新getentry (Web API) について (2012/2/15 よりご利用いただけます)
新getentry (Web API) について
新getentry はweb API 機能を利用しています。これまでの getentry web application に近い機能は，新ARSA で利用することが可能ですが，この webAPI を利用したほうが便利と思われます。
新getentry で提供されるプログラムと URL
新getentry の web API は以下の２つのプログラムからなります。
| getentry | アクセッション番号（データベース中のエントリの ID)を与えると，データを返します。 |
| gethistory （この機能は新設） |
アクセッション番号（データベース中のエントリの ID)を与えると，データの変更履歴を返します。 |
新 getentry では，以下の URL で3つの webAPI を提供します。
| DDBJ塩基配列データベース | http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/ddbj/ |
| 特許由来アミノ酸配列 | http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/patent_aa/ |
| DDBJ塩基配列データベースの更新履歴 | http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory/ddbj/ |
*特許由来アミノ酸配列の更新履歴は今のところとっておりません。
パラメータの指定方法
以下の2種類があります。
| 通常のGET method | http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=データベース名&accession_number=アクセッション番号&追加のパラメーター（任意) |
| smart URL | http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/?追加のパラメーター(任意) |
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（例）
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/ddbj/FW383979 http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/patent_aa/BD500001 (特許由来アミノ酸配列の例) |
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指定可能なパラメータについて
getentry
accession 番号（必須）：検索対象のAccession番号を指定します。
| バージョン番号 |
ついていない場合は，最新バージョンを検索します。 ついている場合は，指定のバージョンを検索します。 |
| 複数Accession番号 |
","区切りで複数のAccession番号を指定できます。 ","区切りで複数指定された場合，指定の順で出力されます。 二つのAccession番号"-"で連結することにより範囲検索ができます。 範囲指定や複数指定ではバージョン番号を指定しても無視されます。 |
| 範囲指定 |
範囲指定の両端のAccession番号は前方のみの不完全でも構いません。 範囲指定も","区切りで複数指定できます。 範囲指定や複数指定ではバージョン番号を指定しても無視されます。 |
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対象のAccession番号が存在しない，または表示できない場合，該当のAccession番号に対する結果は何も表示されず，limitで上限が制限されているときの数にもカウントされません。 デフォルトでの表示件数が10件に設定されているため，それ以上の件数を指定する場合には "limit" で設定を解除してください |
|
database（任意）： 検索対象のデータベースを指定します。
| 指定なし | ddbj |
| DNA系 | ddbj, wgs, tpa, mga |
| Protein系 | uniprot, dad, patent, pdb |
| ddbj（デフォルト）を指定すると，tpaのエントリも取得対象となります。 | |
revision（任意）： 指定されたrevision時点を検索します。
| 通常 | yyyy-MM-dd hh:mm:ss |
| リリース時 | yyyy-MM-dd hh:mm:ss release |
| バージョン番号とrevisionが同時に指定されているとき，revisionが優先さます。 | |
format（任意）： 結果の出力フォーマットを指定します。
| 指定なし | flatfile |
| flatfile | 平文で出力します |
| xml | XML形式に変換して出力します |
| fasta | [DNA系]全塩基配列 FASTA |
| [Protein系]アミノ酸配列 FASTA | |
| trans | [DNA系]CDS アミノ酸 FASTA |
| cds | [DNA系]CDS 塩基配列 FASTA |
| [DAD限定]塩基配列 FASTA(for DAD) |
filetype（任意）： 出力のファイルタイプを指定します。
| 指定なし | text |
| html | HTMLファイル |
| text | テキストファイル |
| gz | gz圧縮ファイル |
|
gz圧縮ファイルのファイル名はformatの指定値によって以下のようになります。 [DNA系]flatfile flatfile.txt.gz [DNA系]xml insd.xml.gz [DNA系]fasta fasta_na.txt.gz [DNA系]trans cds_aa.txt.gz [DNA系]cds cds_na.txt.gz [Protein系]flatfile flatfile.txt.gz [Protein系]fasta fasta_aa.txt.gz [Protein系]cds cds_na.txt.gz |
|
show_suppressed （任意）： suppressまたはremovedのデータを表示します。
limit（任意）： データの取得上限を設定します。
| 指定なし | 10件 |
| 0以下の数字を指定 | 無制限 |
gethistory
accession 番号（必須）：検索対象のAccession番号を指定します。
指定方法は getentry と同じです
database（任意）： 検索対象のデータベースを指定します。
指定方法は getentry と同じです。指定したデータベースが履歴管理に対応していない場合は，空の結果を返します。
| revision | 「通常」の履歴情報 |
| state | 「詳細表示」 |
| 指定なし | "state" になります |
DDBJ エントリへのリンク設定方法
DDBJ の個々のエントリに対して，以下の方法でリンクを設定することができます。
例えば，アクセッション番号が AB000001 であるエントリに対する URL は
アクセッション番号が BD500001 である特許由来アミノ酸配列のエントリに対する URL は，
です。これを指定すると，該当のエントリが表示されます。試しに次のアクセッション番号をクリックしてみて下さい。
DRA へのリンク設定方法は，上記の方法とは異なりますので，DRA のホームページをご参照ください。
ご自身のホームページを作成される場合に，この URL をご活用下さい。
