最終更新日:2015.9.16.

HTC とは? – high throughput cDNA sequences

DDBJ/EMBL-Bank/GenBank の HTC division は 主として 完全長の cDNA (mRNA) を cloning する手法を用いて作製された cDNA library から得られたドラフト配列データです。
ゲノム配列の場合 (HTG) と同様、finished level であれば、HTC ではなく、 taxonomic lineage に基づく division に移行します。

HTC 登録には、Mass Submission System (MSS) をご利用ください。

 

HTC/full length insert cDNA の登録における注意事項

  • 登録前に cloning vector に由来する領域は配列から取り除いておいてください。
  • clone qualifier の記載が必須です。
  • 発現条件に相当する 組織 (tissue_type)、発生段階 (dev_stage)、性別 (mating_type または sex)、などの qualifier の記載を推奨します。
  • 上述のように単なる EST assemble とは異なります。
    TSA: Transcriptome Shotgun Assembly と混同しないように、ご注意ください。

 

DDBJ フラットファイルにおける HTC/full length insert cDNA の特徴

  • 配列が finished level と見做せる場合、LOCUS 行に表示される DIVISION は taxonomic lineage に基づいて、"HUM", "PRI", "ROD", "MAM", "VRT", "INV", "PLN" の何れかになります。
    配列が finished level ではない場合、DIVISION は "HTC" です。
  • 配列が finished level と見做せる場合は、KEYWORDS 行には "FLI_CDNA" が表示されます。
    配列が finished level ではない場合、KEYWORDS には "HTC" が表示されます。HTC で全長性が高い場合、 "HTC_FLI" が表示されます。
  • 可能であれば、 KEYWORDS 行に "oligo capping", "CAP trapper" などの手法を示す語句が表示されます。

 

HTC フラットファイルの例

LOCUS       AK000000                1450 bp   mRNA     linear   HTC 15-OCT-2008
DEFINITION  Mus musculus mRNA for hypothetical protein, complete cds, clone: 
            2310009A01, full insert sequence. 
ACCESSION   AK000000
VERSION     AK000000.1
KEYWORDS    HTC; HTC_FLI; CAP trapper.
SOURCE      Mus musculus (house mouse)
  ORGANISM  Mus musculus
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia;
            Sciurognathi; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus.
REFERENCE   1  (bases 1 to 1450)
  AUTHORS   Mishima,H., Yamada,T. and Liu,G.Q.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (30-SEP-2008) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
REFERENCE   2  
  AUTHORS   Mishima,H., Yamada,T., Park,C.S. and Liu,G.Q.
  TITLE     Mus musculus full-length enriched cDNA
  JOURNAL   Unpublished (2008)
COMMENT     
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1450
                     /clone="2310009A01"
                     /clone_lib="full-length enriched mouse cDNA library A01"
                     /db_xref="taxon:10090"
                     /dev_stage="adult"
                     /mol_type="mRNA"
                     /organism="Mus musculus"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="tongue"
     CDS             124..1230
                     /codon_start=1
                     /product="hypothetical protein"
                     /protein_id="BAA12348.1"
                     /transl_table=1
                     /translation=""--- omitted ---"
BASE COUNT          399 a          323 c          398 g          330 t
ORIGIN      
        1 agtcgcacga aggtttcggc cttatgggcg gacgggtgag taacgcgtag gaatctatcc
        :
        -- The rest of nucleotide sequence is omitted --
        :
// 
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