CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank 国際 DNA データバンクは, DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース共同構築の運営・推進をはかるために, 国際諮問委員会と国際実務者会議を年１回開催しています。

2003 年は NCBI のあるメリーランド州ベセスダで第16回国際実務者会議 (5月19日-21日) と, 第14回国際諮問委員会 (5月22日-23日) が開催されました。DDBJ からは国際実務者会議に５名の, 国際諮問委員会に３名のスタッフが出席しました。

国際実務者会議では, DDBJ, EMBL, GenBank 三極がその活動の年次報告を行なった後, 国際塩基配列データベース運用上の実務的な問題を検討しました。会議で決定した主な事項は次の通りです。

動向

現在, 塩基配列の長さは１エントリを 350kb 以下にする規則ですが, 昨年の決議を受けた検討の結果, 来年を目処にこの制限を撤廃する方針で合意しました。
この件に関しましては, 後に DDBJ, EMBL, GenBank 共同で正式な広報を行ないます。

DDBJ, EMBL, GenBank はこれまで, それぞれ独自の XML フォーマットによるデータセットの提供をして参りましたが, これを共通化する方向で DTD と XML フォーマットを検討することを決定しました。
現在のプレーンテキストのフラットファイルに代わり得るものとして, 平均的な利用者が容易に利用可能なように, 比較的単純な構造を目指します。

Whole Genome Shotgun (WGS) の登録受付基準と公開方針に関する意見交換と確認, 更新と維持に関する検討がなされました。

Third Party Annotation (TPA) の登録受付基準と公開方針に関する意見交換と確認がなされました。

Feature/Qualifier に関する決定

詳細な塩基配列の決定を行なっていない, もしくは, 決定が困難な状態にある領域を示すために, gap feature と /estimated_length qualifier が新設されます。

source feature に記述可能な qualifier として /ecotype が新設されます。
定着性の生物 (主として植物) の種内において遺伝学的に区別される集団に, その生息場所に基づいて割り当てた名称を記述するために用います。

プラスミドが接合, あるいは, 動態化する過程における転移開始点の情報を記述するために oriT feature を追加します。

オペロンの情報を記述するために operon feature と /operon qualifier を追加します。

/allele qualifier を /gene qualifier が記述可能なすべての feature で記述可能に拡張します。

その他

近年のオンラインジャーナルの増加に対応すべく, オンラインジャーナルを示すためのフォーマットを統一し, electronic resource を表す [er] というタグを付加することを決定しました。