Feature key の定義

DDBJへの新規登録において使用を推奨する feature key の定義を以下に挙げています。

INSDC において運用している feature key に関する詳細は、The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition7.2 Appendix II: Feature keys reference をご参照ください。

assembly_gap C_region CDS centromere D-loop D_segment
enhancer exon gap intron J_segment LTR
mat_peptide misc_binding misc_difference misc_feature misc_RNA misc_signal
misc_structure mobile_element modified_base mRNA ncRNA operon
oriT precursor_RNA primer_bind promoter protein_bind RBS
repeat_region rep_origin rRNA sig_peptide source stem_loop
telomere terminator tmRNA transit_peptide tRNA unsure
V_region V_segment variation 3'UTR 5'UTR

 

genome または transcriptome assembly の一部において、2つの構成要素の間に位置する sequencing gap

 

免疫グロブリン重・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の定常部位

 

タンパク質 (ペプチド) のアミノ酸 (終止コドンを含む) をコードする配列
CDS feature の解説もご一読ください。

 

生物学的な観点から実験的に centromere と同定された領域

 

displacement loop; ミトコンドリアDNA内の2本鎖の一方に相同な配列の1本鎖が対合をなす領域。
RecA タンパク質に触媒される反応において外来の1本鎖によって2本鎖DNAの一方が置換する部位の記述にも用いる。

 

免疫グロブリン重鎖, T-cell receptor ベータ鎖の多様性セグメント

 

エンハンサー転写促進因子; 真核生物のプロモーターの作用。
その塩基配列の向きがどちらでも, プロモーターに対して上流・下流のどちらに位置しても同様に作用する。

 

エクソン; RNAスプライシング後の mRNA, rRNA, または, tRNA をコードする部位

 

sequencing gap

 

イントロン; exon と隣接しRNAに転写されるが, スプライシングによって除かれるセグメント

 

免疫グロブリン重・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の接合セグメント

 

long terminal repeat; retrovirus に見られることが多い配列の両端で繰り返される部位

 

翻訳後修飾を受けて成熟したペプチド, あるいは, タンパク質の最終産物をコードする配列 (CDSと違い終止コドンを含まない)

 

primer_bind, protein_bind に該当しない結合サイト

 

下記に該当しない当該エントリーと異なる配列 (人工的な変異など)
unsure, variation, modified_base

 

他の feature に該当しない生物学的に重要な部位

 

下記に該当しないRNA転写産物 (internal transcribed spacer など)
prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, ncRNA, rRNA, tRNA, tmRNA

 

下記に該当しない遺伝子機能・発現を制御するシグナルを含む部位
promoter, CAAT_signal, TATA_signal, -35_signal, -10_signal, GC_signal, RBS, polyA_signal, enhancer, attenuator, terminator, rep_origin

 

stem_loop, D-loop に該当しない核酸の二次構造, 三次構造, コンフォメーション

 

mobile_element を含むゲノム配列部位

 

修飾されるヌクレオチドの位置を示す (置換される塩基は qualifier で示す)

 

成熟したメッセンジャーRNA; 5'UTR, CDS, exon, 3'UTR などが含まれるが、intron は含まれない

 

rRNA, tRNA を除いたタンパク質をコードしないRNA転写産物としての機能性分子

 

同じ生物学的経路に属し、同じ調節配列・promoter の制御下にある遺伝子クラスターを含む多シストロン性転写産物とその調節配列を含む領域

 

伝達開始点; 接合, または, 移動の過程において伝達の開始されるDNA分子の部位

 

RNA前駆体; あらゆる未成熟なRNA産物を示す

 

複製, 転写, あるいは逆転写の開始のためのプライマー結合サイト

 

転写開始のためのRNAポリメラーゼ結合に関与する部位

 

タンパク質結合サイト

 

リボソーム結合サイト

 

繰り返し配列を含むゲノム上の部位

 

複製開始点

 

成熟したリボソーマルRNA; リボソームのRNA成分

 

シグナルペプチドをコードする配列 (リーダー配列) ; 分泌タンパク質のアミノ末端ドメインをコードする配列。
新生ペプチドが膜に吸着する際に関与するドメイン。

 

配列の生物学的な由来を示す

 

hairpin; 1本鎖のDNA, または, RNAが近隣の相補性のある配列間で対合することによって二重らせんを形成する部位

 

生物学的な観点から実験的に telomere と同定された領域

 

転写産物の末端に位置するRNAポリメラーゼの転写終結を引き起こす部位

 

transfer messenger RNA; tmRNA は最初に tRNA として作用し, 次にペプチドタグをコードする mRNA としてはたらく。
この mRNA 様領域がリボソームで転写され翻訳終結しないタンパク質のカルボキシル末端にペプチドタグを付加する。
タグを付加されたタンパク質は, その後, 分解される。

 

細胞内輸送のシグナルとなるペプチドをコードする配列。
核にコードされるオルガネラのタンパク質のアミノ末端ドメインをコードする配列。
このドメインは翻訳後にタンパク質がオルガネラ内へ輸送される過程に関与する。

 

成熟したトランスファーRNA; 75~85 bpの小さいRNA分子でアミノ酸翻訳を媒介する

 

登録者が正確な配列を同定できなかった部位

 

免疫グロブリン重鎖・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の可変部位 V_segment, D_segment, N_region, J_segment からなる

 

免疫グロブリン重鎖・軽鎖, T-cell receptor アルファ・ベータ・ガンマ鎖の可変セグメント V_region のほとんどとリーダーペプチドの最後の数個のアミノ酸からなる

 

関連する系統において安定な変異により異なる配列が存在する部位

 

1) 成熟したmRNAのタンパク質に翻訳されない終止コドンを除く3'末端部位
2) RNA ウイルスゲノムのタンパク質に翻訳されない終止コドンを除く3'末端部位

 

1) 成熟したmRNAのタンパク質に翻訳されない5'末端部位;
2) RNA ウイルスゲノムののタンパク質に翻訳されない5'末端部位

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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