最終更新日:2016.5.19.

国際実務者会議報告一覧

第28回 国際実務者会議 2015年5月19-21日 米国ベセスダ

DDBJ, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は、その共同事業の運営・推進を図るために、国際実務者会議を年1回開催しています。
2015年は 5月19日-21日に NCBI で開催され、DDBJENAGenBank、Sequence Read Archive (SRA)、Trace Archive を運営する上での実務的な問題を討論しました。
会議の報告を以下に まとめました。

検討事項と今後の課題

ヒトに由来するデータの扱い
HeLa 細胞に由来するデータGenomic Data Sharing (GDS) ポリシー、クラウドにおけるデータ解析の扱いなど NIH における取り組みについて紹介を受け、ヒトに由来するデータの登録について話し合いました。
INSDC Data Status
各拠点間のデータ交換について、特に公開状態を示す status の情報交換、拠点間の replaced と SRA における suppressed の扱いについて検討しました。
Assembly (Genomic Collection)
2012 年から続く連携について実務上の課題を話し合いました。
SRA データ増大への対応
データ増加に対応するためのデータ圧縮手法として cSRA (compressed SRA) と CRAM の取り組みが それぞれ、NCBI と EBI から紹介されました。
これを受けて lossy/lossless な手法によるデータ圧縮の適正な適用などについて話し合いました。
微生物ゲノムの種同定の間違い
Federhen S (2015) の論文と GenBank microbial genomic taxonomy workshop (12-13 May 2015) を受けて、種同定に問題がある登録への対応について話し合いました。

Feature と Qualifier の記載則改訂

以下に挙げる項目は、特に断り書きがない限り、2015年10月以降 Feature Table Definition の改訂後に適用されます。

unsure feature の定義を sequencing gap と混同しないように改訂します。
/rpt_type qualifier の規定値を増やす方向で修正を検討しています。
これに伴い、LTR feature は repeat_region feature に統合予定です。

2013 年から引き続き、type strain, type specimen などを指定するために、新規に /type_material qualifier を使用することを検討しています。
仕様の詳細と DDBJ における正式な適用時期は未定です。
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