最終更新日:2017.3.17.

配列ファイル作成概説

  • ベクター,リンカー,アダプターなどの配列は必ず除去してください。
    ただし、ベクターなどの配列自体を報告する場合は、除去する必要はありません。
  • 特殊なケースを除き,最初(5'端)と最後(3'端)の塩基は n にならないように,末端の n は除去してください。
    また、特に EST などの場合,シークエンサ出力をそのまま送付するのではなく、末端の信頼できない出力を削除するなど精査してください。
  • エントリ名は行頭の「>」に続けて、 [space], " [double-quote], ? [question], [back-slash] を含まない半角英数字 32 文字以内で記載してください。
  • エントリ名はエントリ毎にユニークな文字列を記載してください。
    clone 名,isolate 名といった個々のエントリによって異なる名称の使用が一般的です。
  • アノテーションファイルと配列ファイルの各エントリは、同一のエントリ名により対応づけます。
    アノテーション情報と配列は、対応するエントリに同じエントリ名をつけ、同じ順番になるようにそれぞれ入力してください。
    入力されたエントリ順にアクセッション番号を発行いたします。
  • 塩基配列には a,t,g,c 以外にも、必要に応じて、各種核酸コードが使用可能です。
  • 終端子として配列情報終了フラグ(//)を必ず入力してください。
  • 途中にスペース、空行が入らないようにしてください。
  • CON に該当する場合は、配列ファイルは AGP ファイルで代替することができます。
  • 必ず、UME または Parser を用いて、配列ファイルアノテーションファイルの書式をご確認ください。
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