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  五條堀孝・菅原秀明 編著 （共立出版）
• 「DDBJ の利用法」補助資料
• 「あなたにも役立つバイオインフォマティクス」
  菅原秀明編 （共立出版）
• 「分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門」
  J.C.Setubal, J.Medicanis 著／五條堀孝　監訳（共立出版）
• 「バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法」改訂　第２版
  中村保一，他編（羊土社）

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原著論文

• Pearson WR, Lipman DJ. (1988) Improved tools for biological sequence
  comparison. Proc Natl Acad Sci U S A. 85(8):2444-8.
• Lipman DJ, Pearson WR. (1985) Rapid and sensitive protein similarity
  searches. Science. 227(4693):1435-41.

関連論文

• Wilbur WJ, Lipman DJ. (1983) Rapid similarity searches of nucleic
  acid and protein data banks. Proc Natl Acad Sci U S A. 80(3):726-30.

原著論文

• Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W,
  Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein
  database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-402.

関連論文

• Zhang J, Madden TL. (1997) PowerBLAST: a new network BLAST application
  for interactive or automated sequence analysis and annotation. Genome Res.
  7(6):649-56.
• Madden TL, Tatusov RL, Zhang J. (1996) Applications of network BLAST
  server. Methods Enzymol. 266:131-41.
• Gish W, States DJ. (1993) Identification of protein coding regions by
  database similarity search. Nat Genet. 3(3):266-72.
• Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. (1990) Basic local
  alignment search tool. J Mol Biol. 215(3):403-10.
• Karlin S, Altschul SF. (1990) Methods for assessing the statistical
  significance of molecular sequence features by using general scoring
  schemes. Proc Natl Acad Sci U S A. 87(6):2264-8.

原著論文

• Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W,
  Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein
  database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-402.

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• Smith TF, Waterman MS. (1981) Comparison of biosequences. Adv. Appl. Math. 2:482-9.
• Smith TF, Waterman MS. (1981) Identification of common molecular subsequences. J Mol Biol. 147(1):195-7.

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• Pearson WR, Lipman DJ. (1988) Improved tools for biological sequence comparison. Proc Natl Acad Sci U S A. 85(8):2444-8.
• Lipman DJ, Pearson WR. (1985) Rapid and sensitive protein similarity searches. Science. 227(4693):1435-41.

原著論文

• Sonnhammer EL, Eddy SR, Durbin R. (1997) Pfam: A Comprehensive Database of Protein Families Based on Seed Alignments. Proteins, 28:405-420
• Eddy SR. (1998) Profile Hidden Markov Models. Bioinformatics, 14:755-763

ClustalW

原著論文

• Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.Nucleic Acids Res. 22(22):4673-80.

関連論文

• Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD. (2003) Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Res. 31(13):3497-500.

原著論文

• Fumoto M, Miyazaki S, Sugawara H. (2002) Genome Information Broker (GIB): data retrieval and comparative analysis system for completed microbial genomes and more. Nucleic Acids Res. 30(1):66-8.

原著論文

• Hirahata M, Abe T, Tanaka N, Kuwana Y, Shigemoto Y, Miyazaki S, Suzuki Y, Sugawara H.(2007) Genome Information Broker for Viruses (GIB-V): database for comparative analysis of virus genomes. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D339-42.

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• Kosuge T, Abe T, Okido T, Tanaka N, Hirahata M, Maruyama Y, Mashima J, Tomiki A, Kurokawa M, Himeno R, Fukuchi S, Miyazaki S, Gojobori T, Tateno Y, Sugawara H. (2006) Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS). DNA Res. 2006 Dec 31;13(6):245-54.

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• Kawabata T, Fukuchi S, Homma K, Ota M, Araki J, Ito T, Ichiyoshi N, Nishikawa K. (2002) GTOP: a database of protein structures predicted from genome sequences. Nucleic Acids Res. 30(1):294-8.

関連論文

• Fukami-Kobayashi K, Tateno Y, Nishikawa K. (2003) Parallel evolution of ligand specificity between LacI/GalR family repressors and periplasmic sugar-binding proteins. Mol Biol Evol. 20(2):267-77.
• Fukuchi S, Yoshimune K, Wakayama M, Moriguchi M, Nishikawa K. (2003) Unique amino acid composition of proteins in halophilic bacteria. J Mol Biol. 327(2):347-57.
• Nakashima H, Fukuchi S, Nishikawa K. (2003) Compositional changes in RNA, DNA and proteins for bacterial adaptation to higher and lower temperatures. J Biochem (Tokyo). 133(4):507-13.
• Homma K, Fukuchi S, Kawabata T, Ota M, Nishikawa K. (2002) A systematic investigation identifies a significant number of probable pseudogenes in the Escherichia coli genome. Gene. 294(1-2):25-33.
• Kawabata T, Arisaka F, Nishikawa K. (2000) Structural/functional assignment of unknown bacteriophage T4 proteins by iterative database
  searches. Gene. 259(1-2):223-33.

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• Ota M, Nishikawa K. (1999) Feasibility in the inverse protein folding protocol. Protein Sci. 8(5):1001-9.

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• Ota M, Nishikawa K. (1997) Assessment of pseudo-energy potentials by the best-five test: a new use of the three-dimensional profiles of
  proteins. Protein Eng. 10(4):339-51.

• Ota M, Kanaya S, Nishikawa K. (1995) Desk-top analysis of the structural stability of various point mutations introduced into ribonuclease H. J Mol Biol. 248(4):733-8.

原著論文

• Udaka K, Wiesmuller KH, Kienle S, Jung G, Tamamura H, Yamagishi H, Okumura K, Walden P, Suto T, Kawasaki T. (2000) An tomated prediction of MHC class I-binding peptides based on positional scanning with peptide libraries. Immunogenetics. 51(10):816-28.

原著論文

• Endo T, Ikeo K, Gojobori T. (1996) Large-scale search for genes on which positive selection may operate. Mol Biol Evol. 13(5):685-90.

関連論文

• Ishimizu T, Endo T, Yamaguchi-Kabata Y, Nakamura KT, Sakiyama F, Norioka S. (1998) Identification of regions in which positive selection may operate in S-RNase of Rosaceae: implication for S-allele-specific recognition sites in S-RNase. FEBS Lett. 440(3):337-42.
• Nei M, Gojobori T. (1986) Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions. Mol Biol Evol. 3(5):418-26.
• Ina Y, Mizokami M, Ohba K, Gojobori T. (1994) Reduction of synonymous substitutions in the core protein gene of hepatitis C virus. J Mol Evol. 38(1):50-6.

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各種参考文献・資料等

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これまで，getentry を利用して，DDBJ の個々のエントリに対してリンクを設定することが可能でしたが，新 getentry への移行に伴い，この方法も変更になります。従来の方法を利用されている方は，設定変更をお願いいたします。

新 getentry でのリンクの設定は，(1)　または (2) のいずれかの方法で可能です。

(1) 通常のGET method

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=データベース名&accession_number=アクセッション番号&追加のパラメーター（任意)

(2) smart URL

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/?追加のパラメーター(任意)

詳細： 新getentry (Web API) について

DDBJではこれまで

1. データベースのIDから，該当するデータを取得する : getentry
2. データのキーワード検索 : ARSA

という２つのサービスを別々の web application として提供していましたが，2012年3月実施の国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム更新に伴い，2012年2月15日より，これら２つの機能は単一のweb applicationとして統合し，新 ARSA として提供いたします。

一方，従来の getentry, ARSA の個々の機能は， webAPI としても提供します。
web application は，内部でこれら webAPI にクエリーを渡し，webAPI が返した結果を web application が受け取って表示する形になります。

ユーザーはこれら webAPI を直接利用することも可能で，これまでの getentry web application に近い機能は，この webAPI を利用したほうが便利と思われます。

 

 

新 getentry についてと新 ARSA について

新getentry の詳細について

新ARSA （2/15 より切り替わります）
 

 

DDBJ エントリへのリンク設定方法の変更

これまで，getentry を利用して，DDBJ の個々のエントリに対してリンクを設定することが可能でしたが新 getentry への移行に伴い，この方法も変更になります。従来の方法を利用されている方は，設定変更をお願いいたします。

新 getentry でのリンクの設定は，(1)　または (2) のいずれかの方法で可能です。

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原著論文

• Pearson WR, Lipman DJ. (1988) Improved tools for biological sequence
  comparison. Proc Natl Acad Sci U S A. 85(8):2444-8.
• Lipman DJ, Pearson WR. (1985) Rapid and sensitive protein similarity
  searches. Science. 227(4693):1435-41.

関連論文

• Wilbur WJ, Lipman DJ. (1983) Rapid similarity searches of nucleic
  acid and protein data banks. Proc Natl Acad Sci U S A. 80(3):726-30.

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• Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W,
  Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein
  database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-402.

関連論文

• Zhang J, Madden TL. (1997) PowerBLAST: a new network BLAST application
  for interactive or automated sequence analysis and annotation. Genome Res.
  7(6):649-56.
• Madden TL, Tatusov RL, Zhang J. (1996) Applications of network BLAST
  server. Methods Enzymol. 266:131-41.
• Gish W, States DJ. (1993) Identification of protein coding regions by
  database similarity search. Nat Genet. 3(3):266-72.
• Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. (1990) Basic local
  alignment search tool. J Mol Biol. 215(3):403-10.
• Karlin S, Altschul SF. (1990) Methods for assessing the statistical
  significance of molecular sequence features by using general scoring
  schemes. Proc Natl Acad Sci U S A. 87(6):2264-8.

原著論文

• Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W,
  Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein
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原著論文

• Smith TF, Waterman MS. (1981) Comparison of biosequences. Adv. Appl. Math. 2:482-9.
• Smith TF, Waterman MS. (1981) Identification of common molecular subsequences. J Mol Biol. 147(1):195-7.

関連論文

• Pearson WR, Lipman DJ. (1988) Improved tools for biological sequence comparison. Proc Natl Acad Sci U S A. 85(8):2444-8.
• Lipman DJ, Pearson WR. (1985) Rapid and sensitive protein similarity searches. Science. 227(4693):1435-41.

原著論文

• Sonnhammer EL, Eddy SR, Durbin R. (1997) Pfam: A Comprehensive Database of Protein Families Based on Seed Alignments. Proteins, 28:405-420
• Eddy SR. (1998) Profile Hidden Markov Models. Bioinformatics, 14:755-763

ClustalW

原著論文

• Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.Nucleic Acids Res. 22(22):4673-80.

関連論文

• Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD. (2003) Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Res. 31(13):3497-500.

原著論文

• Fumoto M, Miyazaki S, Sugawara H. (2002) Genome Information Broker (GIB): data retrieval and comparative analysis system for completed microbial genomes and more. Nucleic Acids Res. 30(1):66-8.

原著論文

• Hirahata M, Abe T, Tanaka N, Kuwana Y, Shigemoto Y, Miyazaki S, Suzuki Y, Sugawara H.(2007) Genome Information Broker for Viruses (GIB-V): database for comparative analysis of virus genomes. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D339-42.

原論文

• Kosuge T, Abe T, Okido T, Tanaka N, Hirahata M, Maruyama Y, Mashima J, Tomiki A, Kurokawa M, Himeno R, Fukuchi S, Miyazaki S, Gojobori T, Tateno Y, Sugawara H. (2006) Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS). DNA Res. 2006 Dec 31;13(6):245-54.

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• Kawabata T, Fukuchi S, Homma K, Ota M, Araki J, Ito T, Ichiyoshi N, Nishikawa K. (2002) GTOP: a database of protein structures predicted from genome sequences. Nucleic Acids Res. 30(1):294-8.

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• Fukami-Kobayashi K, Tateno Y, Nishikawa K. (2003) Parallel evolution of ligand specificity between LacI/GalR family repressors and periplasmic sugar-binding proteins. Mol Biol Evol. 20(2):267-77.
• Fukuchi S, Yoshimune K, Wakayama M, Moriguchi M, Nishikawa K. (2003) Unique amino acid composition of proteins in halophilic bacteria. J Mol Biol. 327(2):347-57.
• Nakashima H, Fukuchi S, Nishikawa K. (2003) Compositional changes in RNA, DNA and proteins for bacterial adaptation to higher and lower temperatures. J Biochem (Tokyo). 133(4):507-13.
• Homma K, Fukuchi S, Kawabata T, Ota M, Nishikawa K. (2002) A systematic investigation identifies a significant number of probable pseudogenes in the Escherichia coli genome. Gene. 294(1-2):25-33.
• Kawabata T, Arisaka F, Nishikawa K. (2000) Structural/functional assignment of unknown bacteriophage T4 proteins by iterative database
  searches. Gene. 259(1-2):223-33.

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• Ota M, Nishikawa K. (1999) Feasibility in the inverse protein folding protocol. Protein Sci. 8(5):1001-9.

関連論文

• Ota M, Isogai Y, Nishikawa K. (1997) Structural requirement of highly-conserved residues in globins. FEBS Lett. 415(2):129-33.
• Ota M, Nishikawa K. (1997) Assessment of pseudo-energy potentials by the best-five test: a new use of the three-dimensional profiles of
  proteins. Protein Eng. 10(4):339-51.

• Ota M, Kanaya S, Nishikawa K. (1995) Desk-top analysis of the structural stability of various point mutations introduced into ribonuclease H. J Mol Biol. 248(4):733-8.

原著論文

• Udaka K, Wiesmuller KH, Kienle S, Jung G, Tamamura H, Yamagishi H, Okumura K, Walden P, Suto T, Kawasaki T. (2000) An tomated prediction of MHC class I-binding peptides based on positional scanning with peptide libraries. Immunogenetics. 51(10):816-28.

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• Endo T, Ikeo K, Gojobori T. (1996) Large-scale search for genes on which positive selection may operate. Mol Biol Evol. 13(5):685-90.

関連論文

• Ishimizu T, Endo T, Yamaguchi-Kabata Y, Nakamura KT, Sakiyama F, Norioka S. (1998) Identification of regions in which positive selection may operate in S-RNase of Rosaceae: implication for S-allele-specific recognition sites in S-RNase. FEBS Lett. 440(3):337-42.
• Nei M, Gojobori T. (1986) Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions. Mol Biol Evol. 3(5):418-26.
• Ina Y, Mizokami M, Ohba K, Gojobori T. (1994) Reduction of synonymous substitutions in the core protein gene of hepatitis C virus. J Mol Evol. 38(1):50-6.

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