ORIGIN

この次の行から塩基配列が記載されています。


ORIGIN
        1 cccacgcgtc cggtcgcatc gcacttgtag ctctcgaccc ccgcatctca tccctcctct
       61 cgcttagttc agatcgaaat cgcaaatggc gaagattaag atcgggatca atgggttcgg
      121 gaggatcggg aggctcgtgg ccagggtggc cctgcagagc gacgacgtcg agctcgtcgc
      181 cgtcaacgac cccttcatca ccaccgacta catgacatac atgttcaagt atgacactgt
      241 gcacggccag tggaagcatc atgaggttaa ggtgaaggac tccaagaccc ttctcttcgg
      301 tgagaaggag gtcaccgtgt tcggctgcag gaaccctaag gagatcccat ggggtgagac
      361 tagcgctgag tttgttgtgg agtacactgg tgttttcact gacaaggaca aggccgttgc
      421 tcaacttaag ggtggtgcta agaaggtctg

塩基配列

配列はすべて小文字で表示されます。10塩基ごとにスペースで区切られ、60塩基ごとに改行されます。
左側に記載されている番号は、その行の一番最初の塩基が何番目の塩基かを示しています。


ORIGIN
        1 cccacgcgtc cggtcgcatc gcacttgtag ctctcgaccc ccgcatctca tccctcctct
       61 cgcttagttc agatcgaaat cgcaaatggc gaagattaag atcgggatca atgggttcgg
      121 gaggatcggg aggctcgtgg ccagggtggc cctgcagagc gacgacgtcg agctcgtcgc
      181 cgtcaacgac cccttcatca ccaccgacta catgacatac atgttcaagt atgacactgt
      241 gcacggccag tggaagcatc atgaggttaa ggtgaaggac tccaagaccc ttctcttcgg
      301 tgagaaggag gtcaccgtgt tcggctgcag gaaccctaag gagatcccat ggggtgagac
      361 tagcgctgag tttgttgtgg agtacactgg tgttttcact gacaaggaca aggccgttgc
      421 tcaacttaag ggtggtgcta agaaggtctg
1 cccacgcgtc cggtcgcatc gcacttgtag ctctcgaccc ccgcatctca tccctcctct
-- 1~60番目の塩基
421 tcaacttaag ggtggtgcta agaaggtctg
-- 421~450番目の塩基

塩基は IUPAC 準拠の文字 で示します。
RNA の "u" は "t" に変換します。
特殊な修飾塩基は modified_base feature を用いて記載することが可能です。

 

塩基配列登録の前に

通常、登録する塩基配列からは以下に該当する配列は取り除いてください。
人工的な配列自体、vector などを報告する意図の場合は例外ですが、基本的には、artificial な修飾に相当する領域は、取り除く必要があります。

  • vector に由来する配列
  • linker, adapter に由来する配列
  • 実際の配列が未知であり、保存性が高い領域を利用して設計した primer に由来する配列

データを登録する前に、VecScreen を用いて、配列をご確認ください。
これにより、データの信頼性が高まり、利用者の利便性も向上します。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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