E-mail 版 get-entry 機能拡張：大量エントリ一括取得

get-entry は WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエントリデータを検索するシステムです。 2002年5月 E-mail 版 get-entry に，大量エントリを一括取得する新機能を追加しました。

操作方法は従来の E-mail 版 get-entry と同様ですが，DDBJ データベースを指定した場合，１回の検索で取得できる最大件数が10件から５万件になりました。

通常の E-mail 版 get-entry サービスはメールでリクエストし，メールで処理結果を返すのですが，大量エントリ（１１件以上）をリクエストした場合は処理結果をメールで送らずファイル化し，ファイル転送で取得できるようにしました。

大量エントリの検索が完了した時点で保管したファイル名とその保管場所をメールで通知し，そこに記述されたファイルを ftp でダウンロードすることにより簡単にデータファイルを得ることができます。

ヘルプファイルは，本文に help と書いたメールを get-entry@nig.ac.jp に送信すると返信されます。どうぞご利用下さい。

E-mail 版 get-entry (get-entry@nig.ac.jp) に送信するリクエストメールの記述例は以下の通りです。

例１：XML フォーマットで１万件を取得する場合

> から // までの間に１万件のアクセッション番号を記述する。

XML フォーマットで出力するので format 指定は xml にする。

  begin
  format: xml
  > comment
  AB000100
  AB000106
  AB000111
  AB000126
  AB000176
  AB000180
  AB000181
  AB000222
  AB000264
  :
  :
  :
  //

例２：AB00001 から AB001000 までと AP000100 から AP001500 までの連番エントリを

FASTA フォーマットで取得する場合

以下の例で使用している省略連番指定 (AB000001-1000) は AB000001-AB001000 でも同じ。

  begin
  format: fasta
  > comment
  AB000001-1000
  AP000100-1500
  //

例３：アクセッション番号の区切りを改行以外の文字（空白，カンマ，セミコロン，コロン）で指定

してフラットファイルを取得する場合

以下の例は AB000001 から AB000004 までと，AB000100 から AB000200 までと，AB000300 から

AB000500 までと，AB000601 と AB000701 と AB000801と，AB002000 から AB003000 までの

エントリを一括で取得するためのリクエストを示します。

  begin
  > comment
  AB000001 AB000002 AB000003 AB000004
  AB000100-200,AB000300-500
  AB000601; AB000701;
  AB000801
  AB002000-AB003000
  //

処理結果は以下のような内容で検索処理完了後メールで通知される （例１の場合）。

  DDBJ Get Entry E-Mail server Version 1.0
  Request ID 020520151221.7534

  Your query is
          * * * * * * * *
  database: ddbj
  format: xml
  number: acc
  > test
  AB000001
   :
  AB012345
  //
          * * * * * * * *

  The result is stored in
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/tmp/em-getentry/getent.020520151221.7534.gz
  Please get this file by anonymous-ftp within 24 hours.

  [Acuisition method]
  Example:
  % ftp
  ftp> open ftp.ddbj.nig.ac.jp
  Name : anonymous
  Password : [your E-mail address]
  ftp> cd /tmp/em-getentry
  ftp> bin
  ftp> get getent.020520151221.7534.gz
  ftp> quit

  If you have any trouble with this server, please write to trouble@nig.ac.jp

更新日：２００２年５月２２日
www-admin@ddbj.nig.ac.jp