DDBJへの新規登録において使用を推奨する feature key の定義を以下に挙げています。
INSDC において運用している feature key に関する詳細は,
The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition の
7.2 Appendix II: Feature keys reference をご参照ください。
- assembly_gap
- C_region
- CDS
- centromere
- D-loop
- D_segment
- enhancer
- exon
- gap
- intron
- J_segment
- LTR
- mat_peptide
- misc_binding
- misc_difference
- misc_feature
- misc_RNA
- misc_signal
- misc_structure
- mobile_element
- modified_base
- mRNA
- ncRNA
- operon
- oriT
- precursor_RNA
- primer_bind
- promoter
- protein_bind
- RBS
- repeat_region
- rep_origin
- rRNA
- sig_peptide
- source
- stem_loop
- telomere
- terminator
- tmRNA
- transit_peptide
- tRNA
- unsure
- V_region
- V_segment
- variation
- 3'UTR
- 5'UTR
assembly_gap
genome assembly の一部となるCON エントリにおいて、2つの構成要素 (piece entry) の間に位置する sequencing gap
C_region
免疫グロブリン重・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の定常部位
CDS
タンパク質 (ペプチド) のアミノ酸 (終止コドンを含む) をコードする配列
CDS feature の解説もご一読ください。
centromere
生物学的な観点から実験的に centromere と同定された領域
D-loop
displacement loop; ミトコンドリアDNA内の２本鎖の一方に相同な配列の１本鎖が対合をなす領域。
RecA タンパク質に触媒される反応において外来の１本鎖によって２本鎖DNAの一方が置換する部位の記述にも用いる。
D_segment
免疫グロブリン重鎖, T-cell receptor ベータ鎖の多様性セグメント
enhancer
エンハンサー転写促進因子; 真核生物のプロモーターの作用。
その塩基配列の向きがどちらでも, プロモーターに対して上流・下流のどちらに位置しても同様に作用する。
exon
エクソン; RNAスプライシング後の mRNA, rRNA, または, tRNA をコードする部位
gap
assembly_gap に該当しない、通常エントリ内の sequencing gap
intron
イントロン; exonと隣接しRNAに転写されるが, スプライシングによって除かれるセグメント
J_segment
免疫グロブリン重・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の接合セグメント
LTR
long terminal repeat; retrovirus に見られることが多い配列の両端で繰り返される部位
mat_peptide
翻訳後修飾を受けて成熟したペプチド, あるいは, タンパク質の最終産物をコードする配列 (CDSと違い終止コドンを含まない)
misc_binding
primer_bind, protein_bind に該当しない結合サイト
misc_difference
下記に該当しない当該エントリーと異なる配列 (人工的な変異など)
conflict, unsure, old_sequence, variation, modified_base
misc_feature
他の feature に該当しない生物学的に重要な部位
misc_RNA
下記に該当しないRNA転写産物 (internal transcribed spacer など) prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, ncRNA, rRNA, tRNA
misc_signal
下記に該当しない遺伝子機能・発現を制御するシグナルを含む部位
promoter, CAAT_signal, TATA_signal, -35_signal, -10_signal, GC_signal, RBS, polyA_signal, enhancer, attenuator, terminator, rep_origin
misc_structure
stem_loop, D-loop に該当しない核酸の二次構造, 三次構造, コンフォメーション
mobile_element
mobile_element を含むゲノム配列部位
modified_base
修飾されるヌクレオチドの位置を示す (置換される塩基は qualifier で示す)
mRNA
成熟したメッセンジャーRNA; 5'UTR, CDS, exon, 3'UTR などが含まれるが, intron は含まれない
ncRNA
rRNA, tRNAを除いた, タンパク質をコードしないRNA転写産物としての機能性分子
operon
同じ生物学的経路に属し、同じ調節配列・promoter の制御下にある遺伝子クラスターを含む多シストロン性転写産物とその調節配列を含む領域
oriT
伝達開始点; 接合, または, 移動の過程において伝達の開始されるＤＮＡ分子の部位
precursor_RNA
RNA前駆体; あらゆる未成熟なRNA産物を示す
primer_bind
複製, 転写, あるいは逆転写の開始のためのプライマー結合サイト
promoter
転写開始のためのRNAポリメラーゼ結合に関与する部位
protein_bind
タンパク質結合サイト
RBS
リボソーム結合サイト
repeat_region
繰り返し配列を含むゲノム上の部位
rep_origin
複製開始点
rRNA
成熟したリボソーマルRNA; リボソームのRNA成分
sig_peptide
シグナルペプチドをコードする配列 (リーダー配列) ; 分泌タンパク質のアミノ末端ドメインをコードする配列。
新生ペプチドが膜に吸着する際に関与するドメイン。
source
配列の生物学的な由来を示す
stem_loop
hairpin; １本鎖のDNA, または, RNAが近隣の相補性のある配列間で対合することによって二重らせんを形成する部位
telomere
生物学的な観点から実験的に telomere と同定された領域
terminator
転写産物の末端に位置するRNAポリメラーゼの転写終結を引き起こす部位
tmRNA
transfer messenger RNA; tmRNA は最初に tRNA として作用し, 次にペプチドタグをコードする mRNA としてはたらく。
この mRNA 様領域がリボソームで転写され翻訳終結しないタンパク質のカルボキシル末端にペプチドタグを付加する。
タグを付加されたタンパク質は, その後, 分解される。
transit_peptide
細胞内輸送のシグナルとなるペプチドをコードする配列。
核にコードされるオルガネラのタンパク質のアミノ末端ドメインをコードする配列。
このドメインは翻訳後にタンパク質がオルガネラ内へ輸送される過程に関与する。
tRNA
成熟したトランスファーRNA; 75～85 bpの小さいRNA分子でアミノ酸翻訳を媒介する
unsure
登録者が正確な配列を同定できなかった部位
V_region
免疫グロブリン重鎖・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の可変部位 V_segment, D_segment, N_region, J_segment からなる
V_segment
免疫グロブリン重鎖・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の可変セグメント V_region のほとんどとリーダーペプチドの最後の数個のアミノ酸からなる
variation
関連する系統において安定な変異により異なる配列が存在する部位
3'UTR
成熟したmRNAのタンパク質に翻訳されない終止コドンを除く3'末端部位
5'UTR
成熟したmRNAのタンパク質に翻訳されない5'末端部位
