最終更新日:2014.12.12.

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参考書

  • 「DDBJ の利用法」五條堀孝・菅原秀明 編著 (共立出版)
  • 「DDBJ の利用法」補助資料
  • 「あなたにも役立つバイオインフォマティクス」菅原秀明編 (共立出版)
  • 「分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門」J.C.Setubal, J.Medicanis 著/五條堀孝 監訳(共立出版)
  • 「バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法」改訂 第2版 中村保一,他編(羊土社)

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原著論文および関連論文

FASTA | BLAST | PSI-BLAST | SSEARCH | HMMPFAM | ClustalW | GIB | GIB-V | GTPS | GTOP | LIBRA l | Lib score | WINA

FASTA

原著論文
  • Pearson WR, Lipman DJ. (1988) Improved tools for biological sequence
    comparison. Proc Natl Acad Sci U S A. 85(8):2444-8.
  • Lipman DJ, Pearson WR. (1985) Rapid and sensitive protein similarity
    searches. Science. 227(4693):1435-41.
関連論文
  • Wilbur WJ, Lipman DJ. (1983) Rapid similarity searches of nucleic
    acid and protein data banks. Proc Natl Acad Sci U S A. 80(3):726-30.

BLAST

原著論文
  • Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W,
    Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein
    database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-402.
関連論文
  • Zhang J, Madden TL. (1997) PowerBLAST: a new network BLAST application
    for interactive or automated sequence analysis and annotation. Genome Res.
    7(6):649-56.
  • Madden TL, Tatusov RL, Zhang J. (1996) Applications of network BLAST
    server. Methods Enzymol. 266:131-41.
  • Gish W, States DJ. (1993) Identification of protein coding regions by
    database similarity search. Nat Genet. 3(3):266-72.
  • Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. (1990) Basic local
    alignment search tool. J Mol Biol. 215(3):403-10.
  • Karlin S, Altschul SF. (1990) Methods for assessing the statistical
    significance of molecular sequence features by using general scoring
    schemes. Proc Natl Acad Sci U S A. 87(6):2264-8.

PSI-BLAST

原著論文
  • Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W,
    Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein
    database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-402.

SSEARCH

原著論文
  • Smith TF, Waterman MS. (1981) Comparison of biosequences. Adv. Appl. Math. 2:482-9.
  • Smith TF, Waterman MS. (1981) Identification of common molecular subsequences. J Mol Biol. 147(1):195-7.
関連論文
  • Pearson WR, Lipman DJ. (1988) Improved tools for biological sequence comparison. Proc Natl Acad Sci U S A. 85(8):2444-8.
  • Lipman DJ, Pearson WR. (1985) Rapid and sensitive protein similarity searches. Science. 227(4693):1435-41.

HMMPFAM

原著論文
  • Sonnhammer EL, Eddy SR, Durbin R. (1997) Pfam: A Comprehensive Database of Protein Families Based on Seed Alignments. Proteins, 28:405-420
  • Eddy SR. (1998) Profile Hidden Markov Models. Bioinformatics, 14:755-763


ClustalW

原著論文
  • Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.Nucleic Acids Res. 22(22):4673-80.
関連論文
  • Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD. (2003) Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Res. 31(13):3497-500.

GIB

原著論文
  • Fumoto M, Miyazaki S, Sugawara H. (2002) Genome Information Broker (GIB): data retrieval and comparative analysis system for completed microbial genomes and more. Nucleic Acids Res. 30(1):66-8.

GIB-V

原著論文
  • Hirahata M, Abe T, Tanaka N, Kuwana Y, Shigemoto Y, Miyazaki S, Suzuki Y, Sugawara H.(2007) Genome Information Broker for Viruses (GIB-V): database for comparative analysis of virus genomes. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D339-42.

GTPS

原論文
  • Kosuge T, Abe T, Okido T, Tanaka N, Hirahata M, Maruyama Y, Mashima J, Tomiki A, Kurokawa M, Himeno R, Fukuchi S, Miyazaki S, Gojobori T, Tateno Y, Sugawara H. (2006) Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS). DNA Res. 2006 Dec 31;13(6):245-54.

GTOP

原著論文
  • Kawabata T, Fukuchi S, Homma K, Ota M, Araki J, Ito T, Ichiyoshi N, Nishikawa K. (2002) GTOP: a database of protein structures predicted from genome sequences. Nucleic Acids Res. 30(1):294-8.
関連論文
  • Fukami-Kobayashi K, Tateno Y, Nishikawa K. (2003) Parallel evolution of ligand specificity between LacI/GalR family repressors and periplasmic sugar-binding proteins. Mol Biol Evol. 20(2):267-77.
  • Fukuchi S, Yoshimune K, Wakayama M, Moriguchi M, Nishikawa K. (2003) Unique amino acid composition of proteins in halophilic bacteria. J Mol Biol. 327(2):347-57.
  • Nakashima H, Fukuchi S, Nishikawa K. (2003) Compositional changes in RNA, DNA and proteins for bacterial adaptation to higher and lower temperatures. J Biochem (Tokyo). 133(4):507-13.
  • Homma K, Fukuchi S, Kawabata T, Ota M, Nishikawa K. (2002) A systematic investigation identifies a significant number of probable pseudogenes in the Escherichia coli genome. Gene. 294(1-2):25-33.
  • Kawabata T, Arisaka F, Nishikawa K. (2000) Structural/functional assignment of unknown bacteriophage T4 proteins by iterative database
    searches. Gene. 259(1-2):223-33.


LIBRA

原著論文
  • Ota M, Nishikawa K. (1999) Feasibility in the inverse protein folding protocol. Protein Sci. 8(5):1001-9.
関連論文
  • Ota M, Isogai Y, Nishikawa K. (1997) Structural requirement of highly-conserved residues in globins. FEBS Lett. 415(2):129-33.
  • Ota M, Nishikawa K. (1997) Assessment of pseudo-energy potentials by the best-five test: a new use of the three-dimensional profiles of
    proteins. Protein Eng. 10(4):339-51.

  • Ota M, Kanaya S, Nishikawa K. (1995) Desk-top analysis of the structural stability of various point mutations introduced into ribonuclease H. J Mol Biol. 248(4):733-8.

Lib score

原著論文
  • Udaka K, Wiesmuller KH, Kienle S, Jung G, Tamamura H, Yamagishi H, Okumura K, Walden P, Suto T, Kawasaki T. (2000) An tomated prediction of MHC class I-binding peptides based on positional scanning with peptide libraries. Immunogenetics. 51(10):816-28.

WINA

原著論文
  • Endo T, Ikeo K, Gojobori T. (1996) Large-scale search for genes on which positive selection may operate. Mol Biol Evol. 13(5):685-90.
関連論文
  • Ishimizu T, Endo T, Yamaguchi-Kabata Y, Nakamura KT, Sakiyama F, Norioka S. (1998) Identification of regions in which positive selection may operate in S-RNase of Rosaceae: implication for S-allele-specific recognition sites in S-RNase. FEBS Lett. 440(3):337-42.
  • Nei M, Gojobori T. (1986) Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions. Mol Biol Evol. 3(5):418-26.
  • Ina Y, Mizokami M, Ohba K, Gojobori T. (1994) Reduction of synonymous substitutions in the core protein gene of hepatitis C virus. J Mol Evol. 38(1):50-6.


アーカイブ

各種参考文献・資料等

  • 「DDBJ の利用法」補助資料
  • minerva (サービス終了)上での FASTA
  • 多重整列プログラム TreeAlign について (サービス終了)
  • 電子メールの使い方 (1992)
  • Gopher SERVER (サービス終了)
  • findget による DB 検索 (1992) (サービス終了)
  • IDEN について (1992) (サービス終了)
  • QANALYS (1992) (サービス終了)
  • DB 検索ソフト karashi の説明 (1993) (サービス終了)>
  • PDB Retriever 簡素なタンパク質立体構造ブラウザ (DDBJ/CIB Report 1998)(サービス終了)
  • LIBRA 3D-1D法によるタンパク質の立体構造予測 (DDBJ オフラインニュース No.8, 1997)(サービス終了)
  • CAMUS Database (サービス終了)
    DDBJ オフラインニュース No.10, 1998
    DDBJ オフラインニュース No.16, 2001
  • アクセッション番号による検索
  • キーワード検索
  • パターン検索

Web サービス

  • GIB(※一時中断)
  • GIB-V(※一時中断)
  • FASTA (2010.3. サービス終了)
  • PSI-BLSAT (2010.3. サービス終了)
  • SSEARCH (2010.3. サービス終了)
  • HMMPFAM (2010.3. サービス終了)
  • H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server(2009.12.31 サービス終了)
  • SRS(2008.12. サービス終了)
  • LIBRA(2008.11. サービス終了)
  • Lib score(2008.11. サービス終了)
  • SQmatch(2008.11. サービス終了)
  • PDB Retriever(2008.11. サービス終了)
  • SSThread(2007.2. サービス終了)
  • CAMUS(2007.02. サービス終了)
  • S&W SEARCH(2006.04. サービス終了)
  • malign(2005.9. サービス終了)

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