最終更新日:2014.11.7.

transChecker ユーザーマニュアル

 

transChecker とは

transChecker は、塩基配列の登録に必要な アノテーションファイル配列ファイル の記載を元に CDS feature のアミノ酸翻訳チェックを行うツールです。両ファイルの作成に関しては、MSS 用データファイル作成 をご参照ください。
transChecker を使用する前に、必ず、Parser による確認を行い、ファイルに書式エラーがないことを確認してください。

 

transChecker 使用準備

ご利用前に ツールの使用許諾 をご確認ください。

 

transChecker 出力フォーマット

transChecker は 翻訳アミノ酸配列エラーメッセージ を出力します。

 

アミノ酸配列のフォーマット

transChecker では2種類の形式を用意しています。
エラーがある場合でも、CDS feature で示される塩基配列に対応するアミノ酸配列をその状態で出力しますが、エラーの程度により出力されないこともあります。

 

FASTA-like format

以下に示す FASTA に類似の形式で出力します。

書式
>[Entry name].[Serial Number][space][CDS feature location]
[翻訳結果アミノ酸配列 (60 文字/行)]
//
出力例
>entry1.1 89..406
MLARISELTKIGTTIFIVAIDQVAEPNSWGSSQLVLLAKIAGALKAIPPNPVCTSRHRQA
ASVSPFRSAIVGTLLQLEAIKNLLTVSVDTIQQNGVLFIFVALLR
//
>entry1.2 684..1325
MSIGILGTKLGMTQIFDESGKAVPVTVIQAGPCPITQIKTVATDGYNAIQIGFLEVREKQ
LSKPELGHLSKAGAPPLRHLLEYRVPSTDGLELGQALTADRFEAGQKVDVQGHTIGRGFT
GYQKRHGFARGPMSHGSKNHRLPGSTGAGTTPGRVYPGKRMAGRSGNDKTTIRGLTVVRV
DADRNLLLVKGSVPGKPGALLNITPATVVGQQA
//

 

塩基配列とのアラインメント

塩基配列と翻訳アミノ酸配列のアラインメントを以下に示す書式で出力します。

書式
>[Entry name].[Serial Number][space][CDS feature location]
/codon_start=[codon_start の値; 指定なしの場合 1]
/transl_table=[transl_table の値; 指定なしの場合 1]
[塩基番号][塩基配列 (60 文字/行)]
[アミノ酸番号][翻訳結果アミノ酸配列 (20 文字/行)]
[空行]
:
//
出力例
>ENT01.1 <1..179
/codon_start=3
/transl_table=1
         1 tgtacccactcaattttgtaaccccgggtatcatgctcccaggtgcattgatgttggatt
         1   Y  P  L  N  F  V  T  P  G  I  M  L  P  G  A  L  M  L  D  F

        61 tcacgatgtatctgacgcgtaactggctggtgaccgcattggttggaggtggattctttg
        21   T  M  Y  L  T  R  N  W  L  V  T  A  L  V  G  G  G  F  F  G

       121 gtctgctgttttacccaggtaactggccaatctttggcccgacccatctgccaatctaa
        41   L  L  F  Y  P  G  N  W  P  I  F  G  P  T  H  L  P  I  
//
>ENT02.1 101..280
/codon_start=1
/transl_table=1
         1 atgtacccactcaattttgtaaccccgggtatcatgctcccaggtgcattgatgttggat
         1 M  Y  P  L  N  F  V  T  P  G  I  M  L  P  G  A  L  M  L  D

        61 ttcacgatgtatctgacgcgtaactggctggtgaccgcattggttggaggtggattcttt
        21 F  T  M  Y  L  T  R  N  W  L  V  T  A  L  V  G  G  G  F  F

       121 ggtctgctgttttacccaggtaactggccaatctttggcccgacccatctgccaatctaa
        41 G  L  L  F  Y  P  G  N  W  P  I  F  G  P  T  H  L  P  I  
//

 

transChecker エラーメッセージのフォーマット

transChecker は、エラーが発生していない場合は、メッセージ自体を出力しません。
エラーメッセージごとに必要な対処方法が異なりますので、適宜、対処をお願いいたします。
メッセージの詳細は transChecker エラーメッセージ一覧 をご覧ください。

エラーメッセージは下記のフォーマットで出力されます。

書式
>[Entry name].[Serial Number][space][CDS feature location]
[コード番号]:[Level]: [メッセージ本文]
[コード番号]:[Level]: [メッセージ本文]
:
:
[コード番号]:[Level]: [メッセージ本文]
//

[コード番号]:[Level]: [メッセージ本文]

コード番号; コード番号を示します。
Level; エラーのレベルを示します。
ER2; 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
FAT; 実行環境に関するエラーです。
WAR; 警告です。修正が必要な場合があります。
メッセージ本文; エラーの個別内容を示します。

>entry1.1 <1..>366
TC0020:WAR: [codon_start] qualifier should be selected. The value is automatically set 1. 
TC0020:WAR: [transl_table] qualifier should be selected. The value is automatically set 1. 
//
>entry2.3 4315..4997
TC0017:ER2: First codon [cct] is not a start codon.
TC0018:ER2: Final codon [cat] is not a stop codon.
TC0019:ER2: Stop codon is found in mid of CDS location.
//
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