海洋研究開発機構から登録された未培養好熱性アーキア (Candidatus Caldiarchaeum subterraneum) のゲノム配列が公開されました。

参考 URL: http://www.jamstec.go.jp/j/about/press_release/20101216/

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです

• CON: BA000048 （2010.12.25 DDBJ より公開）(Candidatus_Caldiarchaeum_subterraneum_CON_101225_1.seq.gz)
• Assemblies: （2010.12.23 DDBJ より公開）(Candidatus_Caldiarchaeum_subterraneum_ENV_101223_1.seq.gz)

・AB201309

・AP011633 ・AP011650 ・AP011675 ・AP011689 ・AP011708

・AP011733 ・AP011724 ・AP011727 ・AP011745 ・AP011751

・AP011786 ・AP011796 ・AP011826 - AP011902

• GSS: AG993735-AG999698 （2010.12.23 DDBJ より公開）(Candidatus_Caldiarchaeum_subterraneum_GSS_101223_1.seq.gz)
• raw reads: DRA000160 （2010.12.14 DRA より公開）(DRA000160)

DDBJ では，メールマガジンを配信しています。12月22日に 第56号 を配信しました。今回の記事は，DDBJ リリース 84.0 完成，パーフェクトなデータ更新に向けての 「ユーザーの皆様へ，お願いです！」 ，"ＳＡＫＵＲＡ de Ｑ" 第８回，リレー連載コラム「DDBJ アノテータの業務紹介」 などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

• エントリ数：128,607,782   塩基数：120,919,931,265
• DDBJ Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

DDBJ ではこれまで， SAKURA・大量登録システム(MSS)・入力支援ソフト Sequin による塩基配列データの登録を受け付けてきましたが，2011年1月末日をもちまして，Sequin による受付を終了することになりました。
DDBJ への登録には，SAKURA，あるいは大量登録システム(MSS) をご利用頂くことにより，Sequin での登録に比べ，はるかに迅速かつ正確な登録が可能です。今後はこちらをご利用下さい。
（参考）
塩基配列の登録
(A) Web 経由の塩基配列登録システムSAKURA を利用
(B) 大量登録システム(MSS) を利用
なお，止むを得ない理由でSequin での登録をご希望の場合には，お手数ですが GenBank へご登録下さい。
（参考）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/
ご理解とご協力をよろしくお願いいたします。

DDBJ では，メールマガジンを配信しています。12月1日に 第55号 を配信しました。今回の記事は，2011年1月17-18日開催の「DDBJing 講習会(23) ＆ PDBj 講習会 in 長浜」，よりスマートなデータ公開のための 「ユーザーの皆様へ，お願いです！」 ，リレー連載コラム「DDBJ アノテータの業務紹介」 などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい

DDBJ Sequence Read Archive の 検索システム (ベータ版) をリリースいたしました。
DDBJ/EBI/NCBI Sequence Read Archive から公開されている全てのデータを対象に，アクセッション番号，生物名，登録した組織名，シークエンサの種類や研究カテゴリーでの検索ができます。現在，キーワード検索機能を実装中です。検索でヒットしたデータのメタデータを XML ファイルで，シークエンシングデータを fastq ファイルで FTP ダウンロードすることができます。是非，ご利用下さい。フィードバックをお待ちしております。DDBJ/EMBL-Bank/GenBank データの検索には getentry や ARSA をご利用下さい。

DDBJ Sequence Read Archive は，次世代シークエンサからの1次データのためのアーカイブです。

国立遺伝学研究所の停電にともない，以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスならびに大型計算機（supernig）のサービスを停止いたします。サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。詳細は以下の通りです。

サービス名	停止期間
SAKURA	12月17日(金) 13:00～12月20日(月) 12:00 （再開済）
getentry，ARSA， BLAST，ClustalW， TXSearch，ベクタースクリーニングシステム， GIB，Anonymous-FTP	12月17日(金) 15:00～12月20日(月) 12:00 （再開済）
大型計算機(supernig)	12月17日(金) 15:00～12月20日(月) 9:00 （再開済）
DDBJ HP	12月17日(金) 17:00～12月19日(日) 18:00 （再開済）

皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。（12月20日12時 JST）

DDBJ では，メールマガジンを配信しています。11月1日に 第54号 を配信しました。今回の記事は，2011年1月17-18日開催予定の「DDBJing 講習会 in 長浜」，より迅速なアクセッション番号発行のための 「ユーザーの皆様へ，お願いです！」 や 「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介（４）」 などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

下記の RefSeq のデータが BLAST（WebAPI 経由） の参照データベースに追加されました。詳細は，Web API サービス をご覧下さい。

• Reference genomic sequences
• Reference mRNA sequences
• Reference protein sequences

SAKURA は，DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。
生物名入力画面の改善をおこなうこととなり，2010年10月26日から SAKURA の生物情報の入力方法が変更になりました。詳細は，SAKURA からの配列データ登録に際して をご覧下さい。実際の入力方法は，SAKURA へ登録開始後に表示されるヘルプページをご参照下さい。

国際ハップマッププロジェクト で用いられた日本人男性の全ゲノム配列が 理化学研究所 ゲノム医科学研究センター によって解析されました。この研究プロジェクトにより，約313万個の1塩基多様性(SNVs: single nucleotide variations)，10 kb より小さい約5,300 個の欠失，さらに，計3 Mb のヒトゲノム参照配列にない新規ゲノム配列が発見されました（理化学研究所 プレスリリース）。

DDBJ Sequence Read Archive は，これらの解析のもととなる Illumina genome analyzer II のシークエンスデータを DRA000222 として公開いたしました。

新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO） 「完全長 cDNA 構造解析プロジェクト」 が決定した Homo sapiens（ヒト) 完全長 cDNA 配列のもととなる trace データ2,445,650 件 を公開いたしました。
データは，*DDBJ Trace Archive と NCBI Trace Archive から公開されています。

  TI 番号:

    ・2282248605-2282527996
    ・2282791904-2284232295
    ・2284242226-2284960269
    ・2284238627-2284240689
    ・2285528775-2285534533

  Anonymous FTP:
    ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dta/FLJ/

*： DDBJ Trace Archive (DTA) は，大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNA sequence chromatograms (traces)，base calls，quality estimates のためのアーカイブです。

相同性検索サービス BLAST にて下記の期間，条件で実行頂きました検索結果が，保証されない状況であったことが判明しました。
お手数ですが該当の方は，検索の再実行をお願いいたします。詳細は以下の通りです。

• 期間： 2010年10月7日(木) 19:00 頃 ～ 10月15日(金) 12:30 頃まで
• 条件： 検索対象データベースにて，16S rRNA を指定した検索

現在は正常に検索を行うことが可能です。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

キリンホールディングス株式会社から登録されたハボタン (Brassica oleracea var. acephala) 由来のEST データ 119,204 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです

• DK455950-DK575153 (Brassica_oleracea_var._acephala_EST_101013_1.seq.gz) (119,204 entries)

これらは10月13日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。メンテナンス作業のため，下記期日におきまして，ARSA サービスを停止いたします。

停止期間： 2010年10月28日（木）　9:00～20:00
   （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（10月28日16時50分）

統合 TV は，ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が発信する生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。
この度，「公共アーカイブ DRA へのデータの登録方法」の解説動画が統合 TV より公開になりました。是非ご活用下さい。

 公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法
DRA(DDBJ Sequence Read Archive) は，次世代シークエンサからの出力データのためのデータベースです。この動画では，D-way による DRA へのデータの登録方法について紹介しています。(DRA web site からもリンクしています)

[内容]
1. データを入力する
2. relationを構築する
3. データを送信する
4. テンプレートをロードする

DDBJ では，メールマガジンを配信しています。9月30日に 第53号 を配信しました。今回の記事は，「平成22年度下期ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクトの募集」，「SAKURA でのテンプレートの削除について」，「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介（３）」などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

DDBJ が過去提供した DAD リリースにて FASTA ファイルに一部不具合が発生していたことが判明いたしました。詳細は以下の通りです。

対象： DAD リリース10， 18 ～ 52 まで
状況：
  ・以下の容量を超える残基が正しく出力されていなかった
    （超過容量）
    　DAD リリース10： 7,000残基超で問題が生じた
    　DAD リリース18 ～ 52： 30,000残基超で問題が生じた
  ・容量を超える残基サイズが FASTA コメント部分に正しく出力されていなかった
    （不正コメント例）
    　CP000108-608|ABB27887.1|30030|Chlorobium ・・・
    　→CP000108-608の残基サイズは "36805" が正しい
影響サービス： Anonymous FTP(DAD)，大型計算機(supernig)
対応： DAD リリース53 では，不具合を修正したデータで公開しています

ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

• 公開日： 2010年9月29日
• エントリ数： 18,225,996   総アミノ酸残基数： 5,103,235,346aa
• DAD Release Note
• 現在公開されているリリースの情報
• FASTA 形式に変更を行いました。（詳細は こちら をご覧下さい）
• 過去提供した DAD リリースにて FASTA ファイルに不具合が発生していたことが判明しました。（詳細は こちら をご覧下さい）

GIB (Genome Information Broker) は DDBJ が WWW で提供している，真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索システムです。メンテナンスのため，下記期日におきまして，サービスを一時停止いたします。

• 日時： 2010年9月29日(水) 15:00 ～ 17:00

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（9月29日17時10分）

DDBJ が WWW で提供している，真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索 GIB (Genome Information Broker) が，ディスク障害により，現在アクセスができない状態です。現在，復旧作業を急いでおります。サービス再開次第，HP にてお知らせいたします。

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧作業が終了し，サービスを再開しました。ユーザの皆様に大変ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。（9月27日 17時20分）

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

• 停止期間： 2010年9月29日（水）9:00～18:00 （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
• 停止サービス：
    ・ARSA の DDBJ，DAD 検索 （その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません）
    ・TXSearch からの ARSA 参照機能
    ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能
• 停止理由： DDBJ リリース83.0， DAD リリース53.0 の更新作業（DAD リリース53.0 は，近日リリース予定）

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（9月29日18時00分）

DDBJ が WWW で提供している，真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索 GIB (Genome Information Broker) が，サーバーのシステム障害により，現在アクセスができない状態です。現在，復旧作業を急いでおります。サービス再開次第，HP にてお知らせいたします。

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

復旧作業が終了し，サービスを再開しました。ユーザの皆様に大変ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。（9月21日 16時10分）

• エントリ数： 124,079,491  
  塩基数： 117,728,717,442
• DDBJ Release Note(Rel.83)
• 現在公開されているリリースの情報
• FASTA 形式に変更を行いました。（DDBJ・DAD リリースならびに新着データの FASTA 形式変更）
• 今リリース後に，2010年5月に開催された第23回国際実務者会議での決定に基づいて，DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table: Definition が改訂される予定です。

統合 TV は，ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。
この度，「SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(基本編）」「AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京」の解説動画が統合 TV より公開になりました。是非ご活用下さい。

 SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(基本編）

SAKURA を用いた塩基配列の基本的な登録方法や注意点などを動画で分かりやすく解説しています。

[内容]
1. 登録者氏名とコンタクトパーソンの登録する
2. 論文に関する情報を登録する
3. 塩基配列の情報を登録する
4. 生物種の情報を登録する
5. CDS（タンパク質コード配列）の情報を登録する

SAKURA トップページ（左カラム下）からもリンクしています。

 AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京

2010年6月23-24日に行われた「AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京」の講義を動画で公開しています。

DDBJing 講習会，DDBJing 講習会資料ダウンロード のページからもリンクしています。

相同性検索サービス BLAST (WWW) のバージョンアップ( 2.2.18 ⇒ 2.2.24 ) を行ないました。
（WABI は，9月3日バージョンアップ）

DDBJ, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は，国際塩基配列データベース共同構築事業の運営・推進を図るために，国際実務者会議を年1回開催しています。

2010年は，5月19日-21日に EBI で開催され，国際塩基配列データベース (DDBJ, EMBL-Bank, GenBank, Sequence Read Archive, Trace Archive) を運営する上での実務的な問題を討論しました。当時，アイスランドの火山活動の影響で旅程が変更され，予定より短い会議となりましたが，多くの進展がありました。会議の報告は こちら です。

相同性検索サービス BLAST にて下記の期間，条件で実行頂きました検索結果が，保証されない状況であったことが判明しました。
お手数ですが該当の方は，検索の再実行をお願いいたします。詳細は以下の通りです。

• 期間： 2010年8月17日(火) 9:00 頃 ～ 8月27日(金) 13:00 頃まで
• 条件： 検索対象データベースにて，16S rRNA を指定した検索

現在は正常に検索を行うことが可能です。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

DDBJ では，メールマガジンを配信しています。今号より，隔月から毎月発行になりました。9月1日に第52号を配信しました。今回の記事は，「BLAST での特許アミノ酸配列検索を追加」，「NCBI RefSeq データのミラー公開」，「"困った de Ｑ" 第２回」です。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

>DDBJ では，2010年8月24日より相同性検索サービス BLAST での特許アミノ酸配列検索を追加しました。
アミノ酸配列データベースに「特許データ」のカテゴリが追加され， 日本特許庁(JPO)， 韓国特許庁(KIPO)，米国特許商標庁(USPTO)，欧州特許庁(EPO) が個別に指定可能です。特許アミノ酸配列のデータ更新頻度は，年4回を予定しています。

DDBJ では，2010年8月23日より NCBI RefSeq データのミラー公開を開始しました。
ミラーデータは，Anonymous-FTP サイト (ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/mirror_database/refseq/release/) から取得することができます。release 配下のディレクトリは， NCBI と同じ階層構造 で公開します。
また，ミラーデータの更新頻度は，およそ月2回を予定しています。

保守作業のため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所 大型計算機(supernig) が停止いたします。

作業日時： 2010年8月10日 9:00 ～ 11日 20:00
(上記期間中は，システムを利用する事はできません)
ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。7月29日に第51号を配信しました。今回の記事は，「DRA/ERA/SRA からの公開データの提供を開始しました」，「DDBJ リリース 82.0, DAD リリース 52.0 完成」，「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介（２）」などです。メールマガジンに関するアンケートへのご協力もお願いいたします。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

大阪市立大学 から登録された分裂酵母 (Schizosaccharomyces pombe) 由来のGSS 113,551 エントリと EST 101,079 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• GSS: FT321169-FT434719 (Schizosaccharomyces_pombe_GSS_100728_1.seq.gz) （113,551 entries)
• EST: FY072959-FY174037 (Schizosaccharomyces_pombe_EST_100728_1.seq.gz) （101,079 entries)

これらは7月28日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ/EBI/NCBI は次世代シークエンサから出力される生データを共同でアーカイブしています。この共同事業を Sequence Read Archive と総称することになったのに合わせ，DDBJ Read Archive の名称を DDBJ Sequence Read Archive に変更いたしました。

Sequence Read Archive :
• DDBJ Sequence Read Archive (DRA)
• EBI Sequence Read Archive (ERA)
• NCBI Sequence Read Archive (SRA)

• 公開日： 2010年7月13日
• エントリ数： 17,348,613   総アミノ酸残基数： 4,825,871,820aa
• DAD Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

次回のリリースにおける予定

• DAD リリース 53.0 は，通常通り2010年9月に公開予定です。前回のリリースノートより「DAD リリース 53.0 は，2010年12月に公開します」とお知らせしていましたが，取消させて頂きます。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事をお詫び申し上げます。

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

• 停止期間： 2010年7月16日（金）9:00～18:00 （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
• 停止サービス：
    ・ARSA の DDBJ，DAD 検索 （その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません）
    ・TXSearch からの ARSA 参照機能
    ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

• 停止理由： DDBJ リリース82.0， DAD リリース52.0 の更新作業（DAD リリース52.0 は，7月13日リリース予定です）

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（7月16日17時30分）

DDBJ Read Archive (DRA) は，NCBI Sequence Read Archive と EBI Sequence Read Archive との国際協力のもと，次世代シークエンサからの生出力データを収集，公開しています。
DRA/ERA/SRA から公開されているメタデータ XML と fastq ファイルが DRA の Download (FASTQ) サイト から取得できます。

相同性検索サービス BLAST にて下記の期間，条件で実行頂きました検索結果が，保証されない状況であったことが判明しました。
お手数ですが該当の方は，検索の再実行をお願いいたします。詳細は以下の通りです。

• 期間： 2010年6月22日(火)20:00 ～ 06月23日(水)16:30まで
• 条件： BLAST にて，DDBJ 全データ(DDBJ 定期リリース + 新着データ) を指定した検索
• 原因： 更新作業の影響による

現在は正常に検索を行うことが可能です。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げると共に，今後このような事態が発生することのないよう努めます。

• エントリ数： 120,034,097   塩基数： 115,169,689,543
• 現在公開されているリリースの情報
• 2010年6月25日をもちまして DDBJ-XML 形式でのデータ提供を終了しました。詳細は こちら をご覧下さい。

次回のリリースにおける予定

• DDBJ リリース83.0 は，通常通り2010年9月に公開予定です。前回のリリースノートより「DDBJ リリース83.0 は，2010年12月に公開します」とお知らせしていましたが，取消させて頂きます。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事をお詫び申し上げます。

神経研究所 から登録されたマウス (Mus musculus) 胚 由来 small RNA のMGA データ 397,593 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

• ALAAA0000001-ALAAA0130942 (130,942 entries)
• ALAAB0000001-ALAAB0116883 (116,883 entries)
• ALAAC0000001-ALAAC0092019 (92,019 entries)
• ALAAD0000001-ALAAD0057749 (57,749 entries)

Anonymous FTP 一括取得
• AL_resource_index.html

これらは6月15日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。5月27日に第50号を配信しました。今回の記事は，「AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京 開催」，「次世代シークエンサからの生データとアセンブルしたデータセットの公開」，「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介」などです。メールマガジンに関するアンケートへのご協力もお願いいたします。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

財団法人遺伝学普及会は，一般の方々を対象に生命科学に関する話題を分かりやすく解説し，サロン的な雰囲気の中で講師と参加者が気軽に対話を楽しむ場として，”蔵 de サイエンス”を開催しております。第3回目となる今回は，城石俊彦 国立遺伝学研究所系統生物研究センター長が，「ミシママウスで生活習慣病の原因を探る」をテーマに講演いたします。

• 日程： 平成22年6月18日（金）18:00～20:00
• 場所： 丸平商店 有形文化財土蔵 (三島大社西徒歩1分)

参加申込方法など，詳細につきましては，財団法人遺伝学普及会 第３回 “蔵 de サイエンス” 開催のお知らせ をご覧下さい。

DDBJでは，"Twitter" を始めました。お知らせや更新情報などを中心につぶやきます。
どうぞご覧下さい。 http://twitter.com/DDBJ_topics

Feature Table Definition (FT-Doc) は， DDBJ/EMBL-Bank/GenBank 国際塩基配列データベース構築のために，DDBJ, EMBL-Bank, GenBank が三者間で定めた共通のアノテーション規範です。2010年4月に Feature Table Definition が改訂されました。 Version は，8.3 です。

2010年4月14日（水），中国科学院の教授6名（中国科学院副院長を含む）が，国立遺伝学研究所ならびに生命情報・ＤＤＢＪ研究センターを視察のため来訪されました。五條堀遺伝研副所長，大久保センター長，菅原特任教授等と生命情報・ＤＤＢＪ研究センター内の見学や意見交換等されました。

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

• 停止期間： 2010年4月23日（金）9:00～18:00 （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
• 停止サービス：
    ・ARSA の DDBJ，DAD 検索 （その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません）
    ・TXSearch からの ARSA 参照機能
    ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

• 停止理由： DDBJ リリース81.0， DAD リリース51.0 の更新作業

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

• 公開日： 2010年4月9日
• エントリ数： 16,673,634   総アミノ残基数： 4,623,895,321aa
• DAD Release Note
• DDBJ リリースでは Release81 より TPA が分離されましたが， DAD ではリリースに含みます。
• 現在公開されているリリースの情報

次回以降のリリースにおける予定

• DDBJ リリース83.0 の公開が3ヶ月延伸のため，DAD リリース53.0 も順延となり，2011年1月公開の予定です。

4月9日（金），国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークへ以下の時間にアクセスできない状況がありました。

• アクセスできなかった期間： 4月9日(金) 9時55分頃～13時30分頃

現在は正常にアクセスできます。ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。4月7日に第49号を配信しました。今回の記事は，「第22回 DDBJing 講習会 in 東京 ライフサイエンス統合DBセンター共催」，「UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更」，「DDBJ リリース 81.0 完成」などです。メールマガジンに関するアンケートへのご協力もお願いいたします。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

農業生物資源研究所 から登録されたイネ コシヒカリ (Oryza sativa Japonica Group, cultivar Koshihikari) 由来の WGS データ 654,543 エントリと関連データが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• scaffold CON: DG000025-DG000036 Oryza_sativa_Japonica_Group_CON_100402_1.seq.gz (12 entries, released on 2010.4.2)
• WGS: BABO01000001-BABO01654543 BABO.gz (654,543 entries, released on 2010.4.1)
• raw outputs (before assemble): DRA000010 (released on 2010.3.31)

関連ページ

• QTL ゲノム育種研究センター
• DDBJ Read Archive (DRA)

理化学研究所 から登録されたゴマノハグサ科の一種に (Striga hermonthica) 由来するEST データ 67,814 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• FS438984-FS506797 (Striga_hermonthica_EST_100402_1.seq.gz) （67,814 entries)

関連ページ

• 植物科学研究センター

これらは4月2日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ の相同性検索の RESULT RETRIEVER にて，以下の時間帯に解析結果が表示出来ない状態となっていたことが判明いたしました。

• 時間： 2010年04月01日 9:30 - 2010年04月02日 12:00(JST)
• 状況： RESULT RETRIEVER （結果を E-mail で受け取る指定にした場合の結果の閲覧画面）にて，解析結果が表示されない
• 原因： 相同性検索サービスの一部終了作業の影響による
• 対応： RESULT RETRIEVER にて解析結果が表示出来る状態に戻した

ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。
皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

理研バイオリソースセンター から登録されたマウス (Mus musculus domesticus) strain: C57BL/6NCrlCrlj 由来の GSS データ 122,131 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• DH839446-DH961576 (Mus_musculus_domesticus_GSS_100401_1.seq.gz) （122,131 entries)

関連ページ

• DNA BANK

これらは4月1日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ では，getentry，ARSA，FASTA/BLAST の検索対象データベースとして，また Anonymous FTP によるダウンロードデータとして UniProt データベース（UniProt，UniProt/Swiss-Prot，UniProt/TrEMBL）を提供しています。データは，UniProt によるリリースをもとに定期的に更新されています。
2010年3月23日公開分より， UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更になりました。詳細は以下の通りです。また，この変更は Swiss-Prot と TrEMBL にも適用されます。

		リリース番号の表示	リリースの間隔		nbsp;
	新：	YYYY_XX	4週間
	旧：	x.n	3週間

  　　* 新方式では，YYYY は西暦で，XX は当該年のリリースごとに増加する2桁の数字 （例：2010_01，2010_02）
参照ページ

• UniProt
• UniProt News
• README.reldate (DDBJ の FTP サイト)
• 現在公開されているリリースの情報

• エントリ数： 116,720,237   塩基数： 112,394,932,676
• 今リリースより，TPA はリリースに含めません。詳細は，DDBJ Release Note をご覧下さい。
• 現在公開されているリリースの情報

次回以降のリリースにおける予定

• DDBJ リリース83.0は，システム開発のため公開日を3ヶ月延伸し，2010年12月に公開です。このため2010年は，リリース公開が3回になる予定です。
• Feature Table Definition(FT-Doc) は，2010年4月改訂予定です。

ARSA は，DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。
このうち，KEGG PATHWAY を2010年3月末日をもちまして検索対象から削除いたします。ユーザの皆様にはご不便をお掛けいたしますが，ご理解下さいますようお願いいたします。

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。3月4日に第48号を配信しました。今回の記事は，「平成22年度上期ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクトの募集」，「共同研究会『生物情報資源の相互運用性』開催のお知らせ」，「国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス，supernig 停止」などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

筑波大学 から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) cultivar: Micro-Tom 由来のGSS データ 93,682 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• FT227487-FT321168 (Solanum_lycopersicum_GSS_100303_1.seq.gz) （93,682 entries)

関連ページ

• Ezura Laboratory

これらは3月3日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ では，2月26日 日本特許庁(JPO) および 韓国特許庁(KIPO) のアミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開いたしました。
詳細は，Anonymous FTP 上の特許データに関する README.TXT，ddbj_database の README.TXT，また 2月19日のお知らせ をご参照下さい。

メンテナンスのため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス，大型計算機(supernig) が停止いたします。

• 作業日時： 2010年3月21日(日) 18:15 ～ 19:00
  上記時間帯において5分の通信断が1回発生します。

• 作業内容： 学術情報ネットワークのメンテナンス

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

DDBJ では，2010年2月26日より 日本特許庁(JPO) および 韓国特許庁(KIPO) のアミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開いたします。提供するアミノ酸配列データは，DDBJ より公開済の全アミノ酸配列データで，各特許庁データ毎のファイル構成となっています。更新頻度は，3ヶ月に1度を予定しています。核酸配列データはこれまでも DDBJ リリースとして（上記の他に 欧州特許庁 (EPO)，米国特許商標庁(USPTO) も含む）公開しています。
詳しくは Anonymous FTP 上の特許データに関する README.TXT（2月26日公開予定）をご参照下さい。

システム更新のため，以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスならびに大型計算機(supernig)のサービスを停止いたします。
サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。詳細は以下の通りです。

サービス名	休止期間
- SAKURA	3/12(金) 17:00 - 3/15(月) 10:00
- DDBJ の全ネットワークサービス(SAKURA 以外) - 大型計算機(supernig)	3/14(日) 9:00 - 21:30

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。（3月15日10時 JST）

近畿大学 から登録されたマウス (Mus musculus) 由来 small RNA の MGA データ 84,606 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

• ANAAA0000001-ANAAA0033164 (33,164 entries)
• ANAAB0000001-ANAAB0051442 (51,442 entries)

Anonymous FTP 一括取得： AN_resource_index
関連ページ： MGA 配列データについて

これらは2月16日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ が WWW で提供している相同性検索ならびに ClustalW を下記の日程でサービスを停止します。

• 停止日時： 2010年2月16日（火）9:00 - 17:00 （サービス再開次第，HP にてお知らせします）
• 対象サービス： 相同性検索（FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM），ClustalW
• 休止理由： 保守作業のため

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（2月16日17時00分）

農業生物資源研究所 から登録されたブタ (Sus scrofa) の EST データ 82,326 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• FS639971-FS722296 (Sus_scrofa_EST_100204_1.seq.gz) （82,326 entries)

これらは2月4日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。2月3日に第47号を配信しました。今回の記事は，「検索・解析サービスの一部終了のお知らせ」，「Nucleic Acids Research に DDBJ に関する論文掲載」，「DDBJ リリース 80.0 完成」などです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

2010年4月に中国の上海にて，第9回 日中韓バイオインフォマティクス・トレーニングコースが開催されます。
このコースは日韓中の若手研究者を対象としたトレーニングコースで，講議（英語）と実習を行ないます。受講者には（独）科学技術振興機構　( Japan Science and Technology Agency)より旅費と宿泊費が支給されます。
興味をお持ちの方はサイトにて詳細を確認の上，どうぞご応募下さい。

ルータメンテナンスのため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス，大型計算機(supernig) が停止いたします。

• 作業日時： 2010年1月28日(木) 00:00 ～ 2:00
  上記時間帯において15分の通信断が1回発生します。

• 作業内容： ルータメンテナンス

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

• 停止期間： 2010年1月22日（金）9時から18時まで （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
• 停止サービス：
    ・ARSA の DDBJ，DAD 検索 （その他 18DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません）
    ・TXSearch からの ARSA 参照機能
    ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

• 停止理由： DDBJ リリース80.0， DAD リリース50.0 の更新作業

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（1月22日16時30分）

• 公開日： 2010年1月14日
• エントリ数： 16,207,520   総アミノ酸残基数： 4,480,429,655aa
• 今リリースより DAD flat file の source 行の記述形式が変更に（organism name と organelle name の表示順序が変更）なりました。また，一部の DAD flat file で，一般名表記が含まれるようになりました。詳細は　DAD Release Note をご覧下さい。
• 現在公開されているリリースの情報

a href="http://www.kribb.re.kr/eng/index.asp" target="_new">Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology から登録された オキゴンドウ (Pseudorca crassidens) 由来の GSS データ 90,007 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• DE647769-DE737775 (Pseudorca_crassidens_GSS_100107_1.seq.gz ) (90,007 entries)

関連サイト

• Genome Research Community

これらは1月7日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

Feature Table Definition(FT-Doc) は， DDBJ/EMBL-Bank/GenBank 国際塩基配列データベース構築のために，DDBJ, EMBL-Bank, GenBank が 三者間で定めた共通のアノテーション規範です。毎年5月に開催される国際実務者会議での決定を受けて改訂が行われ，公開データベースにもその改訂が反映されています。第22会国際実務者会議（2009年5月に米国 NCBI で開催）での決定事項を基に，2009年12月にFeature Table Definition が改訂されました。

DDBJ が WWW で提供している Clustal W において，以下の時間に解析が行えない状態となっていたことが判明いたしました。詳細は以下の通りです。

• 時間： 2009年12月28日（月）0:00 - 12:30 (JST)
• 状況： 解析内容送信後に受付番号は表示されるが，結果が表示されない
• 原因： 一定期間経過後に自動的に削除されるはずの結果が削除されなかったために，システムが受け付ける解析数が上限に達してしまい，新規の解析ができなくなってしまった
• 対応： 一定期間を経過した解析を手動で削除し，システムを復旧させた。

現在は正しく解析が行われていますが，上記期間内に送信された解析については，大変申し訳ありませんが，再度解析の実行をお願いいたします。
ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

• エントリ数： 112,314,250   塩基数： 109,636,862,252
• 今リリースより DDBJ flat file の source 行の記述形式が変更に（organism name と organelle name の表示順序が変更）なりました。また，一部の DDBJ flat file で，一般名表記が含まれるようになりました。詳細は DDBJ Release Note をご覧下さい。
• 現在公開されているリリースの情報

Nucleic Acids Research では，毎年データベース特集号が発行されています。2010年1月発行の Vol. 38, Database Issue に，DDBJ の活動に関連する下記の論文が掲載されました。

"DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data"
Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T and Nakamura Y.
Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D33-D38

"Archiving next generation sequencing data"
Shumway M, Cochrane G and Sugawara H.
Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D870-D871

CIB-DDBJ では，2004年4月より H-Invitational Database（H-Inv DB) のミラーサイトを公開していましたが，2009年12月31日をもって終了いたします。なお，Anoymous-FTP を H-InvDB サーバから DDBJ サーバ に移行いたします。
H-InvDB は，ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。CIB-DDBJ では，2004年4月に H-Invitational で解析されたヒト完全長 cDNA データセットの機能アノテーションの成果を公開するためのデータベース（H-Inv DB）を独立行政法人 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター（BIRC）と共同で構築し，ミラーサイトを公開していました。また，H-Invitational で付与された機能アノテーションを国際塩基配列データベースに準拠した形式のフラットファイルで表示し，H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server を公開していました。
H-InvDB サイトは，BIRC H-InvDB をご利用下さい。長い間ご利用頂きありがとうございました。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 12月28日に DDBJ リリース64 を完成しました。 リリース64 のエントリ数は 52,272,669，総塩基数は 56,098,558,378 塩基です。
これまで dbjacc.idx, ddbjgen.idx, ddbjjou.idx, ddbjkey.idx というファイル名で提供していた index file のデータ量が増加してきました。 今回のリリースから 2GB を超える index file を 1.5GB の単位で分割することになりましたのでご注意下さい（今回は ddbjgen.idx 以外のファイルが分割されています）。 詳細は リリースノート をご覧下さい。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ リリース 63 (2005年9月) において，PRI division データとして公開されるべき 37 エントリが誤って HUM division として公開されていました。 詳細は下記の通りです。
該当リリース：DDBJ リリース63 (2005/09)
原因：GenBank 由来データを DDBJ フォーマットに変換する際の HUM division 分離プログラムの不備
対応：リリース 64 (2005年12月)では，PRI division データとして公開されます。 getentry および Anonymous FTP では修正済みです。
影響のあったサービスおよび影響のある期間：下記を含む DDBJ の全てのサービス
- getentry (2005/10 上旬 - 2005/12/28)
- Anonymous FTP (2005/9/30 - 2005/12/28)
- SRS、ARSA、相同性検索 (2005/10 上旬 - 2006/1 中旬 *)
*リリースデータをサービスに反映させるのに若干の時間を要するため，サービスによっては，リリース64の公開後もしばらく影響が残ります。ご了承下さい。
該当エントリ一覧
データが正しく表示されずユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Salinibacter ruber DSM 13855 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation) は DDBJ がテスト公開しているキーワード検索システムです。
システムメンテナンスのため，以下の日程でサービスを停止いたします。 サービス停止期間が長いのでご注意下さい。この間はキーワード検索システム SRS やアクセッション番号などによる検索システム getentry をご利用下さい。
このメンテナンスにより，現在行なっている毎晩２～３時間のサービス停止が廃止されます。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
サービス停止期間： 2006年1月10日（火）9：00から1月19日（木）9：00まで
停止理由： ハードウエアの増設，データベース検索エンジン Interstage Shunsaku のバージョンアップ
参考： 新キーワード検索システムのテスト公開 ARSA

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Burkholderia thailandensis E264 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 と Moorella thermoacetica ATCC 39073 の Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology により Hahella chejuensis KCTC 2396 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

イネの高精度アノテーション情報を収録したデータベース「RAP-DB」が(独)農業生物資源研究所・(独)産業技術総合研究所・国立遺伝学研究所により共同開発され，このたび公開されました。
2004年に日本を中心とする国際イネゲノム解読プロジェクト (International Rice Genome Sequencing Project : IRGSP) によってOryza sativa ssp. japonica cultivar Nipponbareゲノムの完全解読が達成され，イネ研究はポストゲノムの時代に突入しました (IRGSP, Nature. 2005 Aug 11;436 (7052):793 - 800)。
これを受けて世界中からイネ研究者・アノテーターが集結しマンパワーによりイネ全遺伝子を高精度に注釈付けする試み，イネアノテーションプロジェクト (Rice Annotation Project : RAP) が推進されています (論文準備中)。
RAP-DB は，RAP によって得られたイネゲノムの注釈情報を収録・公開することによって，この貴重な情報をイネ研究のコミュニティに還元するためのデータベースです (Nucleic Acids Research 2006年データベース特集号, in press)。 RAP-DB は2種類のアノテーションビューアから成り，キーワードや配列類似性による検索機能を備えています。 また完全長 cDNA や Tos17 ミュータントパネル等の有用情報へのリンクを持つことにより，イネゲノム学の「ハブ」となることを目指しています。
RAP-DBへは http://rapdb.lab.nig.ac.jp/ よりアクセスできます。
（参考）

• IRGSP(International Rice Genome Sequencing Project)
• 更新情報 (Build4.0)(2005.8.31)
• DDBJ その他の生命情報リンク：生物ごとのデータベース（イネ）

getentry (get-entry@nig.ac.jp) は DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供するアクセッション番号などによるエントリ検索システムです。
結果出力を複数の形式から選択することができますが，そのうちの１つである「フラットファイル (EMBL)」は利用者が少ないため2006年1月16日に廃止することになりました。
この「フラットファイル (EMBL)」は検索対象として「DNA データベース」を選択した場合に使用可能な出力形式の１つでしたが，今後は以下の形式より選択してご利用下さい。
DNA データベースを選択した場合
フラットファイル(DDBJ)：DDBJ のデータ公開形式で出力
- 全塩基配列 FASTA：塩基配列の全長を FASTA 形式で出力
- CDS アミノ酸配列FASTA：各 CDS 領域のアミノ酸翻訳配列を FASTA 形式で出力
- CDS 塩基配列 FASTA：各 CDS 領域の塩基配列をFASTA 形式で出力
- Quality Value：HTG および HTC の一部データで提供されている Phrap 値を表示
- DDBJ-XML：DDBJ が設計した XML 形式（DDBJ-XML）で出力
- INSD-XML：INSD が共通で使用する DTD により設計したXML 形式で出力
Protein データベース（UniProt, PDB, DAD, PRF, Patent）を選択した場合
- default：指定したデータベースの公開形式で出力
- アミノ酸配列 FASTA：アミノ酸配列を FASTA 形式で出力
- 塩基配列 FASTA (for DAD)：アミノ酸配列をコードする塩基配列を FASTA 形式で出力

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Tokyo University of Agriculture and Technology により Magnetospirillum magneticum AMB-1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

2000年から2001年にかけて EST division データとして公開され，その後 division を VRL に変更した52エントリの公開が一定期間行なわれていませんでした。 詳細および対応は次の通りです。
公開されていなかった期間： DDBJ リリース46 (2001/07) から63 (2005/09) にかけて
原因： Division 変更時のデータ処理に関する不備
対応：
- これらのエントリは11月30日に公開しました。
- 登録者の方には DDBJ よりおわびのご連絡を差し上げました。
影響のあったサービス：
- anonymous FTP および検索解析サービス（getentry を除く*）から利用できませんでした。
- * getentry では検索対象となっていましたが，エントリが一部古いフォーマットで表示されていました。
- リリース61まで行なっていた磁気媒体でのデータ配布にもこれらのエントリは含まれていませんでした。
該当エントリ一覧
長期間にわたり，公開されるべきエントリが正しく表示されずご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2005年12月29日(木)から2006年1月3日(火)まで休業いたします。
これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)までご利用いただけません。 エントリの新規および再公開も，2005年12月27日から2006年1月4日まで行なわれません。
皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
スケジュール

休業期間：	2005年12月29日(木)から2006年1月3日(火)
SAKURA 停止：	2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)
新規・再公開停止：	2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)

DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第23号を配信しました。 今回の内容は「DDBJing 講習会 in 大阪」開催決定，定期リリース INSD-XML 形式での提供開始，Web 版 BLAST に Graphical View 機能追加などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第12回は，遺伝情報分析研究室 池尾一穂助教授による「生命における個性と多様性」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。 お申し込みお待ちしています！

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Oak Ridge National Laboratory により Brucella melitensis biovar Abortus の University of Minnesota により Staphylococcus aureus RF122 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

DDBJ では，塩基配列の登録や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により有効に利用していただくために，全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 講習会では，DDBJ のスタッフが中心となっておこなう講議や実習を通して，サービスのについての理解を深め，具体的な使い方を学んでいただいています。
2005年2月2-3日に大阪大学中之島センターでの講習会の開催が決定しましたのでご案内します。 今回は本年3月に開催された講習会と同じく，PDBj（日本蛋白質構造データバンク）との共同開催で，DDBJ ならびに PDBj が提供しているアミノ酸・タンパク質に関するサービスの利用法についての実習と，タンパク質ならびにゲノム研究に関する講議を行ないます。 PC を用いた実習の時間を多く設け，より実践的な知識を身に付けていただける講議内容を予定していますので是非ご参加下さい。
12月5日より参加申し込み受け付けを開始予定です。 詳細はDDBJing 講習会のページをご覧下さい。 大阪近郊の皆様のご参加をお待ちしています。

• 日時：2006年2月2日（木）13時から17時まで
  　 　 　 2月3日（金）10時から17時まで
• 大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター
• 対象：DDBJ，PDBj を利用される方をどなたでも歓迎します（定員30名・参加費無料）
• 講習内容：無線 LAN を用いてネットワークに接続して実習を行ないますので，無線LANが使用可能な PC をご持参下さい。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Nitrosospira multiformis ATCC 25196 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

相同性検索 S&W SEARCH で使用しておりますフロントエンドサーバのメンテナンスを行なうため，下記の日程で S&W SEARCH サービスを停止いたします。 この間に受け付けましたリクエストはメンテナンスが終了次第，順次実行されます。
ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2005年12月5日（月）13:00～12月9日（金）18:00

DDBJ では anonymous ftp サイト で WGS データ を公開しています。
2005年9月8日から11月10日にかけて WGS データの新規公開が行なわれていないことがわかったため，これらのデータを公開しました。
ご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。
公開データ一覧

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Microbial Genome Center of Chinese Ministry of Public Health により Shigella boydii Sb227 と Shigella dysenteriae Sd197 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは年４回定期リリースとして anonymous FTP サイトで公開しています。 これまでフラットファイル形式・FASTA 形式・DDBJ-XML 形式・CDS 配列の４種類の形式で提供していましたが，DDBJ リリース62（2005年6月）より INSD-XML 形式での提供も開始しました。 INSD-XML 形式での提供は，2005年5月より毎日公開される新着データでは行なわれていましたが，今後は定期リリースも同形式でご利用いただくことができます。
INSD-XML は DDBJ, EMBL ならびに GenBank によって構成されている国際塩基配列データベース共同体 (INSDC) が共通に使用する DTD (Data Type Definition) です。 現在の DTD については，INSDC でいかなるエントリについても問題が起きないことや，相互に XML ドキュメントを読み書きできることをテストして成熟させていく予定です。 したがって，DTD 自身が随時変更される可能性があります。 また，DTD から XML ドキュメントに展開する部分についても随時変更される可能性があります。 DTD のバージョンはファイル中に記載されています。
公開ディレクトリ： ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insd/
INSD-XML 用の DTD： 同じディレクトリにある INSD_INSDSeq.dtd です。
getentry での利用： 検索時に DNA データベースを指定して INSD-XML を選択すると，結果を INSD-XML 形式で表示します。
DDBJ-XML は，プログラムによる処理を容易にするとともに，これまで広く利用されてきたフラットファイル形式を意識して，人間にとっても読みやすいドキュメントが生成されることを目指して設計されました。
INSD-XML は，フラットファイルとの親和性よりも，Features/qualifiers の構造を意識して設計されました。
どうぞご利用下さい。
過去のおしらせ
INSD-XML 公開のおしらせ (2005.05.23)
XML 形式でのリリース公開開始 (2001.07.25)
XML を導入 (2001.05.11)

国立遺伝学研究所の停電のため，下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2005年12月2日（金）17:00 から 12月3日（土）22:00 まで
SAKURA 停止期間：2005年12月2日（金）15:00 から 12月5日（月）09:00 まで

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Synechococcus elongatus PCC 7942 と Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Prochlorococcus marinus MIT 9312 と Thiomicrospira denitrificans ATCC 33889 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

相同性検索 S&W SEARCHで使用しております GeneMatcher の フロントエンドサーバのメンテナンスを行なうため，下記の 日程で S&W SEARCH サービスを一時停止させていただきます。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。

• 期日： 2005年11月7日(月) 13:00～18:00
  (この間に受け付けましたリクエストは，メンテナンスが 終了次第，順次実行されます。)
  対象サービス：相同性検索サービス S&W SEARCH

DDBJ では相同性検索サービス BLAST を web サーバと e-mailサーバで提供しています。 Web 版 BLAST に検索結果をグラフィカルに表示する Graphical View 機能を追加しました。 詳細は以下の通りです。
検索オプション「検索結果」に，"Graphical View" というチェックボックスを追加しました。 デフォルトではチェックが入っています。
この機能を利用すると，下図のように結果のアラインメント部分をスコアごとに色分けした矢印でグラフィカルに表示することができます。 矢印はヒットした配列の範囲と方向を示しています。 最上部は QUERY を，目盛りは QUERY と対応する位置を示しており，それぞれの矢印をクリックすると，該当するアラインメント部分に移動することができます。
それぞれの行頭にあるチェックボックスを利用して ClustalW による多重整列を行なうことができますので，これまでよりも少ない手順で ClustalW を利用することが可能になりました。
"Graphical View" を選択しない場合は，結果表示ページに"Select Sequences" というメニューが表示されますので，今までと同様に配列を選択して ClustalW をご利用いただくことができます。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Thiomicrospira crunogena XCL-2 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLAST のバージョンアップを行ないました。
BLAST, PSI-BLAST バージョン番号：2.2.6 から 2.2.12 に

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Geobacter metallireducens GS-15 と Desulfovibrio desulfuricans G20 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Synechococcus sp. CC9605 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Pelodictyon luteolum DSM 273 ， Synechococcus sp. CC9902 と Chlorobium chlorochromatii CaD3 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

ネットワーク機器のハードウェア障害に対するメンテナンス作業のため，本日次のサービスを停止いたします。 ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
日時：10月27日（本日）13:00-13:30
対象サービス：FTP, getentry, SRS, ARSA, BLAST, FASTA, SSEARCH, ClustalW, malign

以下の会議を追加しました

• Germ Cells, Epigenetics, Reprogramming and Embryonic Stem Cells (11/15-18)
• 日本人類遺伝学会５０周年記念国際シンポジウム(12/3-4)
• Legume Genomics and Genetics (4/9-13)
• BIO 2006 (6/7-9)
• 11th International Congress of Human Genetics (8/6-10)

ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。 9月15日から10月12日までの間，解析から結果の表示までを web で行なった方のうち容量の大きな配列を解析された方は，サービスの利用状況を確認する Traffic ページ でプロセスの実行状況を正しく確認できなかった可能性があります。 現在は正常に機能していますが，ご迷惑をお掛け致しましたことをお詫び致します。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Burkholderia sp. 383 と Pelobacter carbinolicus DSM 2380の，TIGR により Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 の，Institut fuer genetik により Xanthomonas campestris pv. vesicatoria 85-10 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

10月24日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 105 を公開しています。 PRF Rel. 105 はエントリ数が 459,765，総アミノ残基数が 164,147,981 aa です

以下の会議を追加しました

• Nucleic Acid World Summit 2005 (11/1-2)
• Environmental Epigenomics, Imprinting and Disease Susceptibility (11/2-4)
• New Aspects of Gene Amplification (11/5-8)
• 19th International Mouse Genome Conference (11/5-8)
• Separation of Proteins, Peptides & Polynucleotides (11/6-9)
• 5th International Rice Genetics Symposium (11/19-23)
• Computational Proteomics (11/20-25)
• 7th International EMBL PhD Student Symposium (12/1-3)
• 21th tRNA Workshop(12/2-7)
• Nucleic Acids Chemistry Towards Biology: 50 Years On (12/9)
• 45th Annual Meeting: American Society for Cell Biology (12/10-14)

2006

• Genome Sequence Variation and the Inherited Basis of Common Disease and Complex Traits (1/8-13)
• Molecular Embryology to Tissue Engineering & Therapeutics (1/23-25)
• RNAi and Related Pathways(1/26-31)
• Structural Genomics (1/29-2/3)
• Microbial Community Genomics in Animals and in the Environment (2/6-10)
• Advances in Genome Biology and Technology (2/8-11)
• ABRF 2006 (2/11-14)
• Nucleic Acid Enzymes (2/11-16)
• 27th Lorne Genome Conference (2/12-15)
• 4th Asia Pacific Bioinformatics Conference (2/13-16)
• ASM Conference on Mobile DNA (2/24-3/2)
• Systems Biology: Integrating Biology, Technology and Computation (3/5-10)
• RNAi 2006 (3/22-23)
• Genomes to Systems Conference (3/22-24)
• 2006 Annual Clinical Genetics Meeting (3/23-26)
• Frontiers in Chemical Biology: Single Molecules (3/26-29)
• ASBMB Annual Meeting and Centennial Celebration (4/1-5)
• 4th International Conference on Plant Metabolomics (4/7-10)
• BIO 2006 (4/9-12)
• EVOBIO 2006 (4/10-12)
• Reguration of Eukaryotic Transcription: From Chromatin to mRNA (4/21-26)
• Cell Culture Engineering X (4/23-28)
• Gene Expression & Signaling in the Immune System (4/26-30)
• Multiple functions of RNA in gene regulation (5/3-7)
• ASM Conference on Protein Traffic in Prokaryotes (5/6-10
• The Biology of Genomes (5/10-14)
• SMBE 2006 (5/24-28)
• Bioinformatics 2006 (6/15-18)
• RNA 2006 (6/20-25)
• Genetics of Industrial Microorganisms (6/24-28)
• Metabolomics 2006 (6/25-28)
• International Symposium on Microbial Sulfur Metabolism (6/29-7/2)
• 2nd FEMS Congress of European Microbiologists (7/4-8)
• 14th Annual International Conference on Intellitent Systems for Molecular Biology (8/6-10)
• 8th World Congress on Genetics applied to livestock production (8/13-18)
• Tropical Crop Biotechnology Conference 2006 (8/16-19)
• 8th International Congress of Plant Molecular Biology (8/20-25)
• 30th International Conference on Animal Genetics (8/20-25)
• MPSA 2006 (8/29-9/2)
• XVII International Roundtable (9/3-7)
• German Conference on Bioinformatics 2006 (9/20-22)
• 4th Recombinant Protein Production Meeting (9/21-23)
• Translational Control and Non-Coding RNA Meeting (11/8-12)

10月19日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 33 を公開しています。 DAD rel. 33 はエントリ数が 2,587,809， 総アミノ残基数が 794,393,760 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ リリース63 公開にともない， 統計の詳細 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.63）を更新しました。 Pinus taeda（テーダマツ）が新たに２８位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

10月4日付の朝日新聞「天声人語」は 広島県立広島国泰寺高等学校 の生徒が三年がかりで作ったオオサンショウウオの遺伝子音楽に関する内容でした。 記事の最後に「解析されたオオサンショウウオの DNA 情報は9月末，国立遺伝学研究所を通じて，世界に公開された」という記述があります。 ここで紹介されたデータは国際塩基配列データベースにアクセッション番号 AB208679 で登録されており，DDBJ の getentry から取得することができます。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 9月30日に DDBJ リリース63 を完成しました。 リリース63 のエントリ数は 47,741,593，総塩基数は 52,246,110,341 塩基です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

日本の理化学研究所を中心としたマウスのゲノムおよびトランスクリプトームを網羅的に研究している国際コンソーシウム (FANTOM Consortium) はヒトおよびマウス転写物 (transcripts) に関する統合的な解析の成果を9月2日付けの Science に発表しました （Science. 2005 Sep;309:1559-63., Science. 2005 Sep;309:1564-66.）。
生命活動の維持に不可欠なタンパク質をコードする転写物（遺伝子）のみならず，タンパク質を作らない転写物 (non-protein-coding RNA: ncRNA) がマウスおよびヒトにおいて多数見いだされました。
これら多数の ncRNA がタンパク質をコードする転写物の発現を調節することが示唆され，哺乳動物における遺伝子の発現調節機構に関して重要な知見が得られました。
FANTOM Consortium には，CIB-DDBJ より五條堀孝教授（生命情報・DDBJ 研究センター長），池尾一穂助教授他が参加しており，上記論文にも名前が掲載されています。 また，上記の論文には ゲノムネットワークプロジェクト の成果の一部が含まれています。
この論文に使用された約200万の EST (expressed sequence tag)，約11万の HTC (high throughput cDNA sequence) および約880万の MGA (Mass sequence for genome annotation) エントリの配列情報は，国際塩基配列データベースに登録・公開されており，DDBJの検索ツール getentry でデータを閲覧･取得することができます。
参考
理化学研究所プレスリリース
FANTOM Database
配列のアクセッション番号リスト；理化学研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造・機能研究グループ

DDBJ が web 上で提供するキーワード検索システム SF gate-WAIS と
web および 数値計算サーバ minerva 上で提供している塩基配列・アミノ酸配列多重整列プログラム malign は2005年9月30日をもってサービス終了いたしました。
今後はキーワード検索には SRS や ARSA を，多重整列には ClustalW (clustalw@nig.ac.jp) をご利用いただけると幸いです。これまでご利用下さいましてありがとうございました。

DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第22号を配信しました。 今回の内容は国際塩基配列データベースの総塩基数が100ギガ突破・イネゲノム解析結果公・チンパンジー全ゲノム解読・ヒトおよびマウスにおける超大量転写物配列データの公開・カニクイザル cDNA データベース (QFbase) の公開・第18回国際実務者会議報告などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第11回は，集団遺伝研究部門 隅山 健太 助手による「その正体」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

国際塩基配列データベースの総塩基数が100ギガ（1000億）突破 2005.9.21

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースで収集・提供している塩基 (DNA, RNA) 総数が2005年8月に100ギガ（1000億）塩基を超えました。これは，欧州の EMBL Bank，米国の GenBank そして我が国の DDBJの３者相互による，国際データ交換によって到達した快挙といえます。なお，３者のデータバンクの総称は，今後 International Nucleotide Sequence Database Collaboration（INSDC，国際塩基配列データベース共同体） とすることになりました。
国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センターの五條堀孝センター長は以下のようなコメントを発表しています。 「国際塩基配列データベース共同体はその基礎を，様々な生命情報を互いに交換し合う，と言う点に置いてきた。システムズバイオロジーの時代となった今，研究者達も，幾千もの遺伝子についての研究の成果やコンピュータによるモデル作成といったようなことに関する複雑で多様な情報を互いに交換しあうようになってきた。 “生命情報を互いに交換し共有しあう”と言う点から見ればパイオニア的存在にある３つのデータバンクが，この素晴らしい偉業を達成したことは，実に重要な意味を持つものである。」
また，EMBL Bank の母体である EBI（欧州バイオインフォマティックス研究所） のグラハム・キャメロン副所長も，次のような談話を発表しています。「これは，国際塩基データバンクの歴史において重要な到達点である。 最初の EMBL Bank の前身である EMBL データライブラリーは1980年に創設されたが，その最初の登録から，今日の少なくとも20万種類の生物から得られた5,500万配列に昇るデータは，世界中の分子生物学者の要求に応えもるのである。」
国立バイオテクノロジー情報センター（GenBank の母体）のデビッド・リップマン所長も次のように述べています。「今日の塩基配列データベースのおかげで，研究者達は，完全ゲノムの情報や生態系の遺伝的構成要素，特許に関連した配列情報などを共有できるようになった。 国際塩基配列データベース共同体 (INSDC) は，塩基配列に関する情報を可能な限り世界的規模で共有することで，塩基配列情報に関するこのプロジェクトを始めた研究者達の夢を実現させたのだ。」
国際塩基配列データベース共同体 (International Nucleotide Sequence Database Collaboration, INSDC) は1980年に EMBL と GenBank がその活動を開始し，DDBJ も1987年より活動に加わりました。 DDBJ は，これまで日本を中心に世界各国の研究者からのデータ登録を受け付け，他の２バンクとデータの相互交換を行いながら国際塩基配列データベース共同体の発展に貢献してきました。
DDBJ に関する詳細な情報は DDBJ のホームページ をご覧下さい。

DDBJ HP に「統計の詳細」というページを追加しました。 左カラムにある「統計の詳細」というボタンからご参照下さい。 このページではこれまで公開していた DDBJ 活動に関する統計に加え，定期リリースを division の特徴・登録者の分布・データ登録の傾向という観点から詳細に分析した内容をご覧いただくことができます。

独立行政法人医薬基盤研究所 遺伝子バンクでは，国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター遺伝情報分析研究室，東京大学医科学研究所 ・ゲノム情報応用診断部門および 東京大学大学院新領域創成科学研究科 ・ゲノム制御医科学分野との共同研究の成果として，カニクイザル cDNAデータベース (QFbase) を開設しました。
カニクイザルは様々な実験動物として幅広く用いられているサルであり，今後の医学・薬学研究および霊長類ゲノムの進化解析に非常に有用であると考えられます。当データベースには，オリゴキャッピング法によって作製されたカニクイザル脳・肝臓・精巣由来 cDNA クローンの5'または3'末端塩基配列約85,000が登録され，BLAST 検索やヒト遺伝子との相同性に基づいたアノテーションにより目的のクローンを探すことが出来ます。また，約4,000遺伝子については cDNA の全長配列が決定され，約1,700遺伝子についてはヒト遺伝子との塩基配列の比較情報が含まれています。ヒト遺伝子との相同性検索の結果，このデータベースの全クローンはカニクイザル全遺伝子の半分程度を含んでいると予想されます。
これらのクローンの大部分は， ヒューマンサイエンス研究資源バンク (HSRRB)を通じて供給が行なわれており，機能解析などの実験に用いることができます。是非ご利用ください。
また，このデータベースに登録されている配列は，「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」にアクセッション番号 BB873801 - BB894695 (20895 entries 3'EST配列)，CJ430287 - CJ493524（63238 entries 5'EST配列）で登録されており，DDBJ の getentry で配列を取得することができます。
QFbase へは遺伝子バンクトップページのリンクよりアクセスすることができます。 http://genebank.nibio.go.jp/gbank/index.html
また， DDBJ HP の生命情報・DDBJ 研究センターの生命情報 web リンク，ならびにその他の生命情報リンク：生物ごとのデータベース（その他の哺乳類） にも紹介されています。

９月１ー２日に東京農業大学で，「第13 回 DDBJing 講習会 in 東京農大」が開催されました。 DDBJing 講習会は，塩基配列の登録方法や DDBJ が提供している様々なサービスを，ユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目的として，DDBJ が全国各地で開催している講習会です。 今回は東京農大関係者を対象として２日間にわたって講議と実習を行ない，約６０名 が熱心に受講しました。
今回の講習会では一般募集は行ないませんでしたが，講習会で使用したテキストが DDBJing 講習会 資料ダウンロードページよりダウンロードすることができます。 どうぞご利用下さい。

• DDBJing 講習会のページ
• DDBJing 講習会資料ダウンロードページ

チンパンジーの全ゲノム情報の概要が米国の研究チームによって解読され，その結果が９月１日発行の英科学誌 Nature (vol.437, pp.69 - 87; Sep.1, 2005) に発表されました。
チンパンジーはヒトに最も近い生物で，ヒトゲノムとの比較によりヒトの進化のメカニズムや機能の解明が進むことが期待されます。
この塩基配列は，Whole Genome Shotgun データとしてDDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに登録されており， getentryで取得することができます。また，FTP を利用したリリースデータ取得のページ の「WGS データ」よりダウンロードすることができますので，どうぞご利用下さい。なお，WGS についての詳細はこちらをご覧下さい。
チンパンジーのゲノム解読については，昨年５月に理化学研究所を中心とする国際チンパンジーゲノム２２番染色体解読コンソーシアムが，チンパンジーの２２番染色体のゲノム解読データを同じく Nature に発表しています。

イネゲノムは，既に２００４年１２月に，日本を中心とする国際イネゲノム配列解読コンソーシアム (IRGSP) によって，「日本晴」ゲノムの完全解読が終了していましたが，その後同コンソーシアムは，解読されたゲノム配列情報を基に解析をおこない，その結果が８月１１日発行の英科学誌 Nature (vol.436, pp.793 - 800; Aug.11, 2005) に発表されました。
独立行政法人農業生物資源研究所（茨城県つくば市）と社団法人農林水産先端技術産業振興センター（東京都港区）によると，解析の結果，イネの遺伝子は３万７５４４個，全体の７１％は既にゲノムの解読が完了している双子葉植物のシロイヌナズナ (Arabidopsis thaliana) と共通しており，８％は双子葉植物にはない，イネなどの単子葉植物に特有のものと思われます。
このゲノム配列情報は，国際塩基配列データベースにアクセッション番号 AP008207 - AP008218 で登録されており，DDBJ の getentry で取得することができます。
International Rice Genome Sequencing Project には，Annotation and Analysis 担当として，CIB-DDBJ より五條堀孝（生命情報・DDBJ 研究センター長），岩間久和（2004年10月まで所属。現：香川大学総合情報基盤センター助教授）が参加しており，上記論文にも名前が掲載されています。

（参考）

• プレスリリース
• IRGSP(International Rice Genome Sequencing Project)
• DDBJ その他の生命情報リンク：生物ごとのデータベース（イネ）
• 更新情報 (Build4.0)(2005.8.31)

以下の会議を追加しました。
これらの講演会は第７７回遺伝学大会に附随して行なわれるものです。 参加費は無料となっておりますので，ご自由にご参加下さい。

• 遺伝学の夕べ－市民公開講演会－ (09/26)
• 公開科学講演会”100 ways to crack the genome”(09/28)
• 公開講演会「『遺伝』をプラスイメージに：教育の重要性」 (09/28)
• 公開講演会”Neurogenetics Today”（神経遺伝学の現状と展望） (9/29)

国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため， 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2005年9月16日(金) 12:00～21:00

国際塩基配列データベース実務者会議での決定により，MGA (Mass sequence for Genome Annotation) データの公開形式が一部，変更されることになりました。
対象は Variable record で，各エントリ間に表示されていた "//" 行を削除します。下記が変更内容となっておりますので，データを取得の際にはご利用者の皆様におかれましてはご注意いただきますよう，お願い申し上げます。

変更前

>ZZZZZ0000001|ABC1004AA60F1902|10|9B|lipidosis-related protein Lipidosin| MGI:2385656|
gactgtcttcggtgaatgca
//
>ZZZZZ0000002|ABC1003AE78G1607|5||||
gcggaagtcggaccggtcgca
//
>ZZZZZ0000003|ABC1003AE72P1806|6||||
gggagaccgatccgggatct
//
（以下省略）

変更後

>ZZZZZ0000001|ABC1004AA60F1902|10|9B|lipidosis-related protein Lipidosin| MGI:2385656|
gactgtcttcggtgaatgca
>ZZZZZ0000002|ABC1003AE78G1607|5||||
gcggaagtcggaccggtcgca
>ZZZZZ0000003|ABC1003AE72P1806|6||||
gggagaccgatccgggatct
以下省略）

本日，H-Invitational に関連する２つのデータベースの内容が更新されました。
主な更新内容は以下の通りです。

1. cDNA エントリ数が 41,118 から 56,419 に増加しました。
2. Locus エントリ数が 21,037 から 25,585 に増加しました。
3. ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "2.0" になりました。

H-Invitational 関連データベース

- H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server

- ミラーH-Invitational Database （H-InvDB）

以下の会議を追加しました

• ゲノムフォーラム２００５ (09/17-18)
• 4th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (09/20-22)
• バイオインフォマティクス人材養成５年の歩み (09/22)
  
  DDBJの五條堀が司会をします
• International Symposium on Extremophiles and Their Applications (11/29-12/02)

2006

• 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology(06/18-23)

落雷による停電のため，8月22日23：43から翌23日02:53の間，以下のサービスが停止しました。 現在はすべてのサービスが復旧していますが，ご迷惑をおかけしたことをお詫びいたします。
getentry, SRS, SF-gateWais, SQmatch, 相同性検索, CAMUS, Anonymous-FTP, Txsearch, ClustalW, malign, PDB Retriever, SSthread, LIBRA-I, Lib score, SAKURA, Vector Screening

The International Nucleotide Sequence
Databases Collaboration (INSDC) のページが公開されました。

8月18日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 104 を公開しています。 PRF Rel. 104 はエントリ数が 422,024，総アミノ残基数が 148,110,105 aa です。

以下の会議を追加しました

  - 2005

• 第８回システムバイオロジー研究会 (9/2)
• 13th Annual International Meeting on Microbial Genomics (9/11-15)
• BIOINFO 2005 (9/22-24)
• Functional Genomics of Mammalian Nervous Systems (9/28-10/2)
• Genomics Momentum 2005 (10/5)
• Understanding the Genome (11/11-13)
• Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms (11/12-17)
• 16th International Conference on Genome Informatics (12/19-21)

  - 2006

• PSB 2006 (1/3-7)
• Pacific Rim Summit on Industrial Biotechnology (1/12-13)
• Plant and Animal Genome XIV Conference (1/14-18)
• MSB 2006 (1/22-26)
• RECOMB 2006 (4/2-5)
• HGM 2006 (5/31-6/3)

DDBJ 定期リリース62（2005年6月公開）中にアクセッション番号の重複が見つかりましたので，訂正版 62.1 を公開しました。
重複していたアクセッション番号は AE006470 で，BCT と CON division に存在していました。 BCT division の AE006470 が最新のデータですので，8月4日に CON division にあったデータを削除し，再公開しました。
ご迷惑をおかけいたしましたことを深くお詫びいたします。
訂正したファイル名: ddbjcon.seq
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ web ページ「生命情報学へのとびら」に DDBJの利用法」補助資料および内容更新を追加しました。このページは共立出版から出版された「DDBJ の利用法」という書籍をお持ちの方を対象としており，文章の中に出てくる URL へのリンクが張ってあるほか，内容が更新された箇所を表示してあります。どうぞご利用下さい。

DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第21号を配信しました。 今回の内容は ENV division 新設ng 講習会 in 三島資料ダウンロード開始とお詫び・web 版 getentry レイアウト変更・DDBJ スタッフ着任・SF gate-WAIS と malign サービス終了のおしらせなどです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第10回は，遺伝子機能研究室 舘野 義男教授による「鴎外と情報」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

DDBJ では全国各地で DDBJing 講習会 を開催しています。 DDBJing 講習会は，塩基配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。
ホームページやメールマガジンなどで，9月1-2日に東京農業大学で DDBJing 講習会を開催する旨ご案内いたしましたが，都合により同講習会は東京農大関係者のみを対象とし，一般募集は行なわないことになりました。
参加を予定されていらっしゃった方には，大変申し訳なく深くお詫び申し上げます。今後の予定はまだ計画段階ですが，会場の確保が可能であれば今年度中に東京での開催を検討しています。開催が決定いたしましたらホームページやメールマガジンでご案内いたしますので，是非ご参加下さい。
6月8-9日に開催した第12回 DDBJing 講習会 in 三島の資料が ダウンロードできます。塩基配列登録システム SAKURA を使った具体的な登録方法や，DDBJ が提供する検索解析サービスの検索例を含む資料ですので，次回の講習会への参加を検討して下さっていた方にも有効に使っていただくことのできる内容となっています。どうぞご利用下さい。

7月26日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 32 を公開しています。 DAD rel. 32 はエントリ数が 2,429,195， 総アミノ残基数が 745,907,868 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

台湾の陽明 (Yang-Ming) 大学（7月6-8日）と NHRI (National Health Research Institute) （7月11-12日）の２ケ所で International bioinformatics training course を開催し，DDBJ スタッフ３名が講師を務めました。
内容は，分子進化に関する講議（舘野義男教授），分子系統学に関する講議（齋藤成也教授）と塩基配列データ登録システム SAKURA の使い方・データ検索システム（getentry，ARSA，SRS）や GTOP，H-Inv DB を主とした DDBJ が提供するサービスとツールに関する講議（Roberto Barrero 助手）で，講議には20-25名の，実習には10-15名の方が参加しました。 他の研究者からも同様の講議開催の要望があるため，International bioinformatics training course を開催する予定です。

DDBJ リリース62 公開にともない，DDBJ の統計 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移を更新しました。 前回のリリースで１２４位の Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)が２９位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため， 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2005年7月22日(金) 12:00～21:00

６月に国立遺伝学研究所（静岡県三島市）で開催されました「第12回 DDBJing 講習会 in 三島」の資料が，下記 DDBJing 講習会 資料ダウンロードページ よりダウンロードできるようになりました。どうぞご利用下さい。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/dl.html

getentry は DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供するアクセッション番号などによるエントリ検索システムです。 7月14日に web 版 getentry 画面のレイアウトを変更しました。 変更箇所は以下の通りです。 機能に変更はありません。 どうぞご利用下さい。
上部フレーム（検索条件入力欄）
・番号指定欄の名称変更と場所の移動：「番号指定」を「ID 指定」に変更し，位置を検索条件入力欄の一番下から最上部に移動
・日本語／英語ページ切り替え用のリンク追加
下部フレーム
・表の更新と用語の統一

以下の会議を追加しました

• Algebraic Biology (AB2005)(11/28-30)

以下の会議を追加しました

• CELLULAR and MOLECULAR BIOLOGY --BIOPHYSICS and BIOENGINEERING(7/15-17)
• Human Genetics & Genomics(7/24-29)
• BSPR/EBI - From Proteins to Systems(7/27-29)
• BIOT-05(8/15-16)
• 12th European Congress on Biotechnology(8/21-24)
• 7th International Symposium on Mass Spectrometry in the Health and Life Sciences(8/21-25)
• Functional Genomics and Disease(9/6-10)
• POPULATION GENOMICS CONFERENCE (9/20-22)
• BioSapiens-viRgil Workshop on Bioinformatics for Viral Infections(9/21-23)
• RNAi Europe 2005(9/28-29)
• German Conference on Bioinformatics 2005(10/5-7)
• Workflows management: new abilities for the biological information overflow(10/5-7)
• From Gene Expression Profiling to Validated Biology(10/5-7)
• AMT(10/11-13)
• RNAi for Functional Analysis and Target Validation(10/19-20)
• Comparative and Functional Genomics (BITS) Workshop(10/27-30)
• ISPA' 05(11/2-5)
• 6th International Symposium on Biological and Medical Data Analysis (ISBMDA 2005)(11/10-11)
• Expanding Proteomics(12/5-7)

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 6月30日に DDBJ リリース62 を完成しました。 リリース62 のエントリ数は 45,249,444，総塩基数は 49,158,155,283 塩基です。 今回のリリースより環境サンプル由来の配列格納する ENV division を開始しました。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

環境サンプル由来の塩基配列の登録が，近年，急増しています。
このような状況に対応すべく，ENV division を新設いたします。
この division は PCR，DGGE，あるいは，その他の方法で直接，分子を単離した環境上のサンプルに由来した配列を含みます。 これまでは，このカテゴリに該当する配列をそれぞれ由来生物種に基づくdivision，主として BCT に含めていましたが，今後はこのようなエントリを ENV division に分類します。 DDBJ では由来生物種に基づくdivision に混在している ENV division に該当するエントリを移行する作業を定期リリース 62 (2005 年 6月)から段階的に実施し，定期リリース 63 (2005 年9月)で移行を完了する予定です。 この間は ENV division 相当のエントリが他の division にも混在していますので，ご注意ください。

以下の会議を追加しました

• 遺伝子からみた生物の系統樹 (06/24)
  DDBJの舘野が講演します

DDBJ リリース61 公開にともない，DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.61）を更新しました。

以下の会議を追加しました

• 9th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles (09/21-23)
• First International Biocurator Meeting (12/8-11)

急なアナウンスとなりますが，下記期日におきまして，ネットークの保守作業に伴い，以下の通り，遺伝研の一部のサービスを停止致します。ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2005年6月3日(金) 18:00～19:00
対象サービス：以下のサービスへの通信が不可能になります。
  ・相同性検索サービス(BLAST, FASTA )
  ・解析サービス(ClustalW)
  ・キーワードサービス(getentry, SRS)
  ・キーワード検索サービス(ARSA)

DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第20号を配信しました。 今回の内容は INSD-XML 公開・DDBJing 講習会 in 東京開催決定・DDBJ 関連書籍出版などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第９回は，遺伝子機能研究室 Roberto Barrero 助手による初の英文コラム「RNA genes as modulators of gene expression」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

以下の会議を追加しました

• グラフィカル・ガウシアン・モデリングによる遺伝子発現プロファイルからの関連遺伝子ネットワーク推定 (06/28)

5月28日(土) 13:08頃に国立遺伝学研究所のネットワークに下記のようなトラブルが発生いたしました。
・発生時刻：　5月28日(土) 13:08頃
・障害内容：　133.39.22.x へのネットワーク通信不可
・影響範囲：　以下のサーバに対する，所内外からの通信
  - 研究者向けサーバ
  - 相同性検索サーバ
  - ClustalW 等解析サーバ
  - ファイルサーバ，getentry, SRS
  - 大容量バックアップサーバ
  - ARSAサーバ
・復旧時刻：　本日 5月30日(月) 9:15　
ご迷惑をお掛けいたしましたことを，深くお詫び申し上げます。

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業ため， 下記の時間は DDBJ HP へのアクセスができません。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2005年6月1日(水) 16:00～17:00

CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank は，国際塩基配列データベース共同構築を円滑に進めるために，国際実務者会議と国際諮問委員会を年１回開催しています。
今年は DDBJ のある国立遺伝学研究所（静岡県三島市）で第18回国際実務者会議（5月16日-18日）と，第16回国際諮問委員会（5月19日）が開催されました。 国際実務者会議には28名が，国際諮問委員会には22名が参加し，DDBJ からは国際実務者会議に13名の，国際諮問委員会に5名のスタッフが出席しました。 国際実務者会議では，DDBJ, EMBL, GenBank 三極の活動の年次報告が行なわれた後，国際塩基配列データベース運用上の実務的な問題を検討しました。

DDBJ では2001年より anonymous FTP と getentry で XML 形式 (DDBJ-XML)(*)でもデータを提供してきましたが，2005年4月29日より INSD-XML 形式でのデータも試験的に(**) 提供を開始しました。 INSD-XML は DDBJ, EMBL ならびに GenBank によって構成されている国際塩基配列データベース (INSD) が共通に使用する DTD (Data Type Definition) です。
(*) DDBJ-XML は，プログラムによる処理を容易にするとともに，これまで広く利用されてきたフラットファイル形式を意識して，人間にとっても読みやすいドキュメントが生成されることを目指して設計されました。
INSD-XML は，フラットファイルとの親和性よりも，Features/qualifiers の構造を意識して設計されました。
(**)現在の DTD については，今後１年間をかけて，国際塩基配列データベース３極でいかなるエントリーについても問題が起きないことや，相互に XML ドキュメントを読み書きできることをテストして成熟させていく予定です。 したがって，DTD 自身が随時変更される可能性があります。 また，DTD から XML ドキュメントに展開する部分についても随時変更される可能性があります。
・FTP サイトでの利用
anonymous FTP 公開ディレクトリとファイル名は次のような構成になっています。 現在 anonymous FTP で公開しているデータは，毎日公開される新着データのみですが，次回の DDBJ リリース62 (2005/06) より定期リリースも公開する予定です。
公開ディレクトリ：ftp.ddbj.nig.ac.jp/database/ddbjnew/xml/insd/
公開ファイル名：DDBJNEWr##.XXX.insd_xml.gz (e.g. DDBJNEWr61.062.insd_xml.gz)
## リリース番号, XXX シリアル番号
・リリース番号・シリアル番号は毎日公開される anonymous FTP データと同様です。
・TPA, CON も１ファイルにまとめて公開いたします。
・INSD-XML 用の DTD は同じディレクトリにある INSD_INSDSeq.dtd です。
・getentry での利用
getentry では検索時に DNA データベースを指定して INSD-XML を選択すると，結果を INSD-XML 形式で表示します。
どうぞご利用下さい。

共立出版 から「DDBJ の利用法－配列データの登録・検索・解析－」五條堀孝・菅原秀明 編著（ISBN4-320-05629-9, 2700円）が出版されました。 この本は DDBJ を運営する国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センターの教員が主な執筆者となって DDBJ が提供するデータベースやさまざまな検索解析サービスの利用方法について解説しています。
以下７章にわたり DDBJ のサービスを具体的に説明していますので，興味をお持ちの方はどうぞご覧下さい。
１章 DDBJの利用法／２章 国際塩基配列データファイルの構造／３章 データ登録／４章 データ検索／５章 塩基配列・アミノ酸配列データ解析／６章 タンパク質・発現データ解析／７章 情報資源の活用

4月28日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 102 を公開しています。 PRF Rel. 102 はエントリ数が 353,698，総アミノ残基数が 122,820,797 aa です

既にお知らせしていましたように，Vector Screening System の URL が2005年4月1日より変更になりました。 変更後も 旧 URL は引き続き利用可能でしたが，4月28日に停止されました。 まだリンクの設定を変更されていらっしゃらない方は修正をお願いいたします。 サービス内容に変更はありません。 今後も引き続きご利用下さい。
変更後 URL：http://vector.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
変更前 URL： http://sakura.ddbj.nig.ac.jp:8080/vector/index.html

4月25日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 31 を公開しています。 DAD rel. 31 はエントリ数が2,309,392， 総アミノ残基数が 709,797,357 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

以下の会議を追加しました

• RNA Interference: siRNA and miRNA as Translational Regulators, Functional Genomics Tools and Therapeutic Agents (6/12-14)
• Proteomics: Applications in Therapeutic and Diagnostic Developments (6/15-16)
• Systems Biology: Working Towards Validation of Multi-Variate Biology (6/15-16)
• Genomic Variation: Enabling Personalized Medicine (6/15-16)
• Nucleic Acid-Based Technologies (6/27-28)
• 24th Summer Symposium: Comparative and Functional Genomics (7/20-23)
• The 7th International Meeting on Single Nucleotide Polymorphism and Complex Genome Analysis (9/22-24)

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。4月6日に DDBJ リリース61 を完成しました。リリース61 のエントリ数は 43,118,204，総塩基数は 47,099,081,750 塩基です。今回のリリースからリリースノートの形式を変更しました。

FTP
による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Chang Gung Genomic Medical Center により Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis SC-B67 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome sequence of Salmonella enterica serovar Choleraesuis, a highly invasive and resistant zoonotic pathogen, Nucleic Acids Res. 33 (5), 1690-1698 (2005)

ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。Web 版はバージョン番号およびオプションの異なる ClustalW (ver.1.83) と ClustalW DDBJ 拡張版 (ver.1.80) の２種類を提供していましたが，4月1日よりこのサービスを統合しました。
統合後は ClustalW DDBJ 拡張版だけにあったオプション（DOTSINOUTPUT と DISTANCE）をより新しいバージョンでご利用いただくことができます。この統合にともない，ユーザインタフェイスの一部を変更し，URL も現在 ClustalW が使用しているものに統一いたしましたのでご注意下さい。

• URL http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

• バージョン番号 1.83

DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第19号を配信しました。 今回の内容は UniProt に関するおしらせや ClustalW や Vector Screening System をはじめとするサービスに関するおしらせ，次回 DDBJing 講習会の案内などの内容です。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第８回は，大量遺伝情報研究室の西川建教授の「遺伝情報について考える」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

進化的に広く保存され，動物において初期発生に重要な働きを担う T-box 転写因子 Brachyury の下流遺伝子を明らかにするために京都大学分子・進化発生研究室と遺伝研・遺伝情報分析研究室はホヤ Brachyury 下流遺伝子データベース NotoBase を構築しました。
このデータベースはこれまでにサブトラクション法によって単離されてきた約500のホヤ Brachyury 下流遺伝子に対するアノテーション情報を付与し公開しています。
EST 配列情報の参照だけでなく3000枚以上に及ぶ遺伝子発現パターン画像や外部データベース（ホヤ cDNAプ ロジェクト，ホヤゲノムプロジェクト）とのリンクによって対応する遺伝子の cDNA 全長配列あるいは予測配列，他の生物における類似遺伝子の参照が可能であり，種々の検索（Brachyury 下流遺伝子配列データに対する BLAST によるホモロジー検索や発現組織別の遺伝子検索，ホモロジー検索結果に対するキーワード検索）もサポートしています。 さらに Download サイトからは得られたホヤ Brachyury 下流遺伝子配列も取得することができます。
ちなみに画面トップのニコニコマークはホヤ原腸胚での Brachyury 発現パターンを示しています。
DDBJ のサイトでは「生命情報学へのとびら／ 生命情報・DDBJ 研究センターの生命情報 web リンク などからリンクが張ってあります。どうぞご利用下さい。

タンパク質データベースである PIR は，Swiss-Prot に吸収合併されました。 さらに Swiss-Prot は，TrEMBL と統合され，2005年1月1日をもって UniProt となっております。 つまり UniProt は Swiss-Prot に由来する UniProt/Swiss-Prot，TrEMBL に由来する UniProt/TrEMBL という2つのデータベースから構成されることになります。
これまで DDBJ では PIR，Swiss-Prot を別データベースとして検索解析サービスを行って参りましたが，以上のような状況を踏まえ，2005年4月15日を持ちまして Swiss-Prot の表記を UniProt/Swiss-Prot と変更し，すでに UniProt/Swiss-Prot に含まれている PIR を削除することと致します。
また2005年6月15日には，UniProt/Swiss-Prot に UniProt/TrEMBL を加え，UniProt として利用していただくようにする予定です。
皆様のご理解とご協力をよろしくお願い申し上げます。
UniProt についての詳細はこちらをご覧下さい。

以下の会議を追加しました

• HUPO 4th Annual World Congress"FROM DEFINING THE PROTEOME TO UNDERSTANDING FUNCTION" (8/28-9/1)

以下の会議を追加しました。

• ２１世紀 COE プログラム公開シンポジウム『ゲノムからケミカルゲノムへ』 (3/24)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Sanger Institute により Bacteroides fragilis NCTC 9343 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Extensive DNA inversions in the B. fragilis genome control variable gene expression, Science 307, 1463-1465(2005).

以下の会議を追加しました

• 第三回　国立情報学研究所国際シンポジウム『e-バイオロジーイニシアティブ：新しい生物学の開拓』 (3/11)

ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。 Web 版はバージョン番号およびオプションの異なる ClustalW (ver.1.83) と ClustalW DDBJ 拡張版 (ver.1.80) の２種類を提供していますが，このサービスを以下の日程で統合することになりました。
統合後は ClustalW DDBJ 拡張版だけにあったオプション（DOTSINOUTPUT と DISTANCE）をより新しいバージョンでご利用いただくことができます。この統合にともない，ユーザインタフェイスの一部を変更し，URL も現在 ClustalW が使用しているものに統一いたしますのでご注意下さい。日程とバージョン情報は以下の通りです。サービスの中断などはありません。どうぞご利用下さい。
日程：2005年4月1日（金）（予定）
URL ：http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
バージョン番号 1.83
バージョンアップの完了は，このページでお知らせします。

2005年1月1日から SwissProt が正式に UniProt になりました。
これに伴い，UniProt のリリースの ftp site 名が SwissProt から UniProt に変わったのですが，私ども DDBJ はそのことに気づくのが遅れまして，2月2日の UniProt からのリリースの ftp に不具合をもたらしてしまいました。 つまり，その時点での UniProt からの ftp にはリリース分が入っておらず，更新分のみとなってしまいました。
従いまして，2月2日から2月25日までの間に DDBJ がサービスしている UniProt データベースを検索された方は，不具合のある検索結果を得られたと考えられます。 このような不具合をもたらしまして，大変申し訳ありません。
現在は UniProt のリリースにも更新分にも不具合はございません。
今後とも DDBJ を宜しくご支援くださるようお願いいたします。

以下の会議を追加しました

• 第1回　ゲノムネットワークプロジェクト公開シンポジウム『ゲノム研究の新たな基盤の確立を目指して』 (東京)
  DDBJ の五條堀が研究発表します (3/22)

昨年12月にテスト公開を開始したキーワード検索システム ARSA へのリンクを，DDBJ HP 左カラムと検索解析ページに追加しました。従来のキーワード検索システムに比べて，短時間で検索結果を返すことができます。どうぞご利用下さい。
関連記事：新キーワード検索システムのテスト公開

DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービス S&W SEARCH は，ハードウェア製造社の解散に伴い，2005/4/1以降，サービスに支障をきたすようなハードウェア障害が発生した時点で，終了させて頂きます。
なお，S&W SEARCH と同様なアルゴリズムを用いた検索サービスとして， SSEARCH が引き続き利用可能です。
皆様にはご不便をお掛けすることになり誠に申し訳ございませんが何卒ご理解とご協力の程よろしくお願い申し上げます。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Oklahoma により Neisseria gonorrhoeae FA 1090 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The Complete Genome Sequence of Neisseria gonorrhoeae, Unpublished

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Hawaii により Vibrio fischeri ES114 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of Vibrio fischeri: A symbiotic bacterium with pathogenic congeners, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (8), 3004-3009 (2005)

2月15日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel.101 を公開しています。 PRF Rel.101 はエントリ数が 308,406，総アミノ残基数が 107,784,531 aa です

スーパー SINET ルータ保守のため下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスが停止致します。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：平成17年02月20日(日) 8:00 ～ 9:00
上記時間帯において 15分間の通信停止が発生します

以下の会議を追加しました

• Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression (3/17-20)
• Pathway Analysis for Target and Compound Evaluation (4/20-22)
• Genomic and Proteomic Sample Preparation (5/4-5)
• From Gene to Genome (5/26-28)
• 5th Symposium on Post-Transcriptional Regulation of Plant Gene Expression (6/8-12)
• ICBI 2005 (6/24-26)
• 日本遺伝子診療学会 (8/5-6)
• Eukaryotic mRNA Processing (8/24-28)
• 2005 International Conference on Natural Computation (8/27-29)
• Eukaryotic DNA Replication (9/7-11)
• Growth Factors and Signal Transduction Symposia (9/22-25)
• RNAi (9/28-10/2)
• Symposium on RNA Biology VI: RNA, Tool and Target: Small RNAs and RNPs(10/21-22)
• Rat Genomics & Models (12/8-11)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
CIRAD により Ehrlichia ruminantium Gardel と Ehrlichia ruminantium Welgevonden (CIRAD) の New England Biolabs により Wolbachia endosymbiont TRS of Brugia malayi の National Institute of Agricultural Biotechnologyにより Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Ehrlichia ruminantium Gardel: Nucleic Acids Res, Unpublished
Ehrlichia ruminantium Welgevonden (CIRAD): Nucleic Acids Res, Unpublished
Wolbachia endosymbiont TRS of Brugia malayi: The Wolbachia genome of Brugia malayi: endosymbiont evolution within a human pathogenic nematode, PLoS Biol. (2005) In press
Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331: The genome sequence of Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, the bacterial blight pathogen of rice, Nucleic Acids Res. 33 (2), 577-586 (2005)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
North Carolina State University により Lactobacillus acidophilus NCFM のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of the probiotic lactic acid bacterium Lactobacillus acidophilus NCFM, Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Jan 25 [Epub ahead of print]

国立遺伝学研究所ネットワーク定期保守ため，下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2005年2月8日(火) 18:00～22:00

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第18号を配信しました。 今回の内容は DDBJing 講習会 in 大阪　参加受付中・ 日韓バイオインフォマティクス・トレーニングコース　参加受付中・ データカテゴリ (MGA) 新設と超大量データ公開・ DDBJ 新キーワード検索システム ARSA テスト公開・ DDBJ リリース公開・ GIB にデータ追加・ ゲノム機能研究会による講演の案内です。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第７回は，集団遺伝研究部門斎藤成也教授による「真空管１本とＰＣ１個と細胞１個」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

以下の会議を追加しました

• 情報科学と生物科学の融合による知識発見への挑戦 (1/27)
• ゲノム情報を基本とした次世代先端技術開発 (1/28)
• バイオインフォマティクス：数理モデルと大規模計算によるゲノム情報の解析技術 (1/28)
• ゲノムコピー数変化に基づく食道扁平上皮癌の分子病態解析 (2/8)
• Genomics Circa 2005: An AGBT Tutorial Workshop (2/9-12)
• 第６回　システムバイオロジー研究会 (3/4)
• 第７回　ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア (3/5-6)
• The 4th Korea-Japan Bioinformatics Training Course (3/7-10)
• NCBC'05 (3/18-19)
• HiCOMB: Fourth IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology (4/4)
• Sequence-Structure-Function Relationships; Theoretical and Experimental Approaches (4/6-10)
• Proteomics and Bioinformatics (X3) (4/8-13)
• MICROBIAL GENOMES (4/13-16)
• WORLD DNA AND GENOME DAY (4/25-30)
• 第３回　サテライトミーティング　RNA 情報発現系の仕組みと制御 (5/9-11)
• THE BIOLOGY OF GENOMES (5/11-15)
• RNAi FOR PATHWAY ANALYSIS (5/16-18)
• 14th International Conference on Cytochromes P450: Biochemistry, Biophysics, and Bioinformatics (5/31-6/5)
• The11th International Meeting on DNA Computing (6/6-9)
• Bioinformatics 2005 (6/9-12)
• Bioinformatics and Genome Research (6/13-14)
• MBE 05 (6/19-23)
• The First International Conference of the Metabolomics Society (6/20-23)
• The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2005) (6/25-29)
• BioScience 2005-from genes to systems (7/17-21)
• 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI) (7/21-26)
• 第７回　日本RNA学会 (8/9-11)
• 第７回　日本進化学会東北大会 (8/26-29)
• PROKAGEN 2005: 2nd European Conference on Prokaryotic Genomes (9/23-26)
• 日本遺伝学会年次大会 (9/26-29)
• BioForum 2005 (9/28-29)
• GSAC 2005: Genomes, Medicine and the Environment (10/17-19)
• GENOME INFORMATICS (10/26-30)
• 2005 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (11/14-15)
• 第２８回　日本分子生物学会年会 (12/7-10)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Gluconobacter oxydans 621H のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of the acetogenic bacterium Gluconobacter oxydans, Nat. Biotechnol. (2005) In press

国際塩基配列データベース（INSD）では，超大量の転写物配列に対応するために
登録・公開についての検討を進めています。その一環として，ゲノム配列のアノテーションに有意義な情報を提供する超大量の配列群を受け入れるためのカテゴリーMGA（Mass sequence for Genome Annotation），を創設しました。MGAは既に存在している超大量のゲノム断片配列を格納している WGS（Whole Genome Shotgun）と同様にDivisionではなく，カテゴリーに分類されます。
INSDの定めるMGAの定義は以下となっております

Definition of MGA
MGA is defined as those sequences which are produced in large quantity in view of genome annotation.
本日2005年１月24日よりMGAカテゴリーに属するデータを公開いたします。
配列データは独立行政法人理化学研究所の林崎良英博士をリーダーとする研究グループから登録されたエントリーです。このデータはCAGE（Cap Analysis Genome Expression）法によって作出されたMus musculus 由来の転写物(cDNA)領域5'末端、約20bpの長さの配列で，エントリー数は383,264となっています。

URL：ftp://ddbj.nig.ac.jp/database/mga/

また，FTP を利用したリリースデータ取得のページからもリンクが張ってあります。
公開される配列は生命情報・DDBJ研究センターで運営されています国際共同遺伝子発現データベース，CIBEX；Center for Information Biology gene EXpression database，（http://cibex.nig.ac.jp/index.jsp）にて公開されているデータとも連携しています。

なお，このデータ公開については，2005年1月17日付けの日本経済新聞にも記事が掲載されました。

1月21日よりPIR Rel. 80 を公開しています。 PIR rel. 80 はエントリ数が 283,416，総アミノ残基数が 96,216,763 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ リリース 60 公開にともない， DDBJ の統計 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.60）を更新しました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Staphylococcus epidermidis RP62A の ゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Staphylococcus epidermidis RP62A genome sequence, Unpublished (2004)

1月18日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 30 を公開しています。 DAD rel. 30 はエントリ数が 2,169,069，総アミノ残基数が 669,311,612 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kyoto Univ. により Thermococcus kodakaraensis KOD1 の TIGR により Staphylococcus aureus subsp. aureus COL のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Thermococcus kodakaraensis KOD1: Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakaraensis KOD1 and Comparison with Pyrococcus Genomes, Unpublished (2004)
Staphylococcus aureus subsp. aureus COL: Insights on evolution of virulence and resistance from the complete genome analysis of an early methicillin resistant Staphylococcus aureus and a biofilm producing methicillin resistant Staphylococcus epidermidis, J. Bacteriol. (2005) In press

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Campylobacter jejuni RM1221 と Dehalococcoides ethenogenes 195 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Campylobacter jejuni RM1221: Major structural and novel potential virulence mechanisms from the genomes of multiple Campylobacter species, (er) PLoS Biol. 3 (1), doi 10.1371/journal.pbio.0030040 (2005)
Dehalococcoides ethenogenes 195: Genome Sequence of the PCE-Dechlorinating Bacterium, Dehalococcoides ethenogenes, Science 307 (5706), 105-108 (2005)

GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Pretoria により Ehrlichia ruminantium Welgevondenのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome of the heartwater agent, Ehrlichia ruminantium, contains multiple tandem repeats of actively variable copy number, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 838-843(2005).

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Frontiers in Bioinformatics（2004年2月10日）

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR によりGeobacter sulfurreducens PCAのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome of Geobacter sulfurreducens: metal reduction in subsurface environments, Science 302 (5652),1967-1969 (2003)

生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• ポストゲノムシーケンシング時代の生命の多様性と進化の研究（2003年12月18日）

国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため，下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年12月19日(金) 12:00～21:00

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。JGI により Rhodopseudomonas palustris CGA009 の，The University of Tokyo により Onion yellows phytoplasma のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference (Rhodopseudomonas palustris CGA009):
Complete genome sequence of the metabolically versatile
photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas palustris, Unpublished.
Reference (Onion yellows phytoplasma):
Reductive evolution suggested from the complete genome
sequence of a plant-pathogenic phytoplasma, (er) Nature Genetics,
10.1038/ng1277 (2003)
Reductive evolution suggested from the complete genome sequence of
a plant-pathogenic phytoplasma, Nature Genetics (2004) In press

12月5日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 94 を公開しています。
PRF Rel. 94 はエントリ数が 239,691，総アミノ残基数が 85,245,893 aa です

DDBJ では奇数月末にメールマガジンを配信しています。本日第11号を配信しました。今回の内容はフラットファイルフォーマット一部変更・チンパンジー22番染色体ゲノム配列公開・DDBJ 登録データ新門認定・GIBダウンロードメニュー追加・BLAST, FASTA, SSEARCH バージョンアップ・Taxonomy database についての説明・DDBJ 年末年始休業のおしらせ・DDBJ の活動紹介です。
配信を希望される方はメールマガジンのサイト緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

11月26日より PIR rel. 78 を公開しています。 PIR rel. 78 はエントリ数が 283,348，総アミノ残基数が 96,183,374 aa となっています。

所内停電およびネットワーク保守作業のため，下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：11月28日(金) 17:00 - 11月29日(土) 23:00

独立行政法人産業技術総合研究所生物機能工学研究部門の研究チームにより DDBJ にデータ登録された細菌（Gemmatimonas aurantiaca）が ICSP* により新しい「門」として認定されました。
「門」は以下の例のように，大きな分類群です。
今回認定された門は「Gemmatimonadetes」で，国際微生物系統進化雑誌上で本年７月に認定されました。細菌は現在24門に分類されています。
このデータのアクセッション番号は AB072735 で，DDBJ の getentry で取得することができます。

例：Gemmatimonas aurantiaca
Lineage (full)
cellular organisms; Bacteria;
Gemmatimonadetes; Gemmatimonadetes (class);
Gemmatimonadales; Gemmatimonadaceae; Gemmatimonas
関連論文：Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53, 1155-1163 (2003)
＊ICSP: International Committee on Systematics of Prokaryotes
  細菌を含む原核生物全体の系統分類を統括する「原核生物系統学に関する国際委員会」

本日，国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の緊急保守作業を行なうため，以下の時間はサービスを停止致します。 ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願い致します。
11月12日 18:00-20:00 （本日です）

ゲノムひろば特別併設イベントとして日本科学未来館で開催されている 「ゲノムと科学」の「サイエンスライブラリ」というコーナーで，DDBJ が紹介されています。 開催期間は11月12日から17日です。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 「ゲノムひろば」併設特別イベント（2003年11月12日～17日）
• ゲノム機能発現研究会・講演会「ＤＮＡチップの現状と将来の展望」（2003年11月20日）
• ゲノム機能発現研究会サテライト・ミーティング （2003年12月12日）

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，
真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Sanger Institure によりCorynebacterium diphtheriae gravis NCTC13129のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The complete genome sequence and analysis of Corynebacterium diphtheriae NCTC13129, Nucleic Acids Res. 31(22),
6516-6523(2003)

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
11月5日に，各ゲノムおよびプラスミドのダウンロードメニューに新項目を追加しました。
追加したのは「List of gene name, GC %, and GC skew (TAB sparated)」という項目で，遺伝子ごとの GC% と GC skew を一括で取得することができます。
ダウンロードメニューにはこのほかに，全ゲノム配列（フラットファイルまたは FASTA 形式）・全 feature の塩基配列（FASTA 形式）・CDS のアミノ酸配列（FASTA 形式）などがあります。GIB トップページから参照したいゲノムを選択し，左側のメニューから「DOWNLOAD」を選択してご利用下さい。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 第３回 国際バイオEXPO2004年5月19日～21日）

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 日仏構造プロテオミクスワークショップ（2003年11月10日～12日）
• 第2回CDBシンポジウム2004 -Developmental Remodeling-（2004年3月29日～31日）

10月23日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 25 を公開しています。 DAD rel. 25 はエントリ数が 1,547,330，総アミノ残基数が 478,115,729 aa となっています。
同じく10月23日よりSWISS-PROT Rel. 42 を公開しています。 SWISS-PROT rel. 42 はエントリ数が 135,850，総アミノ残基数が 50,046,799 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLAST，FASTA，SSEARCH のバージョンアップを行ないます。 バージョン情報と日程は以下の通りです。 サービスの中断などはありませんが，バージョンアップ作業が完了しましたら，このページでお知らせします。どうぞご利用下さい。
BLAST: 2.0.11 -> 2.2.6
FASTA: FASTA32t09 -> FASTA34t21
SSEARCH: FASTA32t09 -> FASTA34t21
日程：2003年10月17日（金）10時を予定しています。

バージョンアップによるユーザインターフェイスの変更はありませんが，FASTA，SSEARCH の結果出力形式に一部変更があります。

バージョンアップ作業が終了しました（10/17)

ネットワーク保守作業のため，下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワー クサービスを停止致します。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年10月22日(火) 18:00～22:00

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
National Yang Ming University によりVibrio vulnificus YJ016 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Comparative Genome Analysis of Vibrio vulnificus, a Marine Pathogen, Unpublished (2003)

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 第１８回「大学と科学」公開シンポジウム　アイデンティティに悩むネアンデルタール（2004年1月24日～25日）

10月9日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 93 を公開しています。 PRF Rel. 93 はエントリ数が 236,775，総アミノ残基数が 84,294,838 aa です

DDBJ は，10月7日に，チンパンジー (Pan troglodytes) の22番染色体のゲノム塩基配列を公開しました。
この塩基配列決定は，日本の２グループ（理化学研究所のゲノム科学総合研究センターと国立遺伝学研究所），ドイツの３グループ（マックスプランク分子遺伝学研究所，ドイツ生命工学センター，ドイツ分子生命工学研究所），中国の上海ヒトゲノム解析センター，韓国の韓国生命工学研究所，台湾の国立陽明大学ゲノムセンターの８研究機関の研究者が共同で解読した成果です。
チンパンジーの２２番染色体はヒトでは21番染色体にあたりますが，染色体１本分のゲノム塩基配列解読が終了したのは，ヒト以外の霊長類でははじめてです。
DDBJ から公開したデータのアクセッション番号は BS000001-BS000245 です。
これらの配列は，DDBJ の getentry で取得することができます。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• TRANSCRIPTOME2003 「ゲノム機能解析からシステム生物学へ」（2003年11月16日～19日）

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kazusa DNA Research Institute により Gloeobacter violaceus PCC 7421の，Institut Pasteur により Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Gloeobacter violaceus PCC 7421:
Complete genome structure of Gloeobacter violaceus PCC 7421, a cyanobacterium
that lacks thylakoids, DNA Res. 10, 137-145 (2003)
Complete genome structure of Gloeobacter violaceus PCC 7421, a cyanobacterium
that lacks thylakoids (supplement), DNA Res. 10, 181-201 (2003)
Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1:
Complete genome sequence of the entomapathogenic bacterium Photorhabdus
luminescens, Nat. Biotechnol. 11(1),(2003),Unpublished.

ネットワーク保守作業のため，下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年10月8日(水) 18:00～22:00

DDBJ では奇数月末にメールマガジンを配信しています。 本日第10号を配信しました。 今回はスタッフの離着任・DDBJ リリース55完成・相同性検索サービス検索対象 DIVISION の生物種変更・ゲノムひろばポスターセッション参加などのおしらせです。 配信を希望される方はメールマガジンのサイト緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。

DDBJ リリース55 公開にともない，DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.55）を更新しました。
前回のリリースで７７位の Zea mays subsp. mays（トウモロコシ）が２８位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

マシンメンテナンスのため，以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：9月26日（金）13:00 から 18:00 まで

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 9月に DDBJ リリース55を完成しました。 リリース55 のエントリ数は 27,753,140，総塩基数は34,280,225,489 塩基です。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• ゲノムひろば 福岡（2003年11月1日～2日）＊DDBJ もポスターセッションに参加します
• ゲノムひろば 京都（2003年11月8日～9日）＊DDBJ もポスターセッションに参加します
• ゲノムひろば 東京（2003年11月15日～16日）＊ゲノムひろば併設特別イベントで DDBJ の活動が紹介されます
• Genomes 2004（2004年4月14日～17日）
• CSB2004 （2004年8月16日～20日）
• 第２０回　国際霊長類学会大会（2004年8月22日～28日）

DDBJ では全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 DDBJing 講習会は，塩基配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。
9月24日に日本遺伝学会第75回大会会場の一室をお借りして DDBJing 講習会を開催します。 今回は事前の申し込みは必要ありません。 どうぞお気軽にご参加下さい。

• 日時：2003年9月24日（水）12:30 - 13:30
• 場所：東北大学　川内北キャンパス Ｂ会場 (B201)
• 内容：DDBJ の利用法　～データベースとソフトウエア～
• 講師：池尾一穂　助教授（国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センター）
• 対象：DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します（参加費無料）

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Max-Plank Institut によりWolinella succinogenes DSMZ 1740のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence and analysis of Wolinella succinogenes, Unpublished.

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
LNCCにより Chromobacterium violaceum ATCC 12472 のTIGR により Porphyromonas gingivalis W83のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Chromobacterium violaceum ATCC 12472:The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum, reveals
remarkable and exploitable bacterial adaptability, Proc. Natl. Acad. Sci.
U.S.A. (2003) In press
Porphyromonas gingivalis W83:Complete Genome Sequence of the Oral Pathogenic Bacterium Porphyromonas gingivalis Strain W83, J. Bacteriol. 185 (18), 5591-5601 (2003)

DDBJ では Web と E-mail で相同性検索サービスを提供しています。 これらのサービスでは，より効率的に検索ができるよう検索対象 Division を指定することができます（データベースとして "DDBJ 全データ"，"DDBJ 新着データ" を選択した場合に有効です）。
2003年9月11日より以下のサービスで検索対象 DIVISION として指定できる EST 生物種が３１種から２２種になります。 これは近年の登録状況の変化に対応し，亜種の統合などを行なったためです。
対象サービス：FASTA, BLAST, SSEARCH, S&W SEARCH
追加される生物種 (EST)：Ciona intestinalis，Gallus gallus，Silurana tropicalis
削除される生物種 (EST)：Bombyx mori，Brugia malayi，Leishmania major，Neurospora crassa，Onchocerca volvulus Plasmodium falciparum，Rattus sp.，Saccharomyces cerevisiae，Schistosoma mansoni，Schizosaccharomyces pombe，Sus scrofa，Trypanosoma cruzi

ネットワーク機器保守作業のため，下記日程におきまして次のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年9月1日(月) 18:00～18:30
停止サービス：getentry, SRS, SQmatch, SFgate-WAIS によるキーワード検索, Anonymous FTP

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Prochlorococcus marinus MED4, Prochlorococcus marinus MIT9313 と Synechococcus sp. WH 8102 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Prochlorococcus marinus MED4 :Genome divergence in two Prochlorococcus ecotypes reflects oceanic niche
differentiation, Nature [Epub ahead of print] (2003)
Prochlorococcus marinus MIT9313:Genome divergence in two Prochlorococcus ecotypes reflects oceanic niche
differentiation, Nature [Epub ahead of print] (2003)
Synechococcus sp. WH 8102:The genome of a motile marine Synechococcus, Nature [Epub ahead of print] (2003)

Smith-Waterman algorithm による相同性検索サービス S&W SEARCH サーバメンテナンスを以下の日程で行ないます。 この間は，リクエストの受付のみ行ないますので，ご注意下さい。
2003年8月19日（火）正午から8月20日（水）正午まで

国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000)の定期保守のため， 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年08月22日(金) 12:00～21:00

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Valencia により Candidatus Blochmannia floridanus のSanger Institute により Bordetella pertussis Tohama I と Bordetella parapertussis 12822 と Bordetella bronchiseptica RB50のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Candidatus Blochmannia floridanus:The genome sequence of Blochmannia floridanus: Comparative analysis of
reduced genomes., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 9388-9393 (2003)
Bordetella pertussis Tohama I:Comparative analysis of the genome sequences of Bordetella pertussis,
　Bordetella parapertussis and Bordetella bronchiseptica. Nat. Genet. DOI, 10.1038/Ng1227-10.1038/Ng1227(2003).
Bordetella parapertussis 12822: Comparative analysis of the genome sequences of Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis and Bordetella bronchiseptica,Nat. Genet. DOI, 10.1038/Ng1227-10.1038/Ng1227(2003).
Bordetella bronchiseptica RB50:Comparative analysis of the genome sequences of Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis and Bordetella bronchiseptica,Nat. Genet. DOI, 10.1038/Ng1227-10.1038/Ng1227(2003).

SFgate-WAIS は，DDBJ web site 「データベース検索」で提供しているキーワード検索サービスです。
2003年8月18日より SFgate-WAIS の URL を以下のように変更しますので，ブックマーク・リンクされている方は URL を更新して下さい。旧 URL は9月16日まで利用可能です。
今回の URL の変更は，SFgate-WAIS のサーバが使用する port 番号の変更（現行8080番から標準ポート80番へ）に伴うものです。この変更により port 番号の設定が原因で SFgate-WAIS にアクセスできないという状況は解決されます。サービス内容に変更はありません。
利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いします。
変更後 URL
  日本語　http://dbsearch.ddbj.nig.ac.jp/dbsearch-j.html
  英語　　http://dbsearch.ddbj.nig.ac.jp/dbsearch-e.html
    （旧 URL http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-j-new.html）

古代 DNA データベース (Ancient Genome Encyclopedia: AGE) は遺跡から発掘された人骨の DNA をはじめとする古代 DNA に関するデータベースで，遺伝研・集団遺伝の斎藤成也教授と東大・院・理の植田信太郎教授がデザインし，DDBJ が構築・運営しているデータベースです。現在，文献情報を中心に会議の話題など古代 DNA に関する様々な情報を収集し，紹介しています。サーバ変更のため， URL が変更になりました。ブックマーク・リンクされている方は URL を更新のうえ，どうぞご利用下さい。

新URL 日本語版　http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA/index-j.html
            英語版　　http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA/
(旧 URL　http://spinner.lab.nig.ac.jp/aDNA/)

ハードトラブルにより一時停止していた S&W 相同性検索サービスを 8/1の18時に再開しました。 迷惑をおかけしましたことをお詫び致します。 ご理解とご協力ありがとうございました。

DDBJ では奇数月末にでメールマガジンを配信しています。 本日第９号を配信しました。 今回はイネ完全長 cDNA データの公開・SQmatch, 古代 DNA DB URL 変更・国際実務者会議の報告です。 配信を希望される方は メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。

Smith-Waterman algorithm による相同性検索サービス S&W SEARCH のサービスを一時停止しています。 ハードトラブルによるもので，メンテナンスが終わり次第サービスを再開します。 検索リクエストの受付は通常通りに行えますが，結果返送はメンテナンス終了後となります。 皆様にはご迷惑をおかけ致しますが，ご理解とご協力をお願い致します。

国立遺伝学研究所が加入している学術情報ネットワークのメンテナンスのため，下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。
ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2003年8月8日（金）12:00-13:00 15分間の通信断

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
ALTANA Pharmaceuticals により Chlamydophila pneumoniae TW-183 の，Columbus Children's Research Institute により Haemophilus ducreyi 35000HP の，Genoscope と Station Biologique de Roscoff によりProchlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375 の，ゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
- Chlamydophila pneumoniae TW-183: The genome sequence of Chlamydia pneumoniae TW183 and comparison with other Chlamydia strains based on whole genome sequence analysis, Unpublished.
- Haemophilus ducreyi 35000HP: The Complete Genome Sequence of Haemophilus ducreyi, Unpublished.
- Prochlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375: Genome sequence of the cyanobacterium Prochlorococcus marinus SS120, a near minimal oxyphototrophic genome, Unpublished.

7月24日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel.92 を公開しています。 PRF Rel.92 はエントリ数が 233,109，総アミノ残基数が 83,162,444 aa です

DDBJ の統計ページにありました「磁気媒体を用いた DNA データベース配布状況」の公開を終了しました。
FTP によるダウンロードサービスが主流になり，配布件数が減ったためです。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course（2003年11月3日～7日）
• GIW 2003（2003年12月14日～17日）
• The Second Asia Pacific Bioinformatics Conference（2004年1月18日～22日）
• RECOMB 2004（2004年3月27日～31日）
• HGM2004（2004年4月4日～7日）

7月16日より PIR rel. 77 を公開しています。 PIR rel. 77 はエントリ数が 283,329，総アミノ残基数が 96,175,589 aa となっています。

本日予定されておりました国立遺伝学研究所のネットワークサービスの停止はなくなりました（所内停電中止のため）。
国立遺伝学研究所のネットワークサービス，DDBJ のネットワークサービス，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスは通常通り使用できますのでどうぞ御利用下さい。

国立遺伝学研究所の所内停電のため、下記期日におきまして、 国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2003年７月1４日（月）18:00 から 7月 15日 (火) 11:00 まで

急なアナウンスとなりますが，国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため， 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2003年７月13日（日）13:00 - 18:00

DDBJ トップページのレイアウトを一部変更しました。 「FTP による DDBJ リリース取得」という項目など，いくつかの項目を追加しました。

SQmatch は DDBJ が開発し，DDBJ web site 「データベース検索」で提供しているサービスです。
DDBJ リリースと DAD リリースを対象に，UNIX コマンドの grep のように遺伝子配列への正規表現によるパターンマッチができるので， FASTA/BLAST では処理できない短い断片や "N" を含む配列の検索に有効です。
2003年7月16日 より SQmatch の URL を以下のように変更しますので，ブックマーク・リンクされている方は URL を更新して下さい。
旧 URL は変更後２ヶ月間（9月16日まで）利用可能です。
今回の URL の変更は， SQmatch のサーバが使用する port 番号の変更（現行8080番から標準ポート80番へ）に伴うものです。
この変更により port 番号の設定が原因で SQmatch にアクセスできないという状況は解決されます。
サービス内容に変更はありません。
利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いします。
変更後 URL
日本語　http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
英語　　http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
MPIMM によりPirellula sp. strain 1のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of the marine planctomycete Pirellula sp. strain 1, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (14), 8298-8303 (2003)

DDBJ HPの「生命情報学へのとびら」の中にある「その他の生命情報Webリンク」を大幅に更新しました。SNPや遺伝子発現などの新たな情報も含めてサイトの収録数も増加しました。どうご利用下さい。

7月3日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 24を公開しています。DAD rel. 24 はエントリ数が 1,429,344， 総アミノ残基数が 441,769,888 aaとなっています。
FTPによる定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ では全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 DDBJing 講習会は，塩基配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。
8月29日（金）に高知医科大学で開催する DDBJing 講習会の参加受付を本日より開始しました。 四国および近県の皆様どうぞご参加下さい！

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
MWG によりHelicobacter hepaticus ATCC 51449のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The complete genome sequence of the carcinogenic bacterium Helicobacter hepaticus, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (13), 7901-7906 (2003)

隔月発行の DDBJ メールマガジン No. 8 を配信しました。 今回は DDBJing 講習会 in 高知のおしらせなどがありましたので，いつもより一月早い配信となりました。
DDBJ メールマガジンの申し込みは，メールアドレス・氏名・所属・連絡先などを登録するだけです。 興味を持たれた方の配信申し込みをお待ちしています。

DDBJ リリース54 公開にともない，DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.54）を更新しました。
前回のリリースで９８位の Macaca mulatta（アカゲザル）が１１位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 6月に DDBJ リリース54 を完成しました。 リリース54 のエントリ数は 25,149,821，総塩基数は32,162,041,177 塩基です。

昨日１５時より発生していたネットワークトラブルは，同日２３時に復旧しました。 ご迷惑をおかけしましたことをお詫び致します。 ご理解とご協力ありがとうございました。

本日１５時頃にネットワーク障害が発生しました。このため DDBJ の検索・解析サービスおよび FTP サービスが停止しております。 ご迷惑をおかけしておりますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。

国立遺伝学研究所の 解析サーバ (supernig) の定期保守のため， 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年06月20日(金) 12:00～21:00

これまで「DDBJ に頻繁に寄せられる質問とその答え」という名前で提供していた FAQ を「Q and A」というタイトルに変更し，構成も大幅に更新しました。 トップページよりご覧いただけますので，どうぞご利用下さい。

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
CEVR によりMycoplasma gallisepticum Rのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The complete genome sequence of the avian pathogen Mycoplasma gallisepticum strain R, Microbiology (2003) In press

マシンメンテナンスのため，以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間： 6月14日（土）17:00 から 6月15日（日）8:00 まで

6月9日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel.91 を公開しています。 PRF Rel.91 はエントリ数が 229,482，総アミノ残基数が 81,951,321 aa です。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• BGRS'2004（2004年7月25日～30日）

DDBJ では新サービスの案内やおしらせをメールマガジンで配信しています。 このメールマガジンは隔月で登録していただいたアドレスにヘッドラインと URL のみをお届けし，興味のある記事はサイトにアクセスしてご覧いただく形式です。 本日第７号を配信しました。
DDBJ からユーザの方々に情報をお届けすることのできる手段ですので，興味を持たれた方はどうぞお申し込み下さい。 申込みはメールアドレスと連絡先・所属をご連絡いただくだけです。 web とメール (ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp) で受付けています。 まずはサイトをご覧下さい。

CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank 国際 DNA データバンクは，DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース共同構築の運営・推進をはかるために，国際諮問委員会と国際実務者会議を年１回開催しています。 今年は NCBI のあるメリーランド州ベセスダで第16回国際実務者会議（5月19日-21日）と，第14回国際諮問委員会（5月22日-23日）が開催されました。 DDBJ からは国際実務者会議に５名の，国際諮問委員会に３名のスタッフが出席しました。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 日本遺伝学会第７５回大会（2003年9月24日～26日）

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため，下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2003年6月3日（火）18:00 - 21:00

DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLASTに複数の配列を一括して検索できる機能を追加しました。以下簡単に web を利用した場合の使用方法を紹介します。どうぞご利用下さい。

・BLAST の検索画面にアクセスし，通常通りプログラム・対象データベースなどを選択する
・複数の query 配列を multi FASTA 形式で入力またはアップロードする

    例：
    >my query sequence 1
    CACCCTCTCTTCACTGGAAAGGACACCATGAGCACGGAAAGCATGATCCAGGACGTGGAA
    GCTGGCCGAGGAGGCGCTCCCCAGGAAGACAGCAGGGCCCCAGGGCTCCAGGCGGTGCTG
    GTTCCTCAGCCTCTTCTCCTTCCTGCTCGTGGCAGGCGCCGCCAC
    >my query sequence 2
    GGCCAGGGCACCCAGTCTGAGAACAGCTGCACCCGCTTCCCAGGCAACCTGCCTCACATG
    CTTCGAGACCTCCGAGATGCCTTCAGCAGAGTGAAGACTTTCTTTCAAATGAAGGATCAG
    CTGGACAACATATTGTTAAAGGAGTCCTTGCTGGAGGACTTTAAG
    >my query sequence 3
    ATGGGTCTCACCTCCCAACTGCTTCCCCCTCTGTTCTTCCTGCTAGCATGTGCCGGCAAC
    TTTGCCCACGGACACAACTGCCATATCGCCTTACGGGAGATCATCGAAACTCTGAACAGC
    CTCACAGAGCAGAAGACTCTGTGCACCAAGTTGACCATAACGGAC
    

・検索結果の受取方法に E-mail を選択し，メールアドレスを入力する(WWW を選択するとエラーメッセージが出ます）
・メールで Request ID と検索結果が表示されている URL が返信されます
・結果は検索終了後７日間で削除されますのでご注意下さい

保守作業のため，下記の日程におきまして SAKURA サーバが停止いたします。 ご不便をおかけしますが，皆様のご協力とご理解をお願いいたします。
5月19日（月）9:00 - 10:00

相同性検索でサービスしている EPD (Eukaryotic Promotor Database) データの定期更新を行うために，DDBJ でEPD のミラーを開始しました。DDBJ データのダウンロード用サイト(Anonymous FTP of the DDBJ(DDBJ リリースデータ) )および 「その他の生命情報webリンク」にもリンクが張ってあります。どうぞ御利用下さい。

5月9日より PIR rel. 76 を公開しています。 PIR rel. 76 はエントリ数が 283,308，総アミノ残基数が 96,168,669 aa となっています。

国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため， 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年5月16日(金) 12:00～21:00

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of WisconsinによりShigella flexneri 2a 2457Tの，JGIによりNitrosomonas europaea ATCC 19718の，TIGRによりBacillus anthracis Amesのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
-Shigella flexneri 2a 2457T:Complete Genome Sequence of the Q-fever Pathogen, Coxiella burnetii, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) In press
-Nitrosomonas europaea ATCC 19718: Complete genome sequence of the ammonia oxidizing bacterium and obligate chemolithoautotroph Nitrosomonas europaea, J. Bacteriol. 185(9), 2759-2773 (2003)
-Bacillus anthracis Ames:Comparative genome sequencing for discovery of novel polymorphisms in Bacillus anthracis, Science 296 (5575), 2028-2033 (2002)
Sequence and organization of pXO1, the large Bacillus anthracis plasmid harboring the anthrax toxin genes, J. Bacteriol. 181 (20), 6509-6515 (1999)
The Genome Sequence of Bacillus anthracis Ames and Comparison to Closely- Related Bacteria, Nature 423, 81-86 (2003)

遺伝研が加入している学術情報ネットワークから計画作業連絡がありました。 現在のところ遺伝研は下記日時内で通信断が発生致します。皆様のご理解 とご協力をお願い致します。
作業日時: 平成15年5月3日(土) 16:00-17:00
（上記時間内で連続した20分間の通信断が発生します）

4月30日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 90 を公開しています。 PRF Re. 90 はエントリ数が 225,081，総アミノ残基数が 80,474,390 aa です。

マシンメンテナンスのため，以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間： 4月26日（土）17:00 から 4月27日（日）8:00 まで

getentryはweb サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエントリデータを検索するシステムです。2003年4月より web 版 getentry に次の２つの機能を追加しました。どうぞご利用下さい。

バージョン番号をキーにしたエントリ検索機能

バージョン番号はフラットファイルの VERSION 行に記載されており,
そのエントリの配列が訂正・更新された回数を示しています（例：AB000001.1）。
このバージョン番号をキーにエントリが検索できるようになりました。
これは E-mail 版でサービスしている get-version と同様の機能です。

使い方その１：
番号指定のメニュー選択欄から [Version Number] を選択する
検索したいエントリのバージョン番号を入力し [検索] ボタンを押す
該当エントリが表示される

使い方その２：
番号指定のメニュー選択欄から [Version Number] を選択する
アクセッション番号を入力し [検索] ボタンを押す
エントリの全バージョンリストが表示される

DADの塩基配列表示機能

Protein データベース DAD を指定した場合，
翻訳前の塩基配列を FASTA 形式で表示する機能を追加しました。
これまではフラットファイル形式か FASTA 形式のアミノ酸配列のみでした。

使い方：
Protein データベースから DAD を指定する
出力形式の選択メニューから [塩基配列 FASTA (for DAD)] を選ぶ
番号指定の選択メニューから [Protein ID] を選ぶ
検索したいデータの Protein ID 入力し [検索] ボタンを押す

DDBJ では新サービスの案内やおしらせをメールマガジンで配信しています。
このメールマガジンは登録していただいたアドレスにヘッドラインと URL のみをお届けし，興味のある記事はサイトにアクセスしてご覧いただく形式です。
隔月配信で，現在第６号を公開しています。
DDBJ からユーザの方々に情報をお届けすることのできる手段ですので，この機会にぜひお申し込み下さい。
web とメールでお申し込みいただくことができます。

本日よりトップページにリンク項目を追加しました。

システムトラブルにより一時停止していた S&W search のサービスを再開しました。 ご迷惑をおかけしたことをお詫び致します。 ご理解とご協力ありがとうございました。

DDBJ では TPA (Third Party Annotation) と WGS (Whole Genome Shotgun) の登録受付を開始しました。 登録にあたっての詳細はこちらをご覧下さい。

システムトラブルにより S&W search は現在ご利用いただけません。 数日以内に復旧する見込みです。 ご迷惑をおかけしておりますが，ご理解とご協力をお願い致します。

4月21日よりSWISS-PROT Rel. 41を公開しています。 SWISS-PROT Rel. 41はエントリ数が122,564， 総アミノ残基数が44,986,459 aaとなっています。

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGRによりCoxiella burnetii RSA 493の，Kitasato UniversityおよびNITEによりStreptomyces avermitilis MA-4680の，TIGRによりChlamydophila caviae GPICの，Integrated Genomics Inc.によりBacillus cereus ATCC 14579のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
- Coxiella burnetii RSA 493:Complete Genome Sequence of the Q-fever Pathogen, Coxiella burnetii,
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) In press
- Streptomyces avermitilis MA-4680: Complete Genome Sequence and Comparative Analysis of the Industrial Microorganism Streptomyces avermitilis, Nat. Biotechnol. (2003) In press
   Genome sequence of an industrial microorganism Streptomyces avermitilis: Deducing the ability of producing secondary metabolites, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 12215-12220 (2001)
- Chlamydophila caviae GPIC:Genome sequence of Chlamydophila caviae (Chlamydia psittaci GPIC): examining the role of niche-specific genes in the evolution of the Chlamydiaceae, Nucleic Acids Res. 31 (8), 2134-2147 (2003)
- Bacillus cereus ATCC 14579:Genome sequence of Bacillus cereus ATCC 14579 and comparison with Bacillus anthracis, Nature (2003) In press
The number of ribosomal RNA operons in Bacillus cereus, Unpublished

ヒトゲノム完成配列（Bu ild 32)ダウンロードページからダウンロードできますので御利用下さい。

日米英など６カ国は１４日、ヒトゲノム全配列解読完了を宣言しました。
詳しくは、こちらを御覧下さい。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course（2003年5月12日～16日）
• 第３回日本蛋白質科学会年会（2003年6月23日～25日）
• 第１９回 日本霊長類学会大会（2003年6月27日～29日）
• 日本進化学会 福岡大会 ２００３（2003年8月1日～4日）
• 日本動物学会第７４回大会（2003年9月17日～19日）
• 日本生物物理学会第４１回年会（2003年9月23日～25日）
• 日本人類遺伝学会第４８回大会 （2003年10月21日～24日）
• 第２６回日本分子生物学会年会（2003年12月10日～14日）

メンテナンスのため下記の１時間 SAKURA サーバを停止いたします。 ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
4月20日 (日) 22:00 ～ 23:00

4月4日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 23を公開しています。 DAD rel. 23 はエントリ数が 1,324,437， 総アミノ残基数が 410,343,359 aa となっています。

国立遺伝学研究所の 解析サーバ (supernig) の定期保守のため， 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2003年04月10日(木) 10:00～18:00

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Washington University School of Medicine によりBacteroides thetaiotaomicron VPI-5482の，TIGRによりEnterococcus faecalis V583のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482: A Genomic View of the Human-Bacteroides thetaiotaomicron Symbiosis, Science 299 (5615), 2074-2076 (2003)
Enterococcus faecalis V583: Role of Mobile DNA in the Evolution of Vancomycin-Resistant Enterococcus
faecalis, Science 299 (5615), 2071-2074 (2003)

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Wisconsin によりSalmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:Comparative genomics of Salmonella enterica serovar Typhi strains Ty2 and CT18, J. Bacteriol. 185 (7), 2330-2337 (2003)

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため， 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2003年4月2日（水）18:00 - 20:00

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 3月に DDBJ リリース53 を完成しました。 リリース53 のエントリ数は 23,250,813，総塩基数は 29,711,299,332 塩基です。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。このたびGIB の表示系を 更新しました。主な変更点は以下の通りです。

• ゲノムの数が１００を超えたことに応じて，トップページの表示で大まかな生物分類 の 階層を選択できるようにした
• 各ゲノムの染色体マップで，ORFの機能分類を表示するようにした

DDBJ のFTPのダウンロードサイトはDDBJの定期リリースと新着データをダウンロードできる anonymous ftp サイトですが，従来のサイトは場所がわかりにくく，そのためユーザーの方に御不便をおかけしていました。 このたび新たにダウンロード用サイトを追加し，公開いたしました。 またこのサイトでは，データは，ダウンロード（ファイル転送）をしやすくするため，ファイルを分割し，ファイルサイズを小さくしています。どうぞ御利用下さい。

3月12日 DDBJ WWW サーバの一部に障害が発生しました（SAKURA と検索解析サービスには影響ありませんでした）。 トップページをはじめアクセスできないページがありましたが，同日18時に復旧しました。
ご迷惑をおかけしたことをお詫び致します。

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Cornell University によりPseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000のゲノム配列が決定され公開されました。
これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete Sequence of Pseudomonas syringae,Unpublished

公開塩基数300億突破 DDBJ ではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データを管理し，データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており，3月7日に総塩基数が300億 bp を越えました。
2003年03月07日現在 DDBJ から公開された総塩基数: 30,019,841,567 bp， エントリ数: 23,259,781

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
GIRC により Streptococcus pyogenes SSI-1 と，Vibrio parahaemolyticus O3:K6 RIMD 2210633 の，ゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Streptococcus pyogenes SSI-1:The genome of invasive Streptococcus pyogenes; a comparative analysis of S. pyogenes SSI-1, SF370 and MGAS8232., Unpublished (2002)
Vibrio parahaemolyticus O3:K6 RIMD 2210633:A filamentous phage associated with recent pandemic Vibrio parahaemolyticusO3:K6 strains, J. Clin. Microbiol. 38, 2156-2161 (2000).
Genome sequence of Vibrio parahaemolyticus: a pathogenic mechanism distinct
from that of V cholerae, Lancet 361, 743-749 (2003)

バージョンアップのため，以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間： 3月14日（金）17:00 から 3月17日（月）8:00 まで

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
WCFS により Lactobacillus plantarum WCFS1 の，The Sanger Centre により Tropheryma whipplei TW08/27 の，Universite de la Mediterranee により Tropheryma whipplei str. Twistのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
References:
Lactobacillus plantarum WCFS1: Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum WCFS1, Online Publication.
Tropheryma whipplei TW08/27: Sequencing and analysis of the genome of the Whipple's disease bacterium Tropheryma whipplei, Lancet 361, 627-634(2003).
Tropheryma whipplei str. Twist: Tropheryma whipplei illustrates the diversity of gene loss patterns in small genome bacterial pathogens, Unpublished

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 第７回創薬ゲノム展（2003年2月27日～28日）
• 15th International Genome Sequencing & Analysis（2003年9月21日～24日）
• 日本植物学会第６７回大会（2003年9月26日～28日）

ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
AEG Brazilian Consortium によりXylella fastidiosa Temecula1 の，Goettingen Genomics Laboratory によりClostridium tetani Massachusetts E88のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference Xylella fastidiosa Temecula1: Comparative Analyses of the Complete Genome Sequences of Pierce's Disease and Citrus Variegated Chlorosis Strains of Xylella fastidiosa, J. Bacteriol. 185 (3), 1018-1026 (2003)
Reference Clostridium tetani Massachusetts E88: The genome sequence of Clostridium tetani, the causative agent of tetanus disease, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (3) (2003) In press

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため， 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2003年2月17日（月）18:00 - 20:00

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• The Second Waterfront Symposium of Human Genome Science - WASH2 - （2003年2月24日）
• Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course（2003年2月24日～28日）
• PSB 2004（2004年1月6日～10日）
• SMBE 2003（2003年6月26日～29日）

1月29日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 89 を公開しています。 PRF Re. 89 はエントリ数が 216,752，総アミノ残基数が 77,655,726 aa です。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
CNB により Buchnera aphidicola (Baizongia pistaciae) のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (2), 581-586 (2003)

1月24日より PIR rel.75 を公開しています。 PIR rel. 75 はエントリ数が 283,268，総アミノ残基数が 96,152,078 となっています。

1月20日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 22を公開しています。 DAD rel. 22 はエントリ数が 1,218,918， 総アミノ残基数が 376,251,148 aa となっています。

国立遺伝学研究所の解析サーバ supernig の定期保守のため， 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2003年1月17日（金）10:00-21:00

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業に関連する停電のため， 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。
ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2003年1月15日（水）18:00 - 19:00

２月５日から７日にかけて寺子屋『情報生物学』第５回 「バイオインフォマティクス：生命の多様性と進化に基づく生命科学の統合に向けて」を開催します。 現在参加受付中ですので，興味を持たれた方は 寺子屋のサイト をご覧の上お申し込み下さい。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Chinese National Human Genome Center at Shanghai により Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

ＤＤＢＪでは2000年12月より WWW で SQmatch (matching a regular expression against sequences in Database) を公開しました。 SQmatch は UNIX コマンドの grep のように遺伝子配列への正規表現によるパターンマッチを行なうことが出来るため， FASTA/BLAST では処理できない短い断片や "N" を含む配列の検索に有効です。
URL は http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/sqmatch_ja.html で， ＤＤＢＪのホームページ「データベース検索および解析」ページからリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。

2001年3月24日に慶應義塾大学で講演会「ゲノムを知る」を開催します。 この講演会はゲノムの基礎，ゲノムを巡る科学研究の最先端， そしてその応用の実態について正しい知識を得た上で， ゲノムへの理解を深めていただくための機会として情報知識学会の主催， 国立遺伝学研究所生命情報研究センターと国立情報学研究所の後援で企画しました。 興味のある方は， http://www.cib.nig.ac.jp/mcl/jsik/0324.html をご覧下さい。

ＤＤＢＪではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データを管理し， データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており，12月18日に総エントリ数が1000万件を越えました。
2000年12月18日現在ＤＤＢＪから公開されたエントリ数 : 10,063,110
2000年12月21日現在ＤＤＢＪから公開されたエントリ数 : 10,101,245

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に， Bio China 2001 (2001年8月22日～25日) を追加しました。

supernig の定期保守のため， におきまして supernig のサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 12月 15日 (金) 12:00 ～ 21:00

ＤＤＢＪでは，年末・年始の業務を2000年12月29日から 2001年1月3日まで休業いたします。 この間は，アクセッション番号の発行をはじめとするほとんどの業務を停止します。
また，SAKURA によるデータ受け付けは， 2000年12月26日から2001年1月3日まで停止いたしますので，ご注意ください。 皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
では，よい年をお迎えくださいませ。 新世紀もどうぞ宜しくお願い申し上げます。
ＤＤＢＪ

ネットワーク保守作業のため，下記期日におきましてＤＤＢＪのネットワークサービスが停止します。 皆様のご理解とご協力をお願いいたします。
期間：11月17日 (金) 17:00 から11月19日 (日) 9:00 まで
※国立遺伝学研究所のすべてのネットワークサービスが停止するため。
supernig においては１７日１２時より停止作業を開始させて頂きます。

１１月６日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 13を公開しています。 DAD Rel. 13はエントリ数が627,154，総アミノ残基数が195,397,467 aaとなっています。

ＤＤＢＪでは，10月より 類人猿ゲノム計画：Silver を公開しました。 Silver は国立遺伝学研究所進化遺伝研究部門斎藤研究室の類人猿ゲノム計画で， ヒトと類人猿の塩基配列比較を行ない，ヒト固有の遺伝的変化の解明を目標としています。 URL は http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/index-j.html で， ＤＤＢＪのホームページ「データベース検索および解析」と 「その他データベースへのリンク」からリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。

１０月１９日よりPIR Rel. 66 を公開しています。 PIR Rel.66 はエントリ数が195,891，総アミノ残基数が67,900,656 aa となっています。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Thermoplasma acidophilum のゲノム配列が公開されたことにともない， GIBでもデータが検索できるようになりました。

11月30日に九州大学箱崎キャンパスで DDBJ 講習会を開催します。 この講習会は塩基配列の登録方法や，ＤＤＢＪが提供しているデータベース検索・ 解析ソフトをユーザの方々により深く理解して利用していただくことを目的としています。
詳細は DDBJing ホームページをご覧下さい。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に， コンピューテーショナル構造ゲノミックス一日シンポジウム（2000年11月6日） を追加しました。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。
皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 10月20日(金) 10:00 ～ 21:00

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Bacillus halodurans C-125とHalobacterium sp. NRC-1 のゲノム配列が公開されたのにともない，GIBでもデータが検索できるようになりました。

ＤＤＢＪでは９月より WWW 上でゲノム配列からタンパク質の立体構造データへつなぐ， ゲノム情報解析の新しいデータベース GTOP (Genome TO Protein structure and function) を公開しました。
GTOP は 国立遺伝学研究所生命情報研究センター大量遺伝情報研究室で開発された， ゲノム由来のタンパク質の配列データの解析結果をまとめたデータベースです。 配列相同性解析を主な手段として，立体構造の情報を積極的に利用していることが特徴です。
URL は http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/gtop-j.html で，ＤＤＢＪのホームページ「データベース検索および解析」 ページからリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。

ＤＤＢＪが管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに， 磁気媒体により配付しています。10月にDDBJリリース43を完成しました。 リリース43のエントリー数は8,666,551，総塩基数は10,034,532,698 bpです。

ＤＤＢＪではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データを管理し，データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており，9月25日に総塩基数が100億 bp を越えました。
2000年09月25日現在ＤＤＢＪから公開された
総塩基数 : 10,006,156,465 bp ，エントリー数 : 8,614,133

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Buchnera sp. APS のゲノム配列が公開されたのにともない， GIBでもデータが検索できるようになりました。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Buchnera sp. APS のゲノム配列が公開されたのにともない， GIBでもデータが検索できるようになりました。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。
皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年9月22日 (金) 12:00 ～ 21:00

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Pseudomonas aeruginosa PA01のゲノム配列が公開されたのにともない， GIBでもデータが検索できるようになりました。

DDBJ/CIBでは８月３０，３1日に寺子屋『情報生物学』第３回生物の多様性と進化を開催しました。 約1００名の参加者が熱心に受講されました。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に， 国際ワークショップ 「Integration of Biodiversity and Genome Technology for Crop Improvement」 (2000年11月28日～12月1日) を追加しました。

ネットワーク保守作業のため，下記期日におきましてＤＤＢＪのネットワークサービスが停止します。
期間：2000年 9月17日 (日) 10:00 から 15:00 まで
※国立遺伝学研究所のすべてのネットワークサービスが停止するため
皆様のご理解とご協力をお願い致します。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に， 構造ゲノミクス国際学会 (2000年11月2日～5日) と， 第２３回情報化学討論会 (2000年10月26日～27日) を追加しました。

８月２５日よりSPIR Rel.65を公開しています。 PIR Rel.65はエントリ数が182,106，総アミノ残基数が63,460,219 aaとなっています。

8月23日に国立遺伝学研究所生命情報研究センターで第３回 DDBJing を開催しました。 約30名の方が塩基配列の登録方法やＤＤＢＪが提供しているデータベース検索・ 解析ソフトの利用について熱心に受講されました。

８月１８日よりSWISS-PROT Rel. 39を公開しています。 SWISS-PROT Rel. 39はエントリ数が86,593，総アミノ残基数が31,411,157 aaとなっています。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させて いただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 8月25日 (金) 12:00 ～ 21:00

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に， RECOMB 2001 (2001年4月21日～24日) を追加しました。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供 するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Vibrio cholerae N16961のゲノム配列が公開されたのにともない，GIBでもデータが検索できるようになりました。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に， 寺子屋 『情報生物学』 第３回 (2000年8月30日～31日) を追加しました。

８月１日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 12を公開しています。 DAD Rel. 12はエントリ数が567,195，総アミノ残基数が176,496,181 aaとなっています。

DDBJ FTPサーバ (ftp.ddbj.nig.ac.jp) のセキュリティー上の理由により， 2000年8月8日に FTP サービスプログラムのバージョンアップを行ないます。
mirror プログラムや ftpmirror プログラムをご使用の場合には不具合が発生するバージョンがあることが報告されていますので， これらのプログラムをご使用の方は動作の確認をお願いします。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Chlamydophila pneumoniae strain J138のゲノム配列が公開されたのにともない， GIBでもデータが検索できるようになりました。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に， CBIミレニアムシンポジウム（2000年7月26日～28日）を追加しました。

ＤＤＢＪが管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに， 磁気媒体により配付しています。7月にDDBJリリース42を完成しました。 リリース42のエントリー数は7,554,9955，総塩基数は9,171,507,604 bpです。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 植物病原菌Xylella fastidiosaのゲノム配列が公開されたのにともない， GIBでもデータが検索できるようになりました。

supernigの定期保守のため，下記期日におきまして supernig のサービスを停止させていただきます。 今回の定期保守はシステム総点検を実施致しますので停止時間が長くなっております。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年7月21日（金）12：00～23日（日）15：00

データベース検索および解析ページに データベースエントリ書式の説明を追加しました。 ＤＤＢＪのフラットファイルの形式に沿って各項目について解説があります。

DDBJ WWWには「ＤＤＢＪの統計」 というページがあり，様々な統計を公開しています。 この度新しく「登録塩基数上位30種の順位推移」という統計を公開しました。 この統計は，DDBJ Release 41 (2000/4) での登録塩基数上位30生物種の過去３年間の順位の推移を示しています。

ＤＤＢＪで提供している FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH の 相同性検索サービスが改良されました。 ６月１９日に，BLAST 用の検索サーバを拡充し，高速化に成功しました。 同時に，WWW 画面も更新して使いやすさも向上しました。
また，DDBJ データベースを対象に検索を行なう場合，EST 等の配列が検索対象外になりました。 これまでデフォルトでは「すべての DNA 配列データ」を対象に検索していましたが， 今回の変更により EST, HTG, GSS, STS, SYN, UNA の division が検索対象から除かれます。 これによって，十分にアノテーションされた DNA 配列の情報を効率よく検索できるようになりました。 もちろん，これまで通り「すべての DNA 配列データ」を選択することも可能です。 以上の変更によって相同性検索の速度が向上しておりますので，ぜひお試しください。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 6月16日（金）12:00 ～ 21:00

DDBJとCIBの研究開発プロジェクトにより，DDBJ/CIB Human Genomics Studio（日本名：ヒトゲノム情報工房）というホームページを開発しました。 その目的は，ヒトゲノムの配列情報を整備して提供すること，そしてさまざまなゲノム情報解析の結果を発信することです。 特に，2000年内に公表される予定のヒトのドラフト配列を集め，それを組み立てることにより，ヒトの染色体の塩基配列を構築することをめざしています。本ホームページの内容はこれから徐々に充実していく予定ですので，どうぞご期待ください。

５月１１日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 11を公開しています。 DAD Rel. 11はエントリ数が514,763，総アミノ残基数が158,049,461 aaとなっています。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 5月19日（金）10:00 ～ 21:00

getentryは WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエントリデータを検索するシステムです。 2000年５月に WWW 版 get-entry に CON データの表示機能を追加しました。 これまではCONの配列データを連続した形で表示する機能しかありませんでしたが，今回エントリ別に表示する機能も追加しました。
またgapが存在する場合にはエントリ間に
> gap()
//
を出力します。

国際ヒトゲノム計画のもと，このたび日本の 理化学研究所ゲノム科学総合研究センターの研究チーム（榊佳之代表）， 慶応大学医学部分子生物学教室の研究チーム（清水信義代表）と，ドイツの Institute of Molecular Biotechnology，GBF, Dept. of Genome Analysis， Max-Planck Institute for Molecular Genetics によって， ヒト２１番染色体のドラフトシークエンシングが完了しました。 今回公開された配列は，アクセッション番号の順に２１番ゲノム全体が一意に対応している非常に完成度の高いもので，CDSなどの情報も付加されています。

データは合計106エントリ（計約33Mbps）で，HUM divisionとして DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに公開されています。 このうち75エントリを日本のチームが担当しました。
また，106エントリのうち、q腕の105エントリについては，CONエントリとしても公開されています。 アクセッション番号は BA000005 です。このDNA配列の一括転送(ftp)または一括表示をするには以下の選択肢からお選び下さい。

● 全エントリをDDBJフォーマットでファイル転送する。
● エントリ別に区切ったDNA配列をFASTA形式でファイル転送する。
● エントリ別に区切ったDNA配列をFASTA形式で画面上に一括表示する。

※注意 画面上に一括表示すると大量のデータが出力されることがありますので， クライアント側でのメモリ不足にご注意ください。 また，エントリ間に gap がある場合は連続したDNA配列が出力されませんのでご了承下さい。

CONエントリとは：
CON (Contig / Constructed) divisionにはデータバンク側が， 個々に登録された関連のある配列データを結合し，１つのアクセッション番号を付与した 長大なデータが格納されています。CONエントリとは，このdivisionに格納されているエントリを指します。 CON divisionに格納されるエントリには長大な配列を構成する配列のアクセッション番号が記載され，塩基配列は記載されません。

理化学研究所が配列決定を担当したもの　54エントリ AP001660, AP001666, AP001667, AP001669, AP001670, AP001671, AP001672, AP001674, AP001675, AP001676, AP001677, AP001678, AP001679, AP001680, AP001681, AP001683, AP001684, AP001685, AP001686, AP001687, AP001688, AP001689, AP001690, AP001691, AP001692, AP001693, AP001694, AP001695, AP001705, AP001706, AP001708, AP001709, AP001710, AP001711, AP001712, AP001713, AP001714, AP001715, AP001716, AP001717, AP001718, AP001719, AP001720, AP001721, AP001728, AP001729, AP001730, AP001731, AP001742, AP001744, AP001750, AP001759, AP001760, AP001761, 慶応大学が配列決定を担当したもの　21エントリ AP001696, AP001697, AP001698, AP001699, AP001700, AP001724, AP001725, AP001726, AP001727, AP001732, AP001741, AP001743, AP001745, AP001746, AP001747, AP001748, AP001749, AP001751, AP001752, AP001753, AP001754,

バージョンアップ作業のため，４月２９日（土）から５月７日（日）まで停止しておりました SAKURA(DDBJ DNA Data Submission S ystem)の サービスを再開いたしました。
どうぞご利用ください。

ＤＤＢＪが管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年４回オンライン上で公開するとともに，磁気媒体により配付しています。 ４月にDDBJリリース41を完成しました。 リリース41のエントリー数は5,962,608，総塩基数は6,409,581,885 bpです。
今回のリリースから新しいディビジョン「CON ディビジョン」が採用されました。 CON ディビジョンには，データバンク側が，個々に登録された関連ある配列データ（ゲノム配列データなど）を結合し１つのアクセッション番号を付与した，長大なデータが格納されています。 なお，CONディビジョンに格納されるエントリには，アクセッション番号が 記載され，塩基配列は記載されません。
また，今回のリリースから以下のアクセッション番号が追加されました。
　BA ：DDBJがCON データ用に使用。
　BB ：DDBJがESTデータ用に使用する予定。

４月２１日よりPIR Rel. 64を公開しています。 PIR Rel. 64はエントリー数が178,058，総アミノ酸残基数が61,890,410 aaです。

SAKURA (DDBJ DNA Data Submission System)バージョンアップ作業にともない、 下記のとおりSAKURAが停止いたします。
　SAKURA停止期間：４月２９日（土）　～　５月７日（日）
また、当初、新しいSAKURAの公開は、 ４月２０日（木）を予定しておりましたが、連休明けに変更となりました。
今回のバージョンアップにより、新しいSAKURAはほとんど全てのFeature/Qualifier の入力が可能となります。また、入力時のエラーチェックを厳しくすることにより、 登録前にデータの誤りを発見することが容易になりました。
今回のバージョンアップでは、大幅な変更を行なう関係上、現在稼働中のSAKURAとまたがっての連続登録が行なえません。
連続登録を計画している方は、新しいSAKURAが公開された後に登録を開始させる、 または、SAKURA停止前に登録を完了させてください。 現在、連続登録を実施中の方も、同様にお願いいたします。
以上、皆様には大変ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願い申しあげます。

ＤＤＢＪでは定期発行物として「DDBJ/CIB Report」を年１回， 「ＤＤＢＪオフラインニュース」を年２回発行しています。 ３月下旬に「DDBJ/CIB Report 2000」約3000部をＤＤＢＪ利用者に発送しました。 今回の内容は，国内外のゲノムプロジェクト・関連Webサイト紹介や， 寺子屋『情報生物学』第１回資料，生命情報研究センター（CIB）の活動報告などです。 ＤＤＢＪの定期発行物はWWW上でも公開しています。 ＤＤＢＪのホームページの「ＤＤＢＪへようこそ／ ＤＤＢＪの発行物」 (http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/pub-j.html）をご覧下さい。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 4月21日（金）12:00 ～ 21:00

DDBJでは，SAKURA (DDBJ DNA Data Submission System)を近日中にバージョンアップいたします。 今回のバージョンアップにより，ほとんど全てのFeature/Qualifier の入力が可能となります。 また，入力時のエラーチェックを厳しくすることにより，登録前のデータの誤りを修正することが可能です。
今回のバージョンアップでは，大幅な変更を行なった関係上， 現在稼働中のSAKURAとまたがっての連続登録が行なえなくなっております。
連続登録を計画している方は，新しいSAKURAが公開された後，または， 近日中に登録を完了させてくださいますよう，お願いいたします。 現在，連続登録を実施中の方も，同様にお願いいたします。 なお，新しいSAKURAの公開は，4月20日を予定しております。
以上，どうぞよろしくお願いいたします。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供 するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Neisseria meningitidis Z2491のゲノム配列が公開されたのにともない， GIBでもこれらのデータが検索できるようになりました。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Chlamydophila pneumoniae AR39, Chlamydia muridarum, Neisseria meningitidis のゲノム配列が公開されたのにともない， GIBでもこれらのデータが検索できるようになりました。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 3月17日（金）12:00 ～ 21:00

ＤＤＢＪでは３月よりSAKURAでの塩基配列登録時に，ベクター配列混入をチェックするシステム「DDBJ Vector Screening WWW System」の運用を開始しました。 このシステムは登録予定塩基配列をqueryとし，ベクター配列データベースに対してblastnもしくはvecscreen（NCBIベクタースクリーニングプログラム）を実行してその結果を表示するものです。
SAKURAでデータを登録する前に，このシステムを利用しベクタースクリーニングをしていただくことをお勧めします。 ベクター配列混入をチェックすることによって，データの信頼性が確保されるだけでなく，データを公開した際には利用者の利便性も向上します。
DDBJ Vector Screening WWW SystemのURLは [http://sakura.ddbj.nig.ac.jp:8080/vector/ ] で，SAKURAのトップページと[VII. 塩基配列]ページからリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Ureaplasma urealyticumとCampylobacter jejuni NCTC11168のゲノム配列が公開されたのにともない，Ureaplasma urealyticumとCampylobacter jejuni NCTC11168のデータが検索できるようになりました。

WWW版get-entryの機能追加と一部改造を行いましたのでお知らせいたします。
追加した機能は以下の項目です。

• CONディビジョンエントリの検索と表示
• CONエントリに定義されている配列データの一括表示および一括転送
• CONエントリに定義されているピースエントリをDDBJフォーマットのまま一括転送
• CONエントリのjoinで定義されているアクセッション番号からそのエントリへのリンク
• ピースエントリのセカンダリとして記述されているCONアクセッション番号からCONエントリへのリンク
• Product名によるエントリ検索
  ※注意 検索可能なCONエントリは現在GenBankから公開されているエントリ(約７千件)のみです。
  変更点は以下の項目です。
• タイトルなどの表示行数を少なくし，初期表示でキー入力欄を表示できるようにした。
• 番号指定をラジオボタン選択からメニュー選択に変更した。
• メニュー選択の項目名を一部変更した。

LION AG社で開発されている遺伝子配列検索システム「SRS」の最新版 SRS 6.0.5.1 を正式公開いたしました。SRS では，例えば以下のような検索ができます。
フィールド毎のキーワード検索
例）Definision に acetylchol と receptor を含んでいて，かつmuscarinic を含んでいないものを検索する場合。

指定方法 　acetylchol* & receptor* ! muscarinic

数値の範囲指定検索
例）エントリの配列長が 10000 以上 20000 以下のものを検索する場合。

指定方法　 10000 : 20000

日付の範囲指定検索
例）エントリの最終更新日が 2000/1/1 以降のものを検索する場合。

指定方法 　1-jan-2000 :

キーワードの詳しい指定方法は，ここをご参照下さい。

※注意
AllText フィールドというのが用意されていますが，これには Feature情報は含まれていません。 Feature 情報全体は，Feature Description でキーワードを指定することで検索可能です。 従いまして，全フィールドに対して検索をかけたい場合は，AllText とFeature Descriptionの両方にキーワードを指定して下さい。
なお，検索対象データベースとして以下のものを用意しております。

Sequence	DDBJ, DDBJNEW, DAD, DADNEW, SWISSPROT, PIR
Sequence Related	PROSITE, PROSITEDOC, BLOCKS, PRINTS, PFAMA, PFAMB, SWISSPFAM, PFAMHMM, PFAMSEED, PRODOM, ENZYME
Protein 3D Struct	PDB, HSSP, FSSP
Metabolic Pathway	PATHWAY, LENZYME, LCOMPOUND

また，一部データベースについては検索結果から CLUSTALW/BLASTP を実行できるようになっております。

ＤＤＢＪで公開しております相同性検索サービスに，以下の機能拡張を行いました。

• FASTA で使用するプログラムを FASTA32t09 にしました。
  これにより，Query で DNA 配列指定時に，双方向(3'<->5') を同時に検索できるようになりました。 このほかに，「期待値上限」「期待値下限」のオプションを指定できるようにしております。
• 相同性検索対象データベースに「DDBJ 全データ」「DDBJ 新着データ」を指定した場合にも，DIVISION と EST の生物種を指定できるようにしました。 なお，「DDBJ リリース」は対象データベースから削除しました。
• メールアドレスチェック機能を強化しました。
  E-Mailで検索結果を受け取る場合に，入力して頂くメールアドレスの「@」以下の部分について，間違っているかどうかを DNS の情報と照らし合わせるようにしました。

supernigの定期保守のため，下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年 2月18日（金）12:00 ～ 21:00

日本ＤＮＡデータバンクが設置されている国立遺伝学研究所生命情報研究センターの主催で下記の講座を開催いたします。 講議内容・申込み方法など詳しくはホームページをご覧ください。

寺子屋『情報生物学』第２回
－ＳＮＰを中心とする遺伝子連鎖解析の基礎と応用－
日時：３月４日（土）午後２時～午後６時
場所：オリンピック青少年総合記念センター
主催：国立遺伝学研究所　生命情報研究センター
共催：バイオ産業情報化コンソーシアム（ＪＢＩＣ）
定員：２５０名
参加費：無料
ホームページ： http://www.ddbj.nig.ac.jp/terakoya/
電子メール：terakoya@ddbj.nig.ac.jp

２月８日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 10を公開しています。 DAD Rel. 8はエントリ数が5,388,125，総アミノ酸残基数が4,762,696,173 aaとなっています。

ＤＤＢＪが管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年４回オンライン上で公開するとともに，磁気媒体により配付しています。 １月にDDBJリリース40を完成しました。 リリース40のエントリー数は5,388,125，総塩基数は4,762,696,173 bpです。
ＤＤＢＪでは，構造RNA (structural RNAs) データの一部をRNA divisionに格納していましたが，RNA divisionがないEMBLと同divisionを廃止したGenBankと統一するため，今回のリリースよりRNA divisionを廃止しました。 今までRNA divisionに納められていたデータは，そのデータのsource行の生物種に応じたDivisionに格納しました。 また，今回のリリースからAZで始まるアクセッション番号が追加されました。 この番号はGenBankがGSSデータに対して発行する予定です。

supernigの定期保守のため下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日：2000年1月21日（金）12：00～21：00

朝日新聞の科学雑誌「サイアス」2000年2月号に，ＤＤＢＪのスタッフ斎藤成也，五條堀孝が，『日本DNAデータバンクの「フィールドワーク」』を発表しました。

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Deinococcus radioduransのゲノム配列が公開されたのにともない，Deinococcus radioduransのデータが検索できるようになりました。