LOCUS

Locus名、配列長、塩基配列の分子タイプ、塩基配列の分子形態、Division、データの最終公開日が記載されています。

例: 
LOCUS       AB000000                 450 bp    mRNA    linear   HUM 01-JUN-2009

AB000000 -- Locus 名
450 bp -- 配列長
mRNA -- 塩基配列の分子タイプ
linear -- 塩基配列の分子形態
HUM -- division
01-JUN-2009 -- データの最終公開日

Locus 名

Locus 名は、 データベース中でそのエントリのみが持つユニークな名前が付けられています。

DDBJ では、1996年7月以降公開されたデータに、アクセッション番号と同じ名前を付けています(GenBank、EMBL も独自の命名法を取っています)。

配列長

このエントリの配列の長さです(注意:MGA データの Master record 上では、配列長は記載されません)。

塩基配列の分子タイプ

source feature の /mol_type qualifier に示される分子種に基づいて DNA, RNA, mRNA, rRNA, tRNA,cRNA のいずれかの分子タイプが記載されます。

塩基配列の分子形態

塩基配列の分子形態が、線状(linear)か、環状(circular)かを示します。エントリが完全長で,かつ circular の形態をとる場合には,"circular" と記載されます。

Division

DDBJ では以下の21の division にデータを分類しています。

a: 由来生物種に基づく分類

HUM ヒト
PRI 霊長類 (ヒトを除く)
ROD 齧歯類
MAM 哺乳類 (ヒト,霊長類,齧歯類を除く)
VRT 脊椎動物 (ヒト,霊長類,齧歯類,哺乳類を除く)
INV 無脊椎動物
PLN 植物・真菌類 など
BCT バクテリア
VRL ウイルス
PHG バクテリオファージ

b: 生物分類に基づかない分類

PAT 特許出願に含まれる塩基配列データ
Japan Patent Office (JPO), European Patent Office (EPO), United States Patent and Trademark Office (USPTO), Korean Intellectual Property Office (KIPO) が収集・処理したデータ
ENV PCR, DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した環境上のサンプルに由来した配列
SYN synthetic constructs
人為的に構成された配列
EST expressed sequence tags
short single pass の cDNA 配列
TSA transcriptome shotgun assemblies
再構成された (assembled) mRNA 配列
GSS genome survey sequences
short single pass のゲノム配列
HTC high throughput cDNA sequences
EST 以外の大規模 cDNA 配列プロジェクトに由来し,更新が期待されるデータ。
配列が finish した後,生物種による division に移される場合があります。
HTG high throughput genomic sequences
ゲノムプロジェクトに由来し,頻繁に update されることが期待されるデータで,段階に応じて以下の 3 phase に分類されます。その配列がいずれの phase であるかは KEYWORD 行に記載されます。配列が更新されると phase が上がり,finish した後は生物種による division に移されます。

  • phase0; piece contig が構築される以前の配列
  • phase1; 構築された piece contig の向きや順序が未確定の配列
  • phase2; piece contig の向きや順序が確定した unfinished の配列
STS sequence tagged sites
Genome sequencing の tag となる配列。
chromosome, map, PCR_condition 等の情報が必要です。
UNA 未注釈データ

最近は UNA division は使用していません。
CON Contig / Constructed
ゲノムプロジェクトのように個々に登録された一連の配列データをデータバンク側が結合し,1つのアクセッション番号を付与した長大なデータ。CON division に格納されるエントリには長大な配列を構成する配列のアクセッション番号が記載され,塩基配列は記載されません。また,すでに登録されている個々のデータのエントリは、他の division に保存されています。
CON division への直接のデータ登録は受け付けていません。まず、CON エントリを構成する個々の配列データを登録して頂きます。その上で CON エントリの構築が適当と判断された場合に、データバンク側で CON エントリを構築します。CON エントリを構成する個々の配列データが更新された場合には、CON エントリもバンク側で更新します。

データの最終公開日

そのデータの公開日が記載されます。データが更新され再公開されると日付は変わります。



 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

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