慶応大学から登録されたデータ（90エントリ，5,453,751 bps）
D86989, D86991, D86993-D86996, D86998-D87000, D87002-D87004, D87006-D87007, D87009-D87024, D88268-D88271, AP000343-AP000362, AP000365, AP000522-AP000547, AP000550-AP000558

LOCUS       AB000714      220 aa    PRT     HUM     27-OCT-1997
DEFINITION  Homo sapiens RVP1 protein.
ACCESSION   AB000714-1
PID         d1023862
(以下略)

LOCUS       AB000714      220 aa    PRT     HUM     27-OCT-1997
DEFINITION  Homo sapiens RVP1 protein.
ACCESSION   AB000714-1
PID         BAA22986.1
(以下略)

＊Protein IDは「CDSに振る ID＋バージョン番号」で構成され，DNAデータベースフ~ラットファイルのCDS featureに "/protein_id" qualifierとして記述されています。 このバージョン番号は配列の変更があった場合にのみ更新されます。

• 1999年12月24日（金）12：00より　塩基配列データの登録，修正，および公開受付の停止
• 1999年12月27日（月） 9:00より 全サービス停止
• 2000年 1月 5日（水） 9:00より　平常業務の開始

では，よい年をお迎えください。 新年もどうぞよろしくお願い申し上げます。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ＤＤＢＪ

＊国立遺伝学研究所では，「２０００年問題」に関して既に対策を講じましたが，予期せぬ混乱が生じる可能性も否定できません。 従いまして，1999年12月27日から2000年1月4日まで，当所のコンピュータシステムを停止することになりました。
1999年12月29日（水）13:00より電子メール配送を停止しますので，ご注意下さい。

• Submitted フィールド追加： JOURNAL 行の Submitted の部分に記述されている日付での検索を出来るようにしました。範囲指定も可能です。
• FtProteinId フィールド追加： Feature 行の proteinid を指定しての検索を出来るようにしました。
• PID, NID フィールド削除： 配列のバージョン番号(VERSION行，/protein_id)採用にともなうPID, NID削除に対応

• 五條堀孝（1999）ゲノム情報からみた新しい生物学．遺伝，Vol. 53 No. 7, 14-15頁
• 宮崎智，舘野義男（1999）国際DNAデータバンクとＤＤＢＪにおけるゲノム情報活動．遺伝，Vol. 53 No. 7, 21-27頁
• 菅原秀明（1999）情報生物学の提案．遺伝，Vol. 53 No. 7, 39-43頁

ＤＤＢＪｉｎｇ--日本DNAデータバンクをフルに活用しよう！--
日時：１９９９年９月１３日（月）　午後１時～午後５時
場所：静岡県三島市　文部省国立遺伝学研究所　生命情報研究センター　２階AV室
主催：国立遺伝学研究所・生命情報研究センター　日本ＤＮＡデータバンク
対象：ＤＤＢＪを利用される方をどなたでも歓迎します（定員３０名；参加費無料）
注）８月９日に申込みの定員３０名に達しましたので，今回はこれで締切らせていただきす。 またの機会をご利用下さい。

寺子屋「情報生物学」第1回--集団遺伝学理論を用いたSNPの情報解析入門講座--
日時：１９９９年９月１６日（木）　午後１時～午後５時
場所：静岡県三島市　文部省国立遺伝学研究所　研究員宿泊施設２階セミナー室
主催：文部省国立遺伝学研究所　生命情報研究センター・日本ＤＮＡデータバンク
対象：大学院生（修士・博士課程），ポストドクなどの若手研究者を主な対象と
しますが，それ以外の方もおおいに歓迎します（定員５０名；参加費無料）。
注）申込み多数のため，会場を国立遺伝学研究所の講堂に変更させていただきました。 締切りまでまだ少し余裕があります。

今回新たに追加したEST divisionは，以下の通りです。
Drosophila melanogaster, Rattus norvegicus, Saccharomyces cerevisiae, Rattus sp. , Schizosaccharomyces pombe, Plasmodium falciparum, Danio rerio, Dictyostelium discoideum, Brugia malayi, Magnaporthe grisea, Emericella nidulans, Neurospora crassa, Bombyx mori, Zea mays, Toxoplasma gondii, Xenopus laevis, Oryctolagus cuniculus, Trypanosoma cruzi, Sus scrofa, Onchocerca volvulus, Glycine max, Schistosoma mansoni, Lycopersicon esculentum, Leishmania major, Cryptosporidium parvum

1. フィーチャー情報の入力が必須に： CDS情報，その他のフィーチャー情報，登録付加情報の全てに何の情報も入れられていな い場合は，エラーとなります。
2. 日本語版トップページの変更： フィーチャー情報入力が必須になったことにともない，トップページに説明を追加しました。 レイアウト，壁紙も変更になっています。
3. 雑誌情報での著者名の入力欄数増： 最近の登録では著者が10人を越えるエントリも増えてきているということから，入力できる著者の最大数を10人から20人に増やしました。

・WWWから入力して検索する場合
検索結果を選択する画面においてE-mail の方を指定したときに， 同時にその下にある"In HTML format" をチェックすると HTML 形式の結果が添付ファイルで送られてきます。
・(fasta/blast/ssearch)@nig.ac.jp にメールを送って検索する場合
下記の例のように "html 1" を指定することによってHTML 形式の結果が添付ファイルで送られてきます (1以外を指定した場合には通常の結果が送られます)。

例) blast の場合
 program      blastn
 datalib      ddbj
 scores       100
 alignments   100
 expect       10
 gap          1
 filter       1
 html         1

 begin
 > query
 aaacccgggtttaaaaaaaacggttttt
 ...........
 //
 

1. 相同性検索のトップページもしくは左のメニュー画面でUtility項目のResult Viewer を選択する。
2. Result Viewerが表示されるので，FASTA/BLAST/PSI-BLAST/CLUSTALWの中から結果を~ 見たいものを選ぶ。
3. 自分が検索を行なった時の検索条件を選択する。
   ＊間違った選択をすると結果のデータに正しくリンクが貼られません。
   (1) FASTAの場合--プログラム，データベースを選択する。
   (2) BLASTの場合--プログラム，データベース，Gap計算の有無を選択する。
   (3) PSI-BLASTの場合--プログラム，データベース，Gap計算の有無を選択する。
   (4) CLUSTALWの場合--特に選択する条件はありません。
4. あらかじめ控えておいた受け付け番号を入力する。
5. すべて正しいことを確認し，入力内容の送信ボタンを押すと結果が表示されます。

DNAデータのコメント部の情報は，以下の通りです。
染色体番号/ start-end, source, feature, [group]
以下は，GFF フォーマットからの抜粋です。 [http://www.sanger.ac.uk/Users/rd/gff.shtml]

start, end

Integers. "start" must be less than or equal to "end". Sequence numbering starts at 1, so these numbers should be between 1 and the length of the relevant sequence, inclusive.

source

The source of this feature. This field will normally be used to indicate the program making the prediction, or if it comes from public database annotation, or is experimentally verified, etc.

feature

The feature type name. We hope to suggest a standard set of features, to facilitate import/export, comparison etc.. Of course, people are free to define new ones as needed.
For example, Genie splice detectors account for a region of DNA, and multiple detectors may be available for the same site, as shown above.

[group]

An optional string-valued field that can be used as a name to group together a set of records. Typical uses might be to group the introns and exons in one gene prediction (or experimentally verified gene structure), or to group multiple regions of match to another sequence, such as an EST or a protein.

ＤＤＢＪをご利用いただき，ありがとうございます。
　　従来より，国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータシステム (supernig, VPP500) のオンライン利用者には，ＤＮＡデータベースとして DDBJ ($DDBJ), EMBL ($EMBL), GenBank ($GB) の３つのリリースデータおよび日々更新データ ($DDBJNEW, $EMBLNEW, $GBNEW) を公開してまいりました。 しかし，生命科学・技術の目覚ましい発展により， 国際塩基配列データベースに登録される配列データは飛躍的に増え続けています。 その一方で，スーパーコンピュータシステムのディスク容量には限りがあり， このままではデータ量の増加に対応できなくなってまいりました。
　　そこで，supernig および VPP500 で提供している GenBank リリースデータベースは，リリース111 を公開後 1999年３月31日 をもってその公開を終了することになりました。 また，EMBL リリースデータベースおよび GBNEW と EMBLNEWも， 約半年後に公開を終了する予定です。 公開終了の正確な日時が決まりましたら，再度ご連絡いたします。 つきましては，GenBank や EMBL を指定して解析・検索プログラムをご利用されている方は， 指定データベースを DDBJ へ切り替えていただくようにお願いいたします。
　　DDBJ, EMBL, GenBank の３つのデータベースは，ＤＤＢＪ，欧州の EBI， 米国の GenBank が共同構築し国際塩基配列データベースとして運営しているもので， フォーマットの違いはありますが内容は同じものです。 また，$DDBJNEW, $EMBLNEW, $GBNEW についても， ３つのデータベースで新たに公開されたデータをすべて統合して日々更新し， それぞれのフォーマットで公開しているものです。 そのため EBI，GenBank いずれにおいてもデータベースの公開は， 各データベース独自のフォーマットのみで行なっております。 こうした状況をご理解の上， 今回の措置に対する皆様のご理解とご協力をいただきたくお願い申し上げます。

日本ＤＮＡデータバンク

検索対象データベース：
・配列データベース　DDBJ, DDBJNEW, DAD, SWISSPROT, PIR
・配列関連データベース　PROSITE, PROSITEDOC, ENZYME
・タンパク質立体構造データベース　PDB

URLはhttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/srs/で， ＤＤＢＪのホームページ「データベース検索および解析」からリンクが張られています。