Location の記述法

国際塩基配列データベースでは、配列上の Feature の位置情報 (以下、Location) を以下のルールで記述しています。

Location記述例 意味
340..565 登録配列の340番目から565番目までの連続した領域
complement(261..457) 登録配列の261番目から457番目までの連続した相補鎖の領域
<345..500 登録配列には、そのFeatureの開始点が含まれない。
あるいは、345番目の塩基より5'側に関して、そのFeatureの正確な開始点が不明である。
345..>500 登録配列には、そのFeatureの終了点が含まれない。
あるいは、500番目の塩基より3'側に関して、そのFeatureの正確な終了点が不明である。
<345..>500 登録配列には、そのFeatureの開始点、終了点が共に含まれない。
あるいは、345番目の塩基より5'側と500番目の塩基より3'側に関して、そのFeatureの正確な開始点、終了点が共に不明である。
join(12..78,134..202) 登録配列の12番目から78番目、ならびに134番目から202番目までの不連続な領域
complement(join(12..78,134..202)) 登録配列の12番目から78番目、ならびに134番目から202番目までの不連続な相補鎖の領域
467 登録配列の467番目の塩基
123^124 登録配列の123番目と124番目の間

以下の Location の記述法は、塩基配列登録システムでは入力することができません。
塩基配列登録システムの"Submission Information"の入力欄にその旨を説明していただくか、Mass Submission Systemをご利用下さい。

Location 記述例 意味
join(AB000000.1:100..202,134..222) 関連するエントリーAB000000 (version 1) の配列の100番目から202番目までの領域,ならびに当該エントリーの134番目から222番目までの不連続な領域

これらの Location 記述法を組み合わせることによって、これ以外の様々な位置情報を記述することができます。

より詳しい Location の記述ルールに関する情報は、
The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition: 3.4 Location を ご参照ください。

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