DDBJでは，登録予定データが以下のような条件に該当する場合，大量登録システム(MSS)のご利用をお勧めしております。
SAKURAは，塩基配列登録に必要な項目を１つずつ対話型入力する必要があります。記載する内容がそれほど多くない場合には簡便に登録作業が可能であり，有効なツールです。しかしながら，大規模ESTの登録などの場合には，SAKURAよりも登録のためのファイルを，直接，転送する方法が適しています。
そのような大規模登録のための枠組みがMSSです。
MSS をご利用の前に
MSSの利用をご希望の場合は，MSS申し込みフォームからご連絡ください。より詳細な手順書，および，作業を支援するソフトウェアをご紹介いたします。
登録のために必要なファイル
MSSでは，基本的には，以下の２つのファイルをご用意いただきます。
配列ファイル
全登録データの配列をFASTA形式で記述したテキストファイル
アノテーションファイル
全登録データの登録者、REFERENCE、Feature/Qualifierの情報等を記述したタブ区切りテキストファ>イル
どちらも，規定書式のテキストファイルですので，スクリプト，(MS Excel などの)表計算ソフト、あるいは、テキストエディタ等で，登録者側で作成していただくことを前提にしております。
MSSにおける作業の流れ
１．登録依頼
MSSの利用をご希望の場合は，MSS申し込みフォームからご連絡>ください。より詳細な手順書，および，作業を支援するソフトウェアをご紹介いたします。
２．仮登録
登録予定データの一部をサンプルデータとしてお送りいただきます。登録に必要な「配列ファイル」>と「アノテーションファイル」を作成し，DDBJにお送りください。予定件数が多い場合は，その一部に相当する数件分のファイルを作成後，ファイルを電子メールまたはftpでお送りいただきます。
３．査定作業：仮登録
お送りいただいたデータをDDBJで査定を行い，不具合があれば修正箇所を電子メールで通知いたしま>す。
４．本登録
全データについて「配列ファイル」と「アノテーションファイル」を作成後，電子メールまたはftpで送付していただきます。
５．査定作業：本登録
お送りいただいたデータをDDBJで査定を行い，不具合があれば修正箇所を電子メールで通知いたしま>す。
６．アクセッション番号
アクセッション番号を発行し，コンタクトパーソン宛に電子メールで通知いたします。
７．データ公開・公開待ち
登録時に即日公開をご希望いただいた場合は，ご登録いただいたデータを，可能な限り，速やかに公>開いたします。登録時に公開予定日をご指定いただいた場合は，公開原則に基づいて，公開作業を行ないます。