WABI BLAST パラメーター


requestId：Request ID

WABI に登録されている全ての BLAST検索ジョブ の中から処理対象としているジョブを識別するための文字列です。
ジョブをキューに登録した際に WABI からの 応答データとして返される ので、 WABI を利用するプログラム側で必ず控えてください。

次のような場合などに必要になります。

Request ID の例: 

wabi_blast_1111-1111-1111-11-111-111111

参考:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/blasthelp-j.html#results

querySequence：検索配列データ

  • FASTA 形式で検索配列を指定してください。
  • 配列名を付ける場合は、先頭に ">" を付けた配列名の行を各配列の前においてください。
  • 検索する配列が複数の場合は、各配列を区別するために配列名が必要です (multi FASTA 形式) 。
    ※配列数を増やしても並列度は上がりません。ジョブ管理エンジンによる負荷分散も考慮すると、 Web API として利用するならば配列数は少なめにすることを推奨します。
  • 検索する配列が一つの場合は、配列名は必要ありません。

FASTA 形式の例 

1>my query sequence 1
2CACCCTCTCTTCACTGGAAAGGACACCATGAGCACGGAAAGCATGATCCAGGACGTGGAA
3GCTGGCCGAGGAGGCGCTCCCCAGGAAGACAGCAGGGCCCCAGGGCTCCAGGCGGTGCTG
4GTTCCTCAGCCTCTTCTCCTTCCTGCTCGTGGCAGGCGCCGCCAC

複数配列の例 (multi FASTA 形式) 

 1>my query sequence 1
 2CACCCTCTCTTCACTGGAAAGGACACCATGAGCACGGAAAGCATGATCCAGGACGTGGAA
 3GCTGGCCGAGGAGGCGCTCCCCAGGAAGACAGCAGGGCCCCAGGGCTCCAGGCGGTGCTG
 4GTTCCTCAGCCTCTTCTCCTTCCTGCTCGTGGCAGGCGCCGCCAC
 5>my query sequence 2
 6GGCCAGGGCACCCAGTCTGAGAACAGCTGCACCCGCTTCCCAGGCAACCTGCCTCACATG
 7CTTCGAGACCTCCGAGATGCCTTCAGCAGAGTGAAGACTTTCTTTCAAATGAAGGATCAG
 8CTGGACAACATATTGTTAAAGGAGTCCTTGCTGGAGGACTTTAAG
 9>my query sequence 3
10ATGGGTCTCACCTCCCAACTGCTTCCCCCTCTGTTCTTCCTGCTAGCATGTGCCGGCAAC
11TTTGCCCACGGACACAACTGCCATATCGCCTTACGGGAGATCATCGAAACTCTGAACAGC
12CTCACAGAGCAGAAGACTCTGTGCACCAAGTTGACCATAACGGAC

配列サイズが巨大な場合や配列数が多い場合など、次のような理由で結果を正常に取得できないことがあります。

  • メモリー枯渇で異常終了となる。
  • 検索時間が長くなり過ぎてタイムアウトする。

そのような場合は、配列数を少なくするか配列を短くする等して再度お試しください。

参考:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/blasthelp-j.html#qseq

datasets：データセット

データセットは、 Web画面のフォームで入力を補助するために用意されていますが、
現在、 WABI では使われていません。

データセットに指定できる入力値と、各入力値の意味は次の通りです。
※ 最新の値は、こちらの API GET /blast/help/{Help-Command} (ヘルプ情報の閲覧) を利用して参照できます。

データセット値 説明
ddbjall DDBJ ALL (DDBJ periodical release + daily updates)
ddbjnew DDBJ New (DDBJ daily updates)
16S_rRNA 16S rRNA (Prokaryotes)
uniprot_all UniProt (Swiss-Prot + TrEMBL)
uniprot_sprot UniProt (Swiss-Prot)
uniprot_trembl UniProt (TrEMBL)
patent_protein Patent
dadall DAD (periodical release + daily updates)
dadnew DAD (daily updates)

参考:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/blasthelp-j.html#datasets

database：データベース

塩基配列データベース

塩基配列データベース値の例と意味は次の通りです。
※ 最新の値は、こちらの API GET /blast/help/{Help-Command} (ヘルプ情報の閲覧) を利用して参照できます。

説明 データベース値
DDBJ ALL DDBJ 定期リリース + 新着データ (下表を参照)
DDBJ New DDBJ 定期リリース後の新着データ (下表の値に接頭辞 "new_" を付加)
16S rRNA DDBJ 定期リリースから 16S rRNA 配列を取り出したデータ 16S_rRNA
データベース値 説明
Standard divisions
hum, new_hum Human ヒト
pri, new_pri Primates 霊長類 （ヒトを除く）
rod, new_rod Rodents 齧歯類
mam, new_mam Mammals 哺乳類 （ヒト、霊長類、齧歯類を除く）
vrt, new_vrt Vertebrates 脊椎動物 （ヒト、霊長類、齧歯類、哺乳類を除く）
inv, new_inv Invertebrates 無脊椎動物
pln, new_pln Plants 植物・酵母・藻類
bct, new_bct Bacteria バクテリア（原核生物）
vrl, new_vrl Viruses ウイルス
phg, new_phg Phages バクテリオファージ
syn, new_syn Synthetic DNAs 合成配列 （合成遺伝子） (SYN)
env, new_env ENV 環境サンプル (environmental samples)
High throughput divisions
htc, new_htc HTC High Throughput cDNAs
htg, new_htg HTG High Throughput Genomic sequences
tsa, new_tsa TSA Transcriptome Shotgun Assembly
EST divisions
est_atha, new_est_atha A.thaliana Arabidopsis thaliana （シロイヌナズナ）
est_btra, new_est_btra B.taurus Bos taurus （ウシ）
est_cele, new_est_cele C.elegans Caenorhabditis elegans （線虫）
est_crei, new_est_crei C.reinhardtii Chlamydomonas reinhardtii （クラミドモナス）
est_cint, new_est_cint C.intestinalis Ciona intestinalis （カタユウレイボヤ）
est_drer, new_est_drer D.rerio Danio rerio （ゼブラフィッシュ）
est_ddis, new_est_ddis D.discoideum Dictyostelium discoideum （キイロタマホコリカビ）
est_dmel, new_est_dmel D.melanogaster D.melanogaster （ショウジョウバエ）
est_ggal, new_est_ggal G.gallus Gallus gallus （ニワトリ）
est_gmax, new_est_gmax G.max Glycine max （ダイズ）
est_hum, new_est_hum H.sapiens Homo sapiens （ヒト）
est_hvul, new_est_hvul H.vulgare Hordeum vulgare （亜種も統合）
est_mtru, new_est_mtru M.truncatula Medicago truncatula （特殊ライブラリも統合）
est_mous, new_est_mous M.musculus Mus musculus （ハツカネズミ）
est_osat, new_est_osat O.sativa Oryza sativa （亜種レベルも統合）
est_rnor, new_est_rnor R.norvegicus Rattus norvegicus （Rattus sp. も統合）
est_slyc, new_est_slyc S.lycopersicum Solanum lycopersicum （トマト）
est_taes, new_est_taes T.aestivum Triticum aestivum （コムギ）
est_xlae, new_est_xlae X.laevis Xenopus laevis （アフリカツメガエル）
est_xtro, new_est_xtro X.tropicalis Xenopus tropicalis （アフリカツメガエル）
est_zmay, new_est_zmay Z.mays Zea mays （トウモロコシ）
est_rest, new_est_rest Others 上記以外 （Others）
その他
pat, new_pat Patent 特許データ (PAT)
una, new_una Unannotated Seq 未注釈データ (UNA)
gss, new_gss GSS ゲノム研究関連 (genome survey sequences)
sts, new_sts STS STS (sequence tagged sites)

アミノ酸配列データベース

アミノ酸配列データベース値の例と意味は次の通りです。

データベース値 説明
uniprot_all UniProt (Swiss-Prot + TrEMBL) Swiss-Prot + TrEMBL
uniprot_sprot UniProt (Swiss-Prot) Swiss-Prot
uniprot_trembl UniProt (TrEMBL) TrEMBL
jpop, epop, usptop, kipop Patent JPO，EPO，USPTO，KIPO の全データ
(下表を参照) DAD periodical release + daily updates
(下表を参照) DAD daily updates
データベース値 説明
Standard divisions
dad_hum, dad_new_hum Human ヒト
dad_pri, dad_new_pri Primates 霊長類 （ヒトを除く）
dad_rod, dad_new_rod Rodents 齧歯類
dad_mam, dad_new_mam Mammals 哺乳類 （ヒト、霊長類、齧歯類を除く）
dad_vrt, dad_new_vrt Vertebrates 脊椎動物 （ヒト、霊長類、齧歯類、哺乳類を除く）
dad_inv, dad_new_inv Invertebrates 無脊椎動物
dad_pln, dad_new_pln Plants 植物・酵母・藻類
dad_bct, dad_new_bct Bacteria バクテリア（原核生物）
dad_vrl, dad_new_vrl Viruses ウイルス
dad_phg, dad_new_phg Phages バクテリオファージ
dad_syn, dad_new_syn Synthetic DNAs 合成配列 （合成遺伝子） (SYN)
dad_env, dad_new_env General 環境サンプル (environmental samples)
High throughput divisions
dad_htc, dad_new_htc HTC High Throughput cDNAs
dad_htg, dad_new_htg HTG High Throughput Genomic sequences
dad_tsa, dad_new_tsa TSA Transcriptome Shotgun Assembly
EST divisions
dad_est_atha, dad_new_est_atha A.thaliana Arabidopsis thaliana （シロイヌナズナ）
dad_est_btra, dad_new_est_btra B.taurus Bos taurus （ウシ）
dad_est_cele, dad_new_est_cele C.elegans Caenorhabditis elegans （線虫）
dad_est_crei, dad_new_est_crei C.reinhardtii Chlamydomonas reinhardtii （クラミドモナス）
dad_est_cint, dad_new_est_cint C.intestinalis Ciona intestinalis （カタユウレイボヤ）
dad_est_drer, dad_new_est_drer D.rerio Danio rerio （ゼブラフィッシュ）
dad_est_ddis, dad_new_est_ddis D.discoideum Dictyostelium discoideum （キイロタマホコリカビ）
dad_est_dmel, dad_new_est_dmel D.melanogaster D.melanogaster （ショウジョウバエ）
dad_est_ggal, dad_new_est_ggal G.gallus Gallus gallus （ニワトリ）
dad_est_gmax, dad_new_est_gmax G.max Glycine max （ダイズ）
dad_est_hum, dad_new_est_hum H.sapiens Homo sapiens （ヒト）
dad_est_hvul, dad_new_est_hvul H.vulgare Hordeum vulgare （亜種も統合）
dad_est_mtru, dad_new_est_mtru M.truncatula Medicago truncatula （特殊ライブラリも統合）
dad_est_mous, dad_new_est_mous M.musculus Mus musculus （ハツカネズミ）
dad_est_osat, dad_new_est_osat O.sativa Oryza sativa （亜種レベルも統合）
dad_est_rnor, dad_new_est_rnor R.norvegicus Rattus norvegicus （Rattus sp. も統合）
dad_est_slyc, dad_new_est_slyc S.lycopersicum Solanum lycopersicum （トマト）
dad_est_taes, dad_new_est_taes T.aestivum Triticum aestivum （コムギ）
dad_est_xlae, dad_new_est_xlae X.laevis Xenopus laevis （アフリカツメガエル）
dad_est_xtro, dad_new_est_xtro X.tropicalis Xenopus tropicalis （アフリカツメガエル）
dad_est_zmay, dad_new_est_zmay Z.mays Zea mays （トウモロコシ）
dad_est_rest, dad_new_est_rest Others 上記以外 （Others）
その他
dad_pat, dad_new_pat Patent 特許データ (PAT)
dad_una, dad_new_una Unannotated Seq 未注釈データ (UNA)
dad_gss, dad_new_gss GSS ゲノム研究関連 (genome survey sequences)
dad_sts, dad_new_sts STS STS (sequence tagged sites)

参考:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/blasthelp-j.html#datasets

program：BLASTプログラム

解析の用途に合わせて、次の BLAST プログラムのいずれかを指定します。
※ 最新の値は、こちらの API GET /blast/help/{Help-Command} (ヘルプ情報の閲覧) を利用して参照できます。

BLAST プログラム クエリ データベース 説明
megablast 塩基配列 塩基配列 あなたの塩基配列を塩基配列データベースと比較します。
長大な塩基配列で相同性検索を行いたい場合，blastn より高速に検索結果が得られます。
blastn 塩基配列 塩基配列 あなたの塩基配列を塩基配列データベースと比較します。
tblastn アミノ酸配列 塩基配列 あなたのアミノ酸配列に対して，塩基配列データベースを表裏合わせて６通りの読み枠で翻訳しながら比較します。
tblastx 塩基配列 塩基配列 あなたの塩基配列を表裏合わせて６通りの読み枠で翻訳しながら，同様に翻訳された塩基配列データベースと比較します。
blastp アミノ酸配列 アミノ酸配列 あなたのアミノ酸配列をアミノ酸配列データベースと 比較します。
blastx 塩基配列 アミノ酸配列 あなたの塩基配列を表裏合わせて６通りの読み枠で翻訳しながら，アミノ酸配列データベースと 比較します。

参考:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/blasthelp-j.html#program

parameters：BLASTプログラムのオプション指定

BLAST プログラムに指定できるオプションは次の通りです。
※ 最新の値は、こちらの API GET /blast/help/{Help-Command} (ヘルプ情報の閲覧) を利用して参照できます。

これらの各オプションを空白で並べた値を指定できます。

指定可能なオプション BLAST プログラム 説明
-A N 全て Multiple Hits window size; generally defaults to 0 (for single-hit extensions), but defaults to 40 when using discontiguous templates.
-B N "megablast" 以外 Number of concatenated queries, in blastn or tblastn mode
-C X "megablast" 以外 Use composition-based statistics for blastp or tblastn:
T, t, D, or d
Default (equivalent to 1 for blast2 and blastall_old and to 2 for blastall and blastcl3)
0, F, or f
No composition-based statistics
1 Composition-based statistics as in NAR 29:2994-3005, 2001
2 Composition-based score adjustment as in Bioinformatics 21:902-911, 2005, conditioned on sequence properties
3 Composition-based score adjustment as in Bioinformatics 21:902-911, 2005, unconditionally
When enabling statistics in blastall, blastall_old, or blastcl3 (i.e., not blast2), appending u (case-insensitive) to the mode enables use of unified p-values combining alignment and compositional p-values in round 1 only.
-D N "megablast" 以外 Translate sequences in the database according to genetic code N in /usr/share/ncbi/data/gc.prt (default is 1; only applies to tblast*)
"megablast" Type of output:
0 alignment endpoints and score
1 all ungapped segments endpoints
2 traditional BLAST output (default)
3 tab-delimited one line format
4 incremental text ASN.1
5 incremental binary ASN.1
-E N "megablast" Extending a gap costs N (-1 invokes default behavior)
"megablast" 以外 Extending a gap costs N (-1 invokes default behavior: non-affine if greedy, 2 otherwise)
-F str 全て Filter options for DUST or SEG; defaults to T for bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, and megablast, and to F for blastpgp, impala, and rpsblast.
-G N "megablast" Opening a gap costs N (-1 invokes default behavior)
"megablast" 以外 Opening a gap costs N (-1 invokes default behavior: non-affine if greedy, 5 if using dynamic programming)
-H N "megablast" Maximal number of HSPs to save per database sequence (default is 0, unlimited)
-I 全て Show GIs in deflines
-J 全て Believe the query defline
-K N "megablast" 以外 Number of best hits from a region to keep. Off by default. If used a value of 100 is recommended. Very high values of -v or -b are also suggested.
-L start , stop 全て Location on query sequence (for rpsblast, only valid in blastp mode)
-M str "megablast" 以外 Use matrix str (default = BLOSUM62)
-M N "megablast" Maximal total length of queries for a single search (default = 5000000)
-N N "megablast" Type of a discontiguous word template:
0 coding (default)
1 optimal
2 two simultaneous
-P N "megablast" 以外 Set to 1 for single-hit mode or 0 for multiple-hit mode (default). Does not apply to blastn.
"megablast" Maximal number of positions for a hash value (set to 0 [default] to ignore)
-Q N "megablast" 以外 Translate query according to genetic code N in /usr/share/ncbi/data/gc.prt (default is 1)
-R "megablast" Report the log information at the end of output
-S N 全て Query strands to search against database for blastn, blastx, tblastx:
1 top
2 bottom
3 both (default)
-T 全て Produce HTML output
-U 全て Use lower case filtering for the query sequence
-V 全て Force use of legacy engine
-W N 全て Use words of size N (length of best perfect match; zero invokes default behavior, except with megablast, which defaults to 28, and blastpgp, which defaults to 3. The default values for the other commands
vary with "program": 11 for blastn, 28 for megablast, and 3 for everything else.)
-X N 全て X dropoff value for gapped alignment (in bits) (zero invokes default behavior, except with megablast, which defaults to 20, and rpsblast and seedtop, which default to 15. The default values for
the other commands vary with "program": 30 for blastn, 20 for megablast, 0 for tblastx, and 15 for everything else.)
-Y X 全て Effective length of the search space (use zero for the real size)
-Z N 全て X dropoff value for final [dynamic programming?] gapped alignment in bits (default is 100 for blastn and megablast, 0 for tblastx, 25 for others)
-b N 全て Number of database sequences to show alignments for (B) (default is 250)
-e X Expectation value (E) (default = 10.0)
-f X "megablast" 以外 Threshold for extending hits, default if zero: 0 for blastn and megablast, 11 for blastp, 12 for blastx, and 13 for tblasn and tblastx.
-f "megablast" Show full IDs in the output (default: only GIs or accessions)
-g F "megablast" 以外 Do not perform gapped alignment (N/A for tblastx)
"megablast" Make discontiguous megablast generate words for every base of the database (mandatory with the current BLAST engine)
-l str 全て Restrict search of database to list of GI's [String]
-m N 全て alignment view options:
0 pairwise (default)
1 query-anchored showing identities
2 query-anchored, no identities
3 flat query-anchored, show identities
4 flat query-anchored, no identities
5 query-anchored, no identities and blunt ends
6 flat query-anchored, no identities and blunt ends
7 XML Blast output (not available for impala)
8 tabular (not available for impala)
9 tabular with comment lines (not available for impala)
10 ASN.1 text (not available for impala or rpsblast)
11 ASN.1 binary (not available for impala or rpsblast)
-n "megablast" 以外 MegaBlast search
"megablast" Use non-greedy (dynamic programming) extension for affine gap scores
-p X "megablast" Identity percentage cut-off (default = 0)
-q N 全て Penalty for a nucleotide mismatch (blastn only) (default = -10 for seedtop, -3 for everything else)
-r N 全て Reward for a nucleotide match (blastn only) (default = 10 for seedtop, -10 for everything else)
-s "megablast" 以外 Compute locally optimal Smith-Waterman alignments. For blastall, blastall_old, and blastcl3, this is only available in gapped tblastn mode.
-s N "megablast" Minimal hit score to report (0 for default behavior)
-t N "megablast" 以外 Length of a discontiguous word template (the largest intron allowed in a translated nucleotide sequence when linking multiple distinct assignments; default = 0; negative values disable linking for blastall, blastall_old, and blastcl3.)
"megablast" Length of a discontiguous word template (contiguous word if 0 [default])
-v N 全て Number of one-line descriptions to show (V) (default = 500)
-w N "megablast" 以外 Frame shift penalty (OOF algorithm for blastx)
-y X "megablast" 以外 X dropoff for ungapped extensions in bits (0.0 invokes default behavior: 20 for blastn, 10 for megablast, and 7 for all others.)
-y N "megablast" X dropoff value for ungapped extension (default is 10)
-z N 全て Effective length of the database (use zero for the real size)

BLAST プログラムのオプションの例: 

-v 100 -b 100 -e 10 -F F -W 11

参考:
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/blasthelp-j.html#option

format：応答データの形式

WABI からの応答データの形式を次の中から指定できます。
※ 最新の値は、こちらの API GET /blast/help/{Help-Command} (ヘルプ情報の閲覧) を利用して参照できます。

応答データ形式の値 説明 メディアタイプ
text プレインテキスト形式 text/plain; charset=utf-8
json JSON 形式のテキスト application/json; charset=utf-8
xml XML テキスト text/xml; charset=utf-8
bigfile 検索結果等のようにファイル出力されているデータをプレインテキスト形式で取得する場合に指定します。 text/plain; charset=utf-8
imagefile 画像データ image/png
requestfile 検索条件等のようにファイル保存されているデータを JSON 形式のテキストで取得する場合に指定します。 application/json; charset=utf-8

※指定された形式の応答データを作成することが出来ない状態の場合は入力値エラーと扱って、 WABI は HTTP エラーを返します。

result：結果取得方法

処理結果を取得する方法を次の中から指定します。
※ 最新の値は、こちらの API GET /blast/help/{Help-Command} (ヘルプ情報の閲覧) を利用して参照できます。

結果取得方法の値 説明
www 結果取得用の URI にリクエストして、その応答データとして処理結果を受け取ります。
mail 指定されているメールアドレス宛てに処理結果を送信します。

address：メールアドレス

処理結果をメール通知する場合の宛先アドレスです。

info：参照するジョブ情報の種類

検索ジョブから次の各種情報を参照できます。
※ 最新の値は、こちらの API GET /blast/help/{Help-Command} (ヘルプ情報の閲覧) を利用して参照できます。

情報の種類 説明
status ジョブの状態
result 検索処理の結果
request ジョブを登録した際に指定した検索条件

  • 以下は、開発関係者のみが利用可能な値
    情報の種類 説明
    result_stdout 検索処理の標準出力の内容
    result_stderr 検索処理の標準エラー出力の内容

imageId：検索処理出力画像のID

検索処理が出力した画像データを取得するための ID です。

次のような場合に必要になります。

検索処理出力画像のID の例: 

1

info_環境情報：参照する環境情報の種類

※ これは、関係者のみが利用可能なパラメーター

システムから次の各種情報を参照できます。

情報の種類 説明
env 環境変数の設定内容

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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