SARS-CoV-2

SARS-CoV-2ゲノム配列登録情報 by Japan Covid-19 Open Data Consortium

「Japan Covid-19 Open Data Consortium」は、より自由な情報の流通を目指して、ゲノム情報を DDBJに登録することに賛同する研究者のコンソーシアムです。 SARS-CoV-2のゲノム情報は GISAID にもありますが、厳しい利用制約により解析や検証の大きな妨げとなっています。DDBJに登録した情報は、GISAIDにも登録しています。

【Japan Covid-19 Open Data Consortium によるGISAID登録状況】 GISAID Search Full text > Virus name “Japan COVID-19 Open Data Consortium”

SARS-CoV-2配列データのDDBJへの登録お願い (click here)

国立遺伝学研究所生命情報・DDBJセンター長

有田正規

DDBJ (DNA Data Bank of Japan)は、国際塩基配列データベース連携（INSDC）の枠組みとして米国GenBank、欧州ENAとの三極連携で世界中の塩基配列を収集・無償公開し、オープンサイエンスの基盤として30年以上貢献してきました。

現在、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）配列データの多くがGISAIDに集約されており、INSDCへの登録が少ない状況にあります。GISAIDに登録されたデータは再配布やデータ利用に関する厳しい制限が設けられており、学術目的のデータ解析や第三者によるデータ検証の大きな妨げとなっています ( Nature 590:195-196, 2021 )。また、登録した配列を自らの学術論文にすら掲載することができないという弊害や、データベースの持続的な運営が保証されていないという懸念もあります。GISAIDが発足した背景として、2006年の鳥インフルエンザH5N1ワクチン開発が契機となった遺伝資源利用に関する開発途上国の権益保護があります。一方で、日本は先進国の一員として、国内で得られた遺伝情報を広く公開し、医学や生物学を含むサイエンスの発展に貢献する責務があると考えます。

国内の研究者におかれましては、学術研究を通じて得られたSARS-CoV-2配列データについて、まずDDBJへ御登録いただき、それからGISAIDに御登録していただきますようお願い申し上げます。DDBJは、国内のSARS-CoV-2情報を集約するCOVID-19データポータルJapanにも協力しています。SARS-CoV-2を含む生物遺伝情報のオープンサイエンスへの利用について，引き続きご理解とご協力をお願い致します。

以上

■ DDBJ登録用 SARS-CoV-2ゲノムのアノテーション・登録支援ツール

DFAST_VRL (Webツール)

DFAST_VRL (stand alone用 / 遺伝研スパコン Singularityコンテナ利用)