最終更新日:2015.9.15.

ENVとは? – 環境サンプル

DDBJ/EMBL-Bank/GenBank の ENV division は 環境サンプル (environmental sample) 由来の配列と その付帯情報からなるデータです。
よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
環境サンプルとは、生物種が同定できない大量の環境DNAサンプルに由来した配列です。PCR、DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した場合などが該当します。
環境サンプルには以下を含みますが、下記で全てを網羅している訳ではありません:

  • 土壌、海水などから、直接、分子を単離したサンプル
  • 臨床系サンプル、腸の内容物、表皮上、その他、特定宿主に関連すると推測される種を同定できない生物
  • 環境サンプル由来の混合培養系

ただし、特定宿主から確実に回収できる内部共生生物、多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物、純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasmas といった対象は環境サンプルとは扱いません。

 

環境サンプルの登録における注意事項

 

DDBJフラットファイルにおける 環境サンプルの特徴

  • LOCUS 行に表示される DIVISION は、"ENV" です。
  • KEYWORDS 行には "ENV" が表示されます。
  • 例外もありますが、多くの場合、ORGANISM 行の lineage には "environmental samples" が表示されます。

 

環境サンプル フラットファイルの例

LOCUS       AB000000                 450 bp   mRNA     linear   ENV 16-DEC-2012
DEFINITION  Uncultured Acetobacter sp. gene for 16S ribosomal RNA, partial
            sequence, clone: M12-34.
ACCESSION   AB000000
VERSION     AB000000.1
KEYWORDS    ENV.
SOURCE      uncultured Acetobacter sp.
  ORGANISM  uncultured Acetobacter sp.
            Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales;
            Acetobacteraceae; Acetobacter; environmental samples.
REFERENCE   1  (bases 1 to 450)
  AUTHORS   Mishima,H. and Shizuoka,T.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (15-DEC-2012) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
REFERENCE   2  
  AUTHORS   Mishima,H., Shizuoka,T. and Fuji,I.
  TITLE     Phylogenetic Profile of Sediment in Japan
  JOURNAL   Env Biol 12, 34-36 (2013)
COMMENT 
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..450
                     /clone="M12-34"
                     /country="Japan:Osaka"
                     /db_xref="taxon:114714"
                     /environmental_sample
                     /isolation_source="PCR-derived sequence from sediment"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /organism="uncultured Acetobacter sp."
     rRNA            <1..>450
                     /product="16S ribosomal RNA"
BASE COUNT          199 a          223 c          198 g          230 t
ORIGIN      
        1 agtcgcacga aggtttcggc cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtag gaatctatcc
        :
        -- The rest of nucleotide sequence is omitted --
        :
// 
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