データの定義や遺伝子などに関する情報が簡単に記載されています。一定の記述ルールに従ってデータバンク側で作成していますが、EST, GSS など DEFINITION 記述ルールが単純で、大量登録システムによる登録の場合には、登録者に作成して頂いています。
例1 トウモロコシ catalase gene の完全配列
DEFINITION Zea mays Cat3 gene for catalase, complete cds.
Organism 名 gene 名 gene for product 名, complete cds.
- organism nameは原則としてscientific name.
- gene名はgene symbol,product名は産物の一般名
- 完全配列を含むことを示す "complete cds" を記述
例2 ヒト glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase の cDNA 部分配列
DEFINITION Homo sapiens mRNA for glyceraldehyde-3-phosphate
dehydrogenase, partial cds
Organism 名 mRNA for product 名, partial cds.
- gene 名が登録されていない場合などには省略される
- 部分配列を含むことを示す "partial cds" を記述
例3 酵母 25S rRNA gene の部分配列
DEFINITION Saccharomyces cerevisiae gene for 25S rRNA, partial
sequence.
Organism 名 gene for product 名, partial sequence.
部分配列を含むことを示す "partial sequence" を記述
例4 複数の CDS がある ラット mitochondria DNA の配列
DEFINITION Rattus norvegicus mitochondrial genes for cytochrome
c oxidase subunit II, ATPase subunit 6, cytochrome c
oxidase subunit III, partial and complete cds.
Organism 名 gene 名, ...... genes for product 名, ....... , complete cds.
- 5'側から3'側へ順番に gene 名 または product 名をならべる
- partial, complete and partial cds は省略して partial and complete cds とする。
- gene 名,product 名が1対1で対応しない時は、原則、gene 名のみ あるいはproduct 名のみを表示
- 長くなりすぎる場合は map position などで表記する。
妥当と判断される場合は gene cluster, operon などを用いて表記する。
例5 ヒト脳 EST の 3'末端の配列
DEFINITION Homo sapiens cDNA, clone:ABC123, 3' end, expressed
in brain.
Organism 名 cDNA, clone:clone 名, その他の情報.
clone 名を必ず記述する
例6 マウス chromosome 1q の GSS
DEFINITION Mus musculus DNA, clone:1H11A14, 1q region.
Organism 名 DNA, clone:clone 名, その他の情報.
clone 名を必ず記述する
例7 ヒト GAPD,TPA (Third Party Annotation) の配列
DEFINITION TPA_exp: Homo sapiens GAPD mRNA for
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, complete cds.
TPA (Third Party Annotation) のデータの場合,TPA_exp: (TPA:experimental の場合)、または、TPA_inf: (TPA:inferential の場合) が行頭に記述される。
例8 生後1ヶ月の成体マウスの小脳由来の MGA データのリソース
DEFINITION Mus musculus 1 month adult cerebellum RIKEN Cap Analysis
Gene Expression (CAGE) library.
Organism 名 発育段階 採取組織・細胞名 配列作成方法などが記述されます。
MGA データでは、多くの場合、DEFINITION の内容は登録者自身によって記述していただきます。
