What’s New(2000)


遺伝子配列への正規表現によるパターンマッチング SQmatch 公開 2000.12.27
DDBJでは2000年12月より WWW で SQmatch (matching a regular expression against sequences in Database) を公開しました。 SQmatch は UNIX コマンドの grep のように遺伝子配列への正規表現によるパターンマッチを行なうことが出来るため, FASTA/BLAST では処理できない短い断片や "N" を含む配列の検索に有効です。
URL は http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/sqmatch_ja.html で, DDBJのホームページ「データベース検索および解析」ページからリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。
講演会「ゲノムを知る」開催のおしらせ 2000.12.26
2001年3月24日に慶應義塾大学で講演会「ゲノムを知る」を開催します。 この講演会はゲノムの基礎,ゲノムを巡る科学研究の最先端, そしてその応用の実態について正しい知識を得た上で, ゲノムへの理解を深めていただくための機会として情報知識学会の主催, 国立遺伝学研究所生命情報研究センターと国立情報学研究所の後援で企画しました。 興味のある方は, http://www.cib.nig.ac.jp/mcl/jsik/0324.html をご覧下さい。
公開エントリ件数1000万突破 2000.12.22
DDBJではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データを管理し, データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており,12月18日に総エントリ数が1000万件を越えました。
2000年12月18日現在DDBJから公開されたエントリ数 : 10,063,110
2000年12月21日現在DDBJから公開されたエントリ数 : 10,101,245
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, Bio China 2001 (2001年8月22日~25日) を追加しました。
supernig 定期保守のおしらせ 2000.12.8
supernig の定期保守のため, におきまして supernig のサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 12月 15日 (金) 12:00 ~ 21:00
DDBJ年末年始休業のおしらせ 2000.12.6
DDBJでは,年末・年始の業務を2000年12月29日から 2001年1月3日まで休業いたします。 この間は,アクセッション番号の発行をはじめとするほとんどの業務を停止します。
また,SAKURA によるデータ受け付けは, 2000年12月26日から2001年1月3日まで停止いたしますので,ご注意ください。 皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
では,よい年をお迎えくださいませ。 新世紀もどうぞ宜しくお願い申し上げます。
DDBJ
ネットワークサービス停止のおしらせ 2000.11.13
ネットワーク保守作業のため,下記期日におきましてDDBJのネットワークサービスが停止します。 皆様のご理解とご協力をお願いいたします。
期間:11月17日 (金) 17:00 から11月19日 (日) 9:00 まで
国立遺伝学研究所のすべてのネットワークサービスが停止するため。
supernig においては17日12時より停止作業を開始させて頂きます。
DAD Rel. 13公開 2000.11.6
11月6日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 13を公開しています。 DAD Rel. 13はエントリ数が627,154,総アミノ残基数が195,397,467 aaとなっています。
類人猿ゲノム計画:Silver 公開 2000.10.26
DDBJでは,10月より 類人猿ゲノム計画:Silver を公開しました。 Silver は国立遺伝学研究所進化遺伝研究部門斎藤研究室の類人猿ゲノム計画で, ヒトと類人猿の塩基配列比較を行ない,ヒト固有の遺伝的変化の解明を目標としています。 URL は http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/index-j.html で, DDBJのホームページ「データベース検索および解析」と 「その他データベースへのリンク」からリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。
PIR Rel.66公開 2000.10.19
10月19日よりPIR Rel. 66 を公開しています。 PIR Rel.66 はエントリ数が195,891,総アミノ残基数が67,900,656 aa となっています。
GIB にデータ追加 2000.10.19
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Thermoplasma acidophilum のゲノム配列が公開されたことにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
DDBJ 講習会 in 福岡 2000.10.17
11月30日に九州大学箱崎キャンパスで DDBJ 講習会を開催します。 この講習会は塩基配列の登録方法や,DDBJが提供しているデータベース検索・ 解析ソフトをユーザの方々により深く理解して利用していただくことを目的としています。
詳細は DDBJing ホームページをご覧下さい。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2000.10.17
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, コンピューテーショナル構造ゲノミックス一日シンポジウム(2000年11月6日) を追加しました。
supernig 定期保守のおしらせ 2000.10.12
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。
皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 10月20日(金) 10:00 ~ 21:00
GIB にデータ追加 2000.10.10
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Bacillus halodurans C-125Halobacterium sp. NRC-1 のゲノム配列が公開されたのにともない,GIBでもデータが検索できるようになりました。
ゲノム情報解析データベース GTOP 公開 2000.10.1
DDBJでは9月より WWW 上でゲノム配列からタンパク質の立体構造データへつなぐ, ゲノム情報解析の新しいデータベース GTOP (Genome TO Protein structure and function) を公開しました。
GTOP は 国立遺伝学研究所生命情報研究センター大量遺伝情報研究室で開発された, ゲノム由来のタンパク質の配列データの解析結果をまとめたデータベースです。 配列相同性解析を主な手段として,立体構造の情報を積極的に利用していることが特徴です。
URL は http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/gtop-j.html で,DDBJのホームページ「データベース検索および解析」 ページからリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。
DDBJリリース43完成 2000.10.30
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。10月にDDBJリリース43を完成しました。 リリース43のエントリー数は8,666,551,総塩基数は10,034,532,698 bpです。
公開塩基数100億突破 2000.9.26
DDBJではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データを管理し,データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており,9月25日に総塩基数が100億 bp を越えました。
2000年09月25日現在DDBJから公開された
総塩基数 : 10,006,156,465 bp ,エントリー数 : 8,614,133
GIB にデータ追加  2000.9.18
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Buchnera sp. APS のゲノム配列が公開されたのにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
supernig 定期保守のおしらせ 2000.9.18
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Buchnera sp. APS のゲノム配列が公開されたのにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
supernig 定期保守のおしらせ 2000..9.14
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。
皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年9月22日 (金) 12:00 ~ 21:00
GIB にデータ追加 2000.9.1
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Pseudomonas aeruginosa PA01のゲノム配列が公開されたのにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
寺子屋『情報生物学』第3回開催  2000.9.1
DDBJ/CIBでは8月30,31日に寺子屋『情報生物学』第3回生物の多様性と進化を開催しました。 約100名の参加者が熱心に受講されました。
生命情報学関連の会議のおしらせに 国際ワークショップ「Integration of Biodiversity and Genome Technology for Crop Improvement」追加 2000.9.1
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 国際ワークショップ 「Integration of Biodiversity and Genome Technology for Crop Improvement」 (2000年11月28日~12月1日) を追加しました。
ネットワークサービスの停止 2000..9.1
ネットワーク保守作業のため,下記期日におきましてDDBJのネットワークサービスが停止します。
期間:2000年 9月17日 (日) 10:00 から 15:00 まで
※国立遺伝学研究所のすべてのネットワークサービスが停止するため
皆様のご理解とご協力をお願い致します。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2000.8.29
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 構造ゲノミクス国際学会 (2000年11月2日~5日) と, 第23回情報化学討論会 (2000年10月26日~27日) を追加しました。
PIR Rel.65公開 2000.8.25
8月25日よりSPIR Rel.65を公開しています。 PIR Rel.65はエントリ数が182,106,総アミノ残基数が63,460,219 aaとなっています。
DDBJing 開催 2000.8.24
8月23日に国立遺伝学研究所生命情報研究センターで第3回 DDBJing を開催しました。 約30名の方が塩基配列の登録方法やDDBJが提供しているデータベース検索・ 解析ソフトの利用について熱心に受講されました。
SWISS-PROT Rel.39公開 2000.8.21
8月18日よりSWISS-PROT Rel. 39を公開しています。 SWISS-PROT Rel. 39はエントリ数が86,593,総アミノ残基数が31,411,157 aaとなっています。
supernig 定期保守のおしらせ 2000.8.17
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させて いただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 8月25日 (金) 12:00 ~ 21:00
生命情報学関連の会議のおしらせにRECOMB 2001追加 2000.8.7
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, RECOMB 2001 (2001年4月21日~24日) を追加しました。
GIB にデータ追加 2000.8.7
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供 するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Vibrio cholerae N16961のゲノム配列が公開されたのにともない,GIBでもデータが検索できるようになりました。
生命情報学関連の会議のおしらせに寺子屋『情報生物学』 第3回追加 2000.8.4
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 寺子屋 『情報生物学』 第3回 (2000年8月30日~31日) を追加しました。
DAD Rel. 12公開 2000.8.2
8月1日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 12を公開しています。 DAD Rel. 12はエントリ数が567,195,総アミノ残基数が176,496,181 aaとなっています。
FTPサービスプログラムのバージョンアップ 2000.7.28
DDBJ FTPサーバ (ftp.ddbj.nig.ac.jp) のセキュリティー上の理由により, 2000年8月8日に FTP サービスプログラムのバージョンアップを行ないます。
mirror プログラムや ftpmirror プログラムをご使用の場合には不具合が発生するバージョンがあることが報告されていますので, これらのプログラムをご使用の方は動作の確認をお願いします。
GIB にデータ追加 2000.7.25
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Chlamydophila pneumoniae strain J138のゲノム配列が公開されたのにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
生命情報学関連の会議のおしらせにCBIミレニアムシンポジウム追加 2000.7.24
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, CBIミレニアムシンポジウム(2000年7月26日~28日)を追加しました。
DDBJリリース42完成 2000.7.21
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。7月にDDBJリリース42を完成しました。 リリース42のエントリー数は7,554,9955,総塩基数は9,171,507,604 bpです。
GIBにデータ追加 2000.7.19
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 植物病原菌Xylella fastidiosaのゲノム配列が公開されたのにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
supernig定期保守のおしらせ 2000.7.7
supernigの定期保守のため,下記期日におきまして supernig のサービスを停止させていただきます。 今回の定期保守はシステム総点検を実施致しますので停止時間が長くなっております。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年7月21日(金)12:00~23日(日)15:00
「データベースエントリ書式の説明」公開 2000.7.7
データベース検索および解析ページに データベースエントリ書式の説明を追加しました。 DDBJのフラットファイルの形式に沿って各項目について解説があります。
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」公開 2000.7.7
DDBJ WWWには「DDBJの統計」 というページがあり,様々な統計を公開しています。 この度新しく「登録塩基数上位30種の順位推移」という統計を公開しました。 この統計は,DDBJ Release 41 (2000/4) での登録塩基数上位30生物種の過去3年間の順位の推移を示しています。
相同性検索サービスの改良 2000.6.27
DDBJで提供している FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH の 相同性検索サービスが改良されました。 6月19日に,BLAST 用の検索サーバを拡充し,高速化に成功しました。 同時に,WWW 画面も更新して使いやすさも向上しました。
また,DDBJ データベースを対象に検索を行なう場合,EST 等の配列が検索対象外になりました。 これまでデフォルトでは「すべての DNA 配列データ」を対象に検索していましたが, 今回の変更により EST, HTG, GSS, STS, SYN, UNA の division が検索対象から除かれます。 これによって,十分にアノテーションされた DNA 配列の情報を効率よく検索できるようになりました。 もちろん,これまで通り「すべての DNA 配列データ」を選択することも可能です。 以上の変更によって相同性検索の速度が向上しておりますので,ぜひお試しください。
supernig定期保守のおしらせ 2000.6.8
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 6月16日(金)12:00 ~ 21:00
『DDBJ/CIB Human Genomics Studio』(DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房)公開 2000.5.31
DDBJとCIBの研究開発プロジェクトにより,DDBJ/CIB Human Genomics Studio(日本名:ヒトゲノム情報工房)というホームページを開発しました。 その目的は,ヒトゲノムの配列情報を整備して提供すること,そしてさまざまなゲノム情報解析の結果を発信することです。 特に,2000年内に公表される予定のヒトのドラフト配列を集め,それを組み立てることにより,ヒトの染色体の塩基配列を構築することをめざしています。本ホームページの内容はこれから徐々に充実していく予定ですので,どうぞご期待ください。
DAD Rel. 11公開 2000.5.12
5月11日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 11を公開しています。 DAD Rel. 11はエントリ数が514,763,総アミノ残基数が158,049,461 aaとなっています。
supernig定期保守のおしらせ 2000.5.12
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 5月19日(金)10:00 ~ 21:00
WWW版get-entry機能拡張 2000.5.12
getentryは WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエントリデータを検索するシステムです。 2000年5月に WWW 版 get-entry に CON データの表示機能を追加しました。 これまではCONの配列データを連続した形で表示する機能しかありませんでしたが,今回エントリ別に表示する機能も追加しました。
またgapが存在する場合にはエントリ間に
> gap()
//
を出力します。
ヒト21番染色体のシークエンシング完了 2000.5.11
国際ヒトゲノム計画のもと,このたび日本の 理化学研究所ゲノム科学総合研究センターの研究チーム(榊佳之代表), 慶応大学医学部分子生物学教室の研究チーム(清水信義代表)と,ドイツの Institute of Molecular BiotechnologyGBF, Dept. of Genome Analysis, Max-Planck Institute for Molecular Genetics によって, ヒト21番染色体のドラフトシークエンシングが完了しました。 今回公開された配列は,アクセッション番号の順に21番ゲノム全体が一意に対応している非常に完成度の高いもので,CDSなどの情報も付加されています。

データは合計106エントリ(計約33Mbps)で,HUM divisionとして DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに公開されています。 このうち75エントリを日本のチームが担当しました。
また,106エントリのうち、q腕の105エントリについては,CONエントリとしても公開されています。 アクセッション番号は BA000005 です。このDNA配列の一括転送(ftp)または一括表示をするには以下の選択肢からお選び下さい。

● 全エントリをDDBJフォーマットでファイル転送する。
● エントリ別に区切ったDNA配列をFASTA形式でファイル転送する。
● エントリ別に区切ったDNA配列をFASTA形式で画面上に一括表示する。

※注意 画面上に一括表示すると大量のデータが出力されることがありますので, クライアント側でのメモリ不足にご注意ください。 また,エントリ間に gap がある場合は連続したDNA配列が出力されませんのでご了承下さい。

CONエントリとは:
CON (Contig / Constructed) divisionにはデータバンク側が, 個々に登録された関連のある配列データを結合し,1つのアクセッション番号を付与した 長大なデータが格納されています。CONエントリとは,このdivisionに格納されているエントリを指します。 CON divisionに格納されるエントリには長大な配列を構成する配列のアクセッション番号が記載され,塩基配列は記載されません。

理化学研究所が配列決定を担当したもの 54エントリ
AP001660, AP001666, AP001667, AP001669, AP001670, AP001671, AP001672,
AP001674, AP001675, AP001676, AP001677, AP001678, AP001679, AP001680,
AP001681, AP001683, AP001684, AP001685, AP001686, AP001687, AP001688,
AP001689, AP001690, AP001691, AP001692, AP001693, AP001694, AP001695,
AP001705, AP001706, AP001708, AP001709, AP001710, AP001711, AP001712,
AP001713, AP001714, AP001715, AP001716, AP001717, AP001718, AP001719,
AP001720, AP001721, AP001728, AP001729, AP001730, AP001731, AP001742,
AP001744, AP001750, AP001759, AP001760, AP001761,
慶応大学が配列決定を担当したもの 21エントリ
AP001696, AP001697, AP001698, AP001699, AP001700, AP001724, AP001725,
AP001726, AP001727, AP001732, AP001741, AP001743, AP001745, AP001746,
AP001747, AP001748, AP001749, AP001751, AP001752, AP001753, AP001754,
SAKURAサービス再開のお知らせ 2000.5.08
バージョンアップ作業のため,4月29日(土)から5月7日(日)まで停止しておりました SAKURA(DDBJ DNA Data Submission S ystem)の サービスを再開いたしました。
どうぞご利用ください。
DDBJリリース41完成 2000.5.1
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに,磁気媒体により配付しています。 4月にDDBJリリース41を完成しました。 リリース41のエントリー数は5,962,608,総塩基数は6,409,581,885 bpです。
今回のリリースから新しいディビジョン「CON ディビジョン」が採用されました。 CON ディビジョンには,データバンク側が,個々に登録された関連ある配列データ(ゲノム配列データなど)を結合し1つのアクセッション番号を付与した,長大なデータが格納されています。 なお,CONディビジョンに格納されるエントリには,アクセッション番号が 記載され,塩基配列は記載されません。
また,今回のリリースから以下のアクセッション番号が追加されました。
 BA :DDBJがCON データ用に使用。
 BB :DDBJがESTデータ用に使用する予定。
PIR Rel. 61 公開 2000.4.24
4月21日よりPIR Rel. 64を公開しています。 PIR Rel. 64はエントリー数が178,058,総アミノ酸残基数が61,890,410 aaです。
AKURAサービス停止とバージョンアップのお知らせ 2000.4.20
SAKURA (DDBJ DNA Data Submission System)バージョンアップ作業にともない、 下記のとおりSAKURAが停止いたします。
 SAKURA停止期間:4月29日(土) ~ 5月7日(日)
また、当初、新しいSAKURAの公開は、 4月20日(木)を予定しておりましたが、連休明けに変更となりました。
今回のバージョンアップにより、新しいSAKURAはほとんど全てのFeature/Qualifier の入力が可能となります。また、入力時のエラーチェックを厳しくすることにより、 登録前にデータの誤りを発見することが容易になりました。
今回のバージョンアップでは、大幅な変更を行なう関係上、現在稼働中のSAKURAとまたがっての連続登録が行なえません。
連続登録を計画している方は、新しいSAKURAが公開された後に登録を開始させる、 または、SAKURA停止前に登録を完了させてください。 現在、連続登録を実施中の方も、同様にお願いいたします。
以上、皆様には大変ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願い申しあげます。
DDBJ/CIB Report 発行 2000.4.19
DDBJでは定期発行物として「DDBJ/CIB Report」を年1回, 「DDBJオフラインニュース」を年2回発行しています。 3月下旬に「DDBJ/CIB Report 2000」約3000部をDDBJ利用者に発送しました。 今回の内容は,国内外のゲノムプロジェクト・関連Webサイト紹介や, 寺子屋『情報生物学』第1回資料,生命情報研究センター(CIB)の活動報告などです。 DDBJの定期発行物はWWW上でも公開しています。 DDBJのホームページの「DDBJへようこそ/ DDBJの発行物」 (http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/pub-j.html)をご覧下さい。
supernig定期保守のおしらせ 2000.4.13
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 4月21日(金)12:00 ~ 21:00
SAKURAバージョンアップのおしらせとご注意(緊急)  2000.4.13
DDBJでは,SAKURA (DDBJ DNA Data Submission System)を近日中にバージョンアップいたします。 今回のバージョンアップにより,ほとんど全てのFeature/Qualifier の入力が可能となります。 また,入力時のエラーチェックを厳しくすることにより,登録前のデータの誤りを修正することが可能です。
今回のバージョンアップでは,大幅な変更を行なった関係上, 現在稼働中のSAKURAとまたがっての連続登録が行なえなくなっております。
連続登録を計画している方は,新しいSAKURAが公開された後,または, 近日中に登録を完了させてくださいますよう,お願いいたします。 現在,連続登録を実施中の方も,同様にお願いいたします。 なお,新しいSAKURAの公開は,4月20日を予定しております。
以上,どうぞよろしくお願いいたします。
GIBにデータ追加 2000.4.12
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供 するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Neisseria meningitidis Z2491のゲノム配列が公開されたのにともない, GIBでもこれらのデータが検索できるようになりました。
GIBにデータ追加 2000.3.15
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Chlamydophila pneumoniae AR39, Chlamydia muridarum, Neisseria meningitidis のゲノム配列が公開されたのにともない, GIBでもこれらのデータが検索できるようになりました。
supernig定期保守のおしらせ 2000.3.10
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 3月17日(金)12:00 ~ 21:00
ベクタースクリーニングシステム運用開始 2000.3.7
DDBJでは3月よりSAKURAでの塩基配列登録時に,ベクター配列混入をチェックするシステム「DDBJ Vector Screening WWW System」の運用を開始しました。 このシステムは登録予定塩基配列をqueryとし,ベクター配列データベースに対してblastnもしくはvecscreen(NCBIベクタースクリーニングプログラム)を実行してその結果を表示するものです。
SAKURAでデータを登録する前に,このシステムを利用しベクタースクリーニングをしていただくことをお勧めします。 ベクター配列混入をチェックすることによって,データの信頼性が確保されるだけでなく,データを公開した際には利用者の利便性も向上します。
DDBJ Vector Screening WWW SystemのURLは [http://sakura.ddbj.nig.ac.jp:8080/vector/ ] で,SAKURAのトップページと[VII. 塩基配列]ページからリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。
GIBにUreaplasma urealyticumCampylobacter jejuni NCTC11168追加 2000.2.23
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Ureaplasma urealyticumとCampylobacter jejuni NCTC11168のゲノム配列が公開されたのにともない,Ureaplasma urealyticumとCampylobacter jejuni NCTC11168のデータが検索できるようになりました。
get-entry機能拡張のお知らせ 2000.2.18
WWW版get-entryの機能追加と一部改造を行いましたのでお知らせいたします。
追加した機能は以下の項目です。

  • CONディビジョンエントリの検索と表示
  • CONエントリに定義されている配列データの一括表示および一括転送
  • CONエントリに定義されているピースエントリをDDBJフォーマットのまま一括転送
  • CONエントリのjoinで定義されているアクセッション番号からそのエントリへのリンク
  • ピースエントリのセカンダリとして記述されているCONアクセッション番号からCONエントリへのリンク
  • Product名によるエントリ検索
    ※注意 検索可能なCONエントリは現在GenBankから公開されているエントリ(約7千件)のみです。
    変更点は以下の項目です。
  • タイトルなどの表示行数を少なくし,初期表示でキー入力欄を表示できるようにした。
  • 番号指定をラジオボタン選択からメニュー選択に変更した。
  • メニュー選択の項目名を一部変更した。
SRS 6.0.5.1を公開 2000.2.18
LION AG社で開発されている遺伝子配列検索システム「SRS」の最新版 SRS 6.0.5.1 を正式公開いたしました。SRS では,例えば以下のような検索ができます。
フィールド毎のキーワード検索
例)Definision に acetylchol と receptor を含んでいて,かつmuscarinic を含んでいないものを検索する場合。

指定方法  acetylchol* & receptor* ! muscarinic
数値の範囲指定検索
例)エントリの配列長が 10000 以上 20000 以下のものを検索する場合。
指定方法  10000 : 20000
日付の範囲指定検索
例)エントリの最終更新日が 2000/1/1 以降のものを検索する場合。
指定方法  1-jan-2000 :
キーワードの詳しい指定方法は,ここをご参照下さい。

※注意
AllText フィールドというのが用意されていますが,これには Feature情報は含まれていません。 Feature 情報全体は,Feature Description でキーワードを指定することで検索可能です。 従いまして,全フィールドに対して検索をかけたい場合は,AllText とFeature Descriptionの両方にキーワードを指定して下さい。
なお,検索対象データベースとして以下のものを用意しております。

SequenceDDBJ, DDBJNEW, DAD, DADNEW, SWISSPROT, PIR
Sequence RelatedPROSITE, PROSITEDOC, BLOCKS, PRINTS, PFAMA, PFAMB,
SWISSPFAM, PFAMHMM, PFAMSEED, PRODOM, ENZYME
Protein 3D StructPDB, HSSP, FSSP
Metabolic PathwayPATHWAY, LENZYME, LCOMPOUND

また,一部データベースについては検索結果から CLUSTALW/BLASTP を実行できるようになっております。

相同性検索サービス機能拡張のおしらせ 2000.2.17
DDBJで公開しております相同性検索サービスに,以下の機能拡張を行いました。

  • FASTA で使用するプログラムを FASTA32t09 にしました。
    これにより,Query で DNA 配列指定時に,双方向(3'<->5') を同時に検索できるようになりました。 このほかに,「期待値上限」「期待値下限」のオプションを指定できるようにしております。
  • 相同性検索対象データベースに「DDBJ 全データ」「DDBJ 新着データ」を指定した場合にも,DIVISION と EST の生物種を指定できるようにしました。 なお,「DDBJ リリース」は対象データベースから削除しました。
  • メールアドレスチェック機能を強化しました。
    E-Mailで検索結果を受け取る場合に,入力して頂くメールアドレスの「@」以下の部分について,間違っているかどうかを DNS の情報と照らし合わせるようにしました。
supernig定期保守のおしらせ 2000.2.10
supernigの定期保守のため,下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年 2月18日(金)12:00 ~ 21:00
寺子屋「情報生物学」第2回のおしらせ 2000.2.9
日本DNAデータバンクが設置されている国立遺伝学研究所生命情報研究センターの主催で下記の講座を開催いたします。 講議内容・申込み方法など詳しくはホームページをご覧ください。

寺子屋『情報生物学』第2回
-SNPを中心とする遺伝子連鎖解析の基礎と応用-
日時:3月4日(土)午後2時~午後6時
場所:オリンピック青少年総合記念センター
主催:国立遺伝学研究所 生命情報研究センター
共催:バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)
定員:250名
参加費:無料
ホームページ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/terakoya/
電子メール:terakoya@ddbj.nig.ac.jp

DAD Rel. 10 公開 2000.2.9
2月8日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 10を公開しています。 DAD Rel. 8はエントリ数が5,388,125,総アミノ酸残基数が4,762,696,173 aaとなっています。
DDBJリリース40完成 2000.2.3
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに,磁気媒体により配付しています。 1月にDDBJリリース40を完成しました。 リリース40のエントリー数は5,388,125,総塩基数は4,762,696,173 bpです。
DDBJでは,構造RNA (structural RNAs) データの一部をRNA divisionに格納していましたが,RNA divisionがないEMBLと同divisionを廃止したGenBankと統一するため,今回のリリースよりRNA divisionを廃止しました。 今までRNA divisionに納められていたデータは,そのデータのsource行の生物種に応じたDivisionに格納しました。 また,今回のリリースからAZで始まるアクセッション番号が追加されました。 この番号はGenBankがGSSデータに対して発行する予定です。
supernig定期保守のおしらせ 2000.1.14
supernigの定期保守のため下記期日におきましてsupernigのサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2000年1月21日(金)12:00~21:00

「サイアス」 日本DNAデータバンクの「フィールドワーク」 2000.1.4
朝日新聞の科学雑誌「サイアス」2000年2月号に,DDBJのスタッフ斎藤成也,五條堀孝が,『日本DNAデータバンクの「フィールドワーク」』を発表しました。
GIBにDeinococcus radiodurans追加 2000.1.4
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Deinococcus radioduransのゲノム配列が公開されたのにともない,Deinococcus radioduransのデータが検索できるようになりました。

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