最終更新日:2014.2.18.

DDBJ に登録可能なデータ

DDBJ では, Primary entry のデータとして登録依頼のあったデータにつきましては, 2次的な引用やコンピューターで予測したものでなく, 登録者が実験的に決定した, もしくは, 企業等からその配列の使用権を得たものであれば, 原則, 受け付けています。

配列が全く同じでも, 独立に配列が決定されたデータならば, "新規データ"として別々にDDBJ に登録可能です。

また, DDBJ/EMBL-Bank/GenBank では, 既に報告されている primary data を2次的に引用し, 生物学的付加情報を付与し直す目的で TPA (third party data) を受け付けています。

その上で一定の基準を満たしていればすべて登録し, アクセッション番号を発行しています。 もし一定の基準を満たしていない場合は, 訂正をお願いして再度送付していただいています。

SNPs, WGS, transcriptome 解析などにおいて raw output data を公表することが必要な場合は, DDBJ/EMBL-Bank/GenBank とは別枠のデータベースである DTA; DDBJ Trace Archive, または, DRA; DDBJ Sequence Read Archive へのご登録をお願いいたします。

参照:
登録データの 取り扱いについて

 

配列が同一, あるいは, 部分的に重複するデータの登録

DDBJ では, 配列が同一であっても独立に配列決定されたデータならば, 基本的には, 配列データの個別登録を受け付けております。 多型関連研究において同一配列が多数得られた場合は代表データを登録する形式でも 受け付けています。

由来する個体などを含めて同一な場合, 配列データを繰り返し新規登録するよりも既登録分を更新することを強く推奨しますが, 配列に関する権利, 配列決定の進捗などを考える上で, 複数回の登録が必要なケースもありますので, 特に禁じてはおりません。

 

DRA; DDBJ Sequence Read Archive

DRA; DDBJ Sequence Read Archive では, 次世代型シークエンサ (454, Solexa, SOLiD など )の出力データ登録を受け付け, 公開しています。

DRA は INSDC のメンバーとして Sequence Read Archive を構成する NCBISRA および European Nucleotide Archive/EBI の SRA とともにデータを収集しています。

DRA へのデータ登録には, 解析処理前の (アダプター配列の除去やフィルタリング等をされていない) 生の出力データ (もしくは fastq 形式のデータ) が必要です。

DRA に登録・公開されたデータは DRASearchで検索, 閲覧, ダウンロードが可能です。

 

DTA; DDBJ Trace Archive

DTA; DDBJ Trace Archive では, 大規模配列決定プロジェクトに由来する DNA sequence chromatogram (trace), base call, quality estimate の登録を受け付けています。

DTA は INSDC のメンバーとして Trace Archive を構成する NCBITrace Archive および European Nucleotide Archive/EBI とともに trace データを収集しています。

DTA に登録・公開された trace データは DTA Searchで検索, 閲覧, ダウンロードが可能です。 また, FTP サイトからの 一括取得も可能です。

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

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