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- 国際塩基配列データベース(INSD)では,超大量の転写物配列に対応するために登録・公開についての検討を進めています。
その一環として,ゲノム配列のアノテーションに有意義な情報を提供する超大量の配列群を受け入れるためのカテゴリー
MGA(Mass sequence for Genome Annotation),を創設しました。
MGAは既に存在している超大量のゲノム断片配列を格納しているWGS(Whole Genome
Shotgun)と同様にDivisionではなく,カテゴリーに分類されます。
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- INSDの定めるMGAの定義は以下となっております。
| Definition of MGA |
| MGA is defined as those sequences which are produced
in large quantity in view of genome annotation. |
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- 本日2005年1月24日よりMGAカテゴリーに属するデータを公開いたします。
- 配列データは独立行政法人理化学研究所の林崎良英博士をリーダーとする研究グループから登録されたエントリです。
このデータはCAGE(Cap Analysis Genome Expression)法によって作出された
Mus musculus 由来の転写物 (cDNA) 領域5'末端 約20bpの長さの配列で,エントリ数は383,264となっています。
- MGA データは以下の ftp サイトより取得できます。
- ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/mga/(MGA ディレクトリ)
- ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/mga/project_index.html(プロジェクトインデックス)
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- 公開される配列は生命情報・DDBJ研究センターで運営されています国際共同遺伝子発現データベース,
CIBEX:
Center for Information Biology gene EXpression database にて公開されているデータとも連携しています。
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- なお,このデータ公開については,2005年1月17日付けの日本経済新聞にも記事が掲載されました。
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- 2005年1月24日
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