WABI BLAST での検索

BLAST検索ジョブ

BLAST の検索ジョブは、まず実行待ちのキューに登録されます。そしてリソースを確保でき次第、実行されます。
参照: 検索ジョブの状態

検索ジョブの状態

WABI の検索ジョブは、次のように状態が遷移して行きます。

ジョブの状態を示す値	説明
`waiting`	ジョブがキューに登録されていますが、まだ実行が開始されていない状態です。
`running`	ジョブが実行中の状態です。
`finished`	ジョブの実行が既に完了している状態です。
`not-found`	指定された Request ID に対するジョブが見つかりません。

ジョブの状態を確認するアクションが返す値の例:

1request-ID: wabi_blast_1111-1111-1111-11-111-111111
2status: finished
3current-time: 2013-01-01 12:34:56
4system-info:
5stdout

1{
2        "request-ID": "wabi_blast_1111-1111-1111-11-111-111111",
3        "status": "finished",
4        "current-time": "2013-01-01 12:34:56",
5        "system-info": "\nstdout" 
6}

1<?xml version="1.0" ?>
2<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
3<result>
4  <request-ID>wabi_blast_1111-1111-1111-11-111-111111</request-ID>
5  <status>finished</status>
6  <current-time>2013-01-01 12:34:56</current-time>
7  <system-info>stdout</system-info>
8</result>

 1{
 2        "error-message": "Unexpected error (status == null)",
 3        "requestId": "wabi_blast_1111-1111-1111-11-111-111111",
 4        "jobId": "123456",
 5        "month": "01",
 6        "day": "01",
 7        "hour": "12",
 8        "min": "34",
 9        "sec": "56",
10        "millisec": "789",
11        "randomId": "987654" 
12}

BLAST検索条件

WABI に BLAST検索ジョブを登録したときに指定したパラメーター値の情報です。

例:

 1{
 2        "address": "",
 3        "database": "hum",
 4        "datasets": "ddbjall",
 5        "format": "json",
 6        "parameters": " -v 100 -b 100 -e 10 -F F -W 11",
 7        "program": "blastn",
 8        "querySequence": ">my query sequence 1\nCACCCTCTCTTCACTGGAAAGGACACCATGAGCACGGAAAGCATGATCCAGGACGTGGAA\nGCTGGCCGAGGAGGCGCTCCCCAGGAAGACAGCAGGGCCCCAGGGCTCCAGGCGGTGCTG\nGTTCCTCAGCCTCTTCTCCTTCCTGCTCGTGGCAGGCGCCGCCAC\n",
 9        "result": "www" 
10}

BLAST検索結果

BLAST検索処理の結果です。 blastall コマンドの "-o" オプションでファイル出力された内容などと同じです。

例:

 1BLASTN 2.2.25 [Feb-01-2011]
 2
 3Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 4Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 5"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 6programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 7
 8Query= AB000095|AB000095.1 Homo sapiens mRNA for hepatocyte growth
 9factor activator inhibitor, complete cds.
10         (1740 letters)
11
12Database: hum
13           572,091 sequences; 5,019,832,159 total letters
14
15Searching..................................................done
16
17                                                                 Score    E
18Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
19
20AB000095|AB000095.1 Homo sapiens mRNA for hepatocyte growth fact...  3449   0.0
21BC018702|BC018702.1 Homo sapiens serine peptidase inhibitor, Kun...  3435   0.0
22BC004140|BC004140.1 Homo sapiens serine peptidase inhibitor, Kun...  3190   0.0
23BT007425|BT007425.1 Homo sapiens serine protease inhibitor, Kuni...  3053   0.0
24AY358969|AY358969.1 Homo sapiens clone DNA35880 HAI-1 (UNQ223) m...  2145   0.0
25AY296715|AY296715.1 Homo sapiens hepatocyte growth factor activa...  1984   0.0
(後略)

BLAST 検索結果画像

WABI の BLAST検索ジョブは、 BLAST検索結果を元にしてグラフィカル表示用画像を出力します。

画像例: