MSS とは?- Mass Submission System

初めに、登録データ種別をご確認ください。シークエンサからの出力自体を登録する場合は、DRA; DDBJ Sequence Read Archive、または、DTA; DDBJ Trace Archive に関しましても ご参照ください。

DDBJでは、登録予定データが以下のような条件に該当する場合、Mass Submission System (MSS) のご利用をお勧めしております。

塩基配列登録システムは、塩基配列登録に必要な項目を対話型入力する必要があります。
記載する内容がそれほど多くない場合には簡便に登録作業が可能であり、有効なツールです。
しかしながら、大規模ESTの登録などの場合には、対話型入力よりも、登録のためのファイルを、直接、転送する方法が適しています。

そのような大規模登録のための枠組みがMSSです。

MSS をご利用の前に

MSSの利用をご希望の場合は、MSS申し込みフォームからご連絡ください。
より詳細な手順、および、作業を支援するソフトウェアをご紹介いたします。

 

登録のために必要なファイル

MSSでは、基本的には、以下の2つのファイルをご用意いただきます。

配列ファイル

全登録データの配列をFASTA形式で記述したテキストファイル

アノテーションファイル

全登録データの登録者、REFERENCE、Feature/Qualifierの情報等を記述したタブ区切りテキストファイル

  • アノテーションファイルと配列ファイルは、登録者側で作成していただくことを前提にしております。
    登録のためのファイルは、テキストファイルですので、スクリプト、(MS Excel などの) 表計算ソフト、テキストエディタ等で作成が可能です。
  • DDBJ への登録の前に、作成したファイルを DDBJ が提供するソフトウェアツールを用いたチェックを実行してください。
    DDBJ はファイルチェックのためのソフトウェアツールとして UME (Utilities for MSS file Error check) または Parser / transChecker を提供しています。
  • 各ツールの実行環境および使用方法に関しましては、各マニュアルをご参照ください。
    ツールとマニュアルは、MSS ホーム より取得可能です。
    また、各ツールをご利用の前に、End-user license agreement をご確認ください。

 

MSSにおける作業の流れ

 

1.登録依頼

MSS の利用をご希望の場合は、申し込みフォーム からご連絡ください。
あるいは、ad_mass 宛に事前連絡をお願いいたします。

 

2.仮登録

登録に必要な配列ファイルアノテーションファイルを作成し、登録予定データの一部をサンプルデータとして、電子メールへの添付、または、ファイル転送を利用して DDBJ に送付してください。
特にファイルサイズが合計で 10 M byte を超える場合は、公開鍵と秘密鍵を用いた SCP によるファイル転送をお勧めいたします。

なお、ファイルを送付する前に、必ず UME または Parser / transChecker によるエラーチェックを行ってください。
未定義文字の使用やコントロールコードの混入等によるシンタックスエラーは、登録処理作業時に大きな障害となりアクセッション番号の発行が大幅に遅れる原因となります。

 

3.査定作業:仮登録

DDBJ で送付されたデータを査定し、不具合があれば修正箇所を電子メールで通知します。

 

4.本登録

全データについて配列ファイルアノテーションファイルを作成し、 UME または Parser / transChecker によるエラーチェックと必要な修正の後、電子メールへの添付、または、ファイル転送を利用して送付してください。
特にファイルサイズが合計で 10 M byte を超える場合は、公開鍵と秘密鍵を用いた SCP によるファイル転送をお勧めいたします。

 

5.査定作業:本登録

DDBJ で送付されたデータを査定し、不具合があれば修正箇所を電子メールで通知します。

 

6.アクセッション番号

アクセッション番号を発行し、コンタクトパーソン宛に電子メールで通知します。

 

7.データ公開・公開待ち

登録時に即日公開を希望した場合は、登録データを、可能な限り、速やかに公開します。
登録時に公開予定日 (hold_date) を指定した場合は、公開原則に基づいて、公開します。

登録された塩基配列データは、配列ファイルアノテーションファイルの内容に基づき、DDBJ の定めるフォーマットにしたがったフラットファイル (flat file) の形式で公開されています。
アノテーションファイルとフラットファイルの対応関係も ご参照ください。

 

ファイル転送: D-way 経由でファイルをデータ受付サーバへアップロード

データ受付サーバを利用するためには、D-way アカウントが必要です。
DDBJ Submission Portal D-way にて D-way アカウント取得してください。
ファイルのアップロード方法と鍵ペアの作成 については「登録アカウント」で紹介しております。

ファイルのアップロード方法もご参照ください。
また、DDBJ YouTube Channel に下記の作業に関する説明の動画を用意しておりますので、ご参照ください。

  • 鍵ペアの作成 (Windows)
  • 鍵ペアの作成 (Mac)
    (注意) 公開鍵はメールで送付せずに、D-way の登録アカウントでログイン後、"Account" ページからアップロードして下さい。
  • データの転送 (Windows)
  • データの転送 (Mac)
    (注意)「DRA への登録」とタイトルに表示されていますが、手順は基本的に同じです。



 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

 
 
 
 

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