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DDBJ の連絡先
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DDBJ All rights reserved.
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- 2003年12月公開予定の DDBJ release 56 より，フラットファイル BASE COUNT 行のフォーマットを変更します*。
これは DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースが決定した，登録可能な配列長制限（350,000 bp／1エントリ）の撤廃に対応するための変更です。
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- これまで BASE COUNT 行では配列中の acgt および others の数を各６桁で記述していましたが，変更後は acgt の数を９桁分で記述し，others の記述を廃止することになります。
変更後のフォーマットは以下の例をご覧下さい。
- 上記制限の撤廃にあたり，GenBank はリリース138（2003年10月）よりフラットファイルから BASE COUNT 行を廃止しました。
DDBJ では GC 含有量は配列の性質を総括する情報の１つであり，フラットファイルに載せるべき情報であるという観点から，DDBJ フォーマットのフラットファイルには引き続き BASE COUNT 行を残しています。
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- * 新着データ（daily update）はリリース公開に先だち，12月3日公開データからこの形式で公開します。
記述例）現在
1 6 11 16 21 26 31 36 41 46 51 56 61 66 71
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BASE COUNT 123456 a 123456 c 123456 g 123456 t 123456 others
記述例）変更後
1 6 11 16 21 26 31 36 41 46 51 56 61 66 71
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BASE COUNT 123456789 a 123456789 c 123456789 g 123456789 t
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- DDBJ フォーマットのフラットファイルについての詳細は，DDBJ ホームページ以下のサイトををご覧下さい。
- 塩基配列登録のための参考資料／
資料10 DDBJ のデータ公開形式 (flat file) の説明
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- 皆様のご理解とご協力をお願い申し上げます。
- ご質問がありましたら ddbj@ddbj.nig.ac.jp までご連絡下さい。
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- 日本 DNA データバンク
２００３年１２月３日
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