What’s New(1999)

当ページに項目「生命情報学関連の会議のおしらせ」追加 1999.12.21
WHAT'S NEW のページに生命情報学関連の会議のおしらせを載せました。 ここでは,これから行なわれる会議名と日程を紹介しています。 また,各会議にリンクが張られており,より詳しい情報が得られます。
22番染色体解読 1999.12.8
日米欧が共同で進めている「ヒトゲノム計画」の一環として,22番染色体の配列3340万塩基が決定されました。 22番染色体は545個の機能遺伝子と134個の偽遺伝子から成り,今回決定された3340万塩基はヒトゲノム全体の約1%に相当します。 決定したのは慶応大学医学部の清水信義教授,英国サンガーセンター,米国オクラホマ大学,ワシントン大学などの研究チームです。
このうち慶応大学の研究チームからのデータはDDBJに登録され,DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースに公開されました。

慶応大学から登録されたデータ(90エントリ,5,453,751 bps)
D86989, D86991, D86993-D86996, D86998-D87000, D87002-D87004, D87006-D87007, D87009-D87024, D88268-D88271, AP000343-AP000362, AP000365, AP000522-AP000547, AP000550-AP000558

DADフォーマット一部変更のおしらせ 1999.12.7
DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースでは,1999年3月からデータベース中の特定の配列を示すためのIDである配列のバージョン番号(Nucleotide Sequence IDとProt ein ID)を導入しました。 この導入にともないDDBJではリリース39よりこれまでフラットファイルに記述されていたNIDとPIDを削除しました。
PIDが削除されたので,DAD (DDBJ Amino Acid Database) のフォーマットも一部変更し,これまでPIDを記述していた欄に以下のようにprotein_idを記述することになりました。

変更前
LOCUS       AB000714      220 aa    PRT     HUM     27-OCT-1997
DEFINITION  Homo sapiens RVP1 protein.
ACCESSION   AB000714-1
PID         d1023862
(以下略)

変更後
LOCUS       AB000714      220 aa    PRT     HUM     27-OCT-1997
DEFINITION  Homo sapiens RVP1 protein.
ACCESSION   AB000714-1
PID         BAA22986.1
(以下略)

*Protein IDは「CDSに振る ID+バージョン番号」で構成され,DNAデータベースフ~ラットファイルのCDS featureに "/protein_id" qualifierとして記述されています。 このバージョン番号は配列の変更があった場合にのみ更新されます。

supernig定期保守のおしらせ 1999.12.3
supernigの定期保守のため下記期日におきまして supernigのサービスを停止させて~いただきます。 なお,今回はマシンの総点検を実施する関係上,停止時間が長くなっておりますのでご注意下さい。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年12月17日(金)12:00から18日(土)14:00まで
講習会「DDBJing in 札幌」開催 1999.11.12
DDBJでは,塩基配列登録を受け付けDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースに格納し公開することや,塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索・解析す るソフトをWWWなどで広く提供する業務を行なっています。 ユーザーの方々にこれらのシステムをより深く理解していただき,使用していただくために,1999年9月から「DDBJing講習会」を開始しました。 11月10日に第2回DDBJingを北海道大学の地球環境科学研究科講堂で開催し,約50名の参加者が熱心に受講されました。
supernig定期保守のおしらせ 1999.11.11
supernigの定期保守のため下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年11月19日(金)12:00~21:00
年末年始休業のおしらせ 1999.11.11
DDBJでは,年末・年始の業務を以下の日程で休業します。
この期間は,塩基配列データ登録の受付やaccession numberの発行,検索・解析サービスをはじめとするすべての業務を停止します。
皆様には大変ご迷惑をおかけしますが,ご理解とご協力の程お願い申し上げます。

  • 1999年12月24日(金)12:00より 塩基配列データの登録,修正,および公開受付の停止
  • 1999年12月27日(月) 9:00より 全サービス停止
  • 2000年 1月 5日(水) 9:00より 平常業務の開始

では,よい年をお迎えください。 新年もどうぞよろしくお願い申し上げます。
                         DDBJ

*国立遺伝学研究所では,「2000年問題」に関して既に対策を講じましたが,予期せぬ混乱が生じる可能性も否定できません。 従いまして,1999年12月27日から2000年1月4日まで,当所のコンピュータシステムを停止することになりました。
1999年12月29日(水)13:00より電子メール配送を停止しますので,ご注意下さい。

DDBJリリース39完成 1999.11.2
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして年4回定期的にオンライン上で公開するとともに,磁気媒体により配布しています。 11月にDDBJリリース39を完成しました。 このリリース39のエントリー数は4,810,773,総塩基数は3,728,000,562 bpです。
リリース37(1999年3月)よりDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベース共通の配列のバージョン番号(VERSION行,/protein_id)を採用しています。 この採用にともない,NIDとPIDは今回のリリースから削除されました。 また,今回のリリースからAX,AYで始まるアクセッション番号が追加されました。 AXはEMBLが特許データに発行し,AYはGenBankが通常登録に発行します。
停電にともなう遺伝研ネットワークサービス の停止 1999.11.2
国立遺伝学研究所の停電のため,下記期日におきまして国立遺伝学研究所の全ネットワークサービスを停止いたします。皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:1999年11月12日(金)17:00から11月13日(土)21:00まで
*supernigにおいては12日12時より停止作業を開始します
SAKURAサーバマシン増強に伴うサービス一時 停止のおしらせ 1999.10.15
SAKURAサーバマシンの増強にともない,下記のとおり一部のサービスが停止します。 皆様にはご迷惑をおかけいたしますが,ご理解とご協力をお願い申しあげます。
停止サービス:SAKURA, TxSearch, 大量登録テンプレート作成システム
停止期間:1999年10月20日 (水) 9:00 - 13:00
supernig定期保守のおしらせ 1999.10.7
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させて いただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年10月15日(金)12:00~21:00
supernigおよびVPP500でのEMBL, EMBLNEW, G BNEW公開終了のおしらせ 1999.10.4
国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータ(supernig, VPP500)で公開していたEMBL, EMBLNEW, GBNEWのデータベースは10月1日をもって公開を終了しました。 現在利用できるデータベースはDDBJ, DDBJNEWです。 DDBJ, EMBL, GenBankの3つのデータベースは,DDBJ,欧州のEBI,米国のGenBankが共同~ 構築し国際塩基配列データベースとして運営しているもので,フォーマットの違いはあり ますが内容は同じものです。
NID, PIDの廃止 1999.10.1
1999年の国際実務者会議による決定事項の実施項目の1つとして,配列のバージョン 番号(VERSION行,/protein_id)が採用されました。 この採用にともない,現在フラットファイルに存在しているNID, PID は,リリース39(1 999年10月完成予定)から廃止される予定です。 リリース39の公開にさきがけ,9/30以降DDBJから公開されるエントリーのフラットフ ァイルからNID, PIDが削除されます。 リリース39の公開後,DDBJデータベース中のすべてのフラットファイルからNID, PIDが削 除されます。
所外ネットワーク (SINET)の一時停止についてのおしらせ 1999.9.29
インターネット接続などの回線増強作業のため下記のとおりシステムの使用が一時停止しますのでおしらせします。 作業終了後,回復までに若干時間がかかることがあります。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願いいたします。
日時:10月1日(金) 12:00~14:00
対象:所外からのインターネットサービス
SRS検索フィールド追加 1999.9.21
SRS (Sequence Retrieval System) は,EBIで開発された遺伝子配列データベース検索システムです。DDBJではSRSをDDBJデータベースに対応したシステムに再構築し,1999年1月から公開しています。 このたび,SRSの検索フィールドについて以下の変更を行ないました。 追加したフィールドは対象データベースにDDBJ,DDBJNEW,DAD,DADNEWを指定した場合利用できます。

  • Submitted フィールド追加: JOURNAL 行の Submitted の部分に記述されている日付での検索を出来るようにしました。範囲指定も可能です。
  • FtProteinId フィールド追加: Feature 行の proteinid を指定しての検索を出来るようにしました。
  • PID, NID フィールド削除: 配列のバージョン番号(VERSION行,/protein_id)採用にともなうPID, NID削除に対応
SAKURA 2.25へバージョンアップ 1999.9.21
SAKURAはDDBJが運用しているWWWを利用した塩基配列データ登録システムです。 9月21日に,Version 2.25を公開しました。変更点は以下の通りです。
生物情報ページで使用可能な文字の種類の増加: 生物情報ページで使用できる文字を,[A-Z a-z 0-9 SPACE .] から ["]、不正文字を除く,半角文字を入力できるように修正
第1回寺子屋「情報生物学」開催 1999.9.21
生命情報研究センター・日本DNAデータバンクでは9月16日午後1時~5時半に,国立遺伝学研究所講堂にて講習会 "寺子屋『情報生物学』第1回 集団遺伝学理論を用いたSNPの情報解析入門講座" を開催しました。 講義の内容は以下の通りで,168人の参加者が熱心に聴講されました。
●あいさつ
 五條堀 孝(生命情報研究センター・センター長)
●集団遺伝学とは ~遺伝子頻度,遺伝的浮動,HW平衡,様々な遺伝的変異など~
 舘野 義男(生命情報研究センター遺伝子機能研究室・教授;DDBJバンク長)
●集団遺伝学理論から見たSNP ~DNA多型,塩基置換速度,中立進化と淘汰など~
 斎藤 成也(集団遺伝研究系進化遺伝研究部門・助教授;DDBJ担当)
●遺伝子連鎖解析の基礎 ~組換価,連鎖不平衡,LODスコア,家系分析など~
 安田 徳一(財団法人遺伝学普及会情報資源研究センター・部長;DDBJ担当)
●DNAチップテクノロジー入門
 池尾 一穂(生命情報研究センター遺伝情報分析研究室・助手;DDBJ担当)
●まとめ
 菅原 秀明(生命情報研究センター分子分類研究室・教授;DDBJ担当)
●質疑応答
●個別面談
ヒトゲノムデータ7.3Mbを登録公開 1999.9.16
現在,全世界のヒトゲノム計画センターでは,来年の春(5月頃)までにヒトゲノム全配列の90%以上を読み終える目標を掲げ,それぞれのセンターに分配された領域についての配列決定が継続されています。 日本は,全体(30億塩基対)の約10%分を担当することになっており,この目標に合わせて日本のゲノムチームからの登録が増大しています。
このたび,慶応大学医学部分子生物学教室の研究チーム(清水信義代表)と理化学研究所ゲノム科学総合研究センターの研究チーム(榊佳之代表)からヒトゲノムデータの登録がありました。
慶応大学から登録された塩基配列データは,ヒト8番染色体の塩基配列データ7エントリーで,アクセッション番号はAP000424-AP000430です。 理化学研究所から登録された塩基配列データは,ヒト11番染色体・21番染色体60エントリーで,アクセッション番号はAP000431-AP000490です。
これらのデータは合計67エントリー,7,321,122 bpでHTG divisionとしてDDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに公開されました。
DDBJ講習会の開催 1999.9.14
生命情報研究センター・日本DNAデータバンクでは9月13日午後1時~5時半に,国立遺伝学研究所生命情報研究センター2階AV室にて講習会 "DDBJing--日本DNAデータバンクをフルに活用しよう!--" を開催しました。 講義の内容は以下の通りで,31人の参加者が熱心に聴講されました。

- 日本DNAデータバンクと「DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベース」
- DDBJへの塩基配列登録の方法(SAKURA・大量登録ツールMSTなどの利用)
- データベース検索の基礎(キーワード検索,FASTA/BLAST相同性検索など)
- 分子進化解析入門(多重整列,遺伝子系統樹作成,同義・非同義置換数推定など)
- タンパク質立体構造解析入門(PDBブラウザー,二次構造・立体構造予測など
supernig定期保守のおしらせ 1999.9.10
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 1999年 9月17日(金)12:00 ~ 21:00
「DDBJの統計」に「DDBJ登録エントリー数の推移」追加  1999.9.7
DDBJでは「DDBJ/EMBL/GenBank database総塩基数の推移」などDDBJ業務に関する統計をWWWで公開しています。 今回新たに「DDBJ登録エントリー数の推移」の統計を公開しました。この統計は1995年7月から現在までのDDBJリリース中のDDBJに登録されたエントリー数の推移を示しています。
WWW版get-entry機能拡張 1999.9.6
WWW版get-entry に新しく以下の3機能を追加いたしました。
 (1) gene name からエントリ検索を可能にしました。
 (2) protein IDからエントリ検索を可能にしました。
 (3) 複数プライマリが存在するセカンダリを指定した場合そのプライマリエントリを一括出力できるようにしました。
gene nameは現在 361,966個(重複を含む)存在し,1つのgene nameに複数のエントリが存在する場合が多くあります。 これまでget-entryは1アクセッション1エントリが対象のため指定したキーに複数エントリが存在する場合は代表エントリのみを出力していました。 今回の機能拡張により複数エントリが存在した場合でもすべてのエントリを出力できるように改造してあります。 出力エントリが10エントリ以下の場合はそのままエントリの内容を表示し,10エントリを越える場合はアクセッション番号を一覧表示するようにしています。 また一覧表示された全エントリをファイルに一括出力しftpで取得できるようにもなっています。
gene nameで検索する場合は「番号指定」をGene Nameに切り替えて下さい。 Protein IDで検索する場合は「番号指定」をProteinIDに切り替えて下さい。
DAD Rel. 8 公開 1999.9.6
8月30日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 8を公開しています。 DAD Rel. 8はエントリ数が419,300,総アミノ酸残基数が128,581,164 aaとなっています。
supernig定期保守のおしらせ 1999.8.19
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 1999年 8月 27日(金)12:00 ~ 21:00
EMBL Release 59 公開 1999.8.10
8月10日よりEMBL Release 59を公開しています。 EMBL Release 59はエントリー数が3,952,878,総塩基数が2,924,568,545 bpです。
PIR Rel. 61 公開 1999.8.10
8月10日よりPIR Rel. 61を公開しています。 PIR Rel. 61はエントリー数が130,886,総アミノ酸残基数が43,065,574 aaです。

supernigサービス停止のおしらせ 1999.8.5
supernigの2000年問題対応作業のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させて頂きます。 停止時間が長く大変ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年8月11日(水)10:00から8月13日(金)18:00まで
DDBJリリース38完成 1999.8.2
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして年4回定期的にオンライン上で公開するとともに,磁気媒体により配布しています。 7月にDDBJリリース38を完成しました。 このリリース38のエントリー数は4,294,369,総塩基数は3,098,519,597 bpです。 日米欧のエントリー数の割合は日本(DDBJ+JPO)11%,米国(GenBank+USPTO)81.1%,欧州(EMBL+EPO)7.9%です。前回のリリースで初めて日本のエントリー数が欧州のエントリー数を上回りましたが,今回はその数値がさらにのびています。
リリース37(1999年3月)よりDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベース共通の配列のバージョン番号(VERSION行,/protein_id)を採用しています。 この採用にともない,NIDとPIDはリリース39(1999年10月)よりフラットファイルから削除される予定です。
DDBJの統計もご覧下さい。
線虫のEST配列データ2万8000件を登録公開 1999.8.2
国立遺伝学研究所生物遺伝資源情報研究室の小原雄治先生から線虫 (C. elegans) の塩基配列データ28,278エントリーがDDBJに登録されました。 アクセッション番号はAV175735-AV204012で,ESTdivisionとしてDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースに公開されました。
「遺伝」ゲノム情報からみた新しい生物学 1999.7.29
「生物の科学 遺伝」53巻8号の「ゲノム情報からみた新しい生物学」という特集に,DDBJのスタッフが以下の文章を発表しました。

  • 五條堀孝(1999)ゲノム情報からみた新しい生物学.遺伝,Vol. 53 No. 7, 14-15頁
  • 宮崎智,舘野義男(1999)国際DNAデータバンクとDDBJにおけるゲノム情報活動.遺伝,Vol. 53 No. 7, 21-27頁
  • 菅原秀明(1999)情報生物学の提案.遺伝,Vol. 53 No. 7, 39-43頁
講習会のおしらせ 1999.7.28
生命情報研究センター・日本DNAデータバンクでは9月に以下の2講座を開講する予定です。講義内容,参加申し込みなどの詳細は各WWWサイトをご覧下さい。

DDBJing--日本DNAデータバンクをフルに活用しよう!--
日時:1999年9月13日(月) 午後1時~午後5時
場所:静岡県三島市 文部省国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 2階AV室
主催:国立遺伝学研究所・生命情報研究センター 日本DNAデータバンク
対象:DDBJを利用される方をどなたでも歓迎します(定員30名;参加費無料)
注)8月9日に申込みの定員30名に達しましたので,今回はこれで締切らせていただきす。 またの機会をご利用下さい。

寺子屋「情報生物学」第1回--集団遺伝学理論を用いたSNPの情報解析入門講座--
日時:1999年9月16日(木) 午後1時~午後5時
場所:静岡県三島市 文部省国立遺伝学研究所 研究員宿泊施設2階セミナー室
主催:文部省国立遺伝学研究所 生命情報研究センター・日本DNAデータバンク
対象:大学院生(修士・博士課程),ポストドクなどの若手研究者を主な対象と
しますが,それ以外の方もおおいに歓迎します(定員50名;参加費無料)。
注)申込み多数のため,会場を国立遺伝学研究所の講堂に変更させていただきました。 締切りまでまだ少し余裕があります。

GIBにPyrococcus abyssi追加 1999.7.28
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Pyrococcus abyssiのゲノム配列が公開されたのにともない,Pyrococcus abyssiのデータが検索できるようになりました。
supernig定期保守のおしらせ 1999.7.15
supernigの定期保守作業のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年 7月23日(金) 12:00 ~ 21:00
相同性検索サービスに機能追加 1999.7.7
DDBJのFASTA/BLAST/SSEARCH相同性検索サービスで使用している検索対象Division数を増やしました。
FASTA/BLAST/SSEARCH利用時に,検索対象データベースとして[DDBJリリース (DNA)] を指定した場合,検索対象Divisionをリストボックスから選択することができます。 これまで選択可能なEST divisionは6種類でしたが,このたび31種類の中から選択できるようになりました。 このEST divisionの31種類は,登録数上位30種と「その他」で構成されています。 検索対象Divisionは複数選択することも可能です。

今回新たに追加したEST divisionは,以下の通りです。
Drosophila melanogaster, Rattus norvegicus, Saccharomyces cerevisiae, Rattus sp. , Schizosaccharomyces pombe, Plasmodium falciparum, Danio rerio, Dictyostelium discoideum, Brugia malayi, Magnaporthe grisea, Emericella nidulans, Neurospora crassa, Bombyx mori, Zea mays, Toxoplasma gondii, Xenopus laevis, Oryctolagus cuniculus, Trypanosoma cruzi, Sus scrofa, Onchocerca volvulus, Glycine max, Schistosoma mansoni, Lycopersicon esculentum, Leishmania major, Cryptosporidium parvum

マウスcDNAのEST配列データ17万5000件を登録公開 1999.6.28
理化学研究所ゲノム科学総合研究センターの研究チーム(林崎良英PL;プロジェクトリーダー)からマウス(Mus musculus cDNA) の塩基配列データ175,734件がDDBJに登録されました。 アクセッション番号は,AV000001-AV175734で,EST DivisionとしてDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースに公開されました。
GIBにAeropyrum pernix追加 1999.12.28
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 DDBJよりAeropyrum pernixのゲノム配列が公開されたのにともない, Aeropyrum pernixのデータが検索できるようになりました。 このゲノム配列のアクセッション番号はAP000058-AP000064です。
GIBに Thermotoga maritima 追加 1999.6.10
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWWでゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Thermotoga maritimaのゲノム配列が公開されたのにともない, Thermotoga maritimaのデータが検索できるようになりました。
supernig定期保守のおしらせ 1999.6.10
supernigの定期保守作業のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年 6月 18日(金)12:00 ~ 21:00
SAKURA Version 2.24リリース 1999.6.9
6月8日 SAKURA Version 2.24を公開いたしました。変更点は以下の通りです。

  1. フィーチャー情報の入力が必須に: CDS情報,その他のフィーチャー情報,登録付加情報の全てに何の情報も入れられていな い場合は,エラーとなります。
  2. 日本語版トップページの変更: フィーチャー情報入力が必須になったことにともない,トップページに説明を追加しました。 レイアウト,壁紙も変更になっています。
  3. 雑誌情報での著者名の入力欄数増: 最近の登録では著者が10人を越えるエントリも増えてきているということから,入力できる著者の最大数を10人から20人に増やしました。
PDB リリース87公開 1999.6.4
6月2日よりPDB rel. 87を公開しています。 PDB rel. 87のエントリー数は9,179です。
バージョン番号別エントリ検索システム "ge t-version" 完成 1999.5.31
DDBJではDDBJリリース37よりDDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース共通の,配列のバージョン番号システム (Nucleotide ID と Protein ID)を採用しています。 これにともない,バージョン番号別にエントリデータを検索するシステム "get-version" を公開しました。
検索方法はE-mail版get-entry 同様に get-version@nig.ac.jp 宛にアクセッション番号とバージョン番号をメールに書いて要求すると, そのエントリが返信されます。 また,get-version@nig.ac.jp 宛に help と書いて送るとヘルプメールが送信されます。 どうぞご利用下さい。
VPP500システムご利用の皆様:遺伝研 VPP500 NQS設定変更について 国立遺伝学研究所電子計算機委員会 1999.5.24
(1) NQS設定の変更について
1996年4月のVPP500公開より,現状のNQS設定方法にてVPP500を運用してきました。
この度,その間に寄せられたご利用者からのご意見を基に,
よりVPP500を利用しやすくするため,NQSの設定変更を行ないます。

(2) 変更内容
・時間帯によるキュー区別の廃止:
現状のA時間帯(6:00~20:00),B時間帯(20:00~6:00)を廃止し,
全てのキューを昼夜を問わず利用可能とします。
・CPU使用制限時間の変更:
現状の2時間を以下の通り変更します。
また,特に長時間実行するジョブ用として,sキューを新設します。

キュー名 使用可能
CPU数
制限時間 同時ジョブ
実行可能数(1)
重み(2) 1ユーザあたりの同時
ジョブ実行可能数(*)
 a01
 a04
 a08
 a16
  1
  4
  8
 16
24時間
18時間
12時間
 8時間
 20
  6
  3
  2
  5
  8
 12
 24
  6
  3
  2
  1
 s01
 s04
  1
  4
 14日
  7日
  4
  2
 12
 24
  2
  1
  投入可能ジョブ本数 同時実行可能ジョブ本数(3) 重み制限(4)
全ユーザ    10    6    30


(*)1ユーザあたりの同時ジョブ実行可能数 =
(4)/(2)sum{(2)の値×そのキューで実行中のジョブ本数} > (4)の値となるまでジョブを
投入可能。

(3) 運用開始日:1999年5月28日(金)21:00~

supernig定期保守のおしらせ 1999.5.21
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させて いただきます。
なお,今回はマシンの総点検を実施する関係上,停止時間が長くなっておりますので ご注意下さい。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年5月26日(水)9:00から28日(金)21:00まで
DDBJ業務停止のおしらせ 1999.5.19
DDBJ業務サーバマシンの移行作業のため,下記日程において各種サーバマシンお よびサービスを停止致します。 ご協力のほどお願い申しあげます。
日時:5月21日(金)午前8:30から24日(月)午前10:00まで
停止内容:SAKURA登録システム,Accession番号発行をはじめとする登録や更新に関 する全業務
国際実務者会議・国際DNAデータバンク諮問 委員会開催 1999.5.18
CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank国際DNAデータバンクは,DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース共同構築の運営・推進をはかるために, 国際実務者会議を年1回,国際諮問委員会を隔年で開催しています。 今年は国際実務者会議を4月19日から21日まで, 国際諮問委員会を4月22日から23日まで国立遺伝学研究所で開催しました。 米国から6名,欧州から11名が出席しました。
ヒト21番染色体の13Mbpsを登録公開(ACC#AP0 00084 - ACC#AP000219) 1999.5.17
理化学研究所ゲノム科学総合研究センタ-の研究チーム(榊佳之代表) からヒト21番染色体長腕の3領域(21q21.1, 21q22.1, 21q22.3-ter) の塩基配列データ(計約8 Mbase)がDDBJに登録されました。
アクセッション番号はAP000136-AP000219で,HTG DivisionとしてDDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに公開されました。
先に科学技術振興事業団(JST)から登録されたヒト21番染色体長腕の領域 (21q22.1;アクセッション番号はAP000084-AP000135)と合わせて合計約13 Mbaseが公開 されています。
supernig 定期保守のおしらせ 1999.4.16
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させて いただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年 4月23日(金) 12:00 ~ 21:00
EMBL Release 58 公開 1999.4.16
4月15日よりEMBL Release 58を公開しています。EMBL Release 58はエントリー数 が3,272,064,総塩基数が2,355,200,790 bpです。
DDBJリリース37完成 1999.4.5
3月26日よりDDBJ Rel. 37を公開しています。 DDBJ Rel. 37はエントリー数が3,311,627,総塩基数が2,375,261,951 bpです。 このリリース37で初めて日本(DDBJ + JPO)のエントリー数が欧州(EMBL + EPO)のエン トリー数を超えました。
また,今回のリリースよりDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベース共通の,配列の バージョン番号システム(Nucleotide ID と Protein ID)を採用しています。 このため従来は4月に公開しているリリースの時期を早め,3月にリリース公開の運びと なりましたことをご了承下さい。 次回のリリースは通常どおり7月となります。
DNAデータ研究利用委員会の開催 1999.4 .5
DNAデータ研究利用委員会は,データの構築・ソフトウエアの開発・サービス業務な どのDNAデータベースの事業計画について検討を行なうために,毎年1回国立遺伝学研究 所で開催されています。 今年は3月25日に開催され,所外の委員9名および所内からの出席がありました。
DDBJ/CIB Report 発行 1999.4.5
DDBJでは定期発行物として「DDBJ/CIB Report」を年1回,「DDBJオフライ ンニュース」を年2回発行しています。 3月下旬に「DDBJ/CIB Report 1999」約3000部をDDBJ利用者に発送しました。 今回の内容は,データ登録に関するQ & Aや,オフライン大量データ登録システムの紹介 ,WWWサーバを利用したデータベース検索と解析,生命情報研究センター(CIB)の活動報 告などです。 DDBJの定期発行物はWWW上でも公開しています。 DDBJのホームページの「DDBJへようこそ/ DDBJの発行物」 をご覧下さい。
supernig 相同性検索サービスに機能追加 1999.3. 17
DDBJ WWWの 相同性検索サービスに以下の機能拡張を行ないました。
1. DAD, SWISS-PROT の 新着データ取り込み
アミノ酸配列データベースであるDAD, SWISS-PROTの相同性検索用データベースはリ~ リース以降の新着データを取り込んだデータを公開するようにしました (DADは毎日, SWISS-PROTは毎週(金曜日)更新されます)。
2. 検索結果メールへのHTML埋め込み機能追加
E-mailサービスでの相同性検索依頼及びWWWサービスで検索結果をE-mail で受け取る指定をした場合の検索結果メールにHTMLを埋め込む機能を追加しました。
HTMLを埋め込んだメールは,Webブラウザなどで開くとWWW上で結果を受け取ったとき と同じように結果一覧からアクセション番号をクリックしてそのエントリのデータを取得 する,などの操作を行なうことができます。
本機能は以下の方法でお使いいただけます。

・WWWから入力して検索する場合
検索結果を選択する画面においてE-mail の方を指定したときに, 同時にその下にある"In HTML format" をチェックすると HTML 形式の結果が添付ファイルで送られてきます。
・(fasta/blast/ssearch)@nig.ac.jp にメールを送って検索する場合
下記の例のように "html 1" を指定することによってHTML 形式の結果が添付ファイルで送られてきます (1以外を指定した場合には通常の結果が送られます)。

例) blast の場合
 program      blastn
 datalib      ddbj
 scores       100
 alignments   100
 expect       10
 gap          1
 filter       1
 html         1

 begin
 > query
 aaacccgggtttaaaaaaaacggttttt
 ...........
 //
 
LIBRA Iに新機能追加 1999.3.16
LIBRA I は3D-1D法によるタンパク質の立体構造予測プログラムです。 このたび,3D-1D法を利用した配列ホモロジーサーチ(インバース・サーチ)の機能を追加し公開しました。
相同性検索サービスに結果表示の機能 "Result Viewer" 追加 1999.3.12
相同性検索サービス で検索結果をWWWに表示させる場合,結果が表示される前に他のページを見たり, 接続が切れたりすると結果を見ることができませんでしたが, 受け付け番号を入力して結果を見ることができる機能"Result Viewer"を追加しました。 結果を表示させるためには,Result Viewer のページで検索実行時と同じ検索条件を指定する必要があります。
Result ViewerはFASTA/BLAST/PSI-BLAST/CLUSTALWで検索結果の受取方法にWWW を選択した場合にご利用いただけます (E-mailサービスを選んだ場合は見ることができません)。
使用方法

  1. 相同性検索のトップページもしくは左のメニュー画面でUtility項目のResult Viewer を選択する。
  2. Result Viewerが表示されるので,FASTA/BLAST/PSI-BLAST/CLUSTALWの中から結果を~ 見たいものを選ぶ。
  3. 自分が検索を行なった時の検索条件を選択する。
    *間違った選択をすると結果のデータに正しくリンクが貼られません。
    (1) FASTAの場合--プログラム,データベースを選択する。
    (2) BLASTの場合--プログラム,データベース,Gap計算の有無を選択する。
    (3) PSI-BLASTの場合--プログラム,データベース,Gap計算の有無を選択する。
    (4) CLUSTALWの場合--特に選択する条件はありません。
  4. あらかじめ控えておいた受け付け番号を入力する。
  5. すべて正しいことを確認し,入力内容の送信ボタンを押すと結果が表示されます。
supernig定期保守のおしらせ 1999.3.11
supernig定期保守のため,下記日程におきましてsupernigのサービスを停止させてい ただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年3月19日(金)12:00 ~ 21:00
SAKURA V2.23リリース 1999.3.3
3月3日SAKURA V2.23を一般公開しました。SAKURA V2.23は,SAKURA V2.22のバージョ ンアップ版で,/focus クオリファイアの自動付加機能を追加しました。
PIR Rel. 59 公開 1999.2.17
2月17日よりPIR Rel. 59を公開しています。PIR Rel. 59はエントリー数が117,704, 総アミノ酸残基数が37,890,243 aaです。
supernig定期保守のおしらせ 1999.2.17
supernig定期保守のため,下記日程におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年2月26日(金)12:00 ~ 21:00
GenBank が Authorin による登録データ受付を中止 1999.2.16
GenBank が,Authorin による登録データの受付を中止しました。 DDBJではこれまで通り Authorin による登録データファイルを受け付けていますが, Autnorin は Macintosh 32bit addressing や windows に対応しておらず, バージョンアップもされないことから,Authorin プログラムの配布は中止します。
DDBJでは,WWW server を利用したデータ登録システム SAKURA での登録を推奨しています。 また,インターネットを用いない standalone で登録ファイルを作成したい場合には, sequin 2.60 をanonymous-ftp で配布しています。データ登録にはこちらのツールをご利用下さい。
線虫ゲノムデータベースの相同性検索サービスへの取り込みについて 1999.2.5
DDBJの相同性検索サービスで, 線虫ゲノムデータベースを対象として検索がご利用いただけるようになりましたのでおしらせいたします。
FASTA/BLAST/PSI-BLAST/SSEARCHの各相同性検索依頼WWWページで, 検索対象データべースとして [C.elegans 全蛋白] または [C.elegans 全DNA] をプルダウンメニューから選択してください。 電子メールサーバをご利用の場合には,datalibとして WORMPEP または WORMDNA を指定して下さい。
全蛋白のデータを対象とした検索を行なった場合, 検索結果中の線虫ゲノムデータの配列名をクリックしていただきますと, Sanger Centre の wormace にリンクされます。

DNAデータのコメント部の情報は,以下の通りです。
染色体番号/ start-end, source, feature, [group]
以下は,GFF フォーマットからの抜粋です。 [http://www.sanger.ac.uk/Users/rd/gff.shtml]

start, end
Integers. "start" must be less than or equal to "end". Sequence numbering starts at 1, so these numbers should be between 1 and the length of the relevant sequence, inclusive.
source

The source of this feature. This field will normally be used to indicate the program making the prediction, or if it comes from public database annotation, or is experimentally verified, etc.

feature
The feature type name. We hope to suggest a standard set of features, to facilitate import/export, comparison etc.. Of course, people are free to define new ones as needed.
For example, Genie splice detectors account for a region of DNA, and multiple detectors may be available for the same site, as shown above.
[group]
An optional string-valued field that can be used as a name to group together a set of records. Typical uses might be to group the introns and exons in one gene prediction (or experimentally verified gene structure), or to group multiple regions of match to another sequence, such as an EST or a protein.
国立遺伝学研究所オンライン利用データベースに関するお知らせ 1999.2.2
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者 各位

DDBJをご利用いただき,ありがとうございます。
  従来より,国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータシステム (supernig, VPP500) のオンライン利用者には,DNAデータベースとして DDBJ ($DDBJ), EMBL ($EMBL), GenBank ($GB) の3つのリリースデータおよび日々更新データ ($DDBJNEW, $EMBLNEW, $GBNEW) を公開してまいりました。 しかし,生命科学・技術の目覚ましい発展により, 国際塩基配列データベースに登録される配列データは飛躍的に増え続けています。 その一方で,スーパーコンピュータシステムのディスク容量には限りがあり, このままではデータ量の増加に対応できなくなってまいりました。
  そこで,supernig および VPP500 で提供している GenBank リリースデータベースは,リリース111 を公開後 1999年3月31日 をもってその公開を終了することになりました。 また,EMBL リリースデータベースおよび GBNEW と EMBLNEWも, 約半年後に公開を終了する予定です。 公開終了の正確な日時が決まりましたら,再度ご連絡いたします。 つきましては,GenBank や EMBL を指定して解析・検索プログラムをご利用されている方は, 指定データベースを DDBJ へ切り替えていただくようにお願いいたします。
  DDBJ, EMBL, GenBank の3つのデータベースは,DDBJ,欧州の EBI, 米国の GenBank が共同構築し国際塩基配列データベースとして運営しているもので, フォーマットの違いはありますが内容は同じものです。 また,$DDBJNEW, $EMBLNEW, $GBNEW についても, 3つのデータベースで新たに公開されたデータをすべて統合して日々更新し, それぞれのフォーマットで公開しているものです。 そのため EBI,GenBank いずれにおいてもデータベースの公開は, 各データベース独自のフォーマットのみで行なっております。 こうした状況をご理解の上, 今回の措置に対する皆様のご理解とご協力をいただきたくお願い申し上げます。

日本DNAデータバンク

GDB プロジェクト継続 1999.1.26
1998年10月に当what's new上で,また12月に「DDBJオフラインニュース No. 10」 誌上で米国ジョンズ・ホプキンス医科大学 (JHU) が提供しているゲノムデータベース (GDB; Genome Database) プロジェクトの終了をおしらせしましたが, 活動継続が決定しました。 データのキュレーションは引き続き JHU で行われますが, 活動の中心は本年初頭にカナダ・トロントの Hospital of Sick Children (HSC) のBioinformatics Center (http://bioinfo.sickkids.on.ca/gdb/temp.html)に移行する予定です。 詳しくは GDB のホームページ (http://gdbwww.gdb.org/) をご覧下さい。
DDBJ Rel. 36 公開 1999.1.18
1月14日よりDDBJ Rel. 36を公開しています。 DDBJ Rel. 36は,エントリー数が3,073,166,総塩基数が2,190,425,560 bpです。
supernig 定期保守のおしらせ 1999.1.18
supernigの定期保守のため, 下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:1999年 1月22日(金) 12:00 ~ 21:00
遺伝子配列データベース検索システムSRS公開 1999.1.18
SRS (Sequience Retrival System) は, EBI で開発・公開されている遺伝子配列データベース検索システムです。 DDBJでは,SRS をDDBJデータベースに対応したシステムに再構築し公開しました。

検索対象データベース:
・配列データベース DDBJ, DDBJNEW, DAD, SWISSPROT, PIR
・配列関連データベース PROSITE, PROSITEDOC, ENZYME
・タンパク質立体構造データベース PDB

URLはhttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/srs/で, DDBJのホームページ「データベース検索および解析」からリンクが張られています。

ページの先頭へ戻る