最終更新日:2017.2.7.

UME ユーザーマニュアル


 

UME とは

UME (Utilities for MSS file Error check)Mass Submission System (MSS) を利用した登録に必要な 配列ファイルアノテーションファイル のフォーマットチェックを行うツールです。
UME には、配列ファイルアノテーションファイル を作成する機能はありません。お使いの PC で利用されているテキストエディタ、表計算ソフトなどで、適宜、ファイルの作成をお願いいたします。なお、配列ファイルアノテーションファイル に関する作成方法の詳細は MSS 用データファイル作成 をご参照ください。
また、ご利用前に End-user license agreement をご確認ください。

基本機能

UME の基本機能は、以下になります。

Parser 機能
配列ファイルアノテーションファイル の構文とフォーマットを検証します。

transChecker 機能
登録データが CDS feature (タンパク質をコードする配列) を含む場合、アミノ酸翻訳の可否とその配列を検証します。

FFconv 機能
配列ファイルアノテーションファイル から、擬似的なフラットファイルを作成し、記載を確認することが出来ます。

AGPParser 機能
contig (CON エントリ) を登録する場合、AGPファイルアノテーションファイル構文とフォーマットを検証します。

インストール

ツールの使用許諾実行環境 をご確認ください。
インストールは、インストールと実行 を ご参照ください。

 

概観

UME の起動

UME フォルダ内にある UME アイコン(ご使用の PC の環境設定に依存して何らかの拡張子が表示されることがあります)をダブルクリックして起動します。

 lib フォルダ
UME が使用するライブラリファイルがあります。
正常に動作しなくなる恐れがありますので、絶対に内部は変更しないでください。移動もしないでください。
 resource フォルダ
UME が使用するリソースファイルがあります。
正常に動作しなくなる恐れがありますので、絶対に内部は変更しないでください。移動もしないでください。
 sample フォルダ
DDBJ 登録用のサンプルファイルがあります。
 UME ファイル
ダブルクリックすると UME が起動します。
 license ファイル
使用許諾に関するテキストファイルです。ご一読ください。
内容は End-user license agreement と同じです。

UME の初期設定

UME を起動しましたら、メモリ割り当てサイズを調節します。
デフォルトは 512 Mbytes ですが、ご使用の PC のスペックに合わせて変更してください。

  • (1) 画面上部のメニューから Config をクリックします。
  • (2) Max memory for runtime のプルダウンメニューから、クリックして選択します。

 

各パネルの構成

Check パネル: 登録ファイルの基本的検証

下図で赤い四角で囲んだ部分にある Check タブをクリックしますと、この表示になります。
UME を起動後、最初に開いているパネルです。実際の使用の際は、登録ファイルの基本的検証 をご参照ください。

  • (1) 処理対象とする アノテーションファイル配列ファイル をそれぞれ指定します。
  • (2) Execute をクリックしますと、(1) で指定したファイルを Parser で検証します。
  • (3) Execute をクリックしますと、(1) で指定したファイルから transChecker でアミノ酸翻訳を確認します。
  • (4) Execute をクリックしますと、(1) で指定したファイルから FFconv で擬似フラットファイルを作成します。
  • (5) Exit をクリックしますと、UME を終了します。

 

Contig パネル: contig 登録用 AGPファイル検証

下図で赤い四角で囲んだ部分にある Contig タブをクリックしますと、この表示になります。

  • (1) 処理対象とする アノテーションファイル を指定します。
  • (2) 処理対象とする AGPファイル を指定します。
  • (3) (2) で引用の対象とする 塩基配列ファイル を指定します。
  • (4) Execute をクリックしますと、指定したファイルを AGPParser でチェックします。
  • (5) Exit をクリックしますと、UME を終了します。

 

登録ファイルの基本的検証

アノテーションファイル配列ファイル を作成後、データを DDBJ に送付する前に、Parser を用いて、必ずデータの確認を行ってください。
また、CDS feature を含む場合、transChecker を用いてデータの確認を行ってください。
エラーが検出されましたら、適宜、修正してください。

 

Parser: 構文チェックツール

以下の手順で Parser による登録ファイルの構文チェックを実行します。

Check タブをクリックし、Check パネルを表示させます。

  • (1) 処理対象とする アノテーションファイル配列ファイル をそれぞれ指定します。
  • (2) Execute をクリックしますと、(1) で指定したファイルを Parser でチェックします。
  • (3) Save log in file をチェックした場合は、Parser の実行結果をテキストファイルに保存します。
  • (4) Parser の実行結果表示ウィンドウが開きます。
  • (5) Parser チェックの進行状況を表示します。
  • (6) Parser チェックの実行結果を表示します。
  • (7) Save をクリックしますと、(6) の内容をテキストファイルに保存します。
  • (8) Close をクリックしますと、この結果表示ウィンドウを閉じます。

Parser を実行した際の詳細なチェック事項、および、エラーメッセージとその対処法に関しましては、Parser 出力フォーマット および Parser エラーメッセージ一覧 をご参照ください。

transChecker: アミノ酸翻訳検証ツール

登録データ中に CDS feature を含む場合、transChecker によるアミノ酸翻訳チェックをお願いします。
ただし、transChecker を実行する前に、Parser でエラーが出力されない状態にしておく必要があります。Parser でエラーが検出される場合は、transChecker を実行することが出来ませんので、ご注意ください。
以下の手順で transChecker によるアミノ酸翻訳チェックを実行します。

Check タブをクリックし、Check パネルを表示させます。

  • (1) 処理対象とする アノテーションファイル配列ファイル をそれぞれ指定します。
  • (2) Execute をクリックしますと、(1) で指定したファイルを transChecker でチェックします。
  • (3) Save log in file をチェックした場合は、transChecker の実行結果をテキストファイルに保存します。
  • (4) Save translated sequences in file をチェックした場合は、transChecker 実行時に出力される翻訳アミノ酸配列を選択された書式でテキストファイルに保存します。
    翻訳アミノ酸配列の出力書式は以下の2通りです。

  • (5) transChecker の実行結果表示ウィンドウが開きます。
  • (6) transChecker チェックの進行状況を表示します。
  • (7) transChecker チェックの実行結果、エラーメッセージなどを表示します。
  • (8) Save をクリックしますと、(7) の内容をテキストファイルに保存します。
  • (9) transChecker チェックの実行結果、翻訳アミノ酸配列(4) で選択した書式で表示します。
  • (10) Save をクリックしますと、(9) の内容をテキストファイルに保存します。
  • (11) Close をクリックしますと、この結果表示ウィンドウを閉じます。

transChecker を実行した際の詳細なチェック事項、および、エラーメッセージとその対処法に関しましては、transChecker エラーメッセージのフォーマット および transChecker エラーメッセージ一覧 をご参照ください。

FFconv: 擬似フラットファイル作成ツール

FFconv を使用して アノテーションファイル配列ファイルDDBJ フラットファイルに変換し確認することが可能です。
ただし、FFconv を実行する前に、Parser でエラーが出力されない状態にしておく必要があります。Parser でエラーが検出される場合、FFconv を実行することが出来ませんので、ご注意ください。
FFconv は以下の手順で実行します。

Check タブをクリックし、Check パネルを表示させます。

  • (1) 処理対象とする アノテーションファイル配列ファイル をそれぞれ指定します。
  • (2) Execute をクリックしますと、(1) で指定したファイルから FFconv で擬似 DDBJ フラットファイルを作成します。
  • (3) Save flat file in file をチェックした場合は、FFconv の実行結果、擬似 DDBJ フラットファイルをテキストファイルに保存します。
  • (4) FFconv の実行結果表示ウィンドウが開きます。
  • (5) FFconv の進行状況を表示します。
  • (6) FFconv の実行結果を表示します。
  • (7) Save をクリックしますと、(6) の内容をテキストファイルに保存します。
  • (8) FFconv の実行結果、擬似 DDBJ フラットファイルを表示します。
  • (9) Save をクリックしますと、(8) の内容をテキストファイルに保存します。
  • (10) Close をクリックしますと、この結果表示ウィンドウを閉じます。

 

AGPParser: Contig 登録用 AGPファイル検証

HTG、または、WGS などを基本としたゲノムプロジェクトでは、個々に登録された一連の配列データを相互に結合し、ゲノム構造を再構築するための情報が必要になります。
そのようなタイリング情報に対して、1つのアクセッション番号を割り当てて特殊なエントリとして登録を受け付けています。このようなエントリを Contig (CON) エントリと呼びます。CON エントリのフラットファイルには、CONTIG 行にそのエントリを構成する引用配列(ピースエントリ)のアクセッション番号が記載され、塩基配列は記載されません。

CON エントリのみの登録は受け付けておりません。
まず、CON エントリを構成する個々のピースエントリを登録していただきます。その上で CON エントリを構築します。CON エントリの登録には AGPファイル が必要です。

CON エントリ登録の詳細は MSS 用データファイル作成 をご参照ください。

 

AGPParser 実行

AGPParserAGPファイル のフォーマットをチェックします。
アノテーションファイル、または、AGPファイル で引用する配列で構成される multi-fasta ファイルを指定した場合、相互の整合性をチェックします。

Contig タブをクリックし、Contig パネルを表示させます。

  • (1) 処理対象とする アノテーションファイル を指定します。必須ではありません。
  • (2) 処理対象とする AGPファイル を指定します。必須です。
  • (3) 処理対象とする引用配列の 配列ファイル を指定します。必須ではありません。
  • (4) Execute をクリックしますと、(1)(3) で指定したファイルを AGPParser でチェックします。
  • (5) Construct sequence from AGP and multi-fasta files をチェックした場合は、2つのファイルの記載にしたがって塩基配列を作成し、テキストファイルに保存します。
  • (6) Save log in file をチェックした場合は、AGPParser の実行結果をテキストファイルに保存します。
  • (7) AGPParser の実行結果表示ウィンドウが開きます。
  • (8) AGPParser の進行状況を表示します。
  • (9) AGPParser の実行結果を表示します。
  • (10) Save をクリックしますと、(9) の内容をテキストファイルに保存します。
  • (11) Close をクリックしますと、この結果表示ウィンドウを閉じます。

 

 AGPParser エラーメッセージ書式

エラーメッセージごとに必要な対処方法が異なりますので、適宜、対処をお願いいたします。
問題、不明点などがございましたら、エラーメッセージを添えて ご連絡 ください。

[コード番号]:[Level]:[エラー位置]:[メッセージ本文] or [コード番号]:[Level]:[メッセージ本文]

コード番号; コード番号を示します。

Level; エラーのレベルを示します。

  • FAT; 実行環境に関するエラーです。
  • ER1; 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
  • ER2; 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
  • WAR; 警告です。修正が必要な場合があります。

エラー位置; エラーが検出された位置を行番号、または、object 名で示します。

メッセージ本文; エラーの個別内容を示します。

 AGPParser エラーメッセージ一覧

ページの先頭へ戻る