• 切替日： 2007年11月2日（金）（切替時刻は午後を予定）
  （切替によるサービス停止はありません）
  

• 期間：2007年2月1日 から 2007年9月13日まで
  
• アクセッション番号：別紙参照
  
• 備考：未公開となっていたデータについては，2007年9月12日に実施した getentry の保守作業の際に全て追加いたしました
  

• Kurokawa,K. et al. (2007). DNA Res. 18:1-13
  

BAAU01000001-BAAU01028900 (28900 entries) (BAAU.gz)
BAAV01000001-BAAV01036326 (36326 entries) (BAAV.gz)
BAAW01000001-BAAW01016539 (16539 entries) (BAAW.gz)
BAAX01000001-BAAX01036455 (36455 entries) (BAAX.gz)
BAAY01000001-BAAY01030198 (30198 entries) (BAAY.gz)
BAAZ01000001-BAAZ01031237 (31237 entries) (BAAZ.gz)
BABA01000001-BABA01035177 (35177 entries) (BABA.gz)
BABB01000001-BABB01020226 (20226 entries) (BABB.gz)
BABC01000001-BABC01009958 ( 9958 entries) (BABC.gz)
BABD01000001-BABD01037296 (37296 entries) (BABD.gz)
BABE01000001-BABE01020532 (20532 entries) (BABE.gz)
BABF01000001-BABF01016164 (16164 entries) (BABF.gz)
BABG01000001-BABG01034797 (34797 entries) (BABG.gz)
これらは10/18分の新着データとしてDDBJより公開されており， Anonymous FTP 一括取得が可能です（ファイル名はカッコ内）。

参考：

• BTJ ニュース（プレスリリース）
• 文部科学省特定領域研究　ゲノム研究ホームページ
• 東京大学大学院新領域創成科学研究科　服部研究室ホームページ
• 腸内細菌学雑誌
• WGS データについて（DDBJ ホームページ）
  

２００７年１１月２９-３０日に香川大学医学部にて「第18回 DDBJing 講習会 ＆ 第7回寺子屋情報生物学」を開催いたします。今回は，DDBJing 講習会と「バイオインフォマティクス入門」のような寺子屋情報生物学の講義の両方を含む内容です。現在参加申込受付中です。詳細はDDBJing 講習会のページをご覧下さい。 皆様のご参加をお待ちしています！

• 日時：２００７年１１月２９日（木）１３時から１８時まで
   　 　 　  　 　 　１１月３０日（金）９時から１７時５０分まで
• 場所：香川大学医学部　 看護学科教育研究棟２階マルチメディア実習室　（三木町キャンパス）
• 対象：DDBJを利用される方をどなたでも歓迎します。(定員１００名・参加費無料）
• 講習内容：情報生物学に関する講義ならびにDDBJの Web サービスなどの利用についての講議と実習をおこないます

そこでこの度以下のような改訂を行いました。

• ホームページデザインを見直し、コンテンツへのナビゲーションを規格化・単純化する
  • グローバルメニューを画面上部に横長に配置しました
    （「Home」「塩基配列の登録」「検索・解析」「FTP・WebAPI」「ドキュメント」「統計情報」「お問い合わせ」）
    ほとんどのコンテンツには　グローバルメニュー → 二層目ページ（コンテンツの一覧，解説） → 希望のコンテンツ，という経路で 2,3クリックで到達できるようになります。二層目以下にはグローバルメニューの左下にパンくずリストを表示（「Home ドキュメント利用の手引き」など）し，現在見ているページが全体の階層構造のなかのどの位置にあたるのかが簡単にわかるようにしました。

  • ローカルメニューを左に配置
    これは主要コンテンツへのショートカットであり，ページによって異なる内容が表示されます。（表示されないページもあります。）
    
  
  内容については，継続してアップデートを行っていく予定です。

• データベースの検索およびホームページの全文検索機能を強化しました
  ページ上部の検索フォームから以下の検索が可能となります
  

  
  i)   accession Noによる検索 (getentry)
  ii)  DNAキーワードサーチ (DDBJ release and new へのキーワードサーチ)
  iii)  Proteinキーワードサーチ
  iv)  生物種の学名，分類群の名称等の検索 (TXSearch)
  v)  ホームページの全文検索 (Namazu)
  キーワードサーチ(ii, iii)は，現在は SRS を用いていますが，ARSA の改訂・機能強化の終了後，ページ上部の検索も ARSA を用いた高速な検索に差し替える予定です。
  

  
  

・PATHWAY データベースの追加
・DDBJ 以外のデータベースの項目指定検索が可能に
・複数 DB の共通項目での串刺し検索機能追加
・上記改善に伴う画面構成の変更

その他の機能改善点

・Refine Search の制限解消
　　下記文字列についても絞り込み検索が可能になります。
　　「'」, 「(」, 「)」, 「｛」, 「｝」
・「AND」「OR」検索時の入力方法の変更
　　入力フィールドに直接「& (AND)」「|（OR）」を入力可能になります。
・Search History の互換性
　　現行 ARSA と新 ARSA の Search History に互換性はありません。
　　このため、切替後は過去にダウンロードした Search History が利用できなくなります。

ユーザの皆様にはご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
サービスを再開しましたのでどうぞご利用下さい。長期間にわたりご迷惑をおかけしました（10/26 20:00）。

• 対象サービス：ClustalW
• 期間：2007年8月30日14時頃から9月7日18時頃まで
• 不具合の内容：解析結果をE-mailで受信した場合，解析結果をE-mailで受信した場合，TYPE が AUTOMATICとなるような設定がなされた場合（Web の場合はデフォルトを選択，E-mail の場合には is_align　1　を指定し，かつ type の指定をしなかった場合 ）に TREE の解析結果が正しく作成されなかった可能性があります。
• 解析結果：解析結果に間違いがある可能性があります。上記期間に結果をE-mail で受信された方は，お手数ですが，再度解析を実行していただくようお願いいたします。
• 状況：不具合は修正が完了し，現在は正しく表示されます

• 休止期間： 2007年9月27日（火） 18:00 - 19:00

注）休止期間中は，ARSA，相同性検索（FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH)，SQmatch からの getentry への
エントリ参照ができなくなります（検索は実行できます）。
ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（9月27日18時40分）

• 休止期間：2007年9月12日（水） 17:00 - 18:00

注）休止期間中は，ARSA，相同性検索（FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH)，SQmatch からの getentry へのエントリ参照ができなくなります（検索はおこなえます）。
急なお知らせでご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（9月12日18時00分）

2007
• 日本進化学会2007年大会 (8/31-9/2)
• 日本遺伝学会第79回大会 (9/19-21)
• 日本人類遺伝学会第52回大会 (9/12-15)

• 対象サービス：ClustalW
• 期間：2007年2月27日から8月7日18時頃まで
• 不具合の内容：解析結果をE-mailで受信した場合，SHOW ALIGNMENT SCOREオプションとSHOW SEQNO_RANGE SCOREオプションが無効となり，スコアが表示されない
• 解析結果：解析結果に間違いはありませんでした
• 状況：不具合は修正が完了し，現在は正しく表示されます

• Venter,J.C. et al. (2004). Science 304: 66-74
  "Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea"
  
• Yooseph,S. et al. (2007). PLoS Biol. 5 (3), E16
  "The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expanding the Universe of Protein Families"
  
• Kannan,N. et al. (2007). PLoS Biol. 5 (3), E17
  "Structural and Functional Diversity of the Microbial Kinome"
  
• Rusch,D.B. et al. (2007). PLoS Biol. 5 (3), E77
  "The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Northwest Atlantic through Eastern Tropical Pacific"
  

また，下記もご参照ください。

• CAMERA: Community Cyberinfrastructure for Advanced Marine Microbial Ecology Research and Analysis
  

これらエントリは，DDBJ でgetentryから参照することができます。（データは，「FTP を利用したリリースデータ取得」ページの DDBJ 最新リリースデータ，ならびに WGS データからも取得できます）。アクセッション番号は下記です。

• getentry
  
• ARSA
  
• FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM, CLUSTALW
  
• Anonymous FTP
  
• SQmatch
  
• 大型計算機 (supernig)
  
• H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server, ミラーリング H-InvDB
  

2007
• 第７回国際ゲノム会議 (11/27-28)

2008
• Cancer Genomics and Epigenomics (2/19-24)
• RNAi2008 (3/13-14)
• 23rd ACM Symposium on Applied Computing (3/16-20)
• RNAi, MicroRNA, and Non-Coding RNA (3/25-30)
• 2008 IEEE World Congress on Computational Intelligence (6/1-6)
• CIBCB 2008 (9/15-17)
• EECB08 (9/22-26)

• INSD-XML 形式 CON データ：3,932,751 エントリ，約61GB ("marine metagenome"データ含む)
  
• INSD-XML形式TPAデータ：5,442 エントリ，約74MB
  【参考】前回DDBJリリース69 の INSD-XML 形式 CON データは、983,699エントリ，約11GB
  

• 公開もれの期間： 2007年6月29日 13:00 - 2007年8月10日 15:00
  
• 新規配置したディレクトリ：
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/

• 新規配置したファイル：

  ddbjcon1.insd_xml.gz, ddbjcon2.insd_xml.gz, ddbjcon3.insd_xml.gz,
  ddbjcon4.insd_xml.gz, ddbjcon5.insd_xml.gz, ddbjcon6.insd_xml.gz,
  ddbjcon7.insd_xml.gz, ddbjcon8.insd_xml.gz, ddbjcon9.insd_xml.gz,
  ddbjcon10.insd_xml.gz, ddbjcon11.insd_xml.gz, ddbjcon12.insd_xml.gz,
  ddbjcon13.insd_xml.gz, ddbjcon14.insd_xml.gz, ddbjcon15.insd_xml.gz,
  ddbjcon16.insd_xml.gz, ddbjcon17.insd_xml.gz, ddbjcon18.insd_xml.gz,
  ddbjcon19.insd_xml.gz, ddbjcon20.insd_xml.gz, ddbjcon21.insd_xml.gz,
  ddbjcon22.insd_xml.gz, ddbjcon23.insd_xml.gz, ddbjcon24.insd_xml.gz,
  ddbjcon25.insd_xml.gz, ddbjcon26.insd_xml.gz, ddbjcon27.insd_xml.gz,
  ddbjcon28.insd_xml.gz, ddbjcon29.insd_xml.gz, ddbjcon30.insd_xml.gz,
  ddbjcon31.insd_xml.gz, ddbjcon32.insd_xml.gz, ddbjcon33.insd_xml.gz,
  ddbjcon34.insd_xml.gz, ddbjcon35.insd_xml.gz, ddbjcon36.insd_xml.gz,
  ddbjcon37.insd_xml.gz, ddbjcon38.insd_xml.gz, ddbjcon39.insd_xml.gz,
  ddbjcon40.insd_xml.gz, ddbjcon41.insd_xml.gz, ddbjtpa.insd_xml.gz
  

• 対象期間：2007年8月8日 18:00 - 現在 (データ是正作業中)
  
• 対象データ：ARSA の DDBJ データベースの CON と TPA データ
  

• cDNA エントリ数が 175,542 から 175,536 に変更になりました。
• LOCUS エントリ数が 34,701 から 34,699 に変更になりました。
• ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "4.3" に変更

[H-Invitational 関連データベース]

• H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server 近日中に更新予定
  （ヒト完全長 cDNA データセットの機能アノテーションのデータベース）

• ミラーH-Invitational Database （H-InvDB）
  （ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース）

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
保守作業は終了し，サービスを再開しました。ご協力ありがとうございました。（8月7日21時00分）

1. DDBJ（国際塩基配列データベース）を始めとする23種類のデータベースを対象に高速なキーワード検索を実現
2. 複雑な検索条件や大量のヒットがある条件で検索しても，23種類すべてのデータベースに対して一定の検索レスポンスを提供
3. DDBJ を対象にした検索では，Features/Qualifiers を指定した詳細な条件による検索が可能

さらに，このたび，これまでの試験運用の間のご意見をもとに次の機能を付加しました

複数データベースからの結果を一括ダウンロードを可能に(右図1) DDBJ 以外のデータベースでも表示項目の選択を可能に(右図2) 結果画面でデータベースを再選択可能に(右図3) 結果画面で表示項目を再選択可能に(右図4) 結果画面で表示件数を再選択可能に (右図5) 結果画面の下部にページジャンプのリンクを追加

その他にも細かな仕様改善を加えました。

• TSV 形式でのダウンロード時の拡張子変更(.csv -> .txt)
• NarrowSearch の名称を RefineSearch に変更
• SimpleQuery の廃止
• HTTP ダウンロードの廃止(FTPダウンロードへの一本化)

また，Java や Perl から ARSA の機能を呼べるように API を充実いたしました（詳細は，DDBJの Webサービス をご参照ください）

DDBJ では，今後さらに，皆様からのご意見をもとにして，より使いやすく強力なキーワード検索システムを目指して機能拡張を進めていきます。ARSA にて 「Your Comment」 をクリックして，批判とご提案をご記入下さい。

 JOURNAL   Submitted (30-NOV-2000) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
           Hanako Mishima, National Institute of Genetics, DNA Data
           Bank of Japan; Yata 1111, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
           (E-mail:mishima@supernig.nig.ac.jp, Tel:81-55-981-6853,
            Fax:81-55-981-6849)

Type 1: 一般的には，E-mailアドレスと電話番号，FAX番号を非表示とします。

  JOURNAL   Submitted (30-NOV-2000) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan

 
Type 2: 登録者が，E-mailアドレスと電話番号，FAX番号の表示をご希望の場合，以下の形式で表示します。

  JOURNAL   Submitted (30-NOV-2000) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
            E-mail :mishima@supernig.nig.ac.jp
            Phone  :81-55-981-6853
            Fax    :81-55-981-6849

DDBJ への既登録分に関しましては，原則，一括で上記のType 1の様に非表示としますが，表示しておく必要がある場合は，  にご連絡いただければ，個別に対応いたします。表示・非表示は「E-mailアドレス」「電話番号」「FAX番号」それぞれ個別に指定可能です。

• 休止期間： 2007年8月8日（水） 17:00 - 18:00

注）休止期間中は， 相同性検索（FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH)，SQmatch からの getentry へのエントリ参照ができなくなります（検索はおこなえます）。
ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（8月8日18時00分）

• 日 時：2007年8月8日（水）9時より18時まで（終了次第ＨＰにてお知らせいたします）
  
• 内 容：ARSA の DDBJ ならびに DAD 検索の一時停止
  
• 備 考：上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。DDBJ ならびに DAD の検索をお急ぎの場合は，SRS をご利用下さい。）
  

ご迷惑をおかけしましたことをお詫びいたします。

• Joint AFP Biosapiens (7/19-20)
• Probabilistic Modelling in Computational Biology meeting affiliated with ISMB/ECCB 2007 (7/26)
• Moscow Conference on Computational Molecular Biology (7/27-30)
• International Conference on Bioinformatics (8/27-30)
• Nuclear Structure & Dynamics (9/1-5)
• Workshop on Parallel Computational Biology (9/9-12)
• 4th Integrative Bioinformatics Workshop (9/10-12)
• 5th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (9/16-18)
• 2nd IAPR Workshop on Pattern Rec. in Bioinformatics (10/1-2)
• 7th IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (10/15-17)
• 1st IEEE Conference on Bioinformatics and Biomedicine (11/2-4)
• Genetics and Mechanisms of Susceptibility to Infectious Diseases (11/21-24)
• Functional Genomics with Embryonic Stem Cells (11/24-26)
• 5th Rocky Mountain Bioinformatics Conference (11/30-12/2)

2008

• 13th Pacific Symp. on Biocomputing (1/4-8)
• 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (1/14-17)
• 12th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (3/30-4/2)

• 期間：2007年2月27日 から 2007年6月20日まで
  
• アクセッション番号：別紙参照
  
• 備考：anonymous FTPサイト (WGS データ ならびに生物名リストより取得可能なデータには，上記期間中も全てのデータが正しく含まれていました。
  

• cDNA エントリ数が 167,992 から 175,542 に増加
  
• LOCUS エントリ数を 35,005 から 34,701 に変更。
  
• ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "4.0" に変更
  

[H-Invitational 関連データベース]

• H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server 近日中に更新予定
  （ヒト完全長cDNAデータセットの機能アノテーションのデータベース）
• ミラーH-Invitational Database （H-InvDB）
  （ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース）

長期間にわたる休止でご迷惑をおかけしましたことをお詫びいたします。今後はどうぞご利用下さい。

• 休止期間： 2007年6月19日（火） 18:00 - 19:00

[1] FASTA/SSEARCH/PSI-BLAST/HMMPFAMでの複数クエリ受付機能の追加

これまでは，BLAST のみ複数クエリの受付が可能でしたが，FASTA，PSI-BLAST，SSEARCH，HMMPFAM にも複数クエリ受付機能を追加しました。

[2] HMMPFAM 結果へのエントリ表示機能の付加

• HMMPFAM の検索結果に Pfam エントリへの表示リンクを追加しました
  
• seq-fに各アラインメントへのリンクを追加しました
  

=======================================================================
Parsed for domains:
Model      Domain  seq-f seq-t   hmm-f hmm-t     score  E-value
--------   ------- ----- -----   ----- -----     -----  -------
PF00310.11  1/1       2   264 ..    1   394 []   203.6  4.3e-58    <- (ア)にリンク
PF04051.6   1/1     114   211 ..    1   193 []   -82.6        9    <- (イ)にリンク
PF03915.3   1/1     162   531 ..    1   471 []  -255.9      9.5    <- (ウ)にリンク
   :
   :

Alignments of top-scoring domains:
  (ア)   PF00310.11: domain 1 of 1, from 2 to 264: score 203.6, E = 4.3e-58
           -------------------------------------------------------
  (イ)   PF04051.6: domain 1 of 1, from 114 to 211: score -82.6, E = 9
           -------------------------------------------------------
  (ウ)   PF03915.3: domain 1 of 1, from 162 to 531: score -255.9, E = 9.5
           -------------------------------------------------------
=======================================================================

[3] FASTA/SSEARCH で使用されるプログラム名の統一

これまで，FASTA/SSEARCH で用いられているプログラム名が不揃いで，たとえば，fastx と fastx34_t の2つの表記が混在していました。これをバージョンを含まない表記に統一しました。バージョン番号はトップページ画面のサービス名のロゴ部分に表示します。

[4] FASTA E-mail サービスの program パラメータの変更

program パラメータをバージョン表記なしに統一しました（[3]の方針と合わせる為）。当面は，どちらの表記でも実行可能です。

• 修正前
  program パラメータとして fasta3_t，fastx3_t，tfasta3_t，tfastx3_t が指定可能
  
• 修正後
  program パラメータとして fasta， fastx， tfasta， tfastx が指定可能。
  

[5] 結果返却 E-mail の文面変更

全サービスで統一しました。

[6] "In HTML format" オプションを "HTML format" 表記に統一しました

結果受け取り方法に E-mail を選択し，HTML format をチェックしなかった場合は，メール本文中にtext 形式で結果が届きます。
どうぞご利用ください。

• 複数データベースからの結果を一括ダウンロード可能
• DDBJ 以外のデータベースでも表示項目を選択可能
• 結果画面でデータベースを再選択可能
• 結果画面で表示項目を再選択可能
• 結果画面で表示件数を再選択可能
• 結果画面の下部にページジャンプのリンクを追加
• CSV ダウンロードの拡張子変更(.csv->.txt)*
• NarrowSearch の名称を RefineSearch に変更
• SimpleQuery の廃止
• HTTP ダウンロードの廃止

*：現行CSVダウンロード機能では，拡張子が「.csv」ですが，中味がタブ区切りになっておりました。実データに即した拡張子とするため，今後は，拡張子を「.txt」へと変更いたします。これまで，表記に誤りがありましたことをお詫びいたします。

ユーザの皆様にはご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
サービスを再開しましたのでどうぞご利用下さい。長期間にわたりご迷惑をおかけしました（6/22 18:00）。

• 2007年6月7日（木）14時より17時まで

理由：緊急ネットワーク保守作業のため
ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

• 日 時：2007年5月30日（水）10時50分より　
  
• 内 容：ARSA の DDBJ 検索の一時停止
  
• 備 考： 現在 ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ の検索結果は含まれません。DDBJ の検索をお急ぎの場合は，SRS をご利用下さい。
  

• 対象サービス：BLAST （結果表示を WWW にした場合）
  
• 現象：検索結果表示の Text View 画面において，アラインメント結果が最大 100本 までしか表示されない
  
• 発生期間：2007年2月26日10時より5月18日13時まで
  
• 原因：2007年2月末のシステム移行時のプログラムの不具合により，Text View 画面のアラインメント結果表示の上限が100本に設定されていた
  
• 対応：プログラムを修正し，現在は正しく（表示数の上限なし）表示されます
  

• 日 時：2007年5月21日（月）9時より18時まで（終了次第ＨＰにてお知らせいたします）　
  
• 内 容：ARSA の DDBJ ならびに DAD 検索の一時停止
  
• 備 考：上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。DDBJ ならびに DAD の検索をお急ぎの場合は，SRS をご利用下さい。）
  

サービスの再開は，DDBJ HP にてお知らせいたします。ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は完了し，サービスを再開しました。(18:00)

• Methanococcus maripaludis C5 (by Joint Genome Institute)
• Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 (by University of Cambridge)
• Francisella tularensis subsp. tularensis WY96-3418 (by UT Southwestern Medical Center)
• Desulfotomaculum reducens MI-1 (by Joint Genome Institute)
• Burkholderia vietnamiensis G4 (by Joint Genome Institute)
• Herminiimonas arsenicoxydans (by Genoscope)
• Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (by Nankai University)
• Corynebacterium glutamicum R (by RITE)
• Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449 (by NRC Institute for Marine Biosciences)
• Prosthecochloris vibrioformis DSM 265 (by Joint Genome Institute)
• Polynucleobacter sp. QLW-P1DMWA-1 (by Joint Genome Institute)
• Yersinia pestis Pestoides F (by Joint Genome Institute)
• Mycobacterium gilvum PYR-GCK (by Joint Genome Institute)
• Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514 (by Joint Genome Institute)
• Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (by Joint Genome Institute)
• Salinispora tropica CNB-440 (by Joint Genome Institute)
• Enterobacter sp. 638 (by Joint Genome Institute)
• Pseudomonas stutzeri A1501 (by Joint Genome Institute)
• Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (by Joint Genome Institute)
• Pseudomonas mendocina ymp (by Joint Genome Institute)
• Shewanella putrefaciens CN-32 (by Joint Genome Institute)

ユーザの皆様にはご迷惑をおかけして申し訳ございません。ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧いたしました。ご迷惑をおかけいたしました。(4/24 14:20)

２００７年５月２９-３０日に国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター ２階会議室での講習会の開催が決定しましたのでご案内します。 今回は例年春に開催されている講習会と同じく，国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)の主催で，DDBJ の Web サービスなどの利用についての講議と PC を用いた実習を行ないます。PC を用いた実習の時間を多く設け，より実践的な知識を身に付けていただける講議内容を予定していますので是非ご参加下さい。 詳細はDDBJing 講習会のページをご覧下さい。 皆様のご参加をお待ちしています！

• 日時：２００７年５月２９日（火）１３時から１７時まで
   　 　 　  　 　 　５月３０日（水）１０時から１７時まで

• 場所：国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター ２階会議室
• 対象：DDBJを利用される方をどなたでも歓迎します。(定員３０名・参加費無料）
• 講習内容：DDBJの Web サービスなどの利用についての講議とPC を用いた実習を
  行ないます。無線 LAN を用いてネットワークに接続しての実習。参加者はPCを持参

○データの管理や公開のデータ処理の場合旧システムに比べて次のように高速になりました：

• 多数のフラットファイル作成：一晩に30万エントリー作成から100万エントリー作成へ増
  
• 巨大なフラットファイルの作成：イネ染色体4本分に要した1時間50分を13分に短縮
  
• ライブリスト*1の作成：1時間40分を13分に短縮
  
• 大量の EST 処理：3-4万エントリー／時から50-80万エントリー／時へ，15-20倍の高速化
  

これらの高速化は，分散データベースへ転換しかつその特長を活かすべくアプリケーションを改良したことによってもたらされました。

○相同性検索も速くなりました（旧システムとの単体性能比）：

• BLAST が7.71倍、PSI-BLAST が7.89倍、FASTA が4.73倍、SSEARCH が5.55倍
  
• CLUSTALW も7.94倍となりました。
  

これらの高速化は，クロック数が上がったことならびに各アプリケーションの運用を見直したことによります。なお，CPU のコア数*2も 176 から 256 へ 1.45倍に増加し，受付可能数も多くなりました。

さて，新システム導入にあたっては2008年にその時点での最新機器を評価しつつ仕様を強化できる契約を実現しました。したがって，大規模計算機センターの共通の悩みであったレンタル期間末期の陳腐化を多少回避できる見込みです。しかしながら，新型のシークエンサの開発と普及ならびにメタゲノム解析*3 といった新しい研究分野の展開によっては，2005年から2006年にかけて設計した仕様の大前提が脆くも崩れさってしまう恐れがあります。

参考 URL：   http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号：

anonymousFTP 一括取得：ファイル名
    Oryzias_latipes_CON_070402_1.seq.gz
    Oryzias_latipes_CON_070402_2.seq.gz
    Oryzias_latipes_CON_070402_3.seq.gz
    Oryzias_latipes_CON_HNI_070402.seq.gz
    Oryzias_latipes_WGS_070402_1.seq.gz
    Oryzias_latipes_WGS_HNI_070402_1.seq.gz

ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（4月17日19時10分）

サービスの再開は，DDBJ HP にてお知らせいたします。
急なお知らせのため，ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました（17:00）

ユーザの皆さまにはご迷惑をおかけしますことをお詫びいたします。

• Streptococcus sanguinis SK36 (by Virginia Commonwealth University)
• Clostridium thermocellum ATCC 27405 (by Joint Genome Institute)
• Methanoculleus marisnigri JR1 (by Joint Genome Institute)
• Shewanella baltica OS155 (by Joint Genome Institute)
• Actinobacillus pleuropneumoniae L20 (by Joint Genome Institute)
• Staphylothermus marinus F1 (by Joint Genome Institute)
• Mycobacterium sp. JLS (by Joint Genome Institute)
• Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (by Joint Genome Institute)
• Burkholderia mallei NCTC 10247 (by The Institute for Genomic Research)
• Burkholderia pseudomallei 1106a (by The Institute for Genomic Research)
• Burkholderia pseudomallei 668 (by The Institute for Genomic Research)
• Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029 (by The Institute for Genomic Research)
• Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (by Yale University)
• Prochlorococcus marinus MIT 9301 (by J Craig Venter Institute)
• Shewanella loihica PV-4 (by Joint Genome Institute)

---------------------------------------------------------------------
                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AAU58946|U58946.1 Aspergillus awamori transposable element Tan1,...   3979  0.0
    ↑LOCUS名が表示されるため、リンクエラーとなる
AM270150|AM270150.1 Aspergillus niger contig An07c0330, complete...   3866  0.0
AM270394|AM270394.1 Aspergillus niger contig An18c0010, complete...    517  e-143
AM270353|AM270353.1 Aspergillus niger contig An16c0010, complete...    517  e-143
---------------------------------------------------------------------

ユーザの皆様にとって不便な状況が続いていたことにより，ご迷惑 お掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げると共に，今後このような事態が発生することのないよう最大限の努力をいたします。

アクセスが不安定になっていた日時：2007年3月12日 14:00 - 15:30 頃
ご迷惑をおかけいたしましたことをお詫びいたします。

サービスの再開は，DDBJ HP にてお知らせいたします。
急なお知らせのため，ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました（17:30）

• 公開もれの期間： 2006年12月31日 8:00 - 2007年3月7日 11:30
  
• 新規配置したファイル：
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjtpa.insd_xml.gz
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjcon1.insd_xml.gz
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjcon2.insd_xml.gz
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjcon3.insd_xml.gz
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjcon4.insd_xml.gz
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjcon5.insd_xml.gz
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjcon6.insd_xml.gz
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insdxml_current/ddbjcon7.insd_xml.gz
  
• FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
  

• 発生時刻：3月3日 23:20
  
• 状況：国立遺伝学研究所ならびに DDBJ の全てのネットワーク通信，公開サービスの停止
  
• 復旧：3月5日 14時40分現在全てのサービスが復旧しました。ご迷惑をおかけしました。
  

復旧はDDBJ HP にてご連絡いたします。
ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧しました。ご迷惑をおかけいたしました。(3月13日）

• Rate of Evolution in Brain-Expressed Genes in Humans and Other Primates
  PLoS Biol. 2007 February; 5(2): e13.
  (Published online 2006 December 26. doi: 10.1371/journal.pbio.0050013.)

• データ取得方法
  anonymous FTP 一括取得 ファイル名：
  Macaca_fascicularis_PRI_061209_1.seq.gz
  getentry

• 参考
  QF base （カニクイザルcDNAデータベース）　Macaca fascicularis　cDNA database
  Institute of Molecular Biology, Academia Sinica, Taiwan
  Department of Ecology and Evolution, University of Chicago, USA
  独立行政法人医薬基盤研究所 JCRB遺伝子バンク
  国立感染症研究所
  東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻
  Department of Life Science, Chang Gung University, Taiwan
  Division of Molecular and Genomic Medicine, National Health Research Institute, Taiwan
  

• Methylibium petroleiphilum PM1 (by Joint Genome Institute)
• Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (by Bielefeld University)
• Methanocorpusculum labreanum Z (by Joint Genome Institute)
• Burkholderia mallei NCTC 10229 (by The Institute for Genomic Research)
• Streptococcus pyogenes Manfredo (by Sanger Institute)

• 情報・システム研究機構シンポジウム「情報とシステム２００７」 (3/1)
• 第1回 日本ゲノム微生物学会年会 (3/1-3)
• 24th Fungal Genetics Conference (3/20-25)
• Parameter Estimation in Systems Biology (3/28-29)
• Mathematical and Statistical Aspects of Molecular Biology (3/29-30)
• ABRF 2007 (3/31-4/3)
• EMBO World Practical Course on Comparative Genomics (4/8-14)
• Microbial Genomes 2007 (4/11-14)
• NBIC/ISNB 2007 (4/16-19)
• 日本分子生物学会第七回春季シンポジウム (4/23-24)
• RNAi-2007-Boston Meeting (5/2-4)
• 2007 International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (5/7-10)
• The Biology of Genomes (5/8-12)
• The American Society for Microbiology 107th General Meeting (5/21-25)
• Bioinformatics for Africa Nairobi 2007 (5/27-6/2)
• BioInformatics 2007 (6/4-7)
• A Semantic Web for Bioinformatics:Goals, Tools, Systems, Applications (6/12-15)
• Beyond Genome (6/20-22)
• 9th Symposium on Bacterial Genetics and Ecology (6/23-27)
• The 5th International Bioinformatics Workshop (6/24-26)
• 2nd ASM Conference on Pathogenomics (6/24-27)
• 4th Conference on Functional Genomics of Gram-Positive Microorganisms (6/24-28)
• BIOCOMP'07- The 2007 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology (6/25-28)
• Intracellular RNA Localization &Localized Translation (7/1-6)
• Algebraic Biology 2007 (7/2-4)
• Genomics of Common Diseases (7/7-10)
• The 13th Annual International Computing and Combinatorics Conference (7/16-19)
• Molecular Plant-Microbe Interactions (7/21-27)
• Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007 (8/29-31)
• 7th Workshop Algorithms in Bioinformatics (9/8-9)
• 酵母遺伝学フォーラム第40回研究報告会 (9/11-13)
• Enzyme Engineering XIX (9/23-28)
• 8th International Conference on Systems Biology (10/1-6)
• 3rd European Conference on Prokaryotic Genomics (10/7-10)
• MicroRNAs Europe 2007 Meeting (11/1-2)
• Genome Informatics Workshop 2007 (12/3-5)

• 第３回ゲノムネットワークプロジェクト公開シンポジウム『医学・生物学へ展開するゲノムネットワーク』 (2/16)

• 2007年2月22日(木)17:00から 2007年2月28日(水)9:00まで

2007年2-3月にアクセション番号の発行や登録済みデータの公開が必要な場合は，お早めに処理を御願い致します。皆様のご協力を御願い致します。

• Prochlorococcus marinus AS9601 (by J Craig Venter Institute)
• Prochlorococcus marinus MIT 9515 (by J Craig Venter Institute)
• Prochlorococcus marinus NATL1A (by J Craig Venter Institute)
• Prochlorococcus marinus MIT 9303 (by J Craig Venter Institute)
• Hyperthermus butylicus DSM 5456 (by University of Copenhagen)

• target="_blank">2nd IEEE International Conference on Nano/Micro Engineered
  and Molecular Systems (1/16-19)
• ヒト・生命
  と環境・社会（ゲノム研究の最前線） (1/31)
• href="http://www.selectbiosciences.com/conferences/RNAiWorldCongress2007/"
  target="_blank">RNAi World Congress (4/25-26)
• European
  BioPerspectives (5/30-31)
• 16th
  International Chromosome Conference (8/25-29)
• European Conference
  on the Spectroscopy of Biological Molecules (9/1-6)

 query      MDMEIEDSSPIDDLKLQKLDTNVYFGPCEILTQPILLQYENIKFIIGVNLSTEK
 P39728-1   ......................................................
 Q759A6-1   -------M.Q.QP.Q.SA..F...LNT.S.AEFIESK..R.F.SIGIPIQ.VVE
 Q6FV15-1   -------------.Q..S.IF..SLAT..E.HT..QR..R.F...GI.NHVF.N
 Q12182-1   -------------.R..NHIF..SVHS..HTDF.VEN..R.F.N.D....L.SH
 Q6CIX1-1   -------LNQM.P.Q.SN..F...LNT.S.YDF.SKND...F.S.GIPV.R---
                             *:*. :::**.   *:.   :  .:*:*:*.:.:. .       

• 2007年1月26日(金)17:00から 1月28日(日)13:00まで
• 2007年2月 3日(土) 9:00から 2月 4日(日)18:00まで

SAKURA 停止期間：

• 2007年1月26日(金)15:00から 2007年1月29日(月)9:00まで
• 2007年2月 2日(金)15:00から 2007年2月 5日(月)9:00まで

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

• Plant and Animal Genome XV Conference (1/13-17)
• Molecular Genetics, Signaling Pathways and Integrated Physiology (1/14-19)
• 24th Symposium in Plant Biology (1/18-20)
• Molecular Pathways in Cardiac Development and Disease (1/22-27)
• DMM2007 (1/31-2/2)
• Marine Genomics Exploratory Workshop: Transcriptomics Approaches for the Analysis of Marine Systems (2/23-25)
• EMBO Workshop: Viral RNA: Structure, Function and Targeting (3/5-7)
• Computational Cell Biology (3/6-9)
• Systems Biology and Regulatory Networks (3/21-27)
• Systems Biology:Global Regulation of Gene Expression (3/29-4/1)
• BSDB 2007 Spring Symposium (3/29-4/1)
• Experimental Biology 2007 (4/28-5/2)
• From basic genomics to systems biology (5/2-4)
• EMBO Conference on Chromatin and Epigenetics (5/3-6)
• HGM2007 in Montreal (5/21-24)
• GENSIPS 2007 (6/10-12)
• EVOLUTION 2007 (6/16-20)
• Regulation of protein function by SUMO modification (6/25-27)
• DILS 2007 (6/27-29)
• CIBB 2007 - Fourth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics ) (7/7-10)
• EURO-CBBM Workshop (7/8)
• 18th Annual Symposium on Combinational Pattern Matching (7/9-11)
• 6th European Biophysics Congress (7/15-19)
• 7th Atlantic Symposium on Computational Biology & Genome Informatics (7/15-22)
• The 2007 annual meeting of the Society for Industrial Microbiology (7/29-8/2)
• ELSO 2007 (9/1-4)