最終更新日:2014.12.17.

塩基配列の登録

多くの学術雑誌は論文の投稿に先立って、塩基配列を DDBJ、EMBL-Bank/EBI、GenBank/NCBI の何れかに登録し、アクセッション番号を取得した上で、その番号を当該論文に記載することを義務付けています。DDBJ は EMBL-Bank/EBI と GenBank/NCBI と共同で、国際塩基配列データベース(International Nucleotide Sequence Database; INSD) を構築しています。また、学術論文の投稿予定の有無に関わらず,塩基配列を登録することができます。INSD に登録された塩基配列は全てを誰でも制限なしに利用可能となります。

また、塩基配列データだけではなく、シークエンサからの出力自体を登録する場合は、DRA; DDBJ Sequence Read Archive、または、DTA; DDBJ Trace Archive に関しましてもご参照ください。

塩基配列のご登録の前に、以下の各文書をお読みください。ご理解の上、ご協力くださるようお願いいたします。

塩基配列データの登録に必要な情報

以下の要素について、情報を ご用意ください。

登録者の情報

コンタクトパーソンの所属、住所、電話番号、FAX 番号、全ての登録者の氏名が必要です。公開段階での表示は REFERENCE 1 のようになります。2007 年以前は、E-mail address、電話番号、FAX 番号をフラットファイルに表示していましたが、2008年以降は特に登録者が希望しない限り表示していません。

注意事項 1: 登録者は、可能な限り複数に
塩基配列の修正・更新を行う権利を有するのは登録者のみです。
基本的には将来的に連絡が取れなくなることなどを避けるために、実作業者と研究指導者、最低でも2人以上の連名記載を強く推奨します。
特に学生などが 研究指導者の連名なしに 独りで登録することは、原則、認められません。

注意事項 2: FAX 番号を お知らせください
通常、DDBJ から登録者へ連絡する際には E-mail を使用します。
しかし、E-mail による連絡が不能となった場合、FAX で ご連絡いたしますので、可能な限り FAX 番号の記載をお願いいたします。

公開予定日

登録者は登録時に即日公開、一定期間の非公開を選択することが可能です。
公開予定日とは DDBJ で公開作業を開始する日付けです。
即日公開ではない登録の場合は、公開予定日の設定が必要になります。
参照: データ公開原則

登録件数

特に 連続したアクセッション番号の発行を希望される場合は、登録件数を確定させた後に、ご登録ください。

配列が同一であっても、独立に配列が決定された結果であれば、個別に登録を受け付けます。原則的には、決定した配列を すべて ご登録いただくことが DDBJ、INSDC の方針です。
しかし、場合によっては、出現頻度とサンプル総数を記載の上、代表データのみに集約して登録することも可能です。その場合、配列多型 と 観測した集団 の各記載の単一性を維持可能な単位を考慮して、各々のサンプル単位に集約することが推奨されます。詳細は 多型関連研究における同一配列の代表データ登録 をご覧下さい。

論文、REFERENCE

登録する塩基配列に直接関係する論文情報、主論文 (primary citation) について著者とタイトルの記載が必須となっております。もし、特に論文投稿の予定がない場合でも、形式的に ご記載をお願いいたします。

また、特に必須ではありませんが、参考文献としての論文情報を記載しておくことも可能です。

配列に関する生物学的情報

生物学的由来 (生物名など) の記載は、種同定の可否に関わらず、必須です。

いわゆるアノテーション情報として、feature を、可能な限り、記載いただいています。タンパク質コード配列rRNAtRNAncRNA などの位置 (location) をご用意ください。また、その下位に記載する productgene といった情報も、適宜、記載をお願いいたします。

注意事項: タンパク質コード配列; CDS feature には、gene と product を記載
DDBJ の遺伝子命名に関する考え方の記載指針を ご参照の上、ご登録ください。

塩基配列

塩基配列として使用可能な文字種、核酸コード は IUPAC 準拠です。

登録する塩基配列からは以下に該当する配列は取り除いてください。ただし、人工的に構築した配列 (expression vector など) 自体を登録する場合は、この限りではありません。

  • vector に由来する配列
  • linker、adapter に由来する配列
  • 実際の配列が未知であり、保存性が高い領域を利用して設計した primer に由来する配列

ご登録の前に、ベクタースクリーニングを お願いいたします。VecScreen をご利用ください。

 

塩基配列登録の流れ(データ受付からデータベースへの公開まで)

1. 塩基配列登録受付

(A) Web経由の塩基配列登録システムによる登録をお勧めしております。
(B) Mass Submission System (MSS) を利用
登録予定データが、件数が多い (1024 以上) 場合、多数の Feature を持つ場合 (概ね30以上) や、長大な配列 (概ね500 kb以上) の場合、塩基配列登録システムが最適でないと思われる登録のために、Mass Submission System (MSS) を用意しております。 MSS の利用をご希望の方は、申し込みフォームから内容をお知らせください。追って手順の詳細をメールにて、ご連絡いたします。

2.データの査定

DDBJのアノテータが、公開に必要な事項を、国際塩基配列データベース(DDBJ/EMBL-Bank/GenBank)が定める基準と、DDBJ の注釈規範に従って入力し、査定した上で公開を行なっています。この作業の過程で、データの正確性を確保するため、登録者に問い合わせ等をさせていただく場合があります。

3.アクセッション番号の発行と通知

データの受け取り後、5日以内(土、日、祭日を除く)にアクセッション番号を発行し、コンタクトパーソンに E-mail または Fax でお知らせします。アクセッション番号の通知が上記の5日間を経過しても届かない場合には、ご連絡ください。

4.データ公開

データ公開のご連絡を、コンタクトパーソンへ E-mail、Fax のいずれかで送ります。公開データの内容はgetentryなどで検索して確認して下さるようお願いいたします。

登録したデータに関して訂正等がある場合は、アクセッション番号、訂正希望箇所を明記して以下のアドレス宛にお知らせ下さい。詳細は登録データの修正・更新をご参照ください。

5.登録、公開について連絡先一覧

問い合わせ一般
登録全般に関する問い合わせ E-mail:ddbjsub#64;ddbj.nig.ac.jp
登録済みデータ更新・公開依頼 E-mail:ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp FAX:055-981-6849
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