Parser は、Mass Submission System (MSS) を利用して DDBJ に登録する際に必要な 配列ファイルアノテーションファイル のフォーマットチェックを行うツールです。

インストール

1. MSS データファイル用チェックツール から Parser.tar.gz を取得
2. tar.gz ファイルを gunzip コマンドで解凍
%gunzip Parser.tar.gz
3. tar ファイルを tar コマンドで展開
  
%tar xvf Parser.tar
4. ディレクトリが生成される
下記の要領でディレクトリの中身を見ると、以下のようになっています。
  
%cd jParser
%ls -FC
jParser.sh*	jar/		license.txt	resource/
jParser.sh 実行シェルスクリプト
jar/ java のクラスライブラリ格納ディレクトリ(改変不可)
license.txt 使用許諾(改変不可)
resources/ 検査条件などのリソースファイル格納ディレクトリ(改変不可)
5. ファイルの編集
jParser.sh を実行する前にファイルの中身を、インストールしたコンピュータの環境にあわせるために変更する必要があります。vi などのエディタで編集して下さい。
#!/bin/sh

# Parser installed directory
PARSER_DIR=./

# Set maximum Java heap size
HEAP_SIZE=128m

# Parser's resource files(qual.list, ... *.list) path
# Don't change.
RESOURCE_FILE_PATH=$PARSER_DIR/resource

# Parser's main class
# Don't change.
PARSER=tsunami.util.excel.ExcelParser

# Execution Command
# Don't change.
java -Xmx$HEAP_SIZE -classpath $PARSER_DIR/jar/jParser.jar 
-DPARSER_RESOURCE_PATH=$RESOURCE_FILE_PATH $PARSER -Cclean $@

RETVAL=$?

exit $RETVAL
#EOF
[PARSER_DIR 変数]
jParser ディレクトリのある場所をフルパスで入力して下さい。
例) PARSER_DIR=/home/mass/jParser
[HEAP_SIZE 変数]
jParser が使用できる最大メモリ量を指定してください。
例) HEAP_SIZE=128m
6.PATH を指定する
PAHT に jParser.sh が設置してあるディレクトリを指定して下さい。

実行

任意のディレクトリで下記の通りに、コマンドを実行して下さい。

%jParser.sh[space]-x[アノテーションファイル名][space]-s[塩基配列ファイル名]

%jParser.sh -xsample.ann -ssample.fasta

ファイル名は絶対パス・相対パスのどちらでも指定できます。

-x[アノテーションファイル名]
このオプションは必須です。指定されていない場合、本ツールは終了します。
アノテーションファイルは、登録データの登録者、REFERENCE、Feature/Qualifierの情報等を記述したタブ区切りテキストファイルです。
書式の詳細に関しては、登録ファイル形式:アノテーションファイル をご参照下さい。
-s[塩基配列ファイル名]
このオプションは必須です。指定されていない場合、本ツールは終了します。
塩基配列ファイルは、全登録データの配列をFASTA形式で記述したテキストファイルです。
書式の詳細に関しては、登録ファイル形式:配列ファイル をご参照下さい。
Parser は、エラーが発生している場合は、エラーメッセージを出力します。
エラーメッセージの意味は Parser エラーメッセージ をご覧ください。