5. Sequence

塩基配列を入力します。
TPAの場合は、アセンブリ情報も入力します。

webhelp05_01_j


入力可能な塩基配列について

Multi-FASTA形式の塩基配列をペースト(またはアップロード)可能です。

Entry name (エントリー名)は、24文字までの半角・英数記号(ただしスペース、”、?、\、バックスラッシュを含まない)を用いて設定してください。

Entry name にはそれぞれ異なる名称を付けてください。
同じ Entry name が使用されている場合はエラーとなるため Entry name の修正が必要になります。

各エントリーの区切りとして // を含んでいてもいなくても、同じです。(例1、例2)

本システムでは // 無しの塩基配列を入力した場合、各エントリーの区切りとして // が自動的に挿入されます。

塩基配列は、a, c, g, t, m, r, w, s, y, k, v, h, d, b, or n のいずれかで構成される必要があります。

塩基配列中の スペース、数字は自動的に削除されます。

塩基配列中の大文字は自動的に小文字に変換されます。

e.g.1
>CLN01
ggacaggctgccgcaggagccaggccgggagcaggtggtggaagacagacctgtaggtgg
aagaggcttcgggggagccggagaactgggccagaccccacaggtgcaggctgccctgtc
tgcgcttcagtcgtgggcgaagcctgaggaaaaagagagagaggctcaaggaagagagga
tgaggcaggagaatcgcttgaaccccggaggcggaggttgcagtgagccgagattacgcc
accgcactccagcctgggcgacagagtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa
>CLN02
ctcacacagatgctgcgcacaccagtggttgtaacaatgccgtttgcctccttcaggtct
gaagcctgaggtgcgctcgtggtcagtgaagagggcaaaaagagagagaggctcaaagga
tgcgcttcagtcgtgggcgaagcctgaggaaaaagagagagaggctcaaggaagagagga
tagtcattcatataaatttgaacacacctgctgtgcctagacaagtgtctttctgtaaga
gctgtaactctgagatgtgctaaataaaccctctttctcaaaaaaaaaaaaaaaa
e.g.2
>CLN01
ggacaggctgccgcaggagccaggccgggagcaggtggtggaagacagacctgtaggtgg
aagaggcttcgggggagccggagaactgggccagaccccacaggtgcaggctgccctgtc
tgcgcttcagtcgtgggcgaagcctgaggaaaaagagagagaggctcaaggaagagagga
tgaggcaggagaatcgcttgaaccccggaggcggaggttgcagtgagccgagattacgcc
accgcactccagcctgggcgacagagtgagactccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa
//
>CLN02
ctcacacagatgctgcgcacaccagtggttgtaacaatgccgtttgcctccttcaggtct
gaagcctgaggtgcgctcgtggtcagtgaagagggcaaaaagagagagaggctcaaagga
tgcgcttcagtcgtgggcgaagcctgaggaaaaagagagagaggctcaaggaagagagga
tagtcattcatataaatttgaacacacctgctgtgcctagacaagtgtctttctgtaaga
gctgtaactctgagatgtgctaaataaaccctctttctcaaaaaaaaaaaaaaaa
//

TPA 塩基配列の入力画面

webhelp05_02_j


TPAにおける Assembly Information の書式

入力例webhelp05_03_j

Assembly informationのサンプルをここからダウンロードできます(タブ区切りテキスト形式)
<入力例の意味>
Entry name FA01 において:
TPA塩基配列 1-552 の領域は ZZ000001.1 の 54872-55422 に対応
TPA塩基配列 553-705 の領域は ZZ000002.5 の 1-153 に対応

Entry name BM123 において:
TPA塩基配列 1-438 の領域は ZZ000010.1 の 1-438 に対応
TPA塩基配列 377-695 の領域は ZZ000011.1の 1-320 の相補鎖側に対応
TPA塩基配列 411-790 の領域は ZZ000021.12の 1-398 に対応
TPA塩基配列 790-1191 の領域は ZZ000022.0 の 1-401 に対応

いずれもTPA とプライマリーエントリの配列アラインメントに関する規則に従います


Assembly Information 入力規則

  • 第1行目は
  • [tab or space]TPA_SPAN[tab or space]PRIMARY_IDENTIFIER[tab or space]PRIMARY_SPAN[tab or space]COMPLEMENT
    である必要があります

  • 空行は指定しないでください
  • Entry name は第1列に記載します、Entry name のある行でエントリーごとのAssembly情報が区切られることになります。
  • TPA_SPAN
  • 書式: X..Y もしくは、X-Y (X, Yは数字かつX<Y) TPA 配列上の領域を記載します。
    例: 100..2000
    例: 3400-4000

  • PRIMARY_IDENTIFIER
  • 書式: accession number.version
    引用するプライマリエントリのアクセッション番号をバージョン番号とともに入力します。未公開のアクセッション番号の場合はバージョン番号を 0 にしてください。
    例: AB123456.1
    例: AB987654.0

  • COMPLEMENT
  • 書式: 空欄もしくは c
    プライマリエントリから相補鎖領域を引用する場合にのみ c を指定します。


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