最終更新日:2017.10.4.

TLS とは? - Targeted Locus Study

DDBJ における TLS の受付開始は 2017 年 12 月以降を予定しています。

2016年から INSDC では 16S rRNA または、他の特定 locus を標的とした配列で構成され、主として operational taxonomic unit クラスター化に用いられる bulk sequence data を Targeted Locus Study (TLS) data type として受け付けています。

NGS を利用した marker 配列の網羅的解析に関しましては、reads が DDBJ Read Archive に登録されているならば再現可能ですので、多くの場合、TLS データ登録は必須ではありません。
念のため、TLS データの登録が必要か否かご検討ください。

公開されているTLSデータ

TLS 登録には、Mass Submission System (MSS) をご利用ください。

TLS 登録における注意事項

  • 登録に先立ち、BioProject DatabaseBioSample Database への登録が必要です。
  • 解析元となる配列データが DDBJ Read Archive に登録されていることが推奨されます。
  • 登録前に low quality reads, chimeric sequences の除去を行っておいてください。

DDBJ フラットファイルにおける TLS エントリの特徴

TLS のフラットファイル例

LOCUS       TZZZ01000001             800 bp   mRNA     linear   TLS 15-NOV-2017
DEFINITION  TLS: Uncultured bacterium OTU:MS213 gene for 16S ribosomal RNA, 
            partial sequence.
ACCESSION   TZZZ01000001
VERSION     TZZZ01000001.1
DBLINK      BioProject:PRJDA43211
            Sequence Read Archive: DRR800001
            BioSample: SAMD98765439
KEYWORDS    TLS; Targeted Locus Study; ENV.
SOURCE      uncultured bacterium
  ORGANISM  uncultured bacterium
            Bacteria; environmental samples.
REFERENCE   1  (bases 1 to 800)
  AUTHORS   Mishima,H. and Shizuoka,T.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (30-SEP-2017) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
REFERENCE   2  
  AUTHORS   Mishima,H., Shizuoka,T. and Fuji,I.
  TITLE     Metagenomic Taxonomy Profile in Sea Water
  JOURNAL   TLS Biol 15, 161-170 (2017)
COMMENT     ##Assembly-Data-START##
            Assembly Method       :: FLASH v. 2015
            Sequencing Technology :: Illumina
            ##Assembly-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..301
                     /altitude="-20 m"
                     /country="Pacific Ocean"
                     /db_xref="taxon:77133"
                     /environmental_sample
                     /isolation_source="marine water"
                     /lat_lon="29.3116 N 148.6778 E"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /organism="uncultured bacterium"
                     /submitter_seqid="OTU:MS213"
     rRNA            <1..>301
                     /product="16S ribosomal RNA"
BASE COUNT           75 a           59 c          102 g           65 t
ORIGIN      
        1 cagtcgccgc gggaatacgg agggggctag cgttgttcgg aattactggg cgtaaagcgc
        :
        -- The rest of nucleotide sequence is omitted --
        :
// 
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