ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクト

１.ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクトについて

日本 DNA データバンク(以下 DDBJ )では，次世代シーケンサの出現にともなう計算機需要の急激な高まりに対応し，DDBJが所有する「解析サーバ PCクラスタ(ホスト名 an200)」を所内外の研究者に利用頂くため，2009年9月より「DDBJ オープンシステムプロジェクト」を開始致しました。
この研究プロジェクトでは，研究者自身に大規模計算機環境を提し，様々なデータ解析，シミュレーションや，バイオ関連のプログラム開発，高速化に関する試用にお使い頂く事が可能です。
研究プロジェクト期間中は最大 48ノード(192 コア) を無償でご利用頂けます。

２．研究プロジェクトの対象

本研究プロジェクトの対象となる研究は「最大 48ノード（192コア）」を使用する大規模計算を，大量に行う研究を対象とします。（上記ノード内での分割提供も可能です）

３．応募資格

arrow申込者（代表者）は「国内の大学に所属する研究者，公共機関に所属する研究者」に限定します。

arrow研究グループのメンバーは，情報・システム研究機構国立遺伝学研究所 DDBJ 塩基配列データベース等利用規約に準ずる有資格者，すなわち：

* 国内の大学に所属する学生・研究者
* 公共機関に所属する研究者
* 企業に所属する研究者，技術者

でなければなりません。

arrow「情報・システム研究機構国立遺伝学研究所DDBJ塩基配列データベース等利用規規約」をお読み下さい。

４．オープンシステム利用状況

*平成23年度
*平成22年度下期（10月 - 3月）
*平成22年度上期（4月 - 9月）

５．オープンシステム募集状況

arrow年２回、上期（４月頃）と下期（９月頃）に募集を行ないます。
arrow募集の案内は、DDBJ ホームページ、DDBJメールマガジン等に掲載します
arrowこれまでの募集状況は以下のとおりです。
*平成22年度下期の募集要項(募集期間：2010.9.22 - 10.15)（終了）
*平成22年度上期(募集期間：2010.3.1 - 3.19)（終了）
*平成21年度下期(募集期間：2009.9.24 - 10.16)（終了）

６．ＤＤＢＪオープンシステムサーバ

解析２サーバ： Fujitsu PRIMERGY RX200S3 (2 core 2 cpu) × 48 node
Service Node
Compute Node
MEMORY
CPU
OS
Network
HPC / Runtime Environment		 an200
an001 - an048 (48 node)
8GB / node
3.00GHz.
RedHat Enterprise release 4
(Nahant Update 6) EM64T
1000Base-T
Fujitsu Parallelnavi NQS
Sun Grid Engine V6.2 update6

ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクトスタッフと問い合せ先

*立案・指導：データベース運用開発研究室　教授　高木利久
*運営 ：DDBJシステム管理チーム　 竹井和也　奈倉雅彦
*問合せ先 ：opensystem

オープンシステム利用状況一覧

平成23年度

申込者
プロジェクト内容
申込時の利用日程 採択後の利用日程
1 立命館大学 生命科学部生命情報学科　遠里 様
実数型遺伝的アルゴリズムによる大規模代謝モデルのパラメータ分析と最適化
30node × 5day
1node × 10day
12node × 15day		 (7/13 - 8/18 30node)
2 東京大学 大気海洋研究所 行動生態計測分野　井上 様
真骨類特異的全ゲノム重複によって生じた遺伝子群の特定
4node ×0.01hr × 20,000回/24 (20111/8 - 2-11/10) (7/13 - 7/30 16node)
3 国立遺伝学研究所 遺伝情報分析研究室 佐々木 様
ゲノム比較法によるバクテリアゲノム構造進化の解析
4node × 30hr × 5回/月 (2011/8 - 12) (8/1 - 8/18, 9/12 - 10/13 4node)
4 京都大学大学院 薬学研究科 システム創薬科学講座 Ｊ．Ｂ．ＢＲＯＷＮ 様
化学物質の特性を予測するモデルの効率的な構築法と電荷カーネル法を用いる化学物質の大規模スクリーニング
48node × 12-24hr × 5回（2011/8） 5day
48node × 24-48hr × 5回（2011/9） 10day
48node × 24-72hr ×10回（2011/10） 30day
48node × 24-72hr ×10回（2011/11） 30day 		(8/19 - 9/11 48node)
5 独立行政法人 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター　原 様
ゲノム配列を網羅的に用いた集団遺伝学的解析法の開発
32node × 20hr × 30回 (2010/8末 - 10) (9/12 - 10/13 48node)
6 東北大学大学院 情報科学研究科　城田 様
細胞内外の違いを明示的に取り入れたGap Junctionの分子動力学シミュレーション
48node × 12day × 4回 (2011/10 - 11) (10/14 - 12/6 48node)
7 総合研究大学院大学 生命科学研究科遺伝学専攻 松波 様
次世代シークエンサーを用いた非モデル生物のde novo RNA配列決定
48node × 14day (12/7 - 12/26 48node)

平成22年度下期

申込者
プロジェクト内容
申込時の利用日程 採択後の利用日程
1 京都大学大学院農学研究科応用生物科学専攻植物遺伝学分野　宮下　様
土壌微生物を指標とした森林の劣化評価手法の確立
メタゲノミクス解析による土壌微生物の組成や代謝機能特性の特定
12node × 100min × 6000回 (2010年11月から、早い時期を希望) (1/5 - 4/26 48node)
2 立命館大学・生命科学部　河合　様
分子動力学シミュレーションによるタンパク質折りたたみ経路の解析
48node × 48hr × 7回 (2010/11) (5/18 - 6/10 48node)
3 東京大学・大学院農学生命科学研究科　妹尾　様
比較メタゲノミクスによる水田土壌の微生物群集構造と機能の解析
48node × 3-4day × 2回 (2010/11)
48node × 4hr × 4回 (2011)		 (4/27 - 5/17 48node)
4 東京大学・新領域創成科学研究科情報生命科学専攻　木立　様
エピゲノム情報とゲノム配列情報との間の相関関係の抽出
48node × 24hr × 4回 (2010/10) (12/10 - 12/28 16node)
5 (独)沖縄科学技術研究基盤整備機構 (OIST)・マリンゲノミックスユニット
ヒメギボシムシ・ゲノム・プロジェクト
jTrim.pl:　1node × 1H × 1回
brdmaker: 1node × 12hr × 1回
mercounter:5node × 72hr × 3回
promalign: 25node × 72hr × 5回
ringer.pl: 5node × 12hr × 5回
phrrapOut2Scaffolds.pl: 1node × 12hr × 1回
augustus: 1node × 72hr × 1回
blast2: 1node × 96hr × 3回
bowtie: 1node × 96hr × 2回		 (11/8 - 11/28 48node)
6 東京大学大学院　医学系研究科　糖尿病・代謝内科　中村　様
次世代シークエンサーを用いた脂肪細胞特異的な転写調節機構のゲノムワイド解析
16node × 8-12hr × 2回 (2010/11)
16node × 8-12hr × 2回 (2010/12)
16node × 8-12hr × 2回 (2011/1)
16node × 8-12hr × 2回 (2011/2)
16node × 8-12hr × 2回 (2011/3)		 (11/29 - 12/9 48node)

平成22年度上期

申込者
プロジェクト内容
申込時の利用日程 採択後の利用日程
1 明治大学農学部生命科学科　矢野　様
大規模オミックス・データからの新規有用遺伝子（産物）の探索
48node × 3wk × 1回 (2010/4)
48node × 2wk × 2回 (2010/6,8)		 (4/16 - 5/13 48node)
2 立命館大学 河合様
相同タンパク質のフォールディング過程の分子動力学法による比較解析
48node × 48hr × 5回 (2010/4) (5/14 - 5/30 48node)
3 京都大学 宮下様
土壌微生物を指標とした森林の劣化評価手法の確立
メタゲノミクス解析による土壌微生物の組成や代謝機能特性の特定
48node × 40hr × 5回 (2010/4-6 の間　早い時期を希望)
48node × 60hr × 5回 (2010/4-6 の間　早い時期を希望)		 (5/31 - 7/4 48node)
4 慶應義塾大学 宮本様
次世代シーケンサを用いたタンパク質間相互作用ならびに、RNA タンパク質間相互作用の網羅的解析
12node × 18hr × 1回 (2010/4)
12node × 18hr × 1回 (2010/6)
12node × 18hr × 1回 (2010/7)		 (7/5 - 7/14 16node)
5 東京大学 井上様
魚類における重複遺伝子の分岐年代と起源の推定
6node × 0.5hr × 150回 (2010/4/15 - 9/30)
4node × 2hr × 2000回 (2010/4/15 - 9/30)		 (7/15 - 9/8 16node)
6 長浜バイオ大学 阿部様
一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いた環境由来 DNA配列群からのウイルスゲノム検出法の開発
32node × 600hr × 1回 (2010/5)
32node × 600hr × 1回 (2010/7)
32node × 600hr × 1回 (2010/8)		 (7/05 - 9/21 32node)