最終更新日:2014.10.2.

What’s New(1998)

VPP500 ジョブ投入用 WWW 機能追加のおしらせ 1998.12.28
VPP500 WWW ジョブ投入インターフェイスに以下の新機能を追加しました。
・連携処理機能
相同性検索 -> マルチプルアラインメント -> 進化系統樹を連携させることが可能となった。
・過去に実行したジョブをWeb上で確認する機能
従来は電子メールで結果を返送していたが,Web上でも閲覧可能となった。 また,閲覧している結果から他の処理への連携が可能となった。
線虫全ゲノムの塩基配列決定 1998.12.21
線虫 Caenorhabditis elegans の全ゲノムの塩基配列(約9,700万塩基)が, 英国のサンガーセンター と米国のワシントン大学 のグループによって決定され,Science Vol. 282 No. 5396, pp. 2011-2046 (1998年12月11日号)に論文が掲載されました。 線虫全ゲノムデータはDDBJ/EMBL/GenBank国際DNAデータベースに登録されており, DDBJのWWW serverを利用して検索することができます。
DDBJリリース36・37に関するおしらせ:配列のバージョン番号の採用 1998.12.21
1998年5月に開催された第11回国際実務者会議で,DDBJ, EBI, NCBIは "Nucleotide Sequence ID"と"Protein ID"の導入を決定しました。 Nucleotide Sequence IDは「ACCESSION 番号+バージョン番号」, Protein IDは「CDS に振る ID+バージョン番号」で構成される, 特定の配列を示すための ID です。 Nucleotide Sequence IDとProtein IDによる配列の管理はDDBJ, EMBL, GenBank の三者同時に,1999年3月20日に開始し, DDBJではリリース37のデータから対応します。 この作業のためDDBJでは次2回のリリース時期を調整します。 次回のリリース36は1999年1月上旬(従来は1月下旬)に, リリース37は3月(従来は4月)に公開する予定ですのでご注意下さい。
* Nucleotide SequenceIDとProtein IDについては1998年12月発行の 「DDBJオフラインニュース No. 10」 DDBJからのおしらせ をご覧下さい。
DDBJの年末年始の休業のお知らせ 1998.12.15
DDBJでは,年末・年始の業務は1998年12月29日から1999年1月3日まで休業いたします。 この間は,accession numberの発行をはじめとするほとんどの業務を休みますので, ご理解・ご協力の程お願い申し上げます。
では,よい年をお迎えくださいませ。
新年もどうぞよろしくお願い申し上げます。

DDBJ 

DDBJ オフラインニュースNo. 10発行 1998.12.14
DDBJでは定期発行物として「DDBJ News Letter」を年1回, 「DDBJオフラインニュース」を年2回お届けしています。 1998年12月に「 DDBJオフラインニュース No. 10」約6,000部を発行しました。
このオフラインニュースは,当ホームページ DDBJの発行物 から参照いただけます。 また,配布を希望される方はddbj@ddbj.nig.ac.jpまでご連絡下さい。
Sequin version 2.60 による登録データの受付開始 1998.12.14
Sequinは,NCBIで開発された,塩基配列データを国際塩基配列データベース (DDBJ/EMBL/GenBank)へ登録するための,パソコン上で利用する入力支援ソフトです。 DDBJから,Macintosh用,Windows用,UNIX用のSequin version 2.60 をそれぞれダウンロードすることができます。 Sequinの詳細 については,DDBJホームページの 「塩基配列の登録」 をご覧下さい。
(注:Sequin の最新版は version 2.70 ですが,DDBJでは Sequin 2.70 について対応を検討中であり,現在のDDBJシステムではversion 2.60 の使用をお勧めします。)
PDB Rel.85 公開 1998.12.1
12月1日よりPDB Rel.85を公開しています。PDB Rel.85はエントリー数が8,112です。
SAKURA V2.22 公開 1998.12.1
11月25日にSAKURA V2.22を公開しました。 「印刷物配布申し込み」頁へのリンク機能が主改訂点で,改訂内容は以下の通りです。

  1. 「印刷物配布申し込み」頁へのリンク機能
    DDBJ/CIB ReportやDDBJオフラインニュースなどのDDBJ印刷物の配付申し込みページへ SAKURAの登録終了ページ(日本語版のみ)からリンクした。
  2. 雑誌情報のDB格納仕様の一部変更
CAMUS Database 公開 1998.11.30
DDBJでは,WWW上でCAMUS Database (Compressed database And MUltiple-aligned Sequence database) を公開しました。CAMUS Databaseは, 互いに近縁な配列をグループ化してそれらの代表配列だけを集めたデータベース (Compressed Database) と,これらの代表配列群に対してBLAST 検索をかけることができるシステムで構成されています。 URL は http://wolf.genes.nig.ac.jp/camus/ で,DDBJのホームページ「データベース検索および解析」と 「その他のデータベースへのリンク」からリンクが張られています。
GIB にRickettsia prowazekiiと新機能追加 1998.11.18
ゲノム情報ブローカ (GIB; The Genome Inforamtion Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 11月中旬よりRickettsia prowazekiiのデータを追加しました。
また,配列が決まっている19の微生物ゲノムすべてを対象に,ORF/gene/product によるキーワード検索や BLAST による相同性検索を一括して行う機能を開発,公開しました。
supernig 定期補修のおしらせ 1998.11.17
supernigの定期保守のため,下記期日におきまして supernig のサービスを停止させて頂きます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1998年 11月 27日(金) 12:00 ~ 21:00
GenBank Rel.109, DAD Rel.5, PDB Rel.84 公開 1998.11.13
11月13日より,GenBank Rel.109, DAD Rel.5, PDB Rel.84を公開しています。 GenBank Rel.109はエントリー数が2,837,897,総塩基数が2,008,761,784 bpです。 DAD Rel.5はエントリー数が343,271,総アミノ酸残基数が105,546,945aaです。 PDB Rel.84はエントリー数が7,578です。
データ登録者の皆様へ 1998.11.11
11月16日(月曜日)より, DDBJから発信されるご登録データの公開通知メールが, フラットファイルを添付しない形に変更されますのでご了承下さい。
DDBJ Rel. 35 および EMBL Rel. 56 公開 1998.10.30
10月30日よりDDBJ Rel. 35 および EMBL Rel. 56 を公開しています。 DDBJ Rel.35はエントリー数が2,759,261,総塩基数が1,957,341,169 bpです。 EMBL Rel.56はエントリー数が2,689,618,総塩基数が1,904,091,473 bpです。
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止のおしらせ 1998.10.26
工事停電のため,下記の期間国立遺伝学研究所におけるすべてのネットワークサービスを停止します。 皆様のご理解とご協力をお願いいたします。
サービス停止日時:11月6日(金) 17:00
サービス開始日時:11月7日(土) 20:00
LIBRA I バージョンアップのお知らせ 1998.10.12/span>
3D-1D法によるタンパク質の立体構造予測法のプログラム:LIBRA I をバージョンア ップしました。検索する構造ライブラリを今までの約400構造から約1,400構造に増やしました。 また、返信メールの形式も構造コードの横にタンパク質名を併記するなど、利用者の声を反映したものに改良しました。
GDB (Genome Database)プロジェクト終了のおしらせ 1998.10.9
米国ジョン・ホプキンス医科大学 (JHU) が提供しているゲノムデータベース (GDB; Genome Database) プロジェクトが, 1998年7月31日に終了しました。 これは,GDB への資金の拠出を中止して, ヒトゲノム計画の塩基配列決定段階への移行に情報学的資源を集中させるためであり, 本プロジェクトの担当部局である米国エネルギー省 (DOE) の決定によるものです。
GDBプロジェクト終了後のデータベースは, 1999年1月31日までオークリッジ国立研究所(ORNL; Oak Ridge National Laboratory) の計算機生物科学部門 (http://compbio.ornl.gov) が維持することが決定しています。
SWISS-PROTに関するおしらせ 1998.10.9
SWISS-PROT は University of Geneva Department of Medical Biochemistry のAmos Bairoch とEBI(European Bioinformatics Institute 欧州生命情報学研究所) によって運営されているアミノ酸配列データベースです。 Swiss Institute of Bioinformatics (SIB; スイス生命情報学研究所) が設立されたのにともない,SWISS-PROTデータベースが1998年9月1日より企業利用者に対して有料化されました。 この有料化に関する業務は,SIB およびEBIが設立したGeneva Bioinformatics (GeneBio) が担当することになっています。詳細は次のwebサイトをご覧下さい。
  EBI (http://www.ebi.ac .uk/sprot/summary.html)
  GeneBio (http://www.genebio.com/)
DDBJでは利用者に課金しておりませんので,このたび企業利用者へのSWISS-PROT データベースの磁気媒体配布を中止することになりました。オンラインでの検索などは従来通りご利用いただけます。
また,大学等の企業以外の利用者は,これまでどおりデータベースの配布をDDBJ から受けることができます。
Bioinformatics に論文発表 1998.10.6
Bioinformatics Vol. 14/6にDDBJのスタッフが以下の論文を発表しました。
Okayama, T., Tamura, T., Gojobori, T., Tateno, Y., Ikeo, K., Miyazaki, S., Fukami-Kobayashi, K. and Sugawara, H. (1998). Formal design and implementation of an improved DDBJ DNA database with a new schema and object oriented library. Bioinformatics Vol. 14/6, 472-478.
WWWの相同性検索・遺伝子解析機能拡張 1998.9.22
DDBJ WWWの 相同性検索・遺伝子解析のページを更新し,以下の拡張を行ないました。

  • FASTA/BLASTとclustalwとの連携を持たせ, FASTA/BLASTの検索結果からclustalwへ配列データを渡すことが可能になった
  • 従来はE-mailでのみ結果を通知していたclustalwの結果を,WWWブラウザ上で表示できるようになった
  • clustalwの系統樹情報(dnd, tree, bootstrap)をTreeViewによりグラフィカルに表示できるようになった (この機能を利用する場合には,まずブラウザのヘルパーアプリケーションにTreeViewをインストールする必要があります)
GenBank Rel.108およびPIR Rel.57公開 1998.9.18
9月17日よりGenBank Rel.108およびPIR Rel.57を公開しています。 GenBank Rel.108はエントリー数が2,532,359,総塩基数が1,797,137,713bpです。 PIR Rel.57はエントリー数が109,075,総アミノ酸残基数が34,814,664aaです。
supernigの定期保守のおしらせ 
supernigの定期保守のため下記期日におきまして supernig のサービスを停止させて頂きます。なお,今回はマシンの総点検を実施する関係上, 停止時間が長くなっておりますのでご注意下さい。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:
1998年 9月 18日(金)9:00 から 19日(土)15:00 まで
遺伝子医学」ゲノム情報とゲノム解析 1998.9.14
遺伝子医学 Vol. 2 No. 3, 113-120 (1998) の第5号に,DDBJの舘野義男, 山崎正明氏*,猪子英俊氏**が,「ゲノム情報活動とゲノム解析」を発表しました。
* 不二家バイオサイエンス研究所 ** 東海大学医学部
変異タンパク質データベース(PMD)の検索システム完成 1998.9.14
キーワードやアミノ酸配列からの検索が可能な 変異タンパク質データベース(PMD) の検索システムが完成しました。
Javaを使用した立体構造表示も可能で,変異サイトの構造上の位置を確認することも できます。
樹状図作成プログラムDendroMakerへのリンク開始 1998.9.2
当サイトの「DDBJへようこそ/ CIBより」から DendroMaker for Macintosh (ver. 4.1)へのリンクを開始しました。 DendroMakerは,国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 遺伝情報分析研究室で開発した樹状図作成プログラムです。
SWISS-PROT Rel.36完成 1998.8.27
8月27日よりSWISS-PROTリリース36を公開しています。 このリリースはエントリー数が74,019,総アミノ酸残基数が26,840,295aaです。
SAKURA V2.21リリース 1998.8.27
8月26日SAKURAV2.21を一般公開しました。SAKURAV2.21は, バージョン2.2のバージョンアップ版です。改訂内容は以下の通りです。

  1. ホームページのレイアウトが変更され,見易くなりました。
  2. 「登録データ公開日」で,2000年以降の任意の日を指定できるようになりました。
  3. 生物情報頁の「配列決定分子」入力チェック機能強化
    「配列決定分子」のデフォルト値は「Unspecified」になりました。 「配列決定分子」を「Unspecified」と選択して登録することはできません。 デフォルト値以外(cDNA to mRNA等)から選択すると次の入力頁(塩基配列情報ページ) にすすみ登録することができます。
  4. organismクオリファイアの追加

その他フィーチャ-情報頁の「クオリファイア」のリストに, organismクオリファイアが追加されました。

EMBL Rel.55完成 1998.8.21
8月21日よりEMBLリリース55を公開しています。 このリリース55は,エントリー数が2,330,040,総塩基数が1,607,673,907bpです。
DAD Rel.4.0完成 1998.8.18
8月18日よりDAD(DDBJ amino acid database) リリース4.0を公開しています。 このリリース4.0はエントリー数が325,816,総アミノ酸残基数が99,852,596 aaとなっています。
登録塩基数の多い生物種上位1000公開 1998.8.10
DDBJリリース34の登録塩基数の多い生物種上位1000 種をWWW上で公開しています。 1位はHomo sapiens, 807,439,942 bp, 1,294,933 entryで,1000位はRhizobium fredii, 34,493 bp, 15 enrtyです。 詳細はこちら をご覧下さい。
supernigの定期保守のおしらせ 1998.7.15
supernigの定期保守のため,下記期日におきまして supernigのサービスを停止させて頂きます。
皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1998年 7月 24日(金) 12:00 ~ 21:00
get-entry E-mail サーバー移動 1998.7.14
E-mail版 get-entryのサービスをftp2(ftp.ddbj.nig.ac.jp)に移行しました。
この作業にともない,一部の機能を拡張し,基本的には WWW版 get-entryと同じ条件で検索を行なえるようになりました。
たとえば,これまではDNAエントリしか取得できませんでしたが, 今回の機能拡張によりアミノ酸データベース(PIR, Swiss-prot, DAD, PDB) のエントリも取得できるようになりました。 また出力フォーマットにおいても,通常フォーマットに加えFASTA 形式での出力も可能になっております。
操作方法については "get-entry@nig.ac.jp"宛に "help" と記述したメールを送ると簡単な操作方法を記述したヘルプメールが返送されます。
DDBJ オフラインニュースNo. 9発行 
DDBJでは定期発行物として「DDBJ News Letter」を年1回, 「DDBJオフラインニュース」を年2回お届けしています。 1998年7月に「DDBJオフラインニュース No. 9」約6,000部を配布しました。
このオフラインニュースは,当ホームページ DDBJの発行物 から参照いただけます。 また,配布を希望される方はddbj@ddbj.nig.ac.jpまでご連絡下さい。
おしらせ 
このたび,以下の日程におきまして遺伝学研究所内ネットワークの大規模工事を行ないます。 従いまして,この期間はWWWからのサービスはご利用頂けなくなります。
工事期間: 1998年 6月26日(金)18:00 ~ 1998年 6月28日(日)17:00
皆様にはご迷惑おかけいたしますが,どうかご了承くださいますようお願い申し上げます。
北里大学と東京大学のヒトゲノム研究チームが4メガベースの配列を決定 1998.6.1
本年5月中旬に, 北里大学医学部と東京大学ヒトゲノム解析センターのヒトゲノム研究チームが決定した, ヒト21番染色体長腕の3領域21q11.1,21q22.1,21q22.2)の塩基配列データ (総計4.3メガベース)がDDBJに登録されました。この長さは, 大腸菌の全ゲノム配列に匹敵します。アクセッション番号はAP000008-AP000057で, HTG DivisionとしてDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースに公開されました。 各クローンのマップ情報などについては,科学技術振興事業団(JST)の ALIS (Advanced Life Science Systems) Projectのホームページで見ることが出来ます。 これらの大規模配列データの登録から公開にいたるまでの作業は, 通常の塩基配列データの登録とは異なり, 登録者とDDBJの綿密な打ち合わせのもとに行なわれています。
Synechocystis PCC 6803とArabidopsis thalianaデータのミラー 1998.5.28
DDBJでは,かずさDNA研究所遺伝子構造第2研究室がanonymous-ftp で配布しているデータを,3月下旬よりanonymous-ftp上で公開しています。 このデータは,Synechocystis PCC 6803(シアノバクテリア)と Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)5番染色体と3番染色体の塩基配列と解析結果で, DDBJのanonymous-ftpサーバftp.ddbj.nig.ac.jp/database/kazusa/ 以下に置かれています。 Arabidopsisのデータは,毎月初めに追加されます。
VPP500ジョブ投入用WWW機能追加のおしらせ 1998.5.15
VPP500ジョブ投入用WWWに以下の機能を追加致しました。どうぞ御利用下さい。
1. clustalwの実行について,従来は全ての結果を返却していましたが, 以下の結果を組み合わせて返却することが可能になりました。
(1) アラインメント結果
(2) 進化系統樹結果
(3) 標準出力
デフォルトは,(1)のみ返却するようになっています。必要に応じて,(2),(3)を選択して下さい。

2. VPP500のコマンドラインにおける使用方法を表示できるようにしました。 VPP500利用の手引きからリンクを張ってあります。

DDBJリリース33完成 1998.4.24
4月24日よりDDBJリリース33を公開しています。 このリリース33は,エントリー数が2,174,769,総塩基数が1,479,303,279 bpで, 一年前のDDBJリリース29と比べ,エントリー数で71%,総塩基数で82%の増加率となっています。
BLASTプログラム更新のおしらせ 1998.4.22
DDBJ 相同性検索サービスで使用している BLAST プログラムを NCBI-BLAST 1.4.9 から WU-BLAST 2.0 に更新しました。
DDBJ業務一時停止についてのお知らせ 1998.3.23
この度,国立遺伝学研究所内に生命情報研究センター棟が新設され, DDBJも生命情報研究センター棟に移動することになりました。 このため,3月27日から4月3日にかけて, DDBJの業務が一時中断することがあります。 特に,3月28日はSAKURAによる登録が,関連サーバの停止により,出来なくなります。
皆様にはご迷惑をおかけしますが,ご理解くださいますようお願い申し上げます。
DDBJ 舘野 義男
SAKURA V2.2リリース 1998.3.20
------------リリースノート-----------------------
1)生物分類データベース検索機能
生物情報頁から利用できます。 その他の生物名」のフィールドに検索クエリーを入力して[Search] ボタンをクリックすると検索してその結果(生物名等)が表示されます。
結果の一覧のなかから、登録する生物名を選択することも可能です。 選択した場合、そのgenetic codeは自動的に設定されます。生物分類データベースは、一回/日更新されます。
2)生物情報頁の入力機能強化
/plasmid, /mitochondrion, /chloroplastを入力できるようになりました。 「配列分子タイプ」を「配列決定分子」に変更し、リストを大幅に変更しました。
3)入力推奨項目(/gene, /product in CDS feature)を追加
必須ではないがぜひ入力してほしい項目(入力推奨項目)の入力フィールドのよこに「R」のマークをつけました。
get-entryの機能拡張のお知らせ 1998.3.10
WWW版 get-entry に以下の3つの機能を追加しましたのでお知らせいたします。

  1. ハイフン"-"を用いたアクセッションの連番入力を可能にしました。(例: D00001-D00010)
  2. 結果をファイルに出力しanonymous-ftpで取得できるようにしました。
  3. DADのアクセッション番号からDNAのエントリにリンクを張りました。
ftpサーバの分割 1998.2.12
ftp サーバの分割にともない、それぞれ名前が以下のようになりました。 ご注意下さい。
[ddbj の ftp サーバ]
ftp2
ftp2.ddbj.nig.ac.jp
ftp.ddbj.nig.ac.jp
wais
wais.nig.ac.jp
wais.ddbj.nig.ac.jp
wais.ddbj.nig.ac.jp
gopher
gopher.nig.ac.jp
gopher.ddbj.nig.ac.jp
[nig の ftp サーバ]
nftp
ftp.nig.ac.jp
get-entry及びSFgate+WAIS変更 1998.2.3
ftpの検索対象とするデータベースをDDBJに統一することに伴い、DDBJでの検索システム、get-entry及びSFgate+WAISに変更を行ないましたので、お知らせいたします。

get-entry 変更点
ftpでの検索対象データベースをDDBJに統一する作業に伴いget-entryにおける機能改 造と機能追加を行いました。
機能の改造および追加は以下の通りです。
(1) DNAの対象データベースからGenBank,EMBLの項目を削除し"DDBJ/GenBank/EMBL"に統合しました。
(2) DNAの出力フォーマットに"EMBL形式"と"翻訳データ表示"を追加しました。 翻訳データ表示機能とはDADをよりユーザに使用してもらうためにDNAエントリから翻訳データのみをfasta形式で出力する機能です。 これはDNAのデータにtranslationが存在するエントリであれば瞬時に翻訳データを出力できます。 操作方法はDNAデータベースの出力フォーマット選択項目から「翻訳」を選択することにより表示が可能となります。
現在のDNAデータから出力可能なフォーマットは以下の4パターンです。
(1) 標準フォーマット出力
(2) FASTAフォーマット出力
(3) EMBLフォーマット出力
(4) 翻訳データのfastaフォーマット出力

SFgate+WAIS 変更点
SFgate+WAISによるキーワード検索システムの変更は以下の点です。
(1) DNAの対象データベースを DDBJ(Release+daily updates), DDBJNEW(daily updat es)とする(daily updatesにはEMBL/GenBankのdaily updatesも含まれる)。

SAKURAV2.11 リリース 1998.1.30
本日、SAKURAV2.11を一般公開しました。 改訂内容につきましては添付のリリースノートをご参照ください。
----------------リリースノート--------------------
1.) 概要
SAKURAV2.11は、V2.1のバージョンアップ版とする。
V2.1に対する主な改訂点は、「CDSフィーチャー情報頁における自動翻訳機能の翻訳規則の修正」とする。
2.) 改訂内容
2.1.)CDSフィーチャー情報頁における自動翻訳機能の翻訳規則の修正
2.2.)生物情報頁からTXSearchホーム頁へのリンク
2.3.)その他フィーチャー情報頁のヘルプ頁からリンクしているFeature Table De finitionの更新(V2.0)
2.4.)ホーム頁の整理(基本的な入力方法、SAKURAの使い方の別頁化)
2.5.)雑誌名入力に関するエラーチェック機能強化
supernig上のclustalwプログラム バージョンアップ 1998.1.19
以前お知らせしましたsupernig上のclustalwプログラム移行期間(Ver1.6 -> Ver1.7) が過ぎましたので、本日より正式にclustalwプログラムをclustalw Version 1.7といたし ました。
(Version 1.6もclustalw1.6コマンドとして残してあります)
[従来]
  コマンド | 内容
  ------------+--------------------------------
  clustalw | メッセージの出力
  clustalw1.6 | clustalw Version 1.6プログラム
  clustalw1.7 | clustalw Version 1.7プログラム
[現状]
  コマンド | 内容
  ------------+--------------------------------
  clustalw | clustalw Version 1.7プログラム
  clustalw1.6 | clustalw Version 1.6プログラム
停電によるサービス停止のおしらせ 1998.1.28
国立遺伝学研究所所内停電のため,下記期日におきましてDDBJがネットワーク上で提供しているサービスを停止します。 ご協力お願いいたします。
 期間:
 2月6日(金) 17:00 から
 2月7日(土) 15:00 まで

検索対象データベースをDDBJに統一 1998.1.22
現在DDBJで公開している SF-gate・get-entry・anonymous-FTPサーバー・gopherサーバーでは, 検索対象となるDNAデータベースとしてDDBJ, GenBank, EMBLを用意しています。 これらの3つのデータベースは,DDBJ,米国のNCBI (National Center for Biotechnology Information), および欧州のEBI(European Bioinformatics Institute) が共同で構築し,"DDBJ/EMBL/GenBank International Nucleotide Sequence Databases"として運営しているもので,フォーマットの違いはありますが,内容は同じものです。
そこで,
  SF-gate・get-entryは1998年2月3日から,
  anonymous-FTPサーバー・gopherサーバーは1998年2月6日から,
検索対象データベースをDDBJのみとすることになりました。 これには,DDBJ, GenBank, EMBLの定期リリース後に公開された新着データが含まれています。
ftpサーバの分割について 1998.1.22
国立遺伝学研究所では,ftpサーバ(ftp.nig.ac.jp)を運営しておりますが, このたび日本DNAデータバンク(DDBJ)関係のデータを別サーバに移動し,2台のftpサーバとして運営することになました。 分割後は,現在の /pub ディレクトリを ftp.nig.ac.jp が,それ以外のディレクトリをftp.ddbj.nig.ac.jp が担当することになります。
実施日は平成10年2月10日(火)です。
DDBJのmirror 等をされているサイトはホスト名の修正をお願い致します。
3D-1D法によるタンパク質の立体構造予測および配列解析システム(LIBRA I)のバージョンアップ 1998.1.20
WWW上でご利用いただいている,3D-1D法によるタンパク質の立体構造予測および配列解析システム (LIBRA I) に対して,いくつかのバグを直し,更にオリゴマのスコア計算法を改良した新しいバージョンをリリースいたしました。
どうぞご利用ください。
配列データ公開原則変更のおしらせ 1998.1.20
--公開予定日が到来すると配列データは公開されます--
1998年1月より,DDBJに登録された配列データの公開原則が変更になりました。 これまでは,非公開扱いで登録された配列データは,
  (i)登録者から公開依頼があった場合,または
  (ii)論文の発表が確認された場合
に,公開しておりました。新しい原則では,上記(i),(ii)の場合か,または
(iii)公開予定日が到来した場合に, 配列データは公開できることになりました。 この原則は,1998年1月1日以後に登録された配列データから,適用されています。 配列データの公開予定日を延期したい場合には,必ず,公開予定日の前日までにDDBJに書面 (FAX, E-Mail, 郵便)でお知らせ下さい。
この変更により,登録された配列データはすべて,公開日が到来した後は必ず公開されることになり, 非公開扱いのまま放置されるデータがなくなります。 この点をご理解の上,これからもできるだけ正確なデータの登録をお願いいたします。
日本におけるヒト・ ゲノム研究の最前線 ゲノム生物学とデータバンク 1998.1.20
蛋白質 核酸 酵素 Vol.42 No.7, 3052-3061(1997)の1997年12月臨時増刊号「ゲノムサイエンス 生命の全体像の解明をめざして」に, DDBJの舘野義男と五條堀孝が"ゲノム生物学とデータバンク"を発表しました。
国内のゲノムプロジェクトにおけるDDBJの役割や,ゲノムデータをWWW上で提供する ゲノムブローカの解説,ゲノム生物学研究について等が書かれています。
SFgate+WAISからTXSearchへリンク追加 1998.1.16
WWW上でご利用いただいている キーワード検索システムSFgate+WAISに,生物分類データベース検索システム (TXSearch)との連携機能を組み込みました。 検索結果のORGANISM行(EMBL/SWISS-PROTではOS行)に記述されている生物種名をクリックしますと, TXSearchによる検索が行なわれます。
どうぞお試しください。

生物分類データベース検索システム(TXSearch)公開 1998.1.12
WWWインターフェイスの生物分類データベース検索システム (TXSearch)を公開しました。 DDBJのホームページからリンクされています。 検索対象の(DDBJ/EMBL/GenBankで統一の)生物分類データベースは,毎日一回更新されます。
PDBを検索対象とした相同性検索サービスの更新 1998.1.7
DDBJの相同性検索サービスにてPDBを検索対象として検索した際に,検索結果のエントリー名から, getentryにてPDBのヘッダ情報が参照できましたが,PDB Retrieverの公開に伴い, PDB Retrieverの検索機能にリンクするように変更いたしました。
これにより,該当エントリーのヘッダ情報だけでなく,該当エントリーの立体構造表示など, さまざまな付加情報の参照が可能となります。
どうぞ,ご確認ください。

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