"DDBJ 塩基配列登録システム F A Q" –その2.

2012年10月より運用を開始いたしました DDBJ 塩基配列登録システムについて、頻繁に寄せられる質問と回答です。その1.

Q．"7.Annotaton" のページで First codon [aac] is not a start codon. / Final codon [atg] is not a stop codon. とエラーメッセージが出て先へ進めません。どのように修正したらよいでしょうか？

A．ご入力された配列は、全長ではなく、両端側が部分配列と思われます。Location の記述にはルールがありますので、
部分配列の場合は、”< >“ 記号を加えて指定してください。例　<1..>100

参照： location の記述法

Q．"7.Annotaton" のページで To use [translation] qualifier, [exception] qualifier is required in the [CDS] feature. とエラーメッセージが出たのですが、これはどういったエラーでしょうか？

A．このエラーメッセージは、CDS のSelect Qualifier で "/translation" を選択した場合に出るものです。
通常、"/translation" はCDS feature の情報を基に自動翻訳されますので記載の必要はありません。
"/translation" を削除していただければ、エラーを回避できます。

"/translation" は、"/exception" と同時に使用されるもので、例えば RNA editing が起こることが原因で、ゲノムの塩基配列から自動翻訳されるアミノ酸配列と、実際にmRNA から翻訳されるアミノ酸配列とが異なる場合に、
/exception="RNA editing"
/translation="mRNA からのアミノ酸配列を記載"
のように指定します。

参照： Qualifier key の定義～ translation, exception