validator エラーメッセージ

ここでは DDBJ に登録される配列データをチェックするためのツールから出力されるエラーメッセージについて概説しています。
エラーメッセージごとに必要な対処方法が異なりますので、適宜、対処をお願いいたします。

Parser エラーメッセージ

一般的な注意事項
エラーメッセージは下記のフォーマットで出力されます。
[コード番号]:[Level]:[Type]:[File]:[エラー位置]:[メッセージ本文]

コード番号; コード番号を示します。
Level; エラーのレベルを示します。: ER1; 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
ER2; 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
FAT; 実行環境に関するエラーです。
WAR; 警告です。修正が必要な場合があります。
MES; 他のエラーに関連する参考メッセージです。
Type; エラーの種別を示します。: STX; 構文
SYS; 実行関連
LOC; 配列とlocation の比較関連
File; エラーが検出されたファイルを示します。: ANN; アノテーション
SEQ; 配列
AxS; アノテーションと配列の比較
エラー位置; エラーが検出された位置を行番号、または、エントリ名で示します。
メッセージ本文; エラーの個別内容を示します。

2) メッセージ中で、括弧([と])で括られている"#"で始まる語、数値は実際のエラーメッセージでは、アノテーションファイル、または、配列ファイルにおいて使用されている値に置換されます。

3) メッセージ中で、括弧([と])で括られている"#"で始まっていない語は予約語です。

JP0001

書式: JP0001:FAT:SYS: Internal error occurred.
説明: 内部エラーが発生しました。

JP0002

書式: JP0002:ER1:SYS: System file read error. [#FILE NAME]
説明: システムファイルが読み込めません。

JP0003

書式: JP0003:ER1:SYS: [#FILE NAME] cannot be opened.
説明: ファイルを開けません。再インストールしてください。

JP0005

書式: JP0005:ER1:SYS:ANN: Ambiguous annotation file specification [#FILE NAME1] <=> [#FILE NAME2].
説明: アノテーションファイルを特定できません。１つに定まるように指定し直してください。

JP0006

書式: JP0006:ER1:SYS:SEQ: Ambiguous sequence file specification [#FILE NAME1] <=> [#FILE NAME2].
説明: 配列ファイルを特定できません。１つに定まるように指定し直してください。

JP0007

書式: JP0007:ER1:SYS: Invalid parameter specification: [#PARAMETER]
説明: 不正な起動パラメータが指定されました。パラメータを確認してください。

JP0008

書式: JP0008:MES:SYS: Usage : ... [-x<annotation file>] [-s<sequence file>]
説明: [-x<annotation file>] [-s<sequence file>]の形式でパラメータを指定してください。

JP0009

書式: JP0009:ER1:STX:AxS: Numbers of entries are different between sequence file ([#N1]) and annotation file ([#N2]).
説明: 配列ファイルとアノテーションファイルでエントリ数が異なります。
エントリ数を一致させてください。

JP0011

書式: JP0011:ER1:STX:AxS:Line [#N1] in annotation file: [#ENTRY NAME1] does not match with [#ENTRY NAME2] at Line [#N2] in sequence file.
説明: アノテーションファイルと配列ファイルのエントリ名が一致していません。
順序も同じである必要があります。修正してください。

JP0012

書式: JP0012:MES:STX:SEQ:Line [#N]: Extra information is included in entry name: [#ENTRY NAME].
説明: 配列ファイルのエントリ行に、エントリ名以外の情報が記載されています。
確認の上、必要があれば適当な箇所にその情報を入力し直してください。

JP0013

書式: JP0013:ER1:STX:SEQ:Line [#N]: Entry line is not found.
説明: 配列ファイルにエントリ行が見つかりません。エントリ名を入力してください。

JP0014

書式: JP0014:ER1:STX:SEQ:Line [#N1]: Invalid code [#LETTER] at [#N2]-th letter.
説明: 配列ファイルの配列中に不正文字が存在します。塩基として使用可能な文字を確認してください。

JP0015

書式: JP0015:ER1:STX:SEQ:Line [#N]: Sequence is not terminated by [ // ].
説明: 配列ファイルに配列終端子 "//" がありません。配列の最後で改行の上、入力してください。

JP0016

書式: JP0016:ER1:STX:SEQ:Lines [#N1] and [#N2]: entry name [#ENTRY NAME] is same.
説明: 配列ファイルで同一のエントリ名が２つ以上、入力されています。
エントリ名を一意な ID に修正してください。

JP0017

書式: JP0017:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: entry name [#ENTRY NAME] is same.
説明: アノテーションファイルで同一のエントリ名が２つ以上、入力されています。
エントリ名を一意な ID に修正してください。

JP0019

書式: JP0019:ER1:STX:ANN:Line [#N]: The number of columns is greater than 5.
説明: ６カラム以上のカラムが使用されています。
使用できるカラムはEntry, Feature, Location, Qualifier, Value の５カラムです。

JP0020

書式: JP0020:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Over flow (max: 40959 bytes/line).
説明: １行に記述できる最大文字数(max: 40959 bytes/line)を超えています。修正してください。

JP0021

書式: JP0021:ER1:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature is required for an entry.
説明: SUBMITTER/REFERENCE/source feature はCOMMON または各エントリに１つ以上、記載する必要があります。
入力してください。

JP0022

書式: JP0022:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Entry name is not appropriate.
説明: 空(null)、または不適切な文字が含まれるエントリ名が指定されています。
エントリ名を修正してください。

JP0023

書式: JP0023:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Feature is undefined.
説明: feature が指定されていません。
適切な feature を入力してください。

JP0024

書式: JP0024:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#FEATURE NAME] feature must be described in the [ COMMON ] entry.
説明: DATE および DATATYPE feature は COMMON entry にのみ入力可能です。修正してください。

JP0025

書式: JP0025:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Location is required.
説明: 生物学的な feature で location が指定されていません。
適切な location を入力してください。

JP0026

書式: JP0026:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Unrecognizable/forbidden feature [#FEATURE NAME] is found.
説明: 不正な feature が指定されています。修正してください。
なお、大文字・小文字の違いやアンダーバーの記入漏れもエラーとなります。
i.e. "TRNA" → "tRNA", "misc feature" → "misc_feature"

JP0027

書式: JP0027:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Unrecognizable/forbidden qualifier name [#QUALIFIER NAME] is found.
説明: 不正な qualifier が指定されています。修正してください。
なお、大文字と小文字の違いやアンダーバーの記入漏れもエラーとなります。
i.e. "Codon start" → "codon_start"

JP00291

書式: JP0029:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: Without keyword [#KEYWORD VALUE], though the [ DATATYPE/type ] is [#TYPE VALUE].
説明: DATATYPE/type が指定されていますが、これに対応する必須な keyword が記載されていません。

JP0031

書式: JP0031:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#FEATURE NAME] feature must have [#QUALIFIER NAME1] or [#QUALIFIER NAME2] qualifier.
説明: このfeature には[#QUALIFIER NAME1]または[#QUALIFIER NAME2]の qualifier の一方が必須ですが、どちらも記載されていません。
どちらかを記載してください。

JP0032

書式: JP0032:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#FEATURE NAME] features are found in an entry.
説明: １エントリに１つのみ記載可能な feature が１エントリに２つ以上記載されています。

JP0033

書式: JP0033:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ Published Only in Database ] status must be used in the 1st REFERENCE.
説明: "Published Only in Database" の status をもつ REFERENCE は、１番目のREFERENCE にのみ入力可能です。

JP0034

書式: JP0034:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ Published Only in Database ] status qualifiers is found 2 times in an entry, [#ENTRY NAME].
説明: "Published Only in Database" のstatus をもつ REFERENCE が２つ以上、入力されています。
最初の１つのみに修正してください。

JP0035

書式: JP0035:ER2:STX:ANN:Line [#N]: One of [ ab_name ] values must be corresponding to the value of [contact].
説明: contact と対応する値を持つ ab_name がありません。

JP0036

書式: JP0036:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#STATUS VALUE] status can NOT be used with [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明: 指定された status をもつ REFERENCE に使用できない qualifier が記載されています。修正してください。

JP0037

書式: JP0037:MES:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME] entry: Location of [#FEATURE NAME] feature is meaningless.
説明: SUBMITTER/REFERENCE/COMMENT では、location は記載順序に何も効力をもちません。
REFERENCE やCOMMENT が複数入力された場合には、アノテーションファイルの記載順で公開形式ファイルに反映されます。

JP0038

書式: JP0038:WAR:STX:SEQ:Entry [#ENTRY NAME]: Length ([#N] bp) of sequence seems too short, it should be greater than 20 bp.
説明: 原則として、データベースが受け付ける配列長は20bp 以上です。確認の上、必要であれば修正してください。

JP0039

書式: JP0039:ER1:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: The location of [ source ] feature is greater than the sequence length in sequence file by [#N] bp.
説明: source feature の location で示される配列長が、配列ファイルの配列より長いです。
配列と location を確認の上、修正してください。

JP0040

書式: JP0040:ER2:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: The sequence length in sequence file is greater than the location of [ source ] feature(s) by [#N] bp.
説明: 配列ファイルの配列がsource feature の location で示される配列長より長いです。
配列と location を確認の上、修正してください。

JP0041

書式: JP0041:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: The [ source ] feature with single location is not found.
説明: source feature の location が正しく記述されていない可能性があります。
確認の上、必要であれば修正してください。

JP0042

書式: JP0042:WAR:STX:ANN:Line [#N]: The [ source ] feature with maximum span does not start from 1.
説明: 最長のsource feature の location が 1 から始まっていません。
確認の上、必要であれば修正してください。

JP0043

書式: JP0043:WAR:STX:SEQ:Line [#N]: First code of sequence is [ n ], it should be trimmed.
説明: 配列の最初が "n" で始まっています。削除してください。

JP0044

書式: JP0044:WAR:STX:SEQ:Line [#N]: Last code of sequence is [ n ], is should be trimmed.
説明: 配列の最後が "n" で終わっています。削除してください。

JP0045

書式: JP0045:ER1:LOC:AxS:Line [#N] in annotation file: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] [#LOCATION VALUE] contains some base code other than [ n ] in sequence file.
説明: アノテーションファイルの gap または assembly_gap feature の指定領域に、配列ファイルの配列で "n" 以外の文字が存在しています。

JP0046

書式: JP0046:WAR:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: [#LOCATION VALUE] is consist of base code [#N] x [ n ], without corresponding [ gap or assembly_gap ] feature.
説明: 配列ファイルに10 個以上の "n" が連続する領域がありますが、アノテーションファイルに、その領域を示す gap または assembly_gap feature がありません。

JP0047

書式: JP0047:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] [#LOCATION VALUE], the location is invalid.
説明: gap または assembly_gap feature の location が不正です。
location は 5' から 3' の方向に記述します。
gap と assembly_gap feature では、location に "join"、"order"、"complement" を使用できません。

JP0048

書式: JP0048:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: the span length of [#FEATURE NAME] [#LOCATION VALUE] location is not 100 bp, though it has unknown [ estimated_length ] qualifier.
説明: estimated_length qualifier が "unknown" の場合、gap または assembly_gap feature の location は長さが 100 でなければなりませんが、100 になっていません。

JP0053

書式: JP0053:ER2:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: values of [ mol_type ] qualifier are different in an entry [#ENTRY NAME].
説明: source feature が２つ以上ある場合、mol_type は全て同じでなければなりません。
同じになるように修正してください。

JP0054

書式: JP0054:ER1:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: One of [ source ] feature with DIFFERENT [ organism ] qualifiers is required [ focus ] or [ transgenic ] qualifier.
説明: 複数のsource feature があり、organism qualifier が相互に異なる場合は、focus もしくは transgenic の qualifier を指定する必要があります。いずれかを１つだけ入力してください。

JP0056

書式: JP0056:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier must be removed.
説明: source feature を複数持たない場合、focus または transgenic qualifier は入力できません。

JP0058

書式: JP0058:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ source ] features with the SAME [ organism ] qualifiers can NOT have [ focus ] qualifier in an entry [#ENTRY NAME].
説明: organism qualifier が共通な場合は、focus qualifier を使用できません。

JP0059

書式: JP0059:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ transgenic ] qualifiers are found in an entry [#ENTRY NAME].
説明: １エントリに１つしか記載できない transgenic qualifier が複数、記述されています。
１つに修正してください。

JP0060

書式: JP0060:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ transgenic ] qualifier can be used for only [ SYN ] division.
説明: transgenic qualifier は "SYN" division のエントリ以外では使用できません。

JP0061

書式: JP0061:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Without [ environmental_sample ] qualifier in [ source ] feature, though it is [ ENV ] division.
説明: division が "ENV" ですが、environmental_sample qualifier が source feature に記載されていません。

JP0062

書式: JP0062:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Without keyword [ ENV ], though [ environmental_sample ] qualifier is used.
説明: environmental_sample qualifier が使われていますが、keyword に "ENV" がありません。

JP0063

書式: JP0063:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Without division [ ENV ], though [ environmental_sample ] qualifier is used.
説明: environmental_sample qualifier が使われていますが、division が "ENV" に設定されていません。

JP0064

書式: JP0064:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature can NOT refer other entry.
説明: operon および operon と location が重なる関連 feature では外部エントリを参照することはできません。

JP0065

書式: JP0065:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature [#LOCATION VALUE1] is overlapped with [ operon ] feature [#LOCATION VALUVE2].
説明: operon feature と領域が重なる feature です。
必要であれば、共通の operon qualifier を記載してください。

JP0066

書式: JP0066:ER2:STX:ANN:Line [#N1]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature [#LOCATION VALUE] should have the same [ operon ] qualifier that is used for the [ operon ] feature at line [#N2].
説明: operon qualifier が記載されている feature ですが、operon feature と同じ値を持つ operon qualifier が記載されていません。

JP0067

書式: JP0067:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [ operon ] feature should have at least one related feature.
説明: operon feature を記載する場合は、関連する feature が少なくとも１つ必要です。

JP0068

書式: JP0068:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature has [ operon ] qualifier, though it is NOT overlapped with any [ operon ] feature.
説明: operon qualifier が記載されている feature ですが、operon feature と重なる領域がありません。

JP0070

書式: JP0070:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ ff_definition ] qualifiers are found in an entry [#ENTRY NAME].
説明: １エントリに１つのみ記載可能な ff_definition qualifier が２つ以上記載されています。
１つに修正してください。

JP0072

書式: JP0072:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: Location [#LOCATION VALUE] is invalid.
説明: location の記述が不正です。Location の記述法を参照の上、修正してください。

JP0073

書式: JP0073:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier can NOT use for [#FEATURE NAME] feature.
説明: feature と qualifier の組み合わせが不正です。
Feature/Qualifier 対応表を確認の上、修正してください。

JP0074

書式: JP0074:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier is required for [#FEATURE NAME] feature.
説明: この feature に必須な qualifier がありません。
Feature/Qualifier 対応表を確認の上、修正してください。

JP0075

書式: JP0075:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid value [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#VALUE_CONDITION].
説明: qualifier のvalue が不正です。修正してください。

JP0077

書式: JP0077:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid char [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#CHAR_CONDITION].
説明: 規定文字種を持つ qualifier のvalue が不正です。規定文字種に修正してください。

JP0078

書式: JP0078:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid length [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#LENGTH_CONDITION].
説明: 規定長を持つ qualifier の value が不正です。規定長に修正してください。

JP0079

書式: JP0079:ER2:STX:ANN:Line [#N]: The value of [ experiment ] qualifier is recommended to be less than 1000 letters.
説明: experiment qualifier の value は 1000 字未満であることが推奨されています。

JP0080

書式: JP0080:WAR:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: Feature [#FEATURE NAME] [#LOCATION VALUE] is duplicated in the entry [#ENTRY NAME].
説明: feature が entry 内で重複しています。

JP0081

書式: JP0081:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: Location [#LOCATION VALUE] should be merged.
説明: Location 中の "join"、もしくは、"order" の要素をまとめて記述できる可能性があります。
i.e. "join(1..100,101..200)" → "1..200"

JP0082

書式: JP0082:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: Location [#LOCATION VALUE] is possibly overlapped.
説明: Location 中の "join"、もしくは、"order" で示される断片同士が、重なっている可能性があります。
i.e. "join(1..100,50..200)"

JP0083

書式: JP0083:ER1:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier, [#QUALIFIER NAME2] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明: [#QUALIFIER NAME1] qualifier を記述するには [#QUALIFIER NAME2] qualifier を記述する必要があります。

JP0085

書式: JP0085:WAR:STX:ANN:Line [#N]: No qualifier is found after specified location column.
説明: location が記載されていますが、qualifier が記載されていません。

JP0086

書式: JP0086:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: EST entry must have one of these 3 terms; [ unspecified EST ], [ 5'-end sequence (5'-EST) ] or [ 3'-end sequence (3'-EST) ] in its keyword.
説明: EST の登録には、下記の３つのkeyword のどれか１つを記載する必要があります。
"unspecified EST", "5'-end sequence (5'-EST)" or "3'-end sequence (3'-EST)"

JP0087

書式: JP0087:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: TPA entry must have one of these 2 terms; [ TPA: experimental ] or [ TPA:inferential ] in its keyword.
説明: TPA の場合、２つの keyword、"TPA:experimental" と "TPA:inferential" のどちらか１つが必須です。
どちらかを追加してください。

JP0088

書式: JP0088:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [#QUALIFIER NAME] qualifier [#VALUE] is duplicated at [#FEATURE NAME] feature.
説明: 同一 feature 内に、value の内容まで同じ qualifier が重複しています。
一方を削除するなど修正してください。

JP0103

書式: JP0103:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER VALUE] has '@' which doesn't construct meta characters.
説明: メタ表記を記載可能な qualifier のvalue にメタ表記を構成しない "@" が存在します。

JP0104

書式: JP0104:WAR:STX:ANN:Line [#N]: '[#ELEMENT]' of [#QUALIFIER NAME] isn't valid meta character format.
説明: qualifier のvalue にメタ表記に類似した '[qualifier 名あるいは entry]' の記述が存在します。

JP0105

書式: JP0105:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] doesn't have a value, though it is referred by [ ff_definition ].
説明: ff_definition 内のメタ表記で指定された qualifier に値がありません。

JP0106

書式: JP0106:ER1:STX:AxS:Entry [#ENTRY NAME1] and [#ENTRY NAME2]: Order of entry in annotation file is different from that in sequence file.
説明: アノテーションファイルと配列ファイルでエントリの順序が一致していません。

JP0107

書式: JP0107:ER1:STX:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: Not found in fasta file.
説明: アノテーションファイルには存在するエントリが配列ファイルにはありません。

JP0108

書式: JP0108:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: The keyword [#VALUE] duplicated at the entry [#ENTRY NAME].
説明: １つのエントリに同一の keyword が２つ記載されています。

JP0109

書式: JP0109:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Usage of ambiguous or particular AA residue is problematic for [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明: 曖昧 (Asx, Glx, Xle) もしくは、特殊 (Sec, Pyl) なアミノ酸を示す略号指定が問題になる可能性があります。

JP0110

書式: JP0110:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: Without keyword [#KEYWORD VALUE], though the [ DIVISION/division ] is [#DIVISION VALUE].
説明: DIVISION/division が指定されていますが、このdivision に対応した必須 keyword が記載されていません。

JP0111

書式: JP0111:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: [ DIVISION/division ] [#DIVISION VALUE] is not specified, though the specific keyword [#KEYWORD VALUE] is found.
説明: DIVISION/division に特有なkeyword が記載されていますが、そのDIVISION/division が指定されていません。

JP0112

書式: JP0112:WAR:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: [#LOCATION VALUE1] is consist of base code [#N] x [ n ], it is longer than corresponding [ gap or assembly_gap ] feature at [#LOCATION VALUE2].
説明: 配列ファイルに10 個以上の "n" が連続する領域がありますが、アノテーションファイルの該当領域を示す gap、または、assembly_gap feature よりも長くなっています。同じ位置を示すように修正してください。

JP0113

書式: JP0113:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Value of [ codon_start ] is not 1, but [#LOCATION VALUE] is 5' complete type.
説明: codon_start の値が 1 ではない場合、location の記述は必然的に 5' partial (<) となります。
CDS feature の codon_start による翻訳開始の位置補正をご確認ください。

JP0114

書式: JP0114:WAR:STX:ANN:Line [#N]: The value format of [ ab_name ] [#VALUE] is possibly wrong.
説明: ab_name の書式が正しくない可能性があります。確認の上、必要ならば修正してください。

JP0115

書式: JP0115:WAR:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ ab_name ] [#VALUE] is duplicated in [SUBMITTER/REFERENCE].
説明: １つのSUBMITTER か REFERENCE の feature 内に同一の ab_name が２つ記載されています。
確認の上、必要ならば修正してください。

JP0116

書式: JP0116:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Invalid format [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#FORMAT_CONDITION].
説明: 規定フォーマットを持つ qualifier の value が不正です。規定フォーマットに修正してください。

JP0117

書式: JP0117:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Both [#QUALIFIER NAME1] and [#QUALIFIER NAME2] qualifiers are found.
説明: 同時に使用できない qualifier が指定されています。

JP0118

書式: JP0118:ER1:SYS: Option [-b] is invalid, this option is specific to CONTIG.
説明: "-b" オプションの指定は不正です。
"-b" オプションはアノテーションファイルにおいて CON division を指定した場合のみ、有効です。

JP0119

書式: JP0119:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Some character other than [ 0-9 ] is found in [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME].
説明: volume, start_page, end_page のいずれかの value に、数字以外の文字が含まれています。
確認の上、必要ならば修正してください。

JP0120

書式: JP0120:FAT:SYS: Out of memory error occurred.
説明: メモリ不足エラーが発生しました。メモリを割り当ててください。

JP0121

書式: JP0121:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ COMMON ] must be used for the first entry to describe features shared with all entries.
説明: 特殊な entry 名COMMON は全エントリで共有する feature を記述する必要がある場合のみ、最初のエントリとして使用します。
1 行目に以下の記述を入力している場合は、削除してください。
例) Entry Feature Location Qualifier Value

JP0122

書式: JP0122:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] qualifiers are found in [#FEATURE NAME] feature.
説明: feature に１つしか記載できない qualifier が２つ以上、入力されています。
どちらかの qualifier を削除してください。

JP0123

書式: JP0123:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#LOCATION VALUE] is including invalid character(s).
説明: Location に不適切な文字が含まれています。修正してください。

JP0124

書式: JP0124:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Value of [#QUALIFIER NAME] qualifier has invalid Head/End space.
説明: value の前後に余分なスペースが含まれています。削除してください。

JP0125

書式: JP0125:ER2:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] qualifiers are found in [#FEATURE NAME] feature.
説明: feature に１つしか記載できない qualifier が２つ以上、入力されています。
どちらかの qualifier を別の qualifier (note qualifier 等) に変更してください。

JP0126

書式: JP0126:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier value has [#N] invalid 2 or more consecutive spaces.
説明: value に 2 個以上の連続したスペースが含まれています。不要なスペースは削除してください。

JP0127

書式: JP0127:ER1:STX:ANN: CON division mixed with other ones.
説明: CON エントリを他のエントリと１つのアノテーションファイルに含めることはできません。
必要な場合は登録ファイルを分割して作成してください。

JP0128

書式: JP0128:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME] for entry name is too long, it must be shorter than 33 letters.
説明: エントリ名の長さが不正です。半角英数字32 文字以内で記載してください。

JP0129

書式: JP0129:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME] is invalid for entry name, do not use space, back-slash or double-quote.
説明: エントリ名に不正な文字が入力されています。スペース、 " [double-quote]、 ? [question]、 \ [back-slash] を含まない半角英数字で記載してください。

JP0130

書式: JP0130:WAR:STX:ANN:Line [#N]: End of value is comma in [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明: 指定された qualifier の value の文末がカンマで終わっています。

JP0131

書式: JP0131:WAR:LOC:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: Multi source locations [#LOCATION VALUE1] and [#LOCATION VALUE2] may overlap mutually.
説明: ２つの source feature で location が相互に重なりあっている可能性があります。
確認の上、必要であれば修正してください。

JP0132

書式: JP0132:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[#ELEMENT]@@ is duplicated in [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明: qualifier の value に、同一のメタ表記が複数入力されています。

JP0133

書式: JP0133:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[#ELEMENT]@@ can NOT be used in [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明: 指定されたqualifier の value では使用できないメタ表記が記載されています。

JP0134

書式: JP0134:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[organism]@@ must be set at the beginning of [ ff_definition ] qualifier.
説明: ff_definition qualifier 内のメタ表記で、文頭に指定できる qualifier は organism のみです。

JP0135

書式: JP0135:WAR:STX:ANN:Line [#N]: There is no space at the right of meta character @@[organism]@@ in [ ff_definition ] qualifier.
説明: 「@@[organism]@@」に続けて、スペースを挿入してください。

JP0136

書式: JP0136:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[#ELEMENT]@@ is not delimited by the space or comma-space.
説明: メタ表記(「@@[organism]@@」を除く)の前にはスペース、後にはスペースもしくはカンマ・スペースを挿入してください。

JP0137

書式: JP0137:WAR:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: TSA entry should have [#FEATURE NAME] feature.
説明: TSA に記載すべき feature が記載されていません。

JP0138

書式: JP0138:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Both [ start_page ] and [ end_page ] qualifiers must be specified.
説明: start_page あるいは end_page のどちらか一方が記載されていません。
1 ページのみの場合は start_page と end_page に同じ値を入力してください。

JP0144

書式: JP0144:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ volume ] is not found, but [ start_page ] and [ end_page ] qualifiers are specified.
説明: start_page, end_page が記載されていますが volume がありません。volume を入力してください。

JP0145

書式: JP0145:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier is ignored because of [#STATUS VALUE] status.
説明: 指定された status をもつ REFERENCE に必要のない qualifier が記載されています。

JP0146

書式: JP0146:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ end_page ] value is less than [ start_page ].
説明: end_page の数値が start_page の数値より小さいです。修正してください。

JP0147

書式: JP0147:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Values of [ start_page ] and [ end_page ] are same.
説明: start_page と end_page の value が同じ値です。
1 ページのみの場合、このメッセージは無視してください。

JP0148

書式: JP0148:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: The number of location [#NUMBER] starts with 0.
説明: location の塩基番号の先頭に 0 が記載されています。先頭の 0 は削除してください。
i.e. "01..100", "1..0100" → "1..100"

JP0149

書式: JP0149:WAR:STX:ANN:Line [#N]: hold_date [#VALUE] is too near.
説明: hold_date が10 日以内に設定されています。hold_date は余裕を持って指定することを推奨します（例：半年後）。
即日公開の場合は、DATE 行を削除してください。

JP0150

書式: JP0150:WAR:STX:ANN:Line [#N]: keyword [#VALUE] is not defined in standard list.
説明: 規定値の keyword が正しく入力されていません。修正してください。

JP0151

書式: JP0151:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Both keyowords [ TPA:experimental ] and [ TPA: inferential ] are found.
説明: TPA の場合、２つの keyword、"TPA:experimental" と "TPA:inferential" のうち、どちらか一つを記載します。
どちらかを削除してください。

JP0152

書式: JP0152:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier must be includes in [#LOCATION_VALUE].
説明: anticodon, rpt_unit_range, tag_peptide, transl_except では location を示す記載が feature の location の内側になければなりません。

JP0154

書式: JP0154:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid length [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature, it must be modified following [#LENGTH_CONDITION].
説明: ST_COMMENT 内 qualifier の文字数は半角64 文字以内で入力してください。

JP0155

書式: JP0155:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid char [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature, it must be modified following [#CHAR_CONDITION].
説明: ST_COMMENT 内 qualifier に不適切な文字が含まれています。修正してください。

JP0156

書式: JP0156:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature, it must be modified following [ can't use [@@&&,::] ].
説明: ST_COMMENT 内 qualifier (tagset_id を除く)に文字列 @@&&,:: は使用できません。

JP0157

書式: JP0157:WAR:STX:ANN:Line [#N]: There is no value for [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature.
説明: ST_COMMENT 内で指定された qualifier の value が記載されていません。必要であれば修正してください。

JP0158

書式: JP0158:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ tagset_id ] qualifier must be set at the beginning of [ ST_COMMENT ] feature.
説明: ST_COMMENT feature の先頭 qualifier は、tagset_id を指定しなければなりません。

JP0159

書式: JP0159:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [ tagset_id ] qualifiers with [#VALUE] are found in an entry [#ENTRY NAME].
説明: 1 エントリ内で同じ tagset_id を持つ ST_COMMENT が複数存在します。

JP0160

書式: JP0160:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [ tagset_id ] qualifiers are found in [ ST_COMMENT ] feature.
説明: ST_COMMENT feature 内で tagset_id は１つしか入力できません。

JP0161

書式: JP0161:WAR:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] qualifiers are found in [ ST_COMMENT ] feature.
説明: ST_COMMENT feature 内で同じ qualifier (name) が２つ以上使用されています。
必要に応じて、修正してください。

JP0162

書式: JP0162:ER1:STX:ANN:Line [#N]:[#QUALIFIER NAME] qualifier is found in [ COMMON ] entry.
説明: COMMON エントリに使用できない qualifier が含まれています。修正してください。

JP0163

書式: JP0163:ER2:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier [#VALUE], [#QUALIFIER NAME2] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明: exception qualifier で"annotated by transcript or proteomic data" を記載する場合、同時に inference qualifier を CDS feature 内に記載する必要がありますが、inference qualifier がありません。

JP0164

書式: JP0164:WAR:STX:ANN:Line [#N]: The [ artificial_location ] qualifier is used.
説明: artificial_location qualifier はゲノム規模のアノテーションにのみ使用可能です。

JP0165

書式: JP0165:WAR:STX:ANN:Line [#N]: When an entry has [ mRNA ] or [ operon ] feature, [ mol_type ] should be [ genomic DNA ].
説明: mRNA または operon feature はゲノム配列に記載することが基本ですので、mol_type を確認してください。

JP0166

書式: JP0166:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier is not recommended for [#FEATURE NAME] feature.
説明: 新規登録では記載を推奨していない feature と qualifier の組が記載されています。
Feature/Qualifier 対応表を確認の上、修正してください。
記載が必要な場合はご連絡ください。

JP0167

書式: JP0167:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#FEATURE NAME] feature is not recommended.
説明: 新規登録では記載を推奨していない feature が記載されています。
記載が必要な場合はご連絡ください。

JP0168

書式: JP0168:WAR:LOC:AxS:Line [#N]: Locations of [ PRIMARY_CONTIG ] features are not covered full length of entry.
説明: そのエントリの配列は PRIMARY_CONTIG の location で示される配列範囲全体よりも長いです。
この配列と引用対象の配列との alignment, location の記述を確認の上、必要ならば、修正してください。

JP0169

書式: JP0169:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#COUNTRY NAME] is old country name. See [ http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref6-e.html#country ].
説明: country qualifier の値に古い国名が記載されています。
現行の国名に修正可能ならば、修正してください。

JP0170

書式: JP0170:ER1:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier, [#QUALIFIER NAME2] or [#QUALIFIER NAME3] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明: qualifier1 を記載する場合は、qualifier2 または qualifier3 のいずれかを同じ feature に記載する必要があります。

JP0171

書式: JP0171:WAR:STX:ANN:Line[#N]: Different set [#QUALIFIER NAME1] and [#QUALIFIER NAME2] found in [#FEATURE LINE].
説明: qualifier1 と qualifier2 の対が別の feature に存在しますが、qualifier の value が一方のみ一致しており、もう一方は不一致、あるいは、存在しません。
必要であれば、value を修正して下さい。

JP0172

書式: JP0172:ER1:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier [#VALUE], [#QUALIFIER NAME2] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明: gap_type qualifier で "within scaffold" または "repeat within scaffold" を記載する場合、同時に linkage_evidence qualifier を assembly_gap feature 内に記載する必要がありますが、linkage_evidence qualifier がありません。

JP0173

書式: JP0173:ER2:STX:ANN:Line [#N]: The [ pseudo ] qualifier is used.
説明: pseudo qualifier が使用されています。確認の上、必要であれば pseudogene qualifier に修正してください。

JP0174

書式: JP0174:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: The location of [ source ] feature is partial.
説明: source feature の location に partial を表す "<"、">" 記号が存在します。原則として、削除してください。

JP0175

書式: JP0175:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: Partial flag is found in the mid of location.
説明: location の先頭もしくは末尾の位置以外に、partial 記号、"<"、">"が存在しています。書式が不正ですので、Location の記述法を参照の上、修正してください。

JP0176

書式: JP0176:WAR:LOC:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [#ENTRY NAME]: [ gap or assembly_gap ] feature [#LOCATION VALUE1] is overlapped with [ CDS ] feature [#LOCATION VALUE2].
説明: gap または assembly_gap と領域の重なる CDS feature が存在しています。
必要であれば、CDS feature を２つに分けて location が重ならないように修正してください。

JP1015

書式: JP1015:ER2:STX:ANN: [ DATATYPE/type ] [#TYPE VALUE] is not specified at [ COMMON ] entry, though the specific keyword [#KEYWORD VALUE] is found.
説明: DATATYPE/type 特有の keyword が記載されていますが、DATATYPE/type が COMMON エントリで指定されていません。

JP1027

書式: JP1027:ER1:STX:ANN: MGA:[#FEATURE NAME] feature is required for [ COMMON ] entry.
説明: MGA の場合は、COMMON entry に SUBMITTER/REFERENCE/source のfeature を記載する必要があります。

JP1028

書式: JP1028:ER1:STX:SEQ:Line [#N]: MGA:[#FIELED NAME] is including invalid character(s).
説明: MGA の配列ファイルのエントリ行に、不適切な文字が含まれています。修正してください。

JP1029

書式: JP1029:ER1:STX:ANN:Line [#N]: TPA:[ status/Published Only in Database ] can NOT be selected in [ REFERENCE ] feature, [#ENTRY NAME].
説明: TPA の場合、"Published Only in Database" は指定できません。

JP1030

書式: JP1030:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ PRIMARY_CONTIG ] feature is found, though [ DATATYPE/type=TPA ] or [DIVISION/division=TSA ] is not specified at [ COMMON ] entry.
説明: TPA あるいは TSA エントリ特有の PRIMARY_CONTIG feature が記述されていますが、COMMON エントリに DATATYPE/type=TPA もしくはDIVISION/division=TSA がありません。

JP1032

書式: JP1032:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: [#LOCATION VALUE]: Invalid position is specified at start or end.
説明: location 中の開始位置と末尾位置の組み合わせが不正です。
i.e. "500..345" → "complement(345..500)"

JP1033

書式: JP1033:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: [#LOCATIONE_OPEREATOR] is invalid.
説明: location 中の "join"、もしくは、"order" の要素が1 つしかありません。
i.e. "join(1..100)" → "1..100"

JP1034

書式: JP1034:ER1:LOC:AxS:Line [#N] in annotation file: [#LOCATION VALUE] is out of sequence range of the entry [#ENTRY NAME].
説明: 配列長を超えた location を指定しています。

JP1036

書式: JP1036:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Both [#QUALIFIER NAME1] and [#QUALIFIER NAME2] qualifiers are found.
説明: 同時に使用できない qualifier が指定されています。

JP1038

書式: JP1038:ER1:STX:ANN:Line [#N]: No qualifier is found before specified value column.
説明: Value がありますが、qualifier がありません。適切な qualifier を入力してください。

JP1039

書式: JP1039:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [#FEATURE NAME] feature has the same information.
説明: 同一エントリに、location と qualifier が完全に同一の feature が記述されています。

JP1042

書式: JP1042:ER1:STX:ANN:Line [#N1]: The value [#VALUE] for [ citation ] is greater than the number of REFERENCEs, [#N2].
説明: citation qualifier のvalue が REFERENCE の数より大きいです。

JP1044

書式: JP1044:ER1:SYS: Work is stopped because [#FILE NAME] is not found.
説明: 処理に必要なファイルが開けないため、処理を中止します。

JP1045

書式: JP1045:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] is NOT found in [ source ] feature, though it is referred by [ ff_definition ].
説明: ff_definition 内のメタ表記で指定された qualifier がありません。

JP1046

書式: JP1046:ER2:STX:ANN:Line [#N]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] are found in [ source ] feature, though it is referred by [ ff_definition ].
説明: ff_definition 内のメタ表記で指定された qualifier が複数あります。

JP1048

書式: JP1048:ER1:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: TPA entry must have [#FEATURE NAME] feature.
説明: TPA に必須な feature が記載されていません。

transChecker エラーメッセージ

transChecker CDS feature のアミノ酸翻訳に関するチェックを行うためのツールです。
エラーが発生した場合、エラーメッセージごとに必要な対処方法が異なります。

エラーメッセージのフォーマット
エラーが発生していない場合は、メッセージ自体を出力しません。
適宜、対処をお願いいたします。

書式
>[Entry name].[Serial Number][space][CDS feature location]
Error message 1
Error message 2
:
:
Error message N
//

各エラーメッセージは " [Level] メッセージ本文 " の形式で出力されます。
[Level] は、検出されたエラーの種別を示します。[FATAL], [ERROR], [WARNING] の３種類があります。
メッセージ本文は、検出されたエラーの個別内容を示します。

例
>entry1.1 <1..>366
[WARNING] 'codon_start' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
[WARNING] 'transl_table' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
//
>entry2.3 4315..4997
[ERROR] First codon [cct] is not a start codon.
[ERROR] Final codon [cat] is not a stop codon.
[ERROR] Stop codon '*' is found in the range.
//

アミノ酸配列ファイルのフォーマット
Fasta 形式で出力します。
エラーがある場合でも、CDS feature で示される塩基配列に対応するアミノ酸配列をその状態で出力しますが、エラーの程度により出力されないこともあります。

書式
>[Entry name].[Serial Number][space][CDS feature location]
[翻訳結果アミノ酸配列 (60 文字/行)]
//

出力例
>entry1.1 89..406
MLARISELTKIGTTIFIVAIDQVAEPNSWGSSQLVLLAKIAGALKAIPPNPVCTSRHRQA
ASVSPFRSAIVGTLLQLEAIKNLLTVSVDTIQQNGVLFIFVALLR
//
>entry1.2 684..1325
MSIGILGTKLGMTQIFDESGKAVPVTVIQAGPCPITQIKTVATDGYNAIQIGFLEVREKQ
LSKPELGHLSKAGAPPLRHLLEYRVPSTDGLELGQALTADRFEAGQKVDVQGHTIGRGFT
GYQKRHGFARGPMSHGSKNHRLPGSTGAGTTPGRVYPGKRMAGRSGNDKTTIRGLTVVRV
DADRNLLLVKGSVPGKPGALLNITPATVVGQQA
//

エラーメッセージ一覧
以下の項では、エラーレベルごとに各エラーメッセージの概要を説明しています。
エラーメッセージが出た場合は、適宜、修正し解消する必要があります。

ERROR レベル

ERROR レベルのエラーは、データの入力間違いと推定されるエラーです。
これらのエラーが出た場合にはファイルに何らかの誤りがありますので、修正の上、エラーを解消してください。
括弧、[ と ]、で囲まれ、# で始まる語句は、検査したファイルで実際に使用されていた文字列に置換されて出力されます。

書式: [ERROR] Description of Location [#location of CDS feature] is illegal.
説明: CDS feature の location 記載に誤りがあります。修正が必要です。
Location の記述法を参照してください。

書式: [ERROR] 'codon_start' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1.
説明: codon_start qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
codon_start qualifier が複数存在します。アミノ酸配列の翻訳はデフォルト値、1 として行いました。
codon_start qualifier は CDS feature 1 つに対して１つしか入力できません。

書式: [ERROR] 'codon_start' qualifier has invalid value [#Value].
説明: codon_start qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
codon_start qualifier の値が不正です。"1", "2", "3" の何れかのみ記載可能です。

書式: [ERROR] 'transl_table' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1.
説明: transl_table qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_table qualifier が複数存在します。アミノ酸配列の翻訳はデフォルト値、1 として行いました。
transl_table qualifier は CDS feature 1 つに対して１つしか入力できません。

書式: [ERROR] 'transl_table' qualifier has invalid value [#Value].
説明: transl_table qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_table qualifier の値が不正です。
The Genetic Codes で規定される番号を使用してください。

書式: [ERROR] Amino acid abbreviation [#abbreviation] in 'transl_except' qualifier is illegal.
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier の値にあるアミノ酸３文字表記が不正です。
使用可能な Amino Acid Codes を確認してください。

書式: [ERROR] 'transl_except' qualifier has invalid value [#Value].
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier の値が不正です。
transl_except の書式を確認してください。

書式: [ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is overlapped.
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier の値の中にあるlocation (<base_range>) に重なりがありますので、記載を無視してアミノ酸へ翻訳しています。

書式: [ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is invalid.
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier の値の中にある location (<base_range>)に誤りがあります。
transl_except の書式を確認してください。

書式: [ERROR] Base range of 'transl_except' qualifier [#Value] is mismatched in reading frame.
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier で指定された値中の location (<base_range>)が、CDS feature の読み枠と合いませんので値を修正してください。

書式: [ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not changed from conceptual translation.
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier で指定されたアミノ酸と通常の翻訳によるアミノ酸が同一です。
この transl_except qualifer は削除してください。

書式: [ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [TERM].
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier で CDS feature の終止位置に終止コドン以外を指定しています。
Location、または、transl_except qualifier を修正してください。

書式: [ERROR] Stop codon is specified by 'transl_except' qualifier [#Value] in mid of CDS location.
説明: transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
CDS feature 終止位置以外で transl_except qualifier で終止コドンを指定しています。
この transl_except qualifier は削除してください。

書式: [ERROR] Entry [#Entry name] is NOT found in sequence entries.
説明: 配列ファイルに存在しないエントリー名をアノテーションファイルで指定しています。
エントリー名を確認の上、修正して下さい。

書式: [ERROR] Untranslatable codon [#Codon] is found in the sequence range.
説明: 塩基配列中に、アミノ酸配列に翻訳不可能なコドンが含まれています。

書式: [ERROR] First codon [#Codon] is not a start codon.
説明: CDS feature が開始コドンから始まっていません。location の記載を確認して下さい。
この CDS feature が全長ではない場合は、partial 記号 "<" が必要です。

書式: [ERROR] Final codon [#Codon] is not a stop codon.
説明: CDS feature が終止コドンで終わっていません。location の記載を確認して下さい。
この CDS feature が全長ではない場合は、partial 記号 ">" が必要です。

書式: [ERROR] Stop codon '*' is found in the range.
説明: CDS feature の途中に終止コドンが出現しました。

WARNING レベル

WARNING レベルは注意を促すメッセージです。修正が必要な場合もあります。

書式: [WARNING] 'codon_start' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
説明: codon_start qualifier が入力されていません。
アミノ酸翻訳ダイアログには初期設定の値 "1" で翻訳された結果が表示されています。

書式: [WARNING] 'transl_table' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
説明: transl_table qualifier が入力されていません。
アミノ酸翻訳ダイアログには初期設定の値 "1" で翻訳された結果が表示されています

書式: [WARNING] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [Met].
説明: CDS feature の開始位置に transl_except qualifier でMet 以外のアミノ酸を指定しています。

書式: [WARNING] [#Value] codons are not translatable.
説明: CDS feature のアミノ酸翻訳を行うと特定のアミノ酸に翻訳することができないコドンが [#Value] 個ありました。

FATAL レベル

FATAL レベルのエラーが出る場合は、システム上の障害（リソースファイルがない、本ツールの不具合）の可能性があります。

書式: [FATAL] Proper 'codon.table' is not found in 'resource/codon' folder.
説明: ファイル (codon.table) が所定のフォルダ (resource/codon) にあるか確認して下さい。

書式: [FATAL] Proper 'amino.table' is not found in 'resource/codon' folder.
説明: ファイル (amino.table) が所定のフォルダ (resource/codon) にあるか確認して下さい。

書式: [FATAL] Proper 'transltabs.list' is not found in 'resource/FQ' folder.
説明: ファイル (transltabs.list) が所定のフォルダ (resource/FQ) にあるか確認して下さい。

書式: [FATAL] Unable to execute Translation.
説明: 何らかの理由で、アミノ酸翻訳機能を実行できません。
システムエラーの可能性が高いので、その旨をご連絡下さい。

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