Transcriptome Project のデータ登録

Transcriptome の各段階と登録データの種別の対応を示します。
下図では典型的な手法の各段階を模式的に示しています。
なお、大規模な transcriptome プロジェクトは BioProject へご登録ください。

重要: ヒトを対象としたデータ登録について
初めに Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA) の対象か否か、ご検討ください。
ヒトを対象とした全ての研究において DDBJ に送付するデータの元になる個人のプライバシーは、適用されるべき法律、規定や所属する組織の方針に従い、登録者の責任において保護されている必要があります。 原則として、個人を直接特定できるような情報は、登録データから完全に取り除いてください。
データ元となる個人との間で大規模な塩基配列情報が公開されることについてのインフォームドコンセントが得られている必要があります。 登録の前に National Bioscience Database Center (NBDC) において審査を受けてください。

[DRA] Raw outputs 次世代シークエンサの出力

次世代シークエンサからの出力データは DDBJ Sequence Read Archive (DRA)へご登録ください。

[DTA] Chromatograms, Sequences, Qualities: Sanger 法の出力

single-path read の DNA sequence chromatograms (traces), base calls, quality estimates は、DDBJ Trace Archive (DTA) へご登録ください。

[TSA] Contigs: assemblies (overlapping reads) と Scaffolds

アセンブルされた cDNA 配列データは、TSA として Mass Submission System から ご登録ください。

[EST] Expressed Sequence Tags

single-pass read の cDNA 配列は、EST として Mass Submission System から ご登録ください。

[HTC] draft sequences of full length insert cDNA clones

完全長の cDNA (mRNA) を cloning する手法を用いて作製された cDNA library から得られた概要配列データは HTC として Mass Submission System から ご登録ください。

Finished sequences of cDNA clones

一般的なデータ、または、full length insert cDNA として Mass Submission System から ご登録ください。