ここでは DDBJ に登録される配列データをチェックするためのツールから出力されるエラーメッセージについて概説しています。
エラーメッセージごとに必要な対処方法が異なりますので、適宜、対処をお願いいたします。
問題、不明点などがございましたら、エラーメッセージを添えて ご連絡 ください。

Parser エラーメッセージ

出力フォーマット

[コード番号]:[Level]:[Type]:[File]:[エラー位置]:[メッセージ本文]

コード番号 コード番号を示します。
Level エラーのレベルを示します。
ER1 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
ER2 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
FAT 実行環境に関するエラーです。
WAR 警告です。修正が必要な場合があります。
MES 他のエラーに関連する参考メッセージです。
Type エラーの種別を示します。
STX 構文
SYS 実行関連
LOC 配列とlocation の比較関連
File エラーが検出されたファイルを示します。
ANN アノテーション
SEQ 配列
AxS アノテーションと配列の比較
エラー位置 エラーが検出された位置を行番号、または、エントリ名で示します。
メッセージ本文 エラーの個別内容を示します。

エラーメッセージ一覧

メッセージ中で括弧( [] )で括られている # で始まる語・数値は、実際のエラーメッセージでは、登録において使用されている値などに置換されます。

メッセージ中で、括弧( [] )で括られている # で始まっていない語は予約語です。


JP0001
書式
JP0001:FAT:SYS: Internal error occurred.
説明
内部エラーが発生しました。

JP0002
書式
JP0002:ER1:SYS: System file read error. [#FILE NAME]
説明
システムファイルが読み込めません。

JP0003
書式
JP0003:ER1:SYS: [#FILE NAME] cannot be opened.
説明
ファイルを開けません。再インストールしてください。

JP0005
書式
JP0005:ER1:SYS:ANN: Ambiguous annotation file specification [#FILE NAME1] <=> [#FILE NAME2].
説明
アノテーションファイルを特定できません。1つに定まるように指定し直してください。

JP0006
書式
JP0006:ER1:SYS:SEQ: Ambiguous sequence file specification [#FILE NAME1] <=> [#FILE NAME2].
説明
配列ファイルを特定できません。1つに定まるように指定し直してください。

JP0007
書式
JP0007:ER1:SYS: Invalid parameter specification: [#PARAMETER]
説明
不正な起動パラメータが指定されました。パラメータを確認してください。

JP0008
書式
JP0008:MES:SYS: Usage : ... [-x<annotation file>] [-s<sequence file>]
説明
[-x<annotation file>] [-s<sequence file>]の形式でパラメータを指定してください。

JP0009
書式
JP0009:ER1:STX:AxS: Numbers of entries are different between sequence file ([#N1]) and annotation file ([#N2]).
説明
配列ファイルとアノテーションファイルでエントリ数が異なります。
エントリ数を一致させてください。

JP0011
書式
JP0011:ER1:STX:AxS:Line [#N1] in annotation file: [#ENTRY NAME1] does not match with [#ENTRY NAME2] at Line [#N2] in sequence file.
説明
アノテーションファイルと配列ファイルのエントリ名が一致していません。
順序も同じである必要があります。修正してください。

JP0012
書式
JP0012:MES:STX:SEQ:Line [#N]: Extra information is included in entry name: [#ENTRY NAME].
説明
配列ファイルのエントリ行に、エントリ名以外の情報が記載されています。
確認の上、必要があれば適当な箇所にその情報を入力し直してください。

JP0013
書式
JP0013:ER1:STX:SEQ:Line [#N]: Entry line is not found.
説明
配列ファイルにエントリ行が見つかりません。エントリ名を入力してください。

JP0014
書式
JP0014:ER1:STX:SEQ:Line [#N1]: Invalid code [#LETTER] at [#N2]-th letter.
説明
配列ファイルの配列中に不正文字が存在します。
塩基として使用可能な文字を確認してください。

JP0015
書式
JP0015:ER1:STX:SEQ:Line [#N]: Sequence is not terminated by [ // ].
説明
配列ファイルに配列終端子 "//" がありません。
配列の最後で改行の上、入力してください。

JP0016
書式
JP0016:ER1:STX:SEQ:Lines [#N1] and [#N2]: entry name [#ENTRY NAME] is same.
説明
配列ファイルで同一のエントリ名が2つ以上、入力されています。
エントリ名を一意な ID に修正してください。

JP0017
書式
JP0017:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: entry name [#ENTRY NAME] is same.
説明
アノテーションファイルで同一のエントリ名が2つ以上、入力されています。
エントリ名を一意な ID に修正してください。

JP0019
書式
JP0019:ER1:STX:ANN:Line [#N]: The number of columns is greater than 5.
説明
6カラム以上のカラムが使用されています。
使用できるカラムはEntry, Feature, Location, Qualifier, Value の5カラムです。

JP0020
書式
JP0020:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Over flow (max: 40959 bytes/line).
説明
1行に記述できる最大文字数(max: 40959 bytes/line)を超えています。修正してください。

JP0021
書式
JP0021:ER1:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature is required for an entry.
説明
SUBMITTER/REFERENCE/source feature はCOMMON または各エントリに1つ以上、記載する必要があります。
入力してください。

JP0022
書式
JP0022:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Entry name is not appropriate.
説明
空(null)、または不適切な文字が含まれるエントリ名が指定されています。
エントリ名を修正してください。

JP0023
書式
JP0023:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Feature is undefined.
説明
feature が指定されていません。
適切な feature を入力してください。

JP0024
書式
JP0024:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#FEATURE NAME] feature must be described in the [ COMMON ] entry.
説明
DATE および DATATYPE feature は COMMON entry にのみ入力可能です。修正してください。

JP0025
書式
JP0025:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Location is required.
説明
生物学的な featurelocation が指定されていません。
適切な location を入力してください。

JP0026
書式
JP0026:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Unrecognizable/forbidden feature [#FEATURE NAME] is found.
説明
不正な feature が指定されています。修正してください。
なお、大文字・小文字の違いやアンダーバーの記入漏れもエラーとなります。
i.e. "TRNA" → "tRNA", "misc feature" → "misc_feature"

JP0027
書式
JP0027:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Unrecognizable/forbidden qualifier name [#QUALIFIER NAME] is found.
説明
不正な qualifier が指定されています。修正してください。
なお、大文字と小文字の違いやアンダーバーの記入漏れもエラーとなります。
i.e. "Codon start" → "codon_start"

JP0029
書式
JP0029:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: Without keyword [#KEYWORD VALUE], though the [ DATATYPE/type ] is [#TYPE VALUE].
説明
DATATYPE/type が指定されていますが、これに対応する必須な keyword が記載されていません。

JP0031
書式
JP0031:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#FEATURE NAME] feature must have [#QUALIFIER NAME1] or [#QUALIFIER NAME2] qualifier.
説明
このfeature には[#QUALIFIER NAME1]または[#QUALIFIER NAME2]の qualifier の一方が必須ですが、どちらも記載されていません。
どちらかを記載してください。

JP0032
書式
JP0032:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#FEATURE NAME] features are found in an entry.
説明
1エントリに1つのみ記載可能な feature が1エントリに2つ以上記載されています。

JP0033
書式
JP0033:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ Published Only in Database ] status must be used in the 1st REFERENCE.
説明
"Published Only in Database" の status をもつ REFERENCE は、1番目のREFERENCE にのみ入力可能です。

JP0034
書式
JP0034:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ Published Only in Database ] status qualifiers is found 2 times in an entry, [#ENTRY NAME].
説明
"Published Only in Database" のstatus をもつ REFERENCE が2つ以上、入力されています。
最初の1つのみに修正してください。

JP0035
書式
JP0035:ER2:STX:ANN:Line [#N]: One of [ ab_name ] values must be corresponding to the value of [contact].
説明
contact と対応する値を持つ ab_name がありません。

JP0036
書式
JP0036:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#STATUS VALUE] status can NOT be used with [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明
指定された status をもつ REFERENCE に使用できない qualifier が記載されています。修正してください。

JP0037
書式
JP0037:MES:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME] entry: Location of [#FEATURE NAME] feature is meaningless.
説明
SUBMITTER/REFERENCE/COMMENT では、location は記載順序に何も効力をもちません。
REFERENCE やCOMMENT が複数入力された場合には、アノテーションファイルの記載順で公開形式ファイルに反映されます。

JP0038
書式
JP0038:WAR:STX:SEQ:Entry [#ENTRY NAME]: Length ([#N] bp) of sequence seems too short, it should be greater than 20 bp.
説明
原則として、データベースが受け付ける配列長は20bp 以上です。
確認の上、必要であれば修正してください。

JP0039
書式
JP0039:ER1:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: The location of [ source ] feature is greater than the sequence length in sequence file by [#N] bp.
説明
source feature の location で示される配列長が、配列ファイルの配列より長いです。
配列と location を確認の上、修正してください。

JP0040
書式
JP0040:ER2:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: The sequence length in sequence file is greater than the location of [ source ] feature(s) by [#N] bp.
説明
配列ファイルの配列がsource feature の location で示される配列長より長いです。
配列と location を確認の上、修正してください。

JP0041
書式
JP0041:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: The [ source ] feature with single location is not found.
説明
source feature の location が正しく記述されていない可能性があります。
確認の上、必要であれば修正してください。

JP0042
書式
JP0042:WAR:STX:ANN:Line [#N]: The [ source ] feature with maximum span does not start from 1.
説明
最長のsource feature の location が 1 から始まっていません。
確認の上、必要であれば修正してください。

JP0043
書式
JP0043:WAR:STX:SEQ:Line [#N]: First code of sequence is [ n ], it should be trimmed.
説明
配列の最初が "n" で始まっています。削除してください。

JP0044
書式
JP0044:WAR:STX:SEQ:Line [#N]: Last code of sequence is [ n ], is should be trimmed.
説明
配列の最後が "n" で終わっています。削除してください。

JP0045
書式
JP0045:ER1:LOC:AxS:Line [#N] in annotation file: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] [#LOCATION VALUE] contains some base code other than [ n ] in sequence file.
説明
アノテーションファイルの gap または assembly_gap feature の指定領域に、配列ファイルの配列で "n" 以外の文字が存在しています。

JP0046
書式
JP0046:WAR:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: [#LOCATION VALUE] is consist of base code [#N] x [ n ], without corresponding [ gap or assembly_gap ] feature.
説明
配列ファイルに10 個以上の "n" が連続する領域がありますが、アノテーションファイルに、その領域を示す gap または assembly_gap feature がありません。

JP0047
書式
JP0047:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] [#LOCATION VALUE], the location is invalid.
説明
gap または assembly_gap feature の location が不正です。
unsure, gapassembly_gap feature では、location に "join"、"order"、"complement" を使用できません。

JP0053
書式
JP0053:ER2:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: values of [ mol_type ] qualifier are different in an entry [#ENTRY NAME].
説明
source feature が2つ以上ある場合、mol_type は全て同じでなければなりません。
同じになるように修正してください。

JP0054
書式
JP0054:ER1:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: One of [ source ] feature with DIFFERENT [ organism ] qualifiers is required [ focus ] or [ transgenic ] qualifier.
説明
複数のsource feature があり、organism qualifier が相互に異なる場合は、focus もしくは transgenic の qualifier を指定する必要があります。いずれかを1つだけ入力してください。

JP0056
書式
JP0056:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier must be removed.
説明
source feature を複数持たない場合、focus または transgenic qualifier は入力できません。

JP0058
書式
JP0058:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ source ] features with the SAME [ organism ] qualifiers can NOT have [ focus ] qualifier in an entry [#ENTRY NAME].
説明

organism qualifier が共通な場合は、focus qualifier を使用できません。


JP0059
書式
JP0059:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ transgenic ] qualifiers are found in an entry [#ENTRY NAME].
説明
1エントリに1つしか記載できない transgenic qualifier が複数、記述されています。
1つに修正してください。

JP0060
書式
JP0060:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ transgenic ] qualifier can be used for only [ SYN ] division.
説明
transgenic qualifier は "SYN" division のエントリ以外では使用できません。

JP0061
書式
JP0061:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Without [ environmental_sample ] qualifier in [ source ] feature, though it is [ ENV ] division.
説明
division が "ENV" ですが、environmental_sample qualifier が source feature に記載されていません。

JP0062
書式
JP0062:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Without keyword [ ENV ], though [ environmental_sample ] qualifier is used.
説明
environmental_sample qualifier が使われていますが、keyword に "ENV" がありません。

JP0063
書式
JP0063:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Without division [ ENV ], though [ environmental_sample ] qualifier is used.
説明
environmental_sample qualifier が使われていますが、division が "ENV" に設定されていません。

JP0064
書式
JP0064:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature can NOT refer other entry.
説明
operon および operon と location が重なる関連 feature では外部エントリを参照することはできません。

JP0065
書式
JP0065:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature [#LOCATION VALUE1] is overlapped with [ operon ] feature [#LOCATION VALUVE2].
説明
operon feature と領域が重なる feature です。
必要であれば、共通の operon qualifier を記載してください。

JP0066
書式
JP0066:ER2:STX:ANN:Line [#N1]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature [#LOCATION VALUE] should have the same [ operon ] qualifier that is used for the [ operon ] feature at line [#N2].
説明
operon qualifier が記載されている feature ですが、operon feature と同じ値を持つ operon qualifier が記載されていません。

JP0067
書式
JP0067:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [ operon ] feature should have at least one related feature.
説明
operon feature を記載する場合は、関連する feature が少なくとも1つ必要です。

JP0068
書式
JP0068:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: [#FEATURE NAME] feature has [ operon ] qualifier, though it is NOT overlapped with any [ operon ] feature.
説明
operon qualifier が記載されている feature ですが、operon feature と重なる領域がありません。

JP0070
書式
JP0070:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ ff_definition ] qualifiers are found in an entry [#ENTRY NAME].
説明
1エントリに1つのみ記載可能な ff_definition qualifier が2つ以上記載されています。
1つに修正してください。

JP0072
書式
JP0072:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: Location [#LOCATION VALUE] is invalid.
説明
location の記述が不正です。
Location の記述法を参照の上、修正してください。

JP0073
書式
JP0073:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier can NOT use for [#FEATURE NAME] feature.
説明
feature と qualifier の組み合わせが不正です。
Feature/Qualifier 対応表を確認の上、修正してください。

JP0074
書式
JP0074:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier is required for [#FEATURE NAME] feature.
説明
この feature に必須な qualifier がありません。
Feature/Qualifier 対応表を確認の上、修正してください。

JP0075
書式
JP0075:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid value [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#VALUE_CONDITION].
説明
qualifier のvalue が不正です。修正してください。

JP0077
書式
JP0077:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid char [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#CHAR_CONDITION].
説明
規定文字種を持つ qualifier のvalue が不正です。規定文字種に修正してください。

JP0078
書式
JP0078:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid length [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#LENGTH_CONDITION].
説明
規定長を持つ qualifier の value が不正です。規定長に修正してください。

JP0079
書式
JP0079:ER2:STX:ANN:Line [#N]: The value of [ experiment ] qualifier is recommended to be less than 1000 letters.
説明
experiment qualifier の value は 1000 字未満であることが推奨されています。

JP0080
書式
JP0080:WAR:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: Feature [#FEATURE NAME] [#LOCATION VALUE] is duplicated in the entry [#ENTRY NAME].
説明
feature が entry 内で重複しています。

JP0081
書式
JP0081:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: Location [#LOCATION VALUE] should be merged.
説明
Location 中の "join"、もしくは、"order" の要素をまとめて記述できる可能性があります。
i.e. "join(1..100,101..200)" → "1..200"

JP0082
書式
JP0082:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: Location [#LOCATION VALUE] is possibly overlapped.
説明
Location 中の "join"、もしくは、"order" で示される断片同士が、重なっている可能性があります。
i.e. "join(1..100,50..200)"

JP0083
書式
JP0083:ER1:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier, [#QUALIFIER NAME2] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明
[#QUALIFIER NAME1] qualifier を記述するには [#QUALIFIER NAME2] qualifier を記述する必要があります。

JP0085
書式
JP0085:WAR:STX:ANN:Line [#N]: No qualifier is found after specified location column.
説明
location が記載されていますが、qualifier が記載されていません。

JP0086
書式
JP0086:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: EST entry must have one of these 3 terms; [ unspecified EST ], [ 5'-end sequence (5'-EST) ] or [ 3'-end sequence (3'-EST) ] in its keyword.
説明
EST の登録には、下記の3つのkeyword のどれか1つを記載する必要があります。
"unspecified EST", "5'-end sequence (5'-EST)" or "3'-end sequence (3'-EST)"

JP0087
書式
JP0087:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: TPA entry must have one of these 2 terms; [ TPA: experimental ] or [ TPA:inferential ] in its keyword.
説明
TPA の場合、2つの keyword、"TPA:experimental" と "TPA:inferential" のどちらか1つが必須です。
どちらかを追加してください。

JP0088
書式
JP0088:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [#QUALIFIER NAME] qualifier [#VALUE] is duplicated at [#FEATURE NAME] feature.
説明
同一 feature 内に、value の内容まで同じ qualifier が重複しています。
一方を削除するなど修正してください。

JP0103
書式
JP0103:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER VALUE] has '@' which doesn't construct meta characters.
説明
メタ表記を記載可能な qualifier のvalue にメタ表記を構成しない "@" が存在します。

JP0104
書式
JP0104:WAR:STX:ANN:Line [#N]: '[#ELEMENT]' of [#QUALIFIER NAME] isn't valid meta character format.
説明
qualifier のvalue にメタ表記に類似した '[qualifier 名 あるいは entry]' の記述が存在します。

JP0105
書式
JP0105:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] doesn't have a value, though it is referred by [ ff_definition ].
説明
ff_definition 内のメタ表記で指定された qualifier に値がありません。

JP0106
書式
JP0106:ER1:STX:AxS:Entry [#ENTRY NAME1] and [#ENTRY NAME2]: Order of entry in annotation file is different from that in sequence file.
説明
アノテーションファイルと配列ファイルでエントリの順序が一致していません。

JP0107
書式
JP0107:ER1:STX:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: Not found in fasta file.
説明
アノテーションファイルには存在するエントリが配列ファイルにはありません。

JP0108
書式
JP0108:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: The keyword [#VALUE] duplicated at the entry [#ENTRY NAME].
説明
1つのエントリに同一の keyword が2つ記載されています。

JP0109
書式
JP0109:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Usage of ambiguous or particular AA residue is problematic for [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明
曖昧 (Asx, Glx, Xle) もしくは、特殊 (Sec, Pyl) なアミノ酸を示す略号指定が問題になる可能性があります。

JP0110
書式
JP0110:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: Without keyword [#KEYWORD VALUE], though the [ DIVISION/division ] is [#DIVISION VALUE].
説明
DIVISION/division が指定されていますが、このdivision に対応した必須 keyword が記載されていません。

JP0111
書式
JP0111:ER2:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: [ DIVISION/division ] [#DIVISION VALUE] is not specified, though the specific keyword [#KEYWORD VALUE] is found.
説明
DIVISION/division に特有なkeyword が記載されていますが、そのDIVISION/division が指定されていません。

JP0112
書式
JP0112:WAR:LOC:AxS:Entry [#ENTRY NAME]: [#LOCATION VALUE1] is consist of base code [#N] x [ n ], it is longer than corresponding [ gap or assembly_gap ] feature at [#LOCATION VALUE2].
説明
配列ファイルに10 個以上の "n" が連続する領域がありますが、アノテーションファイルの該当領域を示す gap、または、assembly_gap feature よりも長くなっています。同じ位置を示すように修正してください。

JP0113
書式
JP0113:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Value of [ codon_start ] is not 1, but [#LOCATION VALUE] is 5' complete type.
説明
codon_start の値が 1 ではない場合、location の記述は必然的に 5' partial (<) となります。
CDS feature の codon_start による翻訳開始の位置補正をご確認ください。

JP0114
書式
JP0114:WAR:STX:ANN:Line [#N]: The value format of [ ab_name ] [#VALUE] is possibly wrong.
説明
ab_name の書式が正しくない可能性があります。確認の上、必要ならば修正してください。

JP0115
書式
JP0115:WAR:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [ ab_name ] [#VALUE] is duplicated in [SUBMITTER/REFERENCE].
説明
1つのSUBMITTER か REFERENCE の feature 内に同一の ab_name が2つ記載されています。
確認の上、必要ならば修正してください。

JP0116
書式
JP0116:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Invalid format [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier, it must be modified following [#FORMAT_CONDITION].
説明
規定フォーマットを持つ qualifier の value が不正です。規定フォーマットに修正してください。

JP0117
書式
JP0117:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Both [#QUALIFIER NAME1] and [#QUALIFIER NAME2] qualifiers are found.
説明
同時に使用できない qualifier が指定されています。

JP0118
書式
JP0118:ER1:SYS: Option [-b] is invalid, this option is specific to CONTIG.
説明
"-b" オプションの指定は不正です。
"-b" オプションはアノテーションファイルにおいて CON division を指定した場合のみ、有効です。

JP0119
書式
JP0119:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Some character other than [ 0-9 ] is found in [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME].
説明
volume, start_page, end_page のいずれかの value に、数字以外の文字が含まれています。
確認の上、必要ならば修正してください。

JP0120
書式
JP0120:FAT:SYS: Out of memory error occurred.
説明
メモリ不足エラーが発生しました。メモリを割り当ててください。

JP0121
書式
JP0121:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ COMMON ] must be used for the first entry to describe features shared with all entries.
説明
特殊な entry 名COMMON は全エントリで共有する feature を記述する必要がある場合のみ、最初のエントリとして使用します。
1 行目に以下の記述を入力している場合は、削除してください。
例) Entry Feature Location Qualifier Value

JP0122
書式
JP0122:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] qualifiers are found in [#FEATURE NAME] feature.
説明
feature に1つしか記載できない qualifier が2つ以上、入力されています。
どちらかの qualifier を削除してください。

JP0123
書式
JP0123:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#LOCATION VALUE] is including invalid character(s).
説明
Location に不適切な文字が含まれています。修正してください。

JP0124
書式
JP0124:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Value of [#QUALIFIER NAME] qualifier has invalid Head/End space.
説明
value の前後に余分なスペースが含まれています。削除してください。

JP0125
書式
JP0125:ER2:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] qualifiers are found in [#FEATURE NAME] feature.
説明
feature に1つしか記載できない qualifier が2つ以上、入力されています。
どちらかの qualifier を別の qualifier (note qualifier 等) に変更してください。

JP0126
書式
JP0126:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier value has [#N] invalid 2 or more consecutive spaces.
説明
value に 2 個以上の連続したスペースが含まれています。不要なスペースは削除してください。

JP0127
書式
JP0127:ER1:STX:ANN: CON division mixed with other ones.
説明
CON エントリを他のエントリと1つのアノテーションファイルに含めることはできません。
必要な場合は登録ファイルを分割して作成してください。

JP0128
書式
JP0128:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME] for entry name is too long, it must be shorter than 33 letters.
説明
エントリ名の長さが不正です。半角英数字32 文字以内で記載してください。

JP0129
書式
JP0129:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME] is invalid for entry name, do not use space, back-slash or double-quote.
説明
エントリ名に不正な文字が入力されています。スペース、 " [double-quote]、 ? [question]、 \ [back-slash] を含まない半角英数字で記載してください。

JP0130
書式
JP0130:WAR:STX:ANN:Line [#N]: End of value is comma in [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明
指定された qualifier の value の文末がカンマで終わっています。

JP0131
書式
JP0131:WAR:LOC:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: Multi source locations [#LOCATION VALUE1] and [#LOCATION VALUE2] may overlap mutually.
説明
2つの source feature で location が相互に重なりあっている可能性があります。
確認の上、必要であれば修正してください。

JP0132
書式
JP0132:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[#ELEMENT]@@ is duplicated in [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明
qualifier の value に、同一のメタ表記が複数入力されています。

JP0133
書式
JP0133:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[#ELEMENT]@@ can NOT be used in [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明
指定されたqualifier の value では使用できないメタ表記が記載されています。

JP0134
書式
JP0134:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[organism]@@ must be set at the beginning of [ ff_definition ] qualifier.
説明
ff_definition qualifier 内のメタ表記で、文頭に指定できる qualifier は organism のみです。

JP0135
書式
JP0135:WAR:STX:ANN:Line [#N]: There is no space at the right of meta character @@[organism]@@ in [ ff_definition ] qualifier.
説明
「@@[organism]@@」に続けて、スペースを挿入してください。

JP0136
書式
JP0136:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Meta character @@[#ELEMENT]@@ is not delimited by the space or comma-space.
説明
メタ表記(「@@[organism]@@」を除く)の前にはスペース、後にはスペースもしくはカンマ・スペースを挿入してください。

JP0137
書式
JP0137:WAR:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: TSA entry should have [#FEATURE NAME] feature.
説明
TSA に記載すべき feature が記載されていません。

JP0138
書式
JP0138:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Both [ start_page ] and [ end_page ] qualifiers must be specified.
説明
start_page あるいは end_page のどちらか一方が記載されていません。
1 ページのみの場合は start_page と end_page に同じ値を入力してください。

JP0144
書式
JP0144:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ volume ] is not found, but [ start_page ] and [ end_page ] qualifiers are specified.
説明
start_page, end_page が記載されていますが volume がありません。volume を入力してください。

JP0145
書式
JP0145:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier is ignored because of [#STATUS VALUE] status.
説明
指定された status をもつ REFERENCE に必要のない qualifier が記載されています。

JP0146
書式
JP0146:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ end_page ] value is less than [ start_page ].
説明
end_page の数値が start_page の数値より小さいです。修正してください。

JP0147
書式
JP0147:WAR:STX:ANN:Line [#N]: Values of [ start_page ] and [ end_page ] are same.
説明
start_page と end_page の value が同じ値です。
1 ページのみの場合、このメッセージは無視してください。

JP0148
書式
JP0148:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: The number of location [#NUMBER] starts with 0.
説明
location の塩基番号の先頭に 0 が記載されています。先頭の 0 は削除してください。
i.e. "01..100", "1..0100" → "1..100"

JP0149
書式
JP0149:WAR:STX:ANN:Line [#N]: hold_date [#VALUE] is too near.
説明
hold_date が10 日以内に設定されています。hold_date は余裕を持って指定することを推奨します(例:半年後)。
即日公開の場合は、DATE 行を削除してください。

JP0150
書式
JP0150:WAR:STX:ANN:Line [#N]: keyword [#VALUE] is not defined in standard list.
説明
規定値の keyword が正しく入力されていません。修正してください。

JP0151
書式
JP0151:ER2:STX:ANN:Line [#N]: Both keyowords [ TPA:experimental ] and [ TPA: inferential ] are found.
説明
TPA の場合、2つの keyword、"TPA:experimental" と "TPA:inferential" のうち、どちらか一つを記載します。
どちらかを削除してください。

JP0152
書式
JP0152:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#VALUE] for [#QUALIFIER NAME] qualifier must be includes in [#LOCATION_VALUE].
説明
anticodon, rpt_unit_range, tag_peptide, transl_except では location を示す記載が feature の location の内側になければなりません。

JP0154
書式
JP0154:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid length [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature, it must be modified following [#LENGTH_CONDITION].
説明
ST_COMMENT 内 qualifier の文字数は半角64 文字以内で入力してください。

JP0155
書式
JP0155:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid char [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature, it must be modified following [#CHAR_CONDITION].
説明
ST_COMMENT 内 qualifier に不適切な文字が含まれています。修正してください。

JP0156
書式
JP0156:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Invalid [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature, it must be modified following [ can't use [@@&&,::] ].
説明
ST_COMMENT 内 qualifier (tagset_id を除く)に文字列 @@&&,:: は使用できません。

JP0157
書式
JP0157:WAR:STX:ANN:Line [#N]: There is no value for [#QUALIFIER NAME] qualifier in [ ST_COMMENT ] feature.
説明
ST_COMMENT 内で指定された qualifier の value が記載されていません。必要であれば修正してください。

JP0158
書式
JP0158:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ tagset_id ] qualifier must be set at the beginning of [ ST_COMMENT ] feature.
説明
ST_COMMENT feature の先頭 qualifier は、tagset_id を指定しなければなりません。

JP0159
書式
JP0159:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [ tagset_id ] qualifiers with [#VALUE] are found in an entry [#ENTRY NAME].
説明
1 エントリ内で同じ tagset_id を持つ ST_COMMENT が複数存在します。

JP0160
書式
JP0160:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [ tagset_id ] qualifiers are found in [ ST_COMMENT ] feature.
説明
ST_COMMENT feature 内で tagset_id は1つしか入力できません。

JP0161
書式
JP0161:WAR:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] qualifiers are found in [ ST_COMMENT ] feature.
説明
ST_COMMENT feature 内で同じ qualifier (name) が2つ以上使用されています。
必要に応じて、修正してください。

JP0162
書式
JP0162:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier is found in [ COMMON ] entry.
説明
COMMON エントリに使用できない qualifier が含まれています。修正してください。

JP0163
書式
JP0163:ER2:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier [#VALUE], [#QUALIFIER NAME2] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明
exception qualifier で"annotated by transcript or proteomic data" を記載する場合、同時に inference qualifier を CDS feature 内に記載する必要がありますが、inference qualifier がありません。

JP0164
書式
JP0164:WAR:STX:ANN:Line [#N]: The [ artificial_location ] qualifier is used.
説明
artificial_location qualifier はゲノム規模のアノテーションにのみ使用可能です。

JP0165
書式
JP0165:WAR:STX:ANN:Line [#N]: When an entry has [ mRNA ] or [ operon ] feature, [ mol_type ] should be [ genomic DNA ].
説明
mRNA または operon feature はゲノム配列に記載することが基本ですので、mol_type を確認してください。

JP0166
書式
JP0166:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] qualifier is not recommended for [#FEATURE NAME] feature.
説明
新規登録では記載を推奨していない feature と qualifier の組が記載されています。
Feature/Qualifier 対応表を確認の上、修正してください。
記載が必要な場合は ご連絡ください。

JP0167
書式
JP0167:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#FEATURE NAME] feature is not recommended.
説明
新規登録では記載を推奨していない feature が記載されています。
記載が必要な場合は ご連絡ください。

JP0168
書式
JP0168:WAR:LOC:AxS:Line [#N]: Locations of [ PRIMARY_CONTIG ] features are not covered full length of entry.
説明
そのエントリの配列は PRIMARY_CONTIG の location で示される配列範囲全体よりも長いです。
この配列と引用対象の配列との alignment, location の記述を確認の上、必要ならば、修正してください。

JP0169
書式
JP0169:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#COUNTRY NAME] is old country name. See [ http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref6-e.html#country ].
説明
country qualifier の値に古い国名が記載されています。
現行の国名に修正可能ならば、修正してください。

JP0170
書式
JP0170:ER1:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier, [#QUALIFIER NAME2] or [#QUALIFIER NAME3] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明
qualifier1 を記載する場合は、qualifier2 または qualifier3 のいずれかを同じ feature に記載する必要があります。

JP0171
書式
JP0171:WAR:STX:ANN:Line[#N]: Different set [#QUALIFIER NAME1] and [#QUALIFIER NAME2] found in [#FEATURE LINE].
説明
qualifier1 と qualifier2 の対が別の feature に存在しますが、qualifier の value が一方のみ一致しており、もう一方は不一致、あるいは、存在しません。
必要であれば、value を修正して下さい。

JP0172
書式
JP0172:ER1:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier [#VALUE], [#QUALIFIER NAME2] qualifier is required in the [#FEATURE NAME] feature.
説明
gap_type qualifier で "within scaffold" または "repeat within scaffold" を記載する場合、同時に linkage_evidence qualifier を assembly_gap feature 内に記載する必要がありますが、linkage_evidence qualifier がありません。

JP0173
書式
JP0173:ER2:STX:ANN:Line [#N]: The [ pseudo ] qualifier is used.
説明
pseudo qualifier が使用されています。確認の上、必要であれば pseudogene qualifier に修正してください。

JP0174
書式
JP0174:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: The location of [ source ] feature is partial.
説明
source feature の location に partial を表す "<"、">" 記号が存在します。原則として、削除してください。

JP0175
書式
JP0175:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: Partial flag is found in the mid of location.
説明
location の先頭もしくは末尾の位置以外に、partial 記号、"<"、">"が存在しています。
書式が不正ですので、Location の記述法を参照の上、修正してください。

JP0176
書式
JP0176:WAR:LOC:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [#ENTRY NAME]: [ gap or assembly_gap ] feature [#LOCATION VALUE1] is overlapped with [ CDS ] feature [#LOCATION VALUE2].
説明
gap または assembly_gap と領域の重なる CDS feature が存在しています。
必要であれば、CDS feature を2つに分けて location が重ならないように修正してください。

JP0177
書式
JP0177:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#VALUE] in [#QUALIFIER NAME] qualifier is not defined in standard list.
説明
ST_COMMENT feature の tagset_id qualifier の value が規定値になっていません。
確認の上、必要であれば、規定値に修正してください。

JP0178
書式
JP0178:WAR:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] in [#FEATURE NAME] feature is not defined in standard list.
説明
ST_COMMENT feature で指定されている qualifier が規定値になっていません。
確認の上、必要であれば、規定値に修正してください。

JP0179
書式
JP0179:WAR:LOC:ANN:Line [#N]: [#ENTRY NAME]: The location [#LOCATION VALUE] of [#FEATURE NAME] feature is longer than [#LOCACTION_LIMIT].
説明
unsure feature の location の長さが10を超えています。
確認の上、必要であれば、修正してください。

JP0180
書式
JP0180:ER1:STX:ANN:Line [#N]: To use [#QUALIFIER NAME1] qualifier [#VALUE], [#QUALIFIER NAME2] qualifier can NOT be used in the [#FEATURE NAME] feature.
説明
assembly_gap feature の gap_type qualifier の値が不適切か、あるいは、linkage_evidence qualifier が不要です。
確認の上、修正してください。

JP0181
書式
JP0181:WAR:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: [#DATATYPE/division] entry should have [#QUALIFIER NAME] qualifier.
説明
WGS, CON, TSA, TLS では submitter_seqid qualifier の記載を推奨しています。
確認の上、必要であれば、追記してください。

JP1015
書式
JP1015:ER2:STX:ANN: [ DATATYPE/type ] [#TYPE VALUE] is not specified at [ COMMON ] entry, though the specific keyword [#KEYWORD VALUE] is found.
説明
DATATYPE/type 特有の keyword が記載されていますが、DATATYPE/type が COMMON エントリで指定されていません。

JP1027
書式
JP1027:ER1:STX:ANN: MGA:[#FEATURE NAME] feature is required for [ COMMON ] entry.
説明
MGA の場合は、COMMON entry に SUBMITTER/REFERENCE/source のfeature を記載する必要があります。

JP1028
書式
JP1028:ER1:STX:SEQ:Line [#N]: MGA:[#FIELED NAME] is including invalid character(s).
説明
MGA の配列ファイルのエントリ行に、不適切な文字が含まれています。修正してください。

JP1029
書式
JP1029:ER1:STX:ANN:Line [#N]: TPA:[ status/Published Only in Database ] can NOT be selected in [ REFERENCE ] feature, [#ENTRY NAME].
説明
TPA の場合、"Published Only in Database" は指定できません。

JP1030
書式
JP1030:ER1:STX:ANN:Line [#N]: [ PRIMARY_CONTIG ] feature is found, though [ DATATYPE/type=TPA ] or [DIVISION/division=TSA ] is not specified at [ COMMON ] entry.
説明
TPA あるいは TSA エントリ特有の PRIMARY_CONTIG feature が記述されていますが、COMMON エントリに DATATYPE/type=TPA もしくはDIVISION/division=TSA がありません。

JP1032
書式
JP1032:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: [#LOCATION VALUE]: Invalid position is specified at start or end.
説明
location 中の開始位置と末尾位置の組み合わせが不正です。
location は 5' から 3' の方向に記述します。
i.e. "500..345" → "complement(345..500)"

JP1033
書式
JP1033:ER1:LOC:ANN:Line [#N]: [#LOCATIONE_OPEREATOR] is invalid.
説明
location 中の "join"、もしくは、"order" の要素が1 つしかありません。
i.e. "join(1..100)" → "1..100"

JP1034
書式
JP1034:ER1:LOC:AxS:Line [#N] in annotation file: [#LOCATION VALUE] is out of sequence range of the entry [#ENTRY NAME].
説明
配列長を超えた location を指定しています。

JP1036
書式
JP1036:ER1:STX:ANN:Line [#N]: Both [#QUALIFIER NAME1] and [#QUALIFIER NAME2] qualifiers are found.
説明
同時に使用できない qualifier が指定されています。

JP1038
書式
JP1038:ER1:STX:ANN:Line [#N]: No qualifier is found before specified value column.
説明
Value がありますが、qualifier がありません。
適切な qualifier を入力してください。

JP1039
書式
JP1039:ER1:STX:ANN:Lines [#N1] and [#N2]: [#FEATURE NAME] feature has the same information.
説明
同一エントリに、locationqualifier が完全に同一の feature が記述されています。

JP1042
書式
JP1042:ER1:STX:ANN:Line [#N1]: The value [#VALUE] for [ citation ] is greater than the number of REFERENCEs, [#N2].
説明
citation qualifier のvalue が REFERENCE の数より大きいです。

JP1044
書式
JP1044:ER1:SYS: Work is stopped because [#FILE NAME] is not found.
説明
処理に必要なファイルが開けないため、処理を中止します。

JP1045
書式
JP1045:ER2:STX:ANN:Line [#N]: [#QUALIFIER NAME] is NOT found in [ source ] feature, though it is referred by [ ff_definition ].
説明
ff_definition 内のメタ表記で指定された qualifier がありません。

JP1046
書式
JP1046:ER2:STX:ANN:Line [#N]: 2 or more [#QUALIFIER NAME] are found in [ source ] feature, though it is referred by [ ff_definition ].
説明
ff_definition 内のメタ表記で指定された qualifier が複数あります。

JP1048
書式
JP1048:ER1:STX:ANN:Entry [#ENTRY NAME]: TPA entry must have [#FEATURE NAME] feature.
説明
TPA に必須な feature が記載されていません。

TransChecker エラーメッセージ

フォーマット

[コード番号]:[Level]: [メッセージ本文]

コード番号 コード番号を示します。
Level エラーのレベルを示します。
ER2 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
FAT 実行環境に関するエラーです。
WAR 警告です。修正が必要な場合があります。
メッセージ本文 エラーの個別内容を示します。

>entry1.1 <1..>366
TC0020:WAR: [codon_start] qualifier should be selected. The value is automatically set 1. 
TC0020:WAR: [transl_table] qualifier should be selected. The value is automatically set 1. 
//
>entry2.3 4315..4997
TC0017:ER2: First codon [cct] is not a start codon.
TC0018:ER2: Final codon [cat] is not a stop codon.
TC0019:ER2: Stop codon is found in mid of CDS location.
//

エラーメッセージ一覧

メッセージ中で括弧( [] )で括られている # で始まる語・数値は、実際のエラーメッセージでは、登録において使用されている値などに置換されます。

メッセージ中で、括弧( [] )で括られている # で始まっていない語は予約語です。


TC0004
書式
TC0004:FAT: Unable to execute transChecker.
説明
何らかの理由で、アミノ酸翻訳機能を実行できません。
システムエラーの可能性が高いので、その旨を ご連絡 ください。

TC0005
書式
TC0005:ER2: Description of location [#LOCATION VALUE] is illegal.
説明
CDS feature の location 記載に誤りがあります。修正が必要です。
Location の記述法を参照してください。

TC0006
書式
TC0006:ER2: Amino acid [#ABBREVIATION] in [transl_except] qualifier is illegal.
説明
transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier の値にあるアミノ酸3文字表記が不正です。
使用可能な Amino Acid Codes を確認してください。

TC0007
書式
TC0007:ER2: Value of [#QUALIFIER NAME] qualifier [#VALUE] is invalid.
説明
codon_start, transl_except, または, transl_table qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
値が不正です。書式を確認してください。

TC0008
書式
TC0008:ER2: Base range of [transl_except] qualifier [#VALUE] is overlapped.
説明
transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier の値の中にあるlocation (<base_range>) に重なりがありますので、記載を無視してアミノ酸へ翻訳しています。

TC0009
書式
TC0009:ER2: Base range of [transl_except] qualifier [#VALUE] is invalid.
説明
transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier の値の中にある location (<base_range>)に誤りがあります。
transl_except の書式を確認してください。

TC0011
書式
TC0011:ER2: [#QUALIFIER NAME] qualifier is duplicated. The value is automatically set 1.
説明
codon_start または transl_table qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
qualifier が複数存在します。アミノ酸配列への翻訳はデフォルト値 1 を用いて行いました。
CDS feature 1 つに対してcodon_starttransl_table qualifier は それぞれ1つしか入力できません。

TC0015
書式
TC0015:ER2: Entry [#ENTRY NAME] is NOT found in sequence file.
説明
配列ファイルに存在しないエントリー名をアノテーションファイルで指定しています。
エントリー名を確認の上、修正して下さい。

TC0016
書式
TC0016:ER2: Untranslatable codon [#CODON] is found in the sequence range.
説明
塩基配列中に不正な文字が含まれています。修正が必要です。
塩基として使用可能な文字を確認してください。

TC0017
書式
TC0017:ER2: First codon [#CODON] is not a start codon.
説明
CDS feature が開始コドンから始まっていません。location の記載を確認して下さい。
この CDS feature が全長ではない場合は、partial 記号 "<" が必要です。

TC0018
書式
TC0018:ER2: Final codon [#CODON] is not a stop codon.
説明
CDS feature が終止コドンで終わっていません。location の記載を確認して下さい。
この CDS feature が全長ではない場合は、partial 記号 ">" が必要です。

TC0019
書式
TC0019:ER2: Stop codon is found in mid of CDS location.
説明
CDS feature途中に終止コドンが出現しました。

TC0020
書式
TC0020:WAR: [#QUALIFIER NAME] qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
説明
codon_start または transl_table qualifier が入力されていません。
アミノ酸翻訳はデフォルト値 "1" を用いて実行します。

TC0022
書式
TC0022:ER2: Base range of [transl_except] qualifier [#VALUE] is mismatched in reading frame.
説明
transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier で指定された値中の location (<base_range>)が、CDS feature の読み枠と合いませんので値を修正してください。

TC0023
書式
TC0023:ER2: Amino acid of [transl_except] qualifier [#VALUE] is not changed from conceptual translation.
説明
transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier で指定されたアミノ酸と通常の翻訳によるアミノ酸が同一です。
この transl_except qualifer は削除してください。

TC0024
書式
TC0024:WAR: Amino acid of [transl_except] qualifier [#VALUE] is not [Met].
説明
CDS feature の開始位置に transl_except qualifier でMet 以外のアミノ酸を指定しています。

TC0025
書式
TC0025:ER2: Amino acid of [transl_except] qualifier [#VALUE] is not [TERM].
説明
transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
transl_except qualifier で CDS feature の終止位置に終止コドン以外を指定しています。
Location、または、transl_except qualifier を修正してください。

TC0026
書式
TC0026:ER2: Stop codon is specified by [transl_except] qualifier [#VALUE] in mid of CDS location.
説明
transl_except qualifier に関するエラーです。修正が必要です。
CDS feature 終止位置以外で transl_except qualifier で終止コドンを指定しています。
この transl_except qualifier は削除してください。

TC0029
書式
TC0029:WAR: [#N] codons are not translatable.
説明
CDS feature のアミノ酸翻訳を行うと特定のアミノ酸に翻訳することができないコドンが N 個ありました。

TC0030
書式
TC0030:FAT: Proper [#FILE NAME] is not found in [#FOLDER NAME] folder.
説明
実行に必要なファイルが所定のフォルダに存在することを確認してください。

AGP Parser エラーメッセージ

フォーマット

[コード番号]:[Level]:[エラー位置]:[メッセージ本文] or [コード番号]:[Level]:[メッセージ本文]

コード番号 コード番号を示します。
Level エラーのレベルを示します。
FAT 実行環境に関するエラーです。
ER1 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
ER2 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。
WAR 警告です。修正が必要な場合があります。
エラー位置 エラーが検出された位置を行番号、または、object 名で示します。
メッセージ本文 エラーの個別内容を示します。

エラーメッセージ一覧

メッセージ中で括弧( [] )で括られている # で始まる語・数値は、実際のエラーメッセージでは、登録において使用されている値などに置換されます。


AP0001
書式
AP0001:FAT: System error [#MESSAGE].
説明
想定していないエラーです。発生した場合は、ご連絡ください。

AP0002
書式
AP0002:FAT: [#FILE NAME] cannot be opened.
説明
指定されたファイルを開く際にエラーが発生しました。

AP0005
書式
AP0005:ER1: Line [#N]: Invalid AGP format. Number of columns must be 9.
説明
各行に9カラムが必要ですが、カラム数が不正です。

AP0006
書式
AP0006:ER1: Line [#N]: Invalid AGP format. Illegal value [#VALUE] at column [#COLUMN_NAME].
説明
そのカラムでは記述できない値が記述されています。

AP0007
書式
AP0007:ER2: Line [#N]: Inconsistency between [#COLUMN_NAME1] and [#COLUMN_NAME2].
説明
gap_type と linkage または linkage と linkage_evidence の組み合わせが不正です。

AP0009
書式
AP0009:ER2: Object [#OBJECT]: Minimum value of object_beg [#OBJECT_BEG] is not [1].
説明
Object 内で object_beg の最小値は 1 でなければなりませんが、1 になっていません。

AP0010
書式
AP0010:ER2: Object [#OBJECT]: Maximum value of object_end [#OBJECT_END] is not same to sum of component lengths.
説明
Object 内で object_end 最大値は全ての component の配列長合計と一致しなければなりません。

AP0012
書式
AP0012:ER2: Line [#N]: Range of object is different from span of component.
説明
object_beg と object_end から得られる長さが、component_beg と component_end から得られる長さと一致していません。

AP0013
書式
AP0013:ER2: Line [#N]: Range of object is different from gap_length.
説明
object_beg と object_end から得られる長さが、gap_length と一致しません。

AP0014
書式
AP0014:ER2: Line [#N]: Length of unknown gap must be [100].
説明
長さ不明の gap は、長さを 100 としておく必要があります。

AP0015
書式
AP0015:WAR: [#COMPONENT_ID] is not found in [#RESOURCE].
説明
引用配列ファイルに、この component がありません。

AP0016
書式
AP0016:ER2: [#COMPONENT_ID] is not found anywhere.
説明
この component が見つかりません。

AP0017
書式
AP0017:ER2: Line [#N]: [#COMPONENT_ID]:[#COMPONENT_BEG]..[#COMPONENT_END] is duplicated in the object [#OBJECT].
説明
この行で引用されている component と同じ領域が object 内で繰り返し引用されています。

AP0018
書式
AP0018:ER2: Line [#N]: [#COMPONENT_ID]:[#COMPONENT_BEG]..[#COMPONENT_END] is out of range for its sequence.
説明
引用配列ファイルにある component で実際の塩基配列にはない領域を引用しています。

AP0021
書式
AP0021:ER1: [#FILE NAME] is not found.
説明
指定されたファイルが見つかりません。

AP0027
書式
AP0027:WAR: Line [#N]: [#COMPONENT_ID] is not in accession.version format at [ component_id ] column.
説明
component カラムにアクセッション番号を引用する場合、バージョン番号も記載してください。

AP0029
書式
AP0029:ER1: Line [#N]: [#COMPONENT_ID] has invalid version at [ component_id ] column (0 < version).
説明
component カラムにアクセッション番号を引用する場合、バージョン番号は正の整数値を記載してください。