下図にDDBJにおける塩基配列の新規登録から公開と更新までのデータフローを示します。

0. 論文投稿

多く科学雑誌は論文投稿に際し, DDBJ/EMBL/GenBank の何れかへ塩基配列を登録することを義務付けています。
※ 論文を投稿しない場合も塩基配列の登録は可能です。

1. 配列登録

基本的には, DDBJ への登録は SAKURA, または, Mass Submission System を経由します。登録作業が完了しましたら, 登録者にアクセッション番号をお知らせします。

2. 非公開

登録後に即時公開か, 一定期間非公開か, は登録時に登録者が指定します。非公開を希望する場合は, 公開予定日 の指定が必要です。

3. 配列データ公開

登録時に即時公開を指定された場合は, 作業完了後, すぐに公開いたします。公開予定日 が指定された場合は, 公開原則に基づき公開されます。論文出版などによるアクセッション番号の公表が確認された場合は, 例外なく公開します。また, 「アクセッション番号の公表」に基づく公開請求は, 誰にでも可能です。

4. 公開データの利用

DDBJ から公開されたデータは, 最初に getentry で検索可能になり, anonymous FTP から取得可能になります。GenBankとEMBL にも転送され, そちらからも閲覧・取得が可能になります。DDBJのサービス, 相同性検索，ARSA などにも展開されます。公開されたデータは, 基本的には, どなたでも閲覧・利用が可能です。

5. 公開データの被引用性

DDBJ/EMBL/GenBank から公開されたデータは多くのデータベースにおいて２次的に引用されています。

6. 公開データへのフィードバック

公開されたデータに対する質問・確認などは登録者へお願いいたします。連絡先が不明な場合は転送いたします。

7. データ更新の権限

登録データを更新する権利を持っているのは登録者のみです。更新後に即時公開か, 一定期間非公開か, は登録者が指定します。ただし, 既に公開されているデータの場合は, 非公開にすることはできません。