7.Annotation – error/warningの説明ページ

  • "Confirm"クリック後、エラーが生じなければ、"Next"ボタンがクリック可能になり次のステップ(最終確認画面)に進めます。
  • ErrorやWarningがある場合、アノテーション入力領域の下にメッセージが表示されます
  • Errorが生じた場合は、画面をスクロールアップしアノテーション入力領域におけるエラー対象エントリーを修正してください。エラー修正後、再度"Confirm"をクリックしてください。
  • Submitter、Reference、Sequence に Error/Warning が生じた場合、画面上部にあるプログレスバー内の各ページをクリックし、修正してください。修正後は各ページにおいて"Next"ボタンをクリックした後、プログレスバーの"7.Annotation"をクリックすると annotation 入力画面に戻ることができます。
  • Warningがあっても、Nextがクリック可能になります。Warningが生じた場合は入力内容を見直した上で、問題がある場合は修正してください。入力内容に問題がなければ "Next" をクリックしてください。

Error/Warningの説明は以下のURLでご覧いただけます

http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html
#JP番号 を加えると、直接リンクが可能です。
例:http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#JP0015

CDSのアミノ酸翻訳に関するエラー説明は以下からご覧ください。

Message
[WARNING] 'codon_start' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
[WARNING] 'transl_table' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
[WARNING] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [Met].
[ERROR] Untranslatable codon [#Codon] is found in the sequence range.
[ERROR] First codon [#Codon] is not a start codon.
[ERROR] Final codon [#Codon] is not a stop codon.
[ERROR] Stop codon '*' is found in the range.
[ERROR] Description of Location [#location of CDS feature] is illegal.
[ERROR] 'codon_start' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1.
[ERROR] 'codon_start' qualifier has invalid value [#Value].
[ERROR] 'transl_table' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1.
[ERROR] 'transl_table' qualifier has invalid value [#Value].
[ERROR] Amino acid abbreviation [#abbreviation] in 'transl_except' qualifier is illegal.
[ERROR] 'transl_except' qualifier has invalid value [#Value].
[ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is overlapped.
[ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is invalid.
[ERROR] Base range of 'transl_except' qualifier [#Value] is mismatched in reading frame.
[ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not changed from conceptual translation.
[ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [TERM].
[ERROR] Stop codon is specified by 'transl_except' qualifier [#Value] in mid of CDS location.
[ERROR] Entry [#Entry name] is NOT found in sequence entries.
[FATAL] Proper 'Codon Table' is not found in 'src' folder.
[FATAL] Proper 'Amino Table' is not found in 'src' folder.
[FATAL] Unable to execute Translation.

以下のリンクもご参照ください
Feature key の定義
Qualifier key の定義
Organism qualifier に記載する生物名
CDS feature について

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