最終更新日:2017.5.17.

インストールと実行

あらかじめ、Java Development Kit (JDK) をインストールしておいてください。
OS と 実行環境 に応じて、ツールを選択してください。
UME には Parser / transChecker が同梱されていますので、通常は、UME をご利用ください。

 

UME

 インストール

下記から OS に対応した UME のパッケージを選択して取得 (HTTP ダウンロードのみ) します。

名称 OS Version 更新日 ファイル形式、備考
UME_win.zip Windows 1.43 2017/05/17 zip 形式、UME にはParser / transChecker が付属しています
UME_mac.zip MacOSX
UME_unix.zip unix

ダウンロード終了後、ファイルを解凍すると、UME というフォルダが作成されます。
これで、本ソフトウェア自体のインストールは完了です。

 Windows: zip ファイルの展開表示

Windows では、zip ファイルが圧縮状態のまま、フォルダのように閲覧可能な場合があります。
UME 実行時には、ファイルを解凍し非圧縮の状態にしておく必要がありますので、ご注意ください。

 MacOSX: ファイル名の設定について

配列ファイルアノテーションファイルAGP ファイル のファイル名またはフォルダ名に、マルチバイト文字が含まれていますと、UME が正常に動作しませんので、ファイル名とフォルダ名にはマルチバイト文字が混在しないように注意して下さい。

 Unix: ファイルの解凍方法

Unix の場合、解凍ソフトを使用するか、以下のコマンドを用いて解凍してください。

  %gunzip UME_unix.zip

 

Parser / transChecker

Windows / MacOSX

Parser、transChecker は UME (Utilities for MSS Error check) の一部として組み込まれています。
UME をインストールし、UME ユーザーマニュアル に従い、実行してください。

単体のコマンドラインで使用する場合

Windows の場合はご利用いただけませんので、UME をご利用ください。

 インストール

ParsertransChecker を利用するために、以下の手順で設定してください。

1. 以下から tar.gz ファイルを取得 (HTTPダウンロードのみ) します。

名称 Version 更新日 ファイル形式
Parser.tar.gz 6.56 2017/05/17 tar (gzipped) 形式
transChecker.tar.gz 2.21 2017/05/17 tar (gzipped) 形式

2. tar.gz ファイルを gunzip コマンドで解凍します。

  %gunzip Parser.tar.gz

     または

  %gunzip transChecker.tar.gz

 

3. tar ファイルを tar コマンドで展開します。

  %tar xvf Parser.tar

     または

  %tar xvf transChecker.tar

 

4. ディレクトリが生成されます。下記の要領で、ディレクトリの中身を見ると以下のようになっています。

 Parser

  %cd jParser
  %ls -FC
  jParser.sh*     jar/     resources/

    jParser.sh --- 実行シェルスクリプト
    jar/ --- java のクラスライブラリ格納ディレクトリ(改変不可)
    resources/ --- 検査条件などのリソースファイル格納ディレクトリ(改変不可)

 transChecker

  %cd transChecker
  %ls -FC
  transChecker.sh*     jar/

    transChecker.sh --- 実行シェルスクリプト
    jar/ --- java のクラスライブラリ格納ディレクトリ(改変不可)

 

5. jParser.shtransChecker.sh を実行する前にファイルの中身を、インストールしたコンピュータの環境にあわせるために変更する必要があります。vi などのエディタで編集して下さい。

 Parser

  %vi jParser.sh
[PARSER_DIR 変数]
jParser ディレクトリのある場所をフルパスで入力して下さい。
例) PARSER_DIR=/home/mass/jParser
[HEAP_SIZE 変数]
jParser が使用できる最大メモリ量を指定してください。
例) HEAP_SIZE=128m

 transChecker

  %vi transChecker.sh
[TRANS_DIR 変数]
transChecker ディレクトリのある場所を絶対パスで入力して下さい。
例) TRANS_DIR=/home/mass/transChecker
[HEAP_SIZE 変数]
transChecker が使用できる最大メモリ量を指定してください。
例) HEAP_SIZE=128m

6. PATH に jParser.shtransChecker.sh が設置してあるディレクトリを指定して下さい。

 実行

任意のディレクトリで下記の要領で、コマンドを実行して下さい。

 Parser
     %jParser.sh[space]-x[アノテーションファイル名][space]-s[配列ファイル名]

  例)
  %jParser.sh -xsample.ann -ssample.fasta

 transChecker
     %transChecker.sh[space]-x[アノテーションファイル名][space]-s[塩基配列ファイル名]([space]-e[実行結果保存用ファイル名][space]-o[アミノ酸配列ファイル名][space]-t[塩基配列とアミノ酸配列のアラインメントのファイル名])

  例)
  %transChecker.sh -xsample.ann -ssample.fasta -eerrmsg.txt -orsl.fasta -taln.txt

ファイル名は、相対パス・絶対パスの双方で指定が可能です。

1) -x[アノテーションファイル名]
このオプションは必須です。指定されていない場合、本ツールは終了します。
アノテーションファイル はタブ区切りのテキストファイルです。
書式の詳細に関しては、MSS 用データファイル作成 をご参照下さい。
また、transChecker 実行前に Parser によるチェックでエラーがないことをご確認ください。
2) -s[塩基配列ファイル名]
このオプションは必須です。指定されていない場合、本ツールは終了します。
塩基配列ファイル は fasta 形式のテキストファイルです。
書式の詳細に関しては、MSS 用データファイル作成 をご参照下さい。
また、transChecker 実行前に Parser によるチェックでエラーがないことをご確認ください。
3) -e[実行結果保存用ファイル名]
アミノ酸配列への翻訳過程で生じたエラーメッセージを出力するファイルの名称を指定します。
このオプションが指定されていない場合は、エラーメッセージは、stdout で出力されます。
出力フォーマットは transChecker エラーメッセージのフォーマット および transChecker エラーメッセージ一覧 をご参照ください。
4) -o[アミノ酸配列ファイル名]
翻訳結果のアミノ酸配列を出力するファイルの名称を指定します。
このオプションが指定されていない場合、アミノ酸配列は出力されません。
出力フォーマットは アミノ酸配列のフォーマット をご参照ください。
5) -t[塩基配列とアミノ酸配列のアラインメントのファイル名]
翻訳結果を塩基配列とアミノ酸配列のアラインメントとして出力するファイルの名称を指定します。
このオプションが指定されていない場合、アラインメントは出力されません。
出力フォーマットは アミノ酸配列のフォーマット をご参照ください。
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