Location の記述法

国際塩基配列データベースでは,配列上のFeatureの位置情報(以下,Location)を以下のルールで記述しています。

より詳しいLocationの記述ルールに関する情報は,
The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition : 3.4 Locationをお読み下さい。

Location記述例 意味
340..565 登録配列の340番目から565番目までの連続した領域
complement(261..457) 登録配列の261番目から457番目までの連続した相補鎖の領域
<345..500 登録配列には,そのFeatureの開始点が含まれない。
あるいは,345番目の塩基より5'側に関して,そのFeatureの正確な開始点が不明である。
345..>500 登録配列には,そのFeatureの終了点が含まれない。
あるいは,500番目の塩基より3'側に関して,そのFeatureの正確な終了点が不明である。
<345..>500 登録配列には,そのFeatureの開始点,終了点が共に含まれない。
あるいは,345番目の塩基より5'側と500番目の塩基より3'側に関して,そのFeatureの正確な開始点,終了点が共に不明である。
join(12..78,134..202) 登録配列の12番目から78番目,ならびに134番目から202番目までの不連続な領域
complement(join(12..78,134..202)) 登録配列の12番目から78番目,ならびに134番目から202番目までの不連続な相補鎖の領域
467 登録配列の467番目の塩基

以下のLocationの記述法は,SAKURAでは入力することができません。SAKURAの登録付加情報欄にその旨御説明頂くか,大量登録システムを御利用下さい。

Location記述例 意味
123^124 登録配列の123番目と124番目の間
join(AB000000.1:100..202,134..222) 関連するエントリーAB000000 (version 1) の配列の100番目から202番目までの領域,ならびに当該エントリーの134番目から222番目までの不連続な領域

これらのLocation記述法を組み合わせることによって,これ以外の様々な位置情報を記述することができます。