EST とは? – Expressed Sequence Tags

DDBJ/EMBL-Bank/GenBank の EST division "Expressed Sequence Tags" は様々な生物に由来する "single-pass" cDNA 配列 (つまり mRNA, RNA 転写産物) と その付帯情報からなる配列データです。

EST 登録には、大量登録システム (MSS) をご利用ください。

EST 登録における注意事項

  • 登録前に cloning vector に由来する領域は配列から取り除いておいてください。
  • clone qualifier の記載が必須です。
  • 発現条件に相当する 組織 (tissue_type)、発生段階 (dev_stage)、性別 (mating_type または sex)、などの qualifier の記載を推奨します。
  • 原則として、Sanger 法により決定された配列を対象しています。
    いわゆる次世代シークエンサにより読まれた配列は DDBJ Sequence Read Archive に ご登録ください。
  • EST assemble に相当する配列は TSA: Transcriptome Shotgun Assembly として登録を受け付けます。

DDBJフラットファイルにおける EST エントリの特徴

  • 原則として、source feature 以外の feature は記載されません。
  • LOCUS 行に表示される DIVISION は、"EST" です。
  • KEYWORDS 行には "EST" と次のいずれかが表示されます。
    ※以下の contorlled vocabulary は EST を得る際の手法、strategy を示すものであり、実際に RNA transcript の 5' 末端、または、3' 末端に相当する配列であることを保証するものではありません。
  • 5’EST の場合--- 5'-end sequence (5'-EST)
  • 3’EST の場合--- 3'-end sequence (3'-EST)
  • 上記を特定できない場合--- unspecified EST
  • COMMENT 行には，登録される塩基配列が anti-sense 鎖側，sense 鎖側のどちらであるかを示すため，次のいずれかを COMMENT に記載します。
    ※3’EST 登録の場合にのみ該当します。
  • anti-sense 鎖を登録する場合
    3’-EST sequences are presented as anti-sense strand.
     
  • sense 鎖を登録する場合
    3’-EST sequences are presented as sense strand.

EST フラットファイルの例

LOCUS       HY000000                 300 bp   mRNA     linear   EST 15-OCT-2008
DEFINITION  Mus musculus mRNA, clone: 2310009A01, 3' end sequence, expressed 
            in tongue.
ACCESSION   HY000000
VERSION     HY000000.1
KEYWORDS    EST; 3'-end sequence (3'-EST).
SOURCE      Mus musculus (house mouse)
  ORGANISM  Mus musculus
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia;
            Sciurognathi; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus.
REFERENCE   1  (bases 1 to 300)
  AUTHORS   Mishima,H., Yamada,T. and Liu,G.Q.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (30-SEP-2008) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
REFERENCE   2  
  AUTHORS   Mishima,H., Yamada,T., Park,C.S. and Liu,G.Q.
  TITLE     Mus musculus EST
  JOURNAL   Unpublished (2008)
COMMENT     3'-EST sequences are presented as anti-sense strand.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..300
                     /clone="2310009A01"
                     /clone_lib="full-length enriched mouse cDNA library A01"
                     /db_xref="taxon:10090"
                     /dev_stage="adult"
                     /mol_type="mRNA"
                     /organism="Mus musculus"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="tongue"
BASE COUNT          86 a          90 c          73 g          51 t
ORIGIN      
        1 attaatataa gctaaatatg tttttcaata tatattgata atagaatatc aacaatttgg
        :
        -- The rest of nucleotide sequence is omitted --
        :
//
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