DEFINITION

データの定義や遺伝子などに関する情報が簡単に記載されています。一定の記述ルールに従ってデータバンク側で作成しています。
ただし、Mass Submission System からの登録では、登録者に作成していただくことがあります。

例1 トウモロコシ catalase gene の完全配列

DEFINITION  Zea mays Cat3 gene for catalase, complete cds.

Organism 名 gene 名 gene for product 名, complete cds.

organism nameは原則としてscientific name.
gene名はgene symbol,product名は産物の一般名
完全配列を含むことを示す "complete cds" を記述

例2 ヒト glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase の cDNA 部分配列

DEFINITION  Homo sapiens mRNA for glyceraldehyde-3-phosphate 
            dehydrogenase, partial cds

Organism 名 mRNA for product 名, partial cds.

gene 名が登録されていない場合などには省略される
部分配列を含むことを示す "partial cds" を記述

例3 酵母 25S rRNA gene の部分配列

DEFINITION  Saccharomyces cerevisiae gene for 25S rRNA, partial 
            sequence.

Organism 名 gene for product 名, partial sequence.

部分配列を含むことを示す "partial sequence" を記述

例4 複数の CDS がある ラット mitochondria DNA の配列

DEFINITION  Rattus norvegicus mitochondrial genes for cytochrome 
            c oxidase subunit II, ATPase subunit 6, cytochrome c 
            oxidase subunit III, partial and complete cds.

Organism 名 gene 名, ...... genes for product 名, ....... , complete cds.

5'側から3'側へ順番に gene 名 または product 名をならべる
partial, complete and partial cds は省略して partial and complete cds とする。
gene 名,product 名が1対1で対応しない時は、原則、gene 名のみ あるいはproduct 名のみを表示
長くなりすぎる場合は map position などで表記する。
妥当と判断される場合は gene cluster, operon などを用いて表記する。

例5 ヒト脳 EST の 3'末端の配列

DEFINITION  Homo sapiens cDNA, clone:ABC123, 3' end, expressed 
            in brain.

Organism 名 cDNA, clone:clone 名, その他の情報.

clone 名を必ず記述する

例6 マウス chromosome 1q の GSS

DEFINITION  Mus musculus DNA, clone:1H11A14, 1q region.

Organism 名 DNA, clone:clone 名, その他の情報.

clone 名を必ず記述する

例7 ヒト GAPD,TPA (Third Party Annotation) の配列

DEFINITION  TPA_exp: Homo sapiens GAPD mRNA for
            glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, complete cds.

TPA (Third Party Annotation) のデータの場合,TPA_exp: (TPA:experimental の場合)、または、TPA_inf: (TPA:inferential の場合) が行頭に記述される。

例8 生後1ヶ月の成体マウスの小脳由来の MGA データのリソース

DEFINITION  Mus musculus 1 month adult cerebellum RIKEN Cap Analysis 
            Gene Expression (CAGE) library.

Organism 名 発育段階 採取組織・細胞名 配列作成方法などが記述されます。

MGA データでは、多くの場合、DEFINITION の内容は登録者自身によって記述していただきます。

ページの先頭へ戻る